俗语说：“万事开头难”。李时珍开始编写《本草纲目》时也是这样，因为要写的东西实在太多了。李时珍觉得要写好《本草纲目》不单单是写药的形态、性味、功用等，而是要把医学理论、确实有效的方子等都写进去。他琢磨来、琢磨去，想到《证类本草》这本书收载的药物较多，对于药物的别名、药性、功用、产地、加工炮制等记载也比较详细，还有些单方验方，于是决定在《证类本草》的基础上进行编写。
但是问题又来了，这个“纲目”怎么定法？李时珍觉得，像《神农本草经》那样，把药物分为上、中、下三品，太简单、太粗糙。而《证类本草》按药物自然性质，把1 500多种药分为10类，再加上三品分类法，仍较混乱。经过苦思冥想，结合各方面的知识，他拟定了水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人的一套顺序，按这顺序把药物分为16部，再分成60类。总的原则是“从微至巨”、“从贱至贵”。也就是说，是从简单到复杂的这样一个顺序。
李时珍在那时候能想出这一套方法可不是件简单的事情，他完全打破了古人的条条框框，在分类上已经把相同的植物科目、动物种族归在一起，这与现代的动植物分类方法是何等的相似！而从简单到复杂的排列又完全符合生物的进化规律！怪不得连世界著名的进化论奠基人达尔文也十分赞赏《本草纲目》。还有人称赞李时珍说：“他振纲分目，纲目演绎，建立药物分类的纲目系统，统率了1 892种药物；建立各条药物的纲目体系，囊括了古今药物资料；建立百病主治药的纲目系统，组织了辨证论治的用药纲领。三大系统纵横交织，分层紧扣，使近两百万言的医药巨著组织得井井有条，横竖成行。”“李时珍确立的纲目体系像一座摩天大厦，上面镶嵌了空前的博物珠宝，五光十色，交相辉映，巍然屹立于世界文明之林。”
李时珍把这纲目定了以后，心中便有底了。只待在上面添砖加瓦。但是他也知道，没有实践经验，不可能写好这本书，所以他还是经常外出采药、看病，不过，现在采药也好、看病也好，他都忘不了《本草纲目》。采药时，把药的形态、特征、生长环境等都详详细细地记录下来。看病时不断地推敲其中的医学道理。一到晚上就躲进书房，把这些资料进行整理。像蕲州产的艾，质量特别好，全国闻名，李时珍对它有浓厚的兴趣，不论是严冬还是酷暑，他都上山观察艾的生长，关于它的资料就有一大摞，结果李时珍把这些资料编成了一本书，书名叫《蕲艾传》。在医学理论方面又写成了《命门考》、《三焦客难》等，可惜这些书都失传了。
到了第二年的立夏，有一天，李时珍没外出。正在书房里整理资料，徒弟庞宪走来告诉他，有病人找他，李时珍走出门来，见一汉子手里提着一篮子鸡蛋，后面跟着一个抱着孩子的女人。那女人一见李时珍，立刻把孩子放下，要孩子跪下给李时珍磕头。李时珍忙把孩子扶起，定睛一看，才看清这正是去年上他们家去看过病的一家人。
原来，去年李时珍救了这误服火硝的女人后又分文不收，这一家人感恩不尽。现今这孩子刚满周岁，趁立夏这天，带上自家的鸡蛋上李时珍家道谢来了。李时珍把他们请进屋里，以宾客相待。
闲聊之间，那汉子告诉李时珍，他原先在邻乡一个地主家干活，因地主太刻薄，所以就不干了，来到这蕲州替人干些杂活。他告诉李时珍，他在那地主家干活时还有个长工，这长工姓张，排行第二，大家都叫他张二，张二已经在这地主家当了好几年长工了，不知从什么时候开始掉头发、落眉毛，脸上还长起了一个一个的肉疙瘩。这地主说他得了麻风病，把他关在放柴的小屋里，不让他吃、不让他喝，想把他活活地饿死，最后把尸体埋掉就完了。关到第六天，地主想这张二大概已经死了，便让手下人去看一看，手下人回来说他还没有死。过了两天，地主又让人去看，回来还是说没死。到第十天，那手下人说张二非但没死，还在屋里来回走动呢。我当时听了也觉得很奇怪，心想张二平时也没有什么好的东西吃，饿到第六七天没死去，到这第十天怎么还有精神在屋里走呢？这地主当然想得更多，他想一定有人给张二送吃的了。打那天起，地主就让管家看着他们吃饭，看谁把吃的东西藏下了。其实，地主给他们打工的吃的东西本来就很少，还都是些剩的，根本没法藏，当然也没有剩下的。但奇怪的是，张二就是不死，大家猜来猜去，也猜不出是什么道理。那地主只是怀疑我们这几个穷哥儿们在帮张二的忙，总是鬼鬼祟祟地来察看他们。
