日本军方搜刮民间财物的组织被称为“山百合会”。裕仁天皇任命皇族成员竹田宫恒德亲王为该组织的负责人，其他几名皇族亲王如朝香宫鸠彦王、闲院宫载仁王也参与了这项任务。被掠夺的中国财产包括贵金属、文物、图书、铜镍币等，总价值在10亿到20亿美元之间，这些财富运至朝鲜后装船运回日本本土。1940年，裕仁天皇的亲弟弟秩父宫雍仁被任命为“山百合会”在东南亚地区的主管，负责将日军从菲律宾、新加坡、马来西亚、荷属东印度和法属印度支那掠夺的财宝通过船队运回日本。战争结束后不久，秩父宫雍仁便在1953年神秘地死亡，而他的3个兄弟中除裕仁天皇（1989年病逝）外都活到了90年代，其中三笠宫亲王至今仍然在世。
随着1942年以后美国潜艇的活动增加，大量日本运输船在本土和中国南海被击沉。为了保护掠夺财富的安全，秩父宫雍仁于1943年将“山百合会”总部由新加坡搬至菲律宾的吕宋岛。在接下来的两年半里，日军将这批财宝登记注册，然后埋藏于吕宋岛上的172处地窖、隧道和山洞中。此时日本仍在幻想与盟国实现有条件停战，并在战后保住对菲律宾的占领，这样的话便可将这笔宝藏从容运回日本。
在二战期间，日本还公然违犯国际法，用医院船来转移掠夺的财富。1942年10月，日本医院船“天应丸”从东南亚装载了2 000吨黄金和大量水雷前往日本（该行为严重违犯国际法），并在横须贺军港卸下了这些黄金。该船在1945年8月17日被日本海军秘密炸沉，以毁灭罪证。
另外，日本还曾用军舰运送过掠夺物品。1944年11月5日，“那智”号巡洋舰在马尼拉湾附近被美国海军舰载机击沉，但是日本一直有人说该船是被日军潜艇击沉的，幸存的船员被潜艇上的机枪打死以灭口。不管这种说法是真是假，“那智”号上装有黄金是真的。菲律宾总统马科斯在70年代从其残骸中捞出了大量黄金。1997年，一个日本电视摄制组拍下了这批黄金，其中包括1 800块金砖。
运回日本本土的“山百合会”宝藏储存在一些废弃矿井中，还有一些藏在长野县的群山里。日本军方曾驱使数万名朝鲜劳工在那里挖掘了巨大的地下工事群，准备在美军登陆本土后将天皇、军部和原子弹专家转移到那里进行最后的顽抗。这些劳工后来都被秘密杀害。但是，到1952年缔结对日和约时为止，日本从战争中抢来的主要财富仍然藏在菲律宾。
藏匿于菲律宾的天皇宝藏
战后发现的第一处日本藏金位于菲律宾的圣罗马纳。当日军在菲律宾节节败退时，菲律宾游击队曾发现他们将大批沉重的箱子运到一个山洞中，然后用炸药将出口封死。一名战略情报局的少校当时和游击队在一起，记住了藏宝地点。该特工在战后重新打开了这个山洞，发现箱子中全是黄金。1945年到1948年之间，这批约重2 300吨的黄金被运到了美国。战略情报局头子威廉·多诺万、其部下朗斯代尔、驻日军事总督麦克阿瑟和以难民救济特使身份访问日本的前总统胡佛参与了该过程，后来的中情局局长艾伦·杜勒斯也知道此事。多诺万和朗斯代尔负责处理这批黄金，他们没有将其归还给东南亚国家的受害者，而是将其分别存入了42个国家的176家银行，其中瑞士联合银行日内瓦分行以朗斯代尔名义开的一个账户上有2 000吨黄金。战略情报局解散后，这笔巨大的财富被中央情报局接收，成为其账面外资金，用于各种秘密活动，其使用和支配不受任何监督。中情局还通过向有影响力的实权人物分发黄金信用证（可凭该信用证去瑞士银行直接提取黄金）的方法将他们和中情局绑在一起。
令人震惊的是，还有一部分“山百合会”黄金成为亲日派美国人的私财，其中最大的账户是以麦克阿瑟的儿子阿瑟·麦克阿瑟的名义在苏黎士的瑞士信贷银行开设的。其他资料显示胡佛在瑞士信贷银行的私人账户上有7.5吨黄金。回顾一下美国政要在战后和日本的勾结活动就可以弄清楚这些黄金从何而来。
宝藏与政治的交易
日本投降后，盟国除了惩治战犯外还对其进行了一些战后改造，例如废除财阀、解散大企业、进行币制改革、制定新宪法，以及让日本进行战争赔偿等等。但是该过程受到美国驻日军事总督麦克阿瑟及其手下的阻挠，阻挠者还有前驻日大使约瑟夫·格鲁和前总统胡佛。
格鲁于1932年被任命为驻日大使，1943年通过日美外交人员交换回到美国，1945年曾任代理国务卿。他出身于波士顿的上层社会，妻子是海军准将马修·佩里的曾孙女，母亲则来自著名的卡博特家族。格鲁家族与亚洲有长久的渊源，在19世纪时曾以银行家的身份参与对华鸦片贸易。格鲁在战时就开始阻挠日本的民主化进程，他曾与日本驻瑞士大使进行秘密会谈，承诺美国不会起诉裕仁天皇，并让他保住皇位。该承诺完全违背了罗斯福和杜鲁门政府要求日本无条件投降和惩戒战犯的主张。
