林为干到岭南大学不到两个月，有一天，冯秉铨就派人通知林为干到他家去吃早饭，这是美国人的习惯，广东人把这种喜好发展成为饮早茶。林为干急匆匆地到了他家后，冯秉铨就说自己又当教务长又兼电机系的系主任，常常忙不过，希望林为干能够为他分担一些，出任电机系的系主任。听到这话，一心致力于教学工作和科研工作的林为干立刻就推辞了，说“我不会当系主任，你还是另请高明吧”。但冯秉铨一再坚持说通过他的观察林为干正是合适的人选。这个时候的林为干才知道，在他刚到岭南大学报到后没几个星期，冯秉铨就想让林为干当系主任了，但是当时看到林为干只管教书，并无意于行政工作，就觉得有点失望，这事也一直被搁浅了。后来冯秉铨觉得林为干无论是在教学和科研方面都不错，也一定能带动电机系更好地发展，于是冯秉铨就下定决心，要说服林为干担任电机系主任。
但冯秉铨万万没想到对于很多人梦寐以求的职位，林为干拒绝的速度这么快。双方争执了半天，谁都说服不了谁，最后林为干不得不答应冯秉铨先做代理系主任，先工作起来再说。
不久，冯秉铨因为工作忙的原因，完全辞去了系主任的工作，林为干不得不完全包揽了电机系的工作，出任电机系系主任。
那时候，由于岭南大学在城郊，而林为干的夫人邓蓉芬则在城里的邮电管理局工作，于是夫妇俩在城里租了一套房子。平时就夫人和上小学的儿子一起在那里住，林为干则住在学校，只有周末的时候才回一趟家。在儿子林诒玉的记忆中，爸爸是个大忙人，根本没时间和自己玩，林为干常常回家呆不了多久就走了，而且回去的时候也拿着书本，晚上的时候要看书看到很晚才睡觉，这个习惯一直坚持到成为白发老者仍笔耕不辍。
那个时候的林为干，把自己的所有精力都投入教学和科研中，争分夺秒地搞自己的研究，把家里的一切事情都交给了妻子去处理。长期以来他对微波理论和应用数学有着深厚的研究，这和他长期钻研分不开的。
1952年，受战争破坏的国民经济恢复时期即将结束，社会主义经济建设的第一个五年计划即将开始，为了适应这一形势的发展，举国上下都学习苏联的发展模式，对全国的高校作出了大规模的院系调整，即对各校原有的系科进行了全国性大拆拼。所有的教会大学都相继合并到各公立学校中。岭南大学的调整结果是：岭南大学文学院并入中山大学，岭南大学工学院并入华南工学院，农学院并入华南农学院，医学院并入中山医学院。这样，始创于1888年，有近70年办学历史的岭南大学被一拆为四。
调整后的这所高等学校于1952年11月17日举行首届开学典礼，当时有教职工622名，学生2800多名。全院有6大系 15 个专业。而原先在岭南大学的电机系则被拆分为电力系和电讯系，林为干也随着这次院系调整被任命为华南工学院电讯系系主任，这是国家在中南地区设立的唯一一个电讯系，冯秉铨则担任新成立的华南工学院第一任教务长。
教研工作和行政工作双肩挑，并没有给林为干带来负担，相反他在教学之余把系里的工作开展得有声有色。高教部李云扬副司长有一次到学校来视察工作期间接见了林为干，称赞林为干是他见过的最年轻、最好的系主任。李云扬和林为干的哥哥革命烈士林基路先生早年前就结识，林基路还是李云扬的入党介绍人。李云扬对这位革命烈士的胞弟非常赞赏，临走时还鼓励林为干要加强学习，思想上要不断要求进步。