蔡元培主张学术多元化，学术上的不同派别，都会让它们共存。因此，北大的教师都出自不同的学派，政治观点和思想倾向各式各样。李大钊、陈独秀推崇共产主义，王宠惠则提倡三民主义，李璜信奉国家主义，辜鸿铭赞成君主立宪，刘师培幻想恢复帝制，胡适、钱玄同、吴虞等人大力鼓吹新文学……由于各位教授的学术观点不同，北大校园里天天大唱学术对台戏。假如有教授对同一学术问题看法相持，蔡元培干脆让他们各开一课，由学生自己去辨别，自己去思考。
蔡元培时期的北大，确实是一座民主自由的学术殿堂。教授在课堂上授课的内容，可以随他的研究而自己设定。学生选择听哪位教授的课，完全凭兴趣。社会上各行各业的人士，不论是商店营业员还是工人，只要在教室门口索要一份讲义，都可以走进教室听课。
北京大学还开创了“五公开”，图书馆、浴室、运动场、食堂、课堂均向社会开放。因此，北大课堂里坐着的不仅有正式生，还有旁听生和偷听生。北大教师从不排斥他们，偷听生不但能大胆地听课，还可以追着教授提问，甚至还可以写出长篇论文请求他指正。蔡元培还增开夜校班和平民学校，以大学术服务社会，扩大社会上受教育的人数。
北京大学在蔡元培的带动下，走在了中国大学的前沿，所实行的各项改革纷纷被其他高校效仿。随着学校名声的扩大，慕名来求学的学生越来越多，蔡元培不断收到让女子进北大就读的申请。1920年2月，蔡元培又收到来自本校学生王昆仑的申请，说自己的姐姐王兰非常希望来北大就读。由于已过录取考试的时间，经蔡元培批准，允许王兰进学堂旁听，此后陆续吸纳了9位女学生，在全国首度开放“女禁”。这一消息轰动了整个北京。1920年，王兰等9位学生参加北大录取考试，蔡元培批准同意，录取合格者注册为北京大学正式学生，从此开创了我国公立大学招收女生的先例。
1919年5月4日，五四运动爆发，当天北大有十几名学生被逮捕。消息传来，蔡元培心急似火。他奔走四方，到处求情，希望能救出那些学生。为迫使警察局释放学生，蔡元培制造舆论，联系北京各大高校校长组成“校长团”齐聚警察厅，强烈要求释放被捕的学生。
学生们都安全回归了，蔡元培却向教育部提交了辞职书，悄然离开北京。他不得不走，传闻景山上的大炮口对准了北大，暗杀他的谣言四起。
蔡元培辞职，社会各界反应强烈。北京大学离不开蔡元培，北大的学生们更不舍得他走，就连北京各校都认为，蔡元培不能离开。于是，他们策划了一系列挽留蔡元培的活动。首先，由北大学生集体向北洋政府请愿，假如政府不愿意挽留蔡元培，北京各校就与北大联合起来，以集体罢课的手段对政府施加压力。北大教师推选李大钊、徐宝璜等人，前往教育部请求挽留蔡元培，如果教育部不答应，那么北大全体教师将集体辞职。同时北大学生还向全国发出通电，请求给予声援。
5月10日，由北京各校组成的代表团，乘火车去天津寻找蔡元培，结果无功而返。但他们并不因此罢休，再将矛头指向政府，不久，北京各专科学校教师联名上书要求政府出面挽留蔡元培，随即教育部也收到了北京中等学校学生的联名请愿信，一致恳求大总统出面挽留蔡元培。徐世昌迫于社会压力，不得不在5月14日下达命令，恢复蔡元培的北大校长一职，但对学生继续采取强硬态度，还对曹汝霖等官员表示挽留。蔡元培看不惯这样的行径，并且担心政府这样做，不过是引蛇出洞，至于后来是杀是禁，都难以预料。最终，蔡元培为保全自己，以“政府毫无挽留诚意”为由，又从天津转到上海。
这时，北大却迎来了新任命的校长胡仁源。新校长一上任，就意味着蔡元培不可能再回来，这让北大的全体师生都不能接受。于是又一轮“拒绝胡仁源，挽留蔡元培”的运动拉开了序幕，学生们派代表拜访胡仁源的府邸，当面警告他假如赴任，整个北大都将与他过不去。而在北大教员的发动下，社会各界又一次掀起了挽留蔡元培的请愿巨浪。北洋政府为稳定局面，只好撤掉胡仁源的校长职务，同时致电蔡元培，请他快回北京主持北京大学的工作。没想到蔡元培却发出了《不肯再任北大校长的宣言》，弄得政府好不尴尬。
南下杭州恳请蔡元培回校的代表源源不断。昔日的学生蒋梦麟带着孙中山的意见来了，他也认为不仅是北大需要蔡元培，而是整个中国都迫切需要蔡元培这样的教育家。这下，蔡元培突然醒悟过来，他怎么就忘了年轻时代教育救国的梦想了呢，于是他毅然决定重回北大。
9月20日，北京大学一片欢腾，他们终于迎来盼望已久的蔡元培。
然而，有些东西真的回不来了，例如蔡元培最初改革北大的热情，以及对教育救国的希望。经历过五四运动的学生，越来越热衷频频参与运动，而政府则始终认为蔡元培就是背后的推手。
蔡元培听从朋友的劝说，接受了再次担任教育总长的范源濂的安排，率北京教育团赴欧美考察，北大校务全由蒋梦麟代理。
就在从巴黎去日内瓦的路上，蔡元培突然收到紧急电报，这才知道夫人黄仲玉已于1921年1月2日病逝。