由于珍珠港事件、巴丹半岛死亡行军和虐待战俘给美国人留下的痛苦记忆，胡佛和格鲁为日本天皇和政府洗罪的计划不得不严格保密。1945年底，美国国会宣布裕仁天皇为战争罪犯，并准备对其进行审判。但在起诉开始之前，一些日方证人突然莫名其妙地在东京的监狱中病死或自杀。美国战俘在回国途中还被迫立下字据，严禁他们谈论在日本战俘营受到的虐待。在麦克阿瑟的干预下，某些高级战犯竟免于被起诉。例如英国决定对一位日本海军官员撤诉，他曾命令用机枪射杀600名沉船落水的英国水兵。麦克阿瑟还下令战犯法庭的审判中不准涉及细菌武器和731部队问题。
尽管麦克阿瑟收到了盟国将天皇送上法庭的明确指示，但他仍不愿审判天皇，甚至安排天皇到民间巡视，力图将其打扮成接近人民的和平君主。在麦克阿瑟列出的战犯名单中，最后只有300人被起诉，28人被判有罪，仅仅7人被处决。
1948年初，日本的战后改革遭受了致命一击。该年2月，银行家珀西·约翰逊奉命前往日本评估战后经济改造的成果。约翰逊是化学银行的主席，该银行与日本三井银行有着长期的合作关系。评估的结果在预料之中。被命令解散的325家日本财阀和大公司只解散了20家。其中没有一家银行被要求重组。日本银行通过更名等措施来掩盖他们的过去。
胡佛在总统任内对外交并不关心，但在卸任之后却突然对外交产生了极大的兴趣，并以私人身份游历世界。1938年胡佛会见了希特勒，想使美国与德国结成同盟，共同对抗苏联。在战后访问远东期间，胡佛与日本皇室建立了友谊。他希望日本与美国结盟，成为太平洋地区的反共前哨、以及共和党在亚洲的基地。如果他能通过自己的影响让天皇免于战争审判，那么也可以使日本政府免于受审，从而使日本的战后复苏和重建工作尽快开始，以便让他的华尔街朋友从中受益。从胡佛和麦克阿瑟持有的黄金可以看出，为裕仁天皇洗脱罪名的努力确实获得了丰厚的回报。
宝藏被吞的蛛丝马迹
证实“山百合会”黄金已被发现的证据之一，是一张于1956年签发给前菲律宾总统马科斯的黄金信用证。这是在他成为参议员之前的事。该信用证由瑞士银行公司发行，证明马科斯在那里存入了7 120吨黄金。另一份黄金信用证是1963年1月7日由瑞士联合银行签发给沙特阿拉伯军火巨商阿德南·哈肖吉，马科斯的一个生意伙伴。
日军从东南亚地区掠夺的黄金一共有多少已经成为一个不解之谜。不过我们可以从马科斯及其代理人出售的黄金数量中看到一些端倪。他们随时都在伦敦、香港、悉尼等地的黄金市场上秘密出售大批黄金，有时一次卖出的金锭数量就高达10多吨，比已知的菲律宾所有的黄金储备还多。每隔一段时间，世界上规模最大的伦敦黄金交易所就会出现一次被称为“马科斯黑鹰”的秘密买卖。根据已出售的数量估算，马科斯的黄金约有6.5万吨。这个巨大的数字不禁给人一种神话般的虚幻感觉，从而认为有可能是捏造的。
但是根据计算，东南亚地区有史以来开采出的黄金总和与这个数字近似，而且马科斯黄金的绝大多数应该来自喜欢积攒黄金的华人，因此可能包括从其他地方通过贸易流入东南亚的黄金。二战结束后，许多在南洋活跃了几个世纪的华人巨商家族都已灭绝——他们在其黄金和财富被日本人抢走后通常都被杀光了。这个数字还从美国前国务卿亨利·基辛格在1986年2月21日给马科斯的一封信中得到证实。基辛格在信中要求马科斯将63 321吨黄金卖给2 000家欧洲和美国的银行。马科斯拒绝了这项提议，不久之后就被推翻了。根据未经证实的说法，他选择将这些黄金交给美国以免于犯罪指控。
这些黄金被装上 “艾森豪威尔”号航空母舰被运往了美国。除了马科斯以官方名义主持的黄金发掘行动外，还有许多人在菲律宾的山区中私自寻找日军埋藏的财富。70年代在菲律宾发生过著名的“罗哈斯事件”。罗哈斯是一位菲律宾私人寻宝者，于1970年在吕宋岛北部山中发现了一尊纯金佛像，重约1吨，头部可以拆下，身体内部还藏有大量稀世珠宝。从当时报纸和电视上公布的照片上看，该佛像具有典型的暹罗—高棉风格。其时已任菲律宾总统的马科斯闻知此事后，派军队从其家里将佛像抢走，此事导致菲律宾公众舆论哗然，马科斯迫于压力“归还”了一尊样子相似的实心铜佛像。根据行家估算，仅这尊金佛像本身的价值就超过2.6亿美元。1996年，罗哈斯家族在美国夏威夷州法院起诉马科斯及其继承人（马科斯已于1989年病死），要求赔偿损失。法院于1998年作出判决，马科斯的妻子伊梅尔达必须将该佛像归还给罗哈斯。
尽管纳粹德国和日本掠夺的宝藏仍有很多下落不明，但无疑日后会发现更多被藏匿起来的财富。