农业学会的养蜂部后来发展成为养蜂协会。1870年，经协会发起人亲自介绍，孟德尔成为协会会员。入会后，他立即向养蜂家们做了植物遗传知识的普及宣传，以后不久，他阅读了达尔文《饲养动物和栽培植物的变异》一书的德文版，其中有关蜜蜂交配的章节给他留下深刻的印象，从此他就正式开始研究蜜蜂。
1871年，他在修道院后面的山坡上盖起了一幢养蜂房，饲养了大约四五十箱蜜蜂，品种包括德国蜂、意大利蜂和埃及蜂，他甚至还搞到了美洲无叮刺蜂。在养蜂的实践中，他感到传统的养蜂方式有很多弊端，需要寻找一种新的理想的养蜂方法。他改革了旧式蜂箱，变四格为二格，这种蜂箱对饲养欧洲蜂特别有益。他创造了蜜蜂越冬的新方法。他将蜂箱置于地窖或温室中，缩小蜂箱之上的入口处，并将蜂箱倾斜30度放置在地板上，这样可防止蜂箱内部发霉。
孟德尔结合养蜂还研究了蜜源植物。现在处于布尔诺市中心的施皮尔贝克丘陵被茂密的树阴遮盖着，一片郁郁葱葱。这是孟德尔赠给后人的礼物。
在孟德尔时代，这块丘陵是一块光秃秃的不毛之地。1873年，已成为院长的孟德尔指示修道院拨了一笔专款购买了果木树苗在丘陵上栽种，这些苗木都是蜜蜂喜爱采蜜的种类。此举既绿化了荒山，又解决了蜜源，一举两得。
孟德尔养蜂的目的不只是为了获得蜂蜜，主要是为了研究动物习性的遗传问题，以证明在豌豆实验中得到的法则是否也适用于动物。他将不同的蜂种杂交，期望得到像豌豆属那样的杂种。但蜜蜂是活动的生物，如何控制母蜂的受精是很困难的事。孟德尔为此设计了一个3×4×4米的蜂房，仅供一个雄蜂出入与母蜂交尾，但实验没有成功。因为母蜂是在野外晴朗无风时，以其“性引诱物”招引雄蜂的，且每次只与一个性成熟的强健雄蜂交尾。而且，母蜂是多重受精的，它在二、三天内与四到六只雄蜂交尾。因此，蜜蜂的杂种性征就不同于豌豆。但孟德尔证明蜜蜂杂种是可育的，这是蜜蜂杂交实验的唯一成果。1872年，孟德尔在养蜂家协会上作了关于蜜蜂的杂交实验报告，遗憾的是报告内容没有保存下来。
孟德尔的养蜂活动与研究受到养蜂专家们的肯定与重视。摩拉维亚养蜂家协会会刊曾多次报道了孟德尔的养蜂活动及成果，特别是他首创的蜜蜂越冬方法。奥地利著名养蜂专家凯门特参观过孟德尔蜂场后，给予很高的评价。
他希望养蜂家们都去参观一下这个模范养蜂场。后几年，到孟德尔蜂场参观的人络绎不绝，孟德尔成了养蜂界的知名人物。
孟德尔曾任摩拉维亚养蜂家协会副主席。1874年，任主席。1877年，被协会授予荣誉会员称号，以表彰他的突出贡献。
孟德尔既喜欢养蜂，又对园艺学感兴趣。他搜集和阅读了许多园艺学和果树栽培学的书籍。他在修道院的小植物园内栽培了不少果木花卉，既供研究，又可观赏。1857年5月在布鲁恩举办的观赏植物展览中，孟德尔送展的显花植物良种引起了人们的注目，我的园艺家们称赞他的良种对全奥园艺学有实用价值。1863年，孟德尔加入了摩拉维亚园艺家协会，受聘担任各种展览的评委。1883年在布鲁恩召开的全奥果树学会议曾授予孟德尔“海特钦园艺学会勋章”，对他在培育有核果树良种方面做出的成绩表示赞赏。
§§§第6节善良而执拗的修道院长
虽然生活中不尽如人意的地方很多，孟德尔的生活依然过得平静、充实、快乐。除给技术学校的学生上课，他大都在修道院里进行他的植物实验。
他的脸上从无愁容，笑起来总是那么爽朗有致。透过他的眼镜，他的灰蓝色的双眼看起人来永远流露着真诚和善良。这是一个美丽的世界，他是在这个美丽的世界对一切都感到美丽的那样一个人。但即使是这样的一个人有时也会愤怒，比如在1866年，普鲁士人侵入奥地利，给当地人民带来了灾难的时候。孟德尔满怀义愤地给他的妹夫辛德莱写信控诉侵略军的暴行：“普鲁士人于7月12日进入了伯伦，他们强占民房，横征暴敛，极力压迫，马、牛、羊、鸡鸭等被大量地抢走，还掠去了粮食和草料，结果连殷实的地主都穷到要乞讨来度日，军队占了所有的床铺，一般的老百姓只好睡在地上或牲畜棚里。”
所幸的是这次侵略很快就成为过去，一切又恢复了平静。虽然他的科学发现没有被科学界承认，但他在修道院和课堂上的工作却博得了人们的一致好评。
学生们喜欢这位圆胖的、从不板面孔的小个子老师。学生们很爱听他的课，与其说喜欢听他传授知识，倒不如说更爱听他讲一些有趣的故事。孟德尔经常讲起他的实验室中的植物、小动物。有一次他对学生们讲，一天晚上在他睡着的时候，一只小刺猬爬进了他的一只高筒靴里。“想一想”，他夸张地说，“当我第二天早上穿靴时，我是怎样大吃一惊的：我的脚掌就像踩在成千根针上一样！”