这样过了一个多月，那地主忍不住了，亲自来到这柴屋前，让手下人打开锁。锁一打开，张二从里面走了出来。可能是晒不到太阳的原因，他脸色有些苍白，但脸上的疙瘩没有了，头发、眉毛也都长出一些。大家问张二是怎么回事。张二说，那屋子的旮旯里有坛好酒哪，我没有吃的、喝的，就天天喝这酒。地主忙叫人把这酒抬出来。这酒坛边上积满了尘土，地主伸长脖子望里一瞧，吓得叫了起来。原来这酒里有一条五六尺长的蕲蛇在里边，肚子已经泡烂了，但背上和蛇皮还挺完整。这下大家才明白了过来，是这蕲蛇酒治好了张二的麻风病。
说者无心，听者有意。待这家人离去后，李时珍就回到书房，把张二的这段经历记了下来，并嘱咐庞宪准备捕蛇的工具。此后，李时珍带着庞宪经常往山上草丛里寻找蕲蛇。
这蕲蛇又叫白花蛇，在贵州叫棋盘蛇，这都是根据它身上的图纹叫出来的。它还有个名字是叫五步蛇，为什么这样叫呢？是因为它毒性极大，人被咬了之后走不出五步就会倒下，可见这蛇是多么的厉害。李时珍却不顾这些，有时捉上两条带回家养起来，有时发现了它就静悄悄地站在那儿瞧着它。这蛇有种特性，只要你不去攻击它，它也不会主动地攻击你。大多数都是因为走路不小心踩着了它才被咬的。李时珍掌握了蕲蛇这一特性，就可以在一旁观察它了，久而久之，李时珍对这蛇的特点、习性了解得很多很多，最后写成了《白花蛇传》。可是这本书的命运与《蕲艾传》一样，也没有流传下来。
明嘉靖三十八年（1559），荆府富顺王朱厚昆的儿子病了，富顺王差人把李时珍请去。李时珍进了王府内，看见一小孩站在椅子上，椅子前的桌子上摆着好几支又粗又长的蜡烛，这些蜡烛全燃着，这小孩拿着筷子轮番地夹着燃烧的蜡烛芯往嘴里送。这边小孩吃蜡烛芯吃得津津有味，那边富顺王瞧着直着急，富顺王夫人不停地用衣襟试着眼泪。李时珍凭着他丰富的医学知识，一看就明白，对富顺王说：“这是‘虫癖’症。”富顺王问：“什么是‘虫癖’症？”李时珍告诉他：“这是肚子里有蛔虫引起的。得了这种病的小孩，不好好地吃饭，却爱吃泥土、墙皮、纸屑之类的东西。”“世子爱吃这烛芯，也是这原因呀。”站在一旁的丫环听了插嘴说：“世子也爱吃泥土，不让他吃还闹呢！”富顺王原本就知道李时珍的医术高明，此刻听丫环一说，益发佩服李时珍了，便让下人笔墨伺候，请李时珍开药。李时珍拿笔在纸上先写了“附子和气汤”几个大字，下面用小字开了使君子、鹤虱、雷丸之类的驱虫药，却没有附子。是李时珍搞错了方名还是把附子漏开了？都不是。原来这富顺王非常喜欢他与偏房所生的一个儿子，想废掉现在这个正妻所生的世子，把偏房生的孩子立为世子。李时珍早知道富顺王的心思，现在趁这机会劝导他一下。
富顺王接过药方一看，先是一怔，他也是在想：这个没有附子的药方怎么称作“附子和气汤”呢？但一会儿他就明白了。这“附子”乃是“父子”也，是要他们父子之间和和气气。富顺王明白过来后，就笑了起来，夸李时珍：“好！好！听你的！”富顺王受到感动，打消了另立世子的念头。拿起笔来把这方子上边的几个大字圈掉，让下人抓药去了。这药服过后，第二天世子就排出好多蛔虫，这病也就好了。
李时珍治愈富顺王世子的病以后，名声更加大了。而且他规劝富顺王父子和气的事传到了武昌楚恭王朱英俭的耳朵里，楚恭王觉得李时珍为人正直，便封他当了王府的奉祠，同时掌管良医所的事务。这奉祠是主持王府祭祀礼仪之事的，良医所是专门负责王府宗亲医疗保健的。所以实际上李时珍是身兼两职，为八品官位。这两职事务并不多。而楚王府里却有好多藏书，有些书外面一般见不到。李时珍一贯喜好读书，此时倒是个天赐良机，得以饱览群书。
