道光二十二年七月起，中英双方在江宁展开和议，由耆英为钦差大臣与英国专使朴鼎查（Henry Pottinger）签订《万年和约》，两国渝平，各释俘虏。姚莹奉命将囚禁英人，所余三十四名送往厦门，交回英军。英俘即得自由，遂即控告姚莹、达洪阿等冒功滥杀，戮及英国非武装之商民水手。英使朴鼎查通知钦差大臣，追查责任。由是而展开由闽浙总督怡良专案查办之事。姚莹至此转为待罪之人。乃于道光二十二年十一月二十四日呈状闽浙总督，申辩蒙冤。并为维持和议大局起见，求请解职。同时另具专折奏闻朝廷。兹举其上闽浙总督怡良书状：
至两次来台破获之夷，俱在未议和以前。两相争战，彼此仇雠，即系遭风夷船，尚当捦办。何况并非遭风商船。现有原供，及起获船上炮械，及厦门浙江营件，浙抚营员印文册折，现在贮库确凭，何能支饰？窃意朴鼎查所到之处，无不纵横如志，惟独台湾，连遭挫衄，有损彼威，其恨可知。讳败夸强，亦无足责。但和议甫定，不当有此一节。诚恐讹言日久，以伪乱真，于大局必有关碍。宪台必有先闻，自必定策权衡，以全大局。事关夷情反复，职道既有所闻，关系重大，不敢缄默。是以会达镇据实上闻。言皆切直，并无一字涉虚。至夷情实在如何，海外无从揣测。伏乞宪台指示机宜。是所幸祷。再有请者，夷情诡诈多端，难以理争。亦不必以一镇一道，而碍国家大局，使海外又启兵端。职道愚见，夷人深恨台湾败衄之耻，故为此举，且彼既在厦门设立码头，而台湾与厦门对峙。镇道二人在台，于彼诸多不便，故为此谋，欲去其所忌。未必真为正法之夷人抱屈也。若镇道更易，似可相安。惟有仰恳宪台，密以此意奏闻，先将镇道撤回候旨，一面善与之言，不失天朝之体。彼见去其所忌，自亦无所借口。《东溟文后集》，卷五，页22—23。又，道光二十二年十一月二十四日所上辩诬奏折，载于《东溟奏稿》，卷四，页44—47。
姚莹虽然申述冤诬，英方指控毫不放松，不仅向清政府要求惩治，同时更在福建台湾沿海城镇，通告居民，宣示姚莹、达洪阿罪状。姚莹于十二月采搜到英使朴鼎查所通告达、姚二人罪状。英方控诉，要求甚严，于道光二十二年十月二十一日（1842年11月23日）公布云：
使或竟奉王命致我人受枉杀之冤，此乃该总兵达洪阿等凶犯，不顾廉耻，贪婪功劳。捏词以“口纳吥哒”（Nerbudda）及“阿口纳”（Ann）等船，屡次攻犯台湾。谎诞假奏，瞒骗皇帝御聪，以致王命悮降，而我人被杀矣。遭风之船，既非战舰，又无载军兵。达洪阿等所奏，其为假冒，不问可知；而此次我人遭祸，皆其假诈所由。既经本公使访得确实，有凭可据。自应将此凶暴情由，据实陈明，转请钦差大臣等，奏请皇帝圣鉴。本公使陈请之间，虽必恭谨，但事关最重，仍必坚存求报之意。应代君主讨求，即将台湾狠心假奏妄杀之凶官达洪阿等，刻即去官正法，将其家财入官，照数若干全交英官，分济无辜枉死之家属。盖达洪阿等，既因假诈陷害我人多命，自应以命抵偿，以扬天道好还，恶有恶报之理。若非如此办理，本公使惟虑将情奏明我国君主之时，非惟致伤二国和好之气，诚恐难保无致干戈复起。如或再有干戈之患，百姓复受涂炭之苦，即囚一派凶心官长贪赏冒功，致命百万良民，困苦无了，可不怜惜哉。《东溟奏稿》，卷四，页51。道光二十二年十月二十一日（1842年11月23日），朴鼎查告示中国沿海居民。
朴鼎查于到达厦门之后，一面出示通告中国沿海，一面即向耆英提出抗议，要求治罪达、姚二人，以为抵偿。于是展开中英订约之后一件棘手交涉。主要在道光帝出以上谕，命正法英俘，错在皇帝，其次道光帝亦颇有意袒护达、姚二人。朝廷申明理由谓：“总之，未定通商以前，两国将备兵民各有损伤，此时既经和好，从前一概之事，各宜置之不论。方能依此永好，毫无嫌疑。”《筹办夷务始末》，卷六三，页37，《上谕》。然朴鼎查坚持要求惩罚报复。又经耆英、怡良查明英国商船确系遭风搁浅，并非进兵攻台。遂坐实达、姚二人冒称接战，斩俘敌兵之伪。怡良亲自到台湾调查，询取达、姚二人口供，奏明朝廷，终于革职拿问。中英外交，乃得复归和好。同上，卷六四，页20，《上谕》。卷六六，页5—8。道光二十三年三月，闽浙总督怡良奏及内阁奉“上谕”。
怡良于道光二十三年正月二十五日奉命赴台查办，取据姚莹口供，奏闻朝廷。同年三月道光上谕革职拿问，解递刑部审讯。姚氏由是降为罪囚，于四月内渡转赴北京。行前致书福建巡抚刘鸿翱，于其引咎待罪有所申述，略见姚氏自解之词：