考察归来，蔡元培与北京教育界联合发起教育独立运动，在相关报纸、杂志上发表《教育独立议》，向社会呼吁教育独立的必要。
“教育独立”论让北洋政府既愤怒又害怕，多次下批文恐吓教育部，禁止学校发表关于教育独立的言论，并扬言要拿蔡元培问罪。这时又发生了所谓的财政总长罗文干贪污一事，原来，政府已经拖欠北大教师工资很久，罗文干后来拨款给教育部发放了北大教师的薪水，就此遭到政府其他势力的诬陷。这让蔡元培看透了政府的作风，于1923年1月17日提交辞职信，愤然离去发誓再也不回来了，他对中国被这样的政府领导感到非常绝望。
蔡元培在《晨报》上刊登辞去北京大学校长一职的声明后，悄悄从北京去天津。和上次离职一样，北京城又掀起了一场轰轰烈烈的挽留蔡元培的运动，由于遭到军阀政府的残酷镇压，导致北京教育界与政府的矛盾加剧，引来全国学界一片愤怒的谴责声。蔡元培不久在《申报》上发表了《蔡元培之不合作宣言》，一再声明坚决不再与这种腐败政府合作。这次，不管如何挽留，再也唤不回深深失望的蔡元培。
第九节 生命余光，主持中央研究院工作
此番离开北大，蔡元培将届六旬，他决定带子女远赴欧洲，专心研究学问。可是，当他从天津南下到上海时，当地名流却关心起蔡元培的婚事来，不断为他介绍对象。夫人黄仲玉逝世后，蔡元培独自当家，既要钻研学问，又要照顾几个孩子，实有焦头烂额之感，于是他再次贴出条件奇特的征婚条件，最终接受了好友徐仲可为他介绍的周养浩。
1923年7月10日，蔡元培与周养浩举办了简朴的传统婚礼。婚后十天，蔡元培一家踏上去往欧洲的轮船，最终在比利时首都布鲁塞尔居住下来。他将夫人周养浩和女儿蔡威廉送入国立美术学院，然后一心编著《哲学纲要》。
第二年，蔡元培又携家属移居法国。听说英国准备正式将庚子赔款还给中国，为确定退款用途，打算成立调查委员会，蔡元培立刻前往伦敦拜访牛津大学校长，频繁结交有影响力的议员，借此向英国政府提出个人建议，希望他们派遣教育界名士前往中国调查，同时也可加强两国文化交流。
1928年，孙中山遗留下的国民党在蒋介石的领导下，形式上统一了全中国。新的国民政府成立后，再次聘请蔡元培担任国立大学院和中央研究院的院长。
因孙中山的渊源，曾发誓与政府势不两立的蔡元培欣然赴任，只手建设一穷二白的中央研究院。在他的协助下，中央研究院一共建成中国地质学研究所、气象研究所、历史语言研究所等九个研究所，还有一个自然博物馆。
蔡元培专心致志地经营着中央研究院，可国内形势变化剧烈。日本侵略中国的步伐日益紧密，国民政府内部却有不少人步步退缩。为此，蔡元培带病参加政府宴会，在酒桌上当着所有客人的面劝汪精卫时，忍不住泪流满面。同时，国民党的专制手段也渐渐显现，肆意捕捉持不同意见的人。蔡元培与宋庆龄组建了中国民权保障同盟，目的是保护国民的人权。
1936年，蔡元培将70岁生日时，教育界的朋友痛心他如此廉洁奉公，到老了还身无定所，蒋梦麟等人发起了筹款为他建屋祝寿的建议，得到了全国数百人的响应。可是，随着“七七事变”爆发，上海沦陷，不但建房之事无法实现，国民党政府也被迫迁往重庆，中央研究院则只能转到云南去。不幸的是，蔡元培在这年冬天患了一场严重的伤寒病，身体状况日益下滑。他一心紧系中央研究院，不愿意随蒋介石去重庆避难，决定从上海乘船去香港，再走水路赶往昆明。到了香港，蔡元培的病情恶化，身体异常虚弱，难以经受路途奔波，只好听从夫人劝说，暂时留在香港养病。
香港房租昂贵，物价高，开销大，一家大小租住在九龙一套狭窄的房子里，生活非常窘迫。蔡元培终日困在闷热潮湿的房间里，担心引人注意，极少出门，只得在家看看报纸。其间，遇到诗人廖平子，赏其才华，叹其穷困，从自己紧巴巴的费用中抽取部分帮助了廖平子好几年。蔡元培是多么爱惜人才，多想前往他日夜惦记的中央研究院，与那些令他欣赏钦佩的人在一起商讨学术问题。他还梦想有机会能建立一所大学，走在世界教育和学术领域的前列，梦想着在中国的大地上，出现一所能与世界顶级大学媲美的至高学府。
然而，这些愿望他再也无法实现了。1940年3月3日早晨，蔡元培突然在浴室门边摔倒，吐血昏迷，送到医院已为时过晚，最终于1940年3月5日走到了生命的尽头。
难以置信的是，曾担任过诸多国家要职的蔡元培，竟连医院1000多元的医疗费都付不起，收殓棺木费还是王云五带头呼吁，在香港为他筹集的。内地得知蔡元培去世的噩耗后，纷纷举行大会隆重追悼，以各种形式寄托哀思。3月10日，蔡元培的灵柩由原北大学生护送出殡，现场执绋者多达5000多人，声势浩大，当天共有10000多人参加公祭。香港各大学下半旗表示哀悼，各界媒体在头版头条发文致哀。
遗憾的是，由于战事，蔡元培的灵柩难以运回浙江绍兴故里安葬，其后人只好将灵柩移葬于香港仔华人永远坟场。这位教育家就此久居他乡，与他日思夜想的家园隔河相望。