在这些书里面，李时珍发现有好几本都是题名为《脉诀》的书，这“脉诀”就是诊脉的要诀，讲的是中医诊脉方面的知识。李时珍知道，最早的脉学著作是西晋王叔和写的《脉经》，只是文字古奥，容易读懂，所以流传不是很广。后来就有人假托王叔和的名字写了《脉诀》，这《脉诀》的文字与《脉经》完全不同，非常浅显易懂。许多人不知道这是托名的伪书，只觉得容易读懂、容易记忆，便竞相购买。日子一久，真正的《脉经》被人忘掉了，而这《脉诀》却流行很广。如果说这《脉诀》是本好书，这倒也罢了。可叹的是这本书粗陋纰缪，误人匪浅。李时珍看罢，只是摇头，心想：“这诊病之事，它可视同儿戏？”于是把父亲李言闻所写的《四诊发明》反复读了好几遍，把其中的精华部分摘录下来，再加上自己多年的治病经验，再参考明代以前五十四种有关医学书籍，写成了一本万多字的《濒湖脉学》，书中总结了27种脉象，对《脉诀》中的谬误一一加以否定，用七言诗的形式系统地说明各种脉象的形态、主病等。文字非常生动易懂。如“滑脉如珠替替然，往来流利却还前”。“浮脉惟从肉上行，如循榆荚似毛轻”。这些形象的描绘，给人的印象是多么深刻！
这本书是在明嘉靖四十三年（1564）写的。问世以后，得到普遍好评，特别是在清末民初，更是广为翻印流传，业医者几乎人手一册，为中医脉学必修的书本。1927年被译成德文，在莱比锡出版发行。可想这本书的影响之大。
李时珍在楚王府里得空就看书、编写《本草纲目》。书读得多了，资料丰富了，这反倒为难了李时珍。因为李时珍希望《本草纲目》能早日问世，造福于民众，而现在要把许多东西写进《本草纲目》里，只靠自己一个人，进度太慢了。他几次请楚恭王奏明圣上，要求朝廷组织人员进行编写。但楚恭王并不把这事放在心上，根本没有上奏皇帝，李时珍看看无望，只得自己埋头苦干。
就这样，一天又一天，一年又一年，不知不觉地过了六七年。有一天，李时珍像往常一样，在看书写书，突然楚王府中的一个仆人边叫：“李大人！李大人！”边急匆匆地闯了进来，见到李时珍，作了个揖，说道：“不好了！世子刚才在后花园玩耍，突然昏死过去，请李大人快去。”李时珍三步并作两步地往世子房中走去。只见好多人围在世子床前放声痛哭。楚恭王双手叉在背后，低着头在房中来回踱着。众人见李时珍进来，便闪开道儿让他上前诊治。只见世子牙关紧闭，昏迷不醒，四肢不停地抽搐。一摸身上，肌肤发烫，全然无汗。脉跳得很快，但又虚弱。边上有仆人告诉他：“世子听见树上蝉鸣，便要到园中去捕蝉，玩了不到半个时辰，便突然昏倒了。”李时珍心中已经明白，便对楚恭王说：“这盛夏之际，午后在园中玩耍，必受暑邪，这般症状是为中暑”。李时珍便差人取来辟瘟丹、消暑丸，研碎后调入温水，轻轻地把世子的牙关扳开，将药灌了进去。片刻之间，世子就醒了过来。众人又惊又喜，惊的是李时珍的医术确是非凡，喜的是世子得救了。李时珍又说：“世子现已苏醒，但身热未退，还须调理，请差人取些冰块来。”这时虽是盛夏，但楚恭王府想必藏有冰块，所以找来并不难。
待冰块取来后，李时珍让人凿下些小冰块，用布帛包了敷在世子的腋窝，再将大冰块让人装在木盆里在屋中几处放了。对众人说：“这屋里须凉爽，请众人回避才是。”众人退了出去。李明珍又开了药方，不过两日这世子便完全健康。
李时珍救活世子，王妃感激不尽，亲自拿了金银锦帛来答谢李时珍，但李时珍丝毫不取，对王妃说：“时珍学医，是为治病救人，并非贪图财物。”这是一种多么高尚的情操！而李时珍使用的物理降温法，以前的历代医家中还没有人用过，这别具心裁的创造，为我国的医学史写出了辉煌的一页。