正月二十五日，怡宪渡台至郡。二十六日，传旨逮问。以所访闻，令镇道具辞。莹与镇军熟计，夷人强梁反复，今一切已权宜区处。肤愬之辞，非口舌所能折辩。镇道不去，而夷或至必不能听其所为，夷或别有邀求，又烦圣厪，大局诚不可不顾也。且愬出夷人，若以为诬，夷必不肯服。镇道天朝大臣，不能与夷对质辱国，诸文武即不以为功，岂可更使获咎，失忠义之心，惟有镇道引咎而已。《东溟文后集》，卷七，页16，《奉逮入都别刘中丞书》。
姚莹承罪受逮，押解刑部审讯。内渡之时，致书友人方东树，私下申解其冤抑由来，见其道光二十三年四月与方氏书：
莹五载台湾，枕戈筹饷，练勇设防，心殚力竭，甫能保守危疆，未至偾败。然举世获罪，独台湾屡邀上赏，已犯独醒之戒。镇道受赏，督抚无功，又有以小加大之嫌。况以英夷之强黠，不能得志于台湾，更为肤愬之辞，恫喝诸帅，逐镇道以逞所欲。江南闽中，弹章相继。大府衔命渡台逮问，成见蚤定，不容剖陈。当此之时，夷为原告，大臣靡然从风，断非口舌能争之事。镇道身为大员，断无哓哓申辩之理，自当委曲以全大局。至于台之兵民，向所恃者镇道在也。镇道得罪，谁敢上抗大府外结怨于凶夷乎？委员迫取结状，多方恐吓，不得不遵。于是镇道冒功之案成矣。同上，卷八，页1。又，同上，页3，道光二十三年五月《致光聪谐书》云：“弟不自揣，妄意济世利人。增缴网罗，皆自离之，夫复何尤。生平多历崎岖，惟气未衰耳。顷以海外孤危，内抚不靖之乱民，外攘凭陵之夷寇。调辑文武，训励士民，幸众志成城，乱民数起，皆以时讨平之。夷五犯台湾，不得一利。两击走，一潜遁，两破其舟，捦其众而斩之。冀以上振国威，下雪众耻，庶几不负所志。而江浙闽粤四省，事势已坏。夷不得志于台湾，乃诡辞肤愬，恫喝四省大帅，胁令上闻。抵镇道罪，复有甘心为夷作证者。闽帅以台湾功不己出，久有嗛言。又恨前索夷囚不予及奉查办之命，遂迫胁无知，取具结状，以实夷言。弟与镇军惟有引咎而已。”姚莹因滥杀英俘，遭受英方抗议，引致江宁议和以后之善后交涉巨案。经朝命委派闽浙大吏赴台查办，取得姚氏供状，遂即坐定冒功之罪，逮问入都，交刑部审讯。台湾交涉事件，当为鸦片战争中之一段插曲。
就此事件而论，英船游弋台湾，早有商船来往，其事并不突然。但当时中英开战，中国沿海戒备，台湾孤悬海中，尤其加紧防御，英船之来，为军为商，中国尚未能区别。且又有谁能料定其为善意或恶意，故将英人捕拿囚禁，甚至破其舰只，均属理所当然。此在地方守土有责，应无罪过。再者，就台湾兵勇在英船中俘获物而观，其中得到英军在厦门、宁波等地所掳获中国之炮械文件等物，足见游台英船实系英军来华作战中之部分船只。朴鼎查声明并非运兵到台作战，实际则属于其来华作战军统率之下。其并非一般商船，乃可确知。两军作战，岂有不加捕拿之理？姚莹不收捕英人，详录口供，真是失职无能。然则姚莹仍有其革职之罪，均甚关重要。其一，英船在台湾近海，遭风损毁，英人蒙难，并非作战被捕。姚莹则虚饰对阵，攻破英船，逮捕英军。并连番保举文武官吏，俱得升赏。实是欺蒙朝廷，其罪难逃。其二，英船遭风搁浅，无论其为敌人，宜先救其出险，然后囚禁以待处置，不当即此视为战胜，奏报朝廷，予以就地正法。此亦夸功欺罔，难逃其罪。其三，两国交兵，宜不杀俘余。何况并非由作战而得。当时上官既望解交省城，别作用途。应知关系重大，牵连甚广，尤当谨慎保留俘虏，备为质证。而姚莹计不出此，竟奏请朝廷正法。绝上官之愿望，增大局之困难。此所以难免为上官徹查详情，勒交供状，而受革职拿问处分也。
道光二十三年五月，姚莹自福州就逮北上，八月十三日（1843年10月6日）入刑部狱。台谏清议，交章论救。八月二十五日即奉旨免罪出狱。是年十月，有上谕以同知知州，发往四川任用。姚莹至是始得复起之机。（姚莹）《年谱》，页20—21。
五、对于域外情势之用心
道光二十四年（1844）三月十五日，姚莹自家起程赴四川，备为地方选用。此时姚氏已满六十岁，宦途历经三起三落，如今又须从头做起，实可谓老当益壮。
姚莹于六月抵达成都，即奉四川总督之命，入康查案。自是至道光二十五年底，两次入康，三千六百里途程，冰山雪窖，道路崎岖，饮食异制，酷寒难耐。真可谓辛苦备尝。然仍受上官苛责，并交部议处。至道光二十六年五月，始就任四川顺庆府蓬州知州。在任三年，至道光二十八年（1848）引疾乞归，三月卸蓬州事。五月旋里，时年六十四岁，以谓从此退隐林泉。（姚莹）《年谱》，页22—24。
姚莹川康之行，于道光二十四至二十六年（1844—1846）之三年间，撰成《康纪行》十五卷。并将其晚年所留意外洋各国情势，编成《中外四海地形图说》一卷，以附于此书。而姚氏对于域外地志之研讨介绍，在同时代中亦为一重大贡献。