１９９９年
写作《反美示威与新闻联播》、《心、识、道》、《千年回望神与人》、《世纪末笔谈》、《风激云荡沧海桑田——世界宗教百年回顾（之一）》、《中国宗教学百年》、《道生一，一生二，二生三？——宗教学百年鸟瞰》等文。夏天赴加拿大维多利亚参加“基督教哲学与中国宗教”学术讨论会。秋天赴英国参加学术会议并访巴黎和罗马。《何光沪自选集》出版（广西师范大学出版社，１９９９）。
２０００年
写作《极端民族主义与基督宗教信仰》、《风激云荡、沧海桑田——世界宗教百年回顾（之二）》、《全球伦理：宗教良知的国际表现》、“ＴｈｅＲｅｌｉｇｉｏｕｓＳｐｉｒｉｔ：Ａ ＨｏｐｅｆｏｒＴｒａｎｓｎａｔｉｏｎａｌｉｓｍｉｎＣｈｉｎａＴｏｄａｙ”等文。主编《对话二：儒释道与基督教》（社会科学文献出版社，２００１年）。９月赴香港任浸会大学访问学者。１２月赴得克萨斯州休士顿（Ｈｕｓｔｏｎ，Ｔｅｘａｓ）参加美国宗教科学学会（ＳＳＳＲ）与宗教研究协会（ＣＲＲ）学术会议。
２００１年
写作《宗教、道德与爱的维度》、《爱、理性与正义——９·１１事件引起的思考》、《世界上最大的民族与最大的宗教之间的关系应该正常化——利玛窦进北京在四百年后的意义》、《基督教研究对当代中国大学的意义——从纽曼的（大学理念）说起》、《关于基督教神学哲学在中国的翻译和吸纳问题》、《基督宗教研究对中国学术的意义》、《基督宗教与人文主义——从误解走向对话》和“ＳｏｍｅＣａｕｓｅｓａｎｄＦｅａｔｕｒｅｓｏｆｔｈｅＣｈｒｉｓｔｉａｎｉｔｙ Ｕｐｓｕｒｇｅａｍｏｎｇｔｈｅ ＣｈｉｎｅｓｅＩｎｔｅｌｌｅｃｔｕａｌｓ”等文。６月赴法兰克福（Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）参加ＫｉｒｃｈｅｎＴａｇｅ活动，赴汉堡大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨａｍｂｕｒｇ）演讲，参加Ｂｒｅｃｋｌｕｍ会议，访问巴黎。参加香港浸会大学学术讨论会。９月调到中国人民大学担任宗教学教授。“９·１１”事件。９月在凤凰卫视“世纪大讲堂”演讲并答清华大学学生问。１２月赴柏林参加“基督教哲学神学在中国”国际学术研讨会。在香港《明报》发表《准宗教、伪宗教、新兴宗教》。
２００２年
写作《自强不息与道德自强——谈谈社会道德体系的重建》、《文明冲突还是文化盟约？》、《宗教之间的对话问题及其解决设想》、《基督宗教与儒教中的人性尊严——一个比较研究》等文。与方立天、卓新平、赵敦华谈宗教研究（《中国宗教学研究的现状与未来——宗教学研究四人谈》，载《中国人民大学学报》２００２年第４期）。为任继愈主编《２０世纪中国学术大典·宗教学卷》写卷首条“宗教学研究”（福建教育出版社，２００２年）。答《中国教育报》记者问《国内社科学术着作为何缺少原创力？》（该报２００２年３月２４日）。主编《宗教学小辞典》（上海辞书出版社，２００２年）。６月赴都柏林（Ｄｕｂｌｉｎ）参加第三届“欧洲中国普世会议”（ＴｈｅＴｈｉｒｄＥｕｒｏｐｅａｎＥｃｕｍｅｎｉｃａｌＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅｏｎＣｈｉｎａ）并访问英国。８月赴丹麦奥胡斯（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＡａｒｈｕｓ）大学访问两月，完成Ｊ．Ｈ．Ｎｅｗｍａｎ校译工作（纽曼着，高师宁、何克勇、何可人、何光沪译《大学的理念》，贵州教育出版社，２００３年），访问哥本哈根、哥特堡和斯德哥尔摩。１２月赴台北辅仁大学哲学系参加学术研讨会。
２００３年
写作《宗教的冲突？》、《中国传统中的人文精神与宗教精神》、《文艺复兴中的基督宗教与人文主义》、《宗教改革中的基督宗教与人文主义》。与专家讨论《劣质译着：我们遭遇另一种学术腐败》（《中国教育报》读书周刊）。发表《基督教神学哲学在中国的翻译和吸纳》（《世界宗教研究》２００３年第１期）、《基督教研究对当代中国大学的意义》
（《中国人民大学学报》２００３年第３期）、《在理论与制度之间》（《复旦学报》２００３年第４期）、《月映万川——宗教、社会与人生》（中国社会科学出版社，２００３年）、《天人之际》