他还常常请学生们到修道院来，让他们熟悉关于他的蜜蜂、鸟雀和老鼠的第一手知识。只要马戏团一来到镇上，他就带领全班学生去同马戏团的各种动物“谈心”。有一次，这样的“谈心”几乎使孟德尔大吃苦头。事情的发生，是由于孟德尔要吸引笼子内一只猴子的注意，他站得离铁栏太近了，这时，一只顽皮的猴子猛然跳过来，把孟德尔的眼镜抢去了。结果孟德尔费了很大气力，还被抓伤好几处，才成功地“说服”这个小东西交出那副眼镜。
痛尽管痛，可他同猴子之间所进行的这场滑稽的“搏斗”，使他自己和学生们都不亦乐乎。
学生们欣赏他的这种富有幽默感的好心肠——即使是自己出洋相也要博得大家的一笑。但是，他们最欣赏的却是他的温和善良。他的笑容对所有的学生都一视同仁，没有任何偏袒，聪明的受到表扬，愚笨的得到鼓舞。他没有忘记自己过去考试失败的痛苦，极少给任何一个学生不及格。学期终了时，他总是问学生，有谁想要得到好一点的分数。然后他就让学生彼此提问。彼此间既然又当学生又当老师，大家也就手下留情，都很宽大，目的自然是希望礼尚往来。在这样友好的相互考查之后，如果仍有人跟不上班，他就把掉队的学生叫到修道院来，亲自加以辅导，不收学费。
但后来，他不得不放弃他的教书工作，因为他升了“官”。
1867年，纳普去世。第二年3月，修道院选举院长。有12位神父参加投票，孟德尔以11票当选。4月1日，摩拉维亚和西里西亚的报纸报道了孟德尔当选为院长的新闻。孟德尔从此告别了长达16年的教学生涯，来到了对他来说十分陌生的新岗位。
从神父到修道院长，这是孟德尔一生中的一件大事。因为在当时的奥地利，修道院院长是很有权势的职位，在地方文化生活乃至政治生活中起主导作用。政府新官员到职时总要到修道院做礼节性拜访，并随时以各种方式为院长效劳。
当上新院长之后，孟德尔做的第一件事就是报答妹妹特雷西亚对他的恩情。过去，她变卖了嫁妆，为的是让孟德尔有继续受教育的机会。他现在偿还了妹妹的恩情，担负起她的三个儿子上中学和上大学的全部费用。即使是对陌生的人，孟德尔也是慷慨解囊的，他的赠予多半是没有自己名字的。“宣传自己是赠予者，这是让受赠者下不了台，又有什么意思！”虽然作为修道院院长的薪金相当高，他却问心无愧地身体力行了一句古训：“施比受更有福！”
70年代，他发起创建了海钦道夫消防队，捐款3000克罗仑。为此乡亲们送他一份装潢精美的证书，尊他为消防队荣誉队员。
奥地利是世界著名音乐大师施特劳斯的出生地，也是音乐巨人贝多芬的第二故乡。19世纪的奥地利音乐已蜚声海外。但孟德尔却对音乐等艺术不感兴趣。他极少去剧院看戏，也不涉足音乐厅去聆听醉人的交响乐，只专心攻读科学著作。尽管如此，当布鲁恩音乐协会缺乏经费时，他还是慷慨相助。
1872年，布鲁恩音乐协会授予他荣誉会员证书，以感谢他的无私赞助。
孟德尔非常好客，每年圣托马斯节或基督教圣诞节时，常有各方朋友来访。孟德尔便用自己的钱来盛情款待宾朋。有时兴致所至，他便打开修道院的厅堂，大设筵席，请全村的人都参加，简直就是“一系列的天方夜谭式欢乐场面”的重演。
孟德尔喜爱下棋，而且棋艺甚高。他常邀一些老友到修道院中对弈。他那敏锐的分析问题的能力与他的精湛棋艺也许有一定关系。
但是，孟德尔的学术生涯却因为升官而停止了。在上任后的最初一段时间，他还能进行他的植物杂交实验和气象学研究。然而到了70年代，除了正常的宗教职责外，孟德尔因职务关系不得不参与各种社交活动。他感到顾此失彼，疲于奔命，“以致正在进行的山柳菊杂交实验只能偶尔抽身去观看，不能像豌豆实验那样细心观察了。”1873年，这个实验不得不草草结束。
作为院长，孟德尔是修道院的财产监护人。他上任时曾向神父们立下誓言：“将竭尽全力保住修道院财产。”孟德尔晚年为恪守这一誓言付出了沉重的代价。
1874年春，帝国议会通过一项法案，要求天主教修道院缴纳教会基金税，1875年由帝国政府颁布实施令。按规定，布鲁恩修道院全部财产的要缴税。照此办理，不用几年，修道院就会财尽粮竭，非解散不可。孟德尔认为此项法令不符合宪法。因此，他联合其他地方修道院提出上诉，要求撤销该项法令或者减少税额。
政府驳回了孟德尔的上诉，并委派摩拉维亚总督与他交涉，孟德尔寸步不让。