南京硫酸铵厂开工不到半年，“七七事变”爆发，日本开始全面侵华，战火烧到了南京江边。
对于这个亚洲一流的工厂，日本侵略者早已垂涎三尺，日本占领南京后，不断地向铵厂施加各种压力，他们要与侯德榜等人进行所谓的合作，并向范旭东与侯德榜等人表示：“只要愿意合作，工厂的安全可以得到保证。”其实质是要永利厂为日本帝国主义效力。当侯德榜与范旭东听到这些后，气愤地发出了坚定的誓言：“‘宁为玉碎，不为瓦全’，宁肯给工厂开追悼会，也决不与日军合作。”
面对日军的侵略，腐败的国民政府却无力抵抗。在民族生死存亡的紧要关头，侯德榜与范旭东毅然决定，为配合战争的需要，让工厂转产硝酸铵，并为铁工厂制造地雷壳等各种军用物资，日夜赶制炸药，送往金陵兵工厂。
日本帝国主义侵略者见利诱不足以使侯德榜等人服从，便以残酷的武力相威胁。
1937年8月21日凌晨，第一次向永利硫酸铵厂投弹数枚；
1937年9月27日，日军第二次轰炸铵厂；
1937年10月21日，大批日军飞机第三次向铵厂扫射。
工厂遭到三次轰炸，设备已损失大半，被迫停产。
这时候遵照范旭东的指示，整理重要的图纸，拆掉能够使用的仪表、机件、工具等，分批地运往武汉、四川，厂里的技术人员也一律携带家眷撤往武汉、四川两地。怀着无比悲愤的心情，侯德榜指挥送走一批又一批的图纸、机件、工具，连同同舟共济多年的永利工厂的同仁们。
当他把最后一批图纸和物资搬运到船上后，侯德榜来到了铵厂的厂区，暮霭中，看着几乎变成一片废墟的铵厂，看着那熟悉的厂房变成了这个样子，禁不住流下了泪水。这里曾有的一切，他再熟悉不过了，甚至闭着眼睛，他都能找到每一个生产车间，每一台机器，每个控制按钮。自从美国回来，他没有一天不来这里，铵厂是他的命啊！他爱铵厂甚于他的命，他每天只需听一听机器运转的声音就可以判断出它是否运转正常，或是哪个环节出了毛病。
4年来他与范旭东东奔西跑，为的是什么？不就是为了我们的民族，为了振兴我们的民族工业吗？而今刚刚要展开双翅腾飞而起的民族化学工业，却被日本帝国主义扼杀了。他怎能不痛心疾首！
日军虽然炸毁了厂房、设备，可是他们炸不碎侯德榜心中振兴民族工业的希望和决心。
“嘟——”！轮船的汽笛长鸣一声，使沉浸在极度悲伤和气愤中的侯德榜振作起来，他从心底发出了狮子般的怒吼：
“硫酸铵厂，我们一定要回来的，我们一定会回来的！”
1937年12月5日，最后撤离南京的一条船，英国太古公司的“黄浦号”拖轮载着侯德榜等人和物资离开南京码头，逆长江而上，向武汉方向行进。
经过大约两个月的风雨颠簸，范旭东和侯德榜等终于率领大队伍到达了华西的重要城市——重庆。他们决定要在华西重振民族工业。
初到华西，人地生疏，一时无从下手，在权衡利弊之后，他们毅然冒着敌机随时可能轰炸的危险，跋山涉水在云、贵、川地区，调查资源，选择厂址。
经过几个月的调查研究，侯德榜发现华西盛产井盐，而且煤、铁矿、石灰石等化工原料也比较丰富，最后选择了岷江岸东五通桥的道士观地方，圈购厂址。由于这个工厂是在四川建立的，故名“永利川厂”。
为纪念已被日寇侵占的中国第一个化工基地塘沽，后来改称“新塘沽”，为的是“燕云在望，以志不忘耳”。
设计新厂的重任，侯德榜无疑又是中流砥柱。新厂采取什么工艺，是仿旧还是创新呢？令他费尽心血，对于苏尔维法已是轻车熟路，他经验十足，只要把天津塘沽厂的规模适当缩小就可以很快见成效。然而在西南的盐价要比在塘沽贵十几倍，况且利用苏尔维法的食盐转化率不高，只有70%左右。如果在华西地区继续利用苏尔维法，工人们费力从深井中采出的盐，大部分将白白流失掉，这样制碱的成本将大大地提高，效益也自然随之大大降低，一个工厂如果没有较高的经济效益，那么它存在还有什么意义呢？
当时，德国发明了一种制碱方法，叫察安法，这种方法虽然在当时工艺上尚未完善，但是它有一个对于华西来说特别有利的优点，就是它的食盐利用率达到了90%—95%，还充分利用了废液。当时察安法在欧洲已有专利出卖。
为了早日建成华西化工基地，侯德榜这个在当时世界制碱业已经享有盛名的中国化学家决心屈尊求教，准备赴德国考察，并且准备购买察安法的专利。