（中国社会科学出版社，２００３年）。《大学的理念》出版（贵州教育出版社，２００３）。２月赴香港浸会大学讨论“基督教与人文主义”研究计划。８月赴芬兰参加赫尔辛基大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨｅｌｓｉｎｋｉ）的欧洲与中国基督教学术会议。１２月作为汉语基督教文化研究所访问学者赴香港道风山。
２００４年
写作《科学革命中的基督宗教与人文主义》、《启蒙运动中的基督宗教与人文主义》、《香港政制改革，有利中国大局》、《台湾海峡：要和平，不要战争》、《大学精神：从档案走向鲜活》、《汉语神学在中国大陆学术界——现状与展望》、《我们为什么需要信仰》、《从中国宗教学史看问题意识与超越情怀》等文。与任不寐、秦晖、袁伟时合编的《大学精神档案》（四卷）出版（广西师范大学出版社，２００４年）。５月参加辅仁大学与中国人民大学联合召开的学术会议，发表《没有机长的国际航班——对全球区域化的宗教哲学省思》。１０月赴四川大学参加“基督教与道教学术会议”。１１月赴澳大利亚阿德莱德（Ａｄｅｌａｉｄｅ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）参加联合国教科文组织（ＵＮＥＳＣＯ）“共同价值教育”大会，发表主题演讲“ＦｒｏｍｔｈｅＳｃｒｉｐｔｕｒｅｓｔｏｔｈｅＬｉｆｅ：Ａ ＨｏｐｅｆｏｒｔｈｅＥｄｕｃａｔｉｏｎｆｏｒＳｈａｒｅｄＶａｌｕｅｓｉｎＴｏｄａｙｓＣｈｉｎａ”。
２００５年
写作《怀念沈宣仁先生》、《宗教对话的理论探索》、《基督教会与中国社会》等文。３月作为访问研究员赴英国伯明翰大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＢｉｒｍｉｎｇｈａｍ），８月归国。在英写作关于《宗教对话的理论探索》，收集翻译关于现代宗教哲学的思想资料。出版《言有尽》（言论汇编，《当代博士生导师思辨集粹书系》，山东友谊出版社，２００５年）。发表《没有机长的国际航班》（《人文杂志》，２００５年第２期）。“ＦｒｏｍｔｈｅＳｃｒｉｐｔｕｒｅｓｔｏｔｈｅＬｉｆｅ”（２００５．１）。９月赴云南参加“第三届汉语神学圆桌会议”。
２００６年
写作《从中国的现代性反思宗教改革》（《道风基督教文化评论》２００６年秋季号）。
发表“ＰｒｏｆｅｓｓｏｒＭａｃｑｕａｒｒｉｅｉｎＣｈｉｎａ”（ＲｏｂｅｒｔＭｏｒｇａｎｅｄ，Ｌｏｎｄｏｎ，ＳＣＭ Ｐｒｅｓｓ，２００６），《宗教对话的理论探索》（《浙江学刊》，２００６年第４期）、《基督教会与中国社会》（《社会学家茶座》，２００６年第６期）、《宗教的象征性与相对性》（《新华文摘》，２００６年第２０期）、《宗教对话：冲突各方的最大利益》（《中国民族报》２００６年１２月２７日）。主编的《宗教与当代中国社会》出版（中国人民大学出版社，２００６年）。３月赴德国海德堡大学出席学术讨论会，会后携妻游意大利。９月赴香港中文大学任客座教授，教授“汉语神学导论”课程。
２００７年
发表《宗教哲学与人类生活》（《晋阳学刊》，２００７年第１期）、《文艺复兴中的基督宗教与人文主义》（《人文杂志》，２００７年第１期）、《中国传统中的人文精神与宗教精神》（《中国文化》，２００７年４月）、《启蒙运动中的基督宗教与人文主义》（《人文杂志》，２００７年第５期）、《宗教：现实症结》（《财经》年刊，２００７年１２月）。二十五年前译毕的《基督教神学原理》出版（上海三联书店，２００７年）。２月应美国国会邀请，赴华盛顿出席“全国祈祷早餐会”（ＮａｔｉｏｎａｌＰｒａｙｅｒＢｒｅａｋｆａｓｔ）。３月赴广西参观“布罗陀祭祀大会”。４月赴杭州出席浙江大学“文明和谐与创新”国际论坛。主编《信仰二十讲》（中国青年出版社，２００８年）。７月赴香港汉语基督教文化研究所，出席“青年神学学者工作坊”，以“江山代有才人出——２０世纪末至２１世纪初中国基督教研究学者素描”为题演讲。后赴长沙中科机器厂演讲，完成“宗教辞典”修订工作。１０月赴德国海德堡大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨｅｉｄｅｌｂｅｒｇ）出席学术会议，发表论文“ＬｏｖｅａｎｄＬａｗｉｎＣｈｉｎａ”，会后游览维也纳。
２００８年
发表“ＣｏｎｔｉｎｅｎｔａｌＥａｓｔＡｓｉａ：Ｃｈｉｎａ”（ｅｄ．ｂｙＧｒｅｇｏｒｙＤ．Ａｌｌｅｓ，Ｒｏｕｔｌｅｄｇｅ，２００８）、《科学革命中的基督宗教与人文主义》（《中国人民大学学报》，２００８年６月）、《终极之问：弗洛伊德对路易斯》（《博览群书》，２００８年８月）、《一个事件，三大缺失》（《时代财富》，２００８年１１月）、《宗教与社会文化和普世价值》（《中国民族报》，２００８年１０月１４日）。采访录《此心安处是何乡》（《三十年三十人之激扬文字·思想社会卷》，中信出版社，２００８年）。“ＣｌａｓｈｏｆＣｉｖｉｌｉｚａｔｉｏｎｓ，ｏｒＣｏｎｔｒａｃｔｏｆＣｕｌｔｕｒｅｓ？”（，ｅｄｓ．ｂｙＥｎｇｅｌｓｖｉｋｅｎ，Ｈａｒｂａｋｋ，ＯｌｓｅｎａｎｄＳｔｒａｎｄｅｎａｅｓ，ＲｅｇｎｕｍａｎｄＥｇｅｄｅＩｎｓｔｉｔｕｔｔｅｔ２００８），“ＴｈｒｅｅＧｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｏｆＣｈｉｎｅｓｅＣｈｒｉｓｔｉａｎｉｔｙＲｅｓｅａｒｃｈｅｒｓ：ｆｒｏｍｔｈｅ１９５０ｓｔｏ２００７”（２００８/２，ｅｄｓ．ｂｙ Ｆ．Ｗｉｌｆｒｅｄ，Ｅ．Ｔａｎｇａｎｄ Ｇ．Ｅｖｅｒｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，ＳＣＭＰｒｅｓｓ）。十余年前完成的《百川归海：走向全球宗教哲学》出版（中国社会科学出版社，２００８年）。１月应英国坎特伯雷大主教（ＡｒｃｈｂｉｓｈｏｐｏｆＣａｎｔｅｒｂｕｒｙ）之邀，赴伦敦兰柏特宫（ＬａｍｂｅｔｈＰａｌａｃｅ）参加“中英学者研讨日”。３月至５月作为访问学者赴加拿大多伦多大学伊曼努尔学院（ＥｍｍａｎｕｅｌＣｏｌｌｅｇｅａｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｏｒｏｎｔｏ）。６月赴宁波“天一大讲堂”讲学。写作《基督教与资本主义》，完成Ｊ．Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ和Ｆ．Ｆｉｏｒｅｎｚａｅｔａｌ．（ＦｏｒｔｒｅｓｓＰｒｅｓｓ，２００６）第一卷七十万字的翻译。７月赴上海大学参加国际学术会议。在北京参加“普世价值研讨会”。１０月赴浙江良渚出席第二届“中华文化论坛”，在北京大学出席“中国宗教与社会”高峰论坛，发表题为《凤凰涅盘》的演讲。下半年前往杭州浙江人文大讲堂、南京工业大学、山东大学和陕西师范大学进行学术演讲。
２００９年
发表《健全的市场经济需要新教伦理》（《绿叶》，２００９年第２期），《基督教与资本主义》（加拿大《号角月报》２００９年１月-６月号），《境界融汇与仁爱公义》（与梁燕城对话，加拿大《文化中国》２００９年第１期），《我读马丁·路德·金自传》（《书屋》，２００９年４月），《从普适价值到普世价值》（《中国政法大学学报》，２００９年第１期），《爱与法律在中国》（《中国政法大学学报》，２００９年第５期），《基督教经典译丛总序》（《书屋》，２００９年７月）。３月到国资委研究中心“中外名家系列讲座”演讲“宗教与现代化”。８月赴德国汉堡大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＨａｍｂｕｒｇ）参加学术会议，会后与妻游历四国十城，９月到美国华盛顿（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．）参加学术会议，在国会图书馆（ＬｉｂｒａｒｙｏｆＣｏｎｇｒｅｓｓ）演讲“ＴｈｅＤｒａｇｏｎａｎｄｔｈｅＤｏｖｅ：ＮａｔｉｏｎａｌＳｔａｔｉｓｍａｎｄＣａｔｈｏｌｉｃＰｒｏｔｅｓｔａｎｔＣｈｒｉｓｔｉａｎｉｔｙｉｎＣｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙＣｈｉｎａ”。１０月赴机场之前临时放弃出席意大利那不勒斯大学（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＮａｐｌｅｓ）和那不勒斯教区组织的学术会议。赴港参加“中国神学研究院”组织的学术会议。１１月赴港参加汉语基督教文化研究所和Ａｒｅｏｐａｇｕｓ组织的学术会议。从春天至年底，在华中科技大学、武汉大学、中山图书馆、《深圳晶报》“名人演讲周”、东北林业大学、哈尔滨工业大学、中国政法大学等处进行学术演讲。１２月在中国社会科学院世界宗教研究所与海外四家机构合办之基督教学术会议上发表《重读韦伯》。与杨熙楠合编《汉语神学读本》（上下册）出版（香港道风书社，２００９），“基督教经典译丛”出版５种（生活·读书·新知三联书店，２００９）。