无论战争的导火索是什么其实并不太重要，因为雅典和斯巴达迟早需要用决战来确定谁才是希腊世界的主人。
雅典在军事方面的优势是在海洋上，雅典舰队是击败波斯舰队的主力，提洛同盟的成员也主要是岛屿和海岸城邦，在伯罗奔尼撒战争中，雅典主要依靠它的海军。其海军主力战舰就是三层浆战舰。伯罗奔尼撒同盟则主要是由伯罗奔尼撒半岛和希腊中心地区的城邦组成，斯巴达陆军是其优势，其最精锐的步兵是长矛兵。
公元前431年，底比斯与普拉提亚两城邦的争端爆发，底比斯对普拉提亚发动了突袭，这也就撕毁了斯巴达和雅典之间的和平协议。战火烧起后，斯巴达迅速作出反应，斯巴达国王阿基达马召开了紧急联盟会议，他在会上发表演说，他说伯罗奔尼撒人和其同盟者不要让祖先蒙羞，不要玷污自己的名誉，这等于发布了战争动员令。但他也在会议上明确说，雅典很强大，应该重视即将面对的敌人，随后，他先派出了一名使者前往雅典，但雅典拒绝了这名使者，并没有允许他进城，而是把他押送出境，使者走到边境的时候说道：“今天是希腊大难临头的开始”。斯巴达人此时已经明白，雅典已经决定开战，于是阿基达马也立即命令伯罗奔尼撒同盟城邦派出其2/3的兵力，集结到地峡，准备向雅典发动大规模攻击。
斯巴达共计集结了步兵、骑兵3.5万人。
在阿基达马召开伯罗奔尼撒同盟会议的时候，雅典也在召开公民大会，伯里克利在大会上也发表了演讲。他告诉雅典人要做好战争准备，把城外的财产迅速转移到城内；另外，他也警告提洛同盟成员，雅典对同盟的控制不会放松，因为同盟向雅典所缴纳的贡金是雅典保卫同盟的力量的源泉——在战争资源上，雅典明显要强于斯巴达，伯里克利告诉雅典人，提洛同盟每年向雅典缴纳的贡金平均为600塔兰特，这笔资金现在已经达到6000塔兰特；另外雅典现在能征集的各种战争资源约为500塔兰特；雅典的寺庙中雅典娜女神等神像上还有金片，这些都表明雅典有雄厚的资金支持。
但雅典在陆地上的军队却明显处于劣势，它的野战主力只有1.3万重装步兵、1600人的徒步射手和1.2万骑兵，其余的是1.6万名雅典城防部队。在海上是强大的300艘三层浆战舰。
斯巴达人虽然迅速作出了反应，集结了大批军队，但真正开始行动的时候却显得迟缓，这使得大批雅典城外的居民有时间从容地把财产转移到了城内，修昔底德说：“希腊其他地方的人，因为战争或骚动而被驱逐的时候，其中最有势力的人逃入雅典，因为雅典是一个稳定的社会，他们变为公民，所以雅典的人口很快就比以前更多了。结果，阿提卡面积太小，不能容纳这么多的公民，所以派遣移民到伊奥利亚去了。”，雅典很快也完成了布防。斯巴达联军并没有遇到雅典军队的多少抵抗，一路开进到雅典境内。伯里克利命令雅典全城戒备，但不出城决战。斯巴达联军就在埃劳夫西斯和斯利亚平原一带进行破坏，并且逐渐推进到阿卡奈，这就是在雅典城外，距离雅典城不过6英里。站在雅典城头的阿卡奈居民眼睁睁地看着斯巴达联军在毁坏他们的庄稼和家园，他们希望雅典出兵，但伯里克利严令不许出城，他明白雅典军队与斯巴达军队在平原展开决战是没有取胜的可能的。
伯里克利只能派出一部分骑兵，出城去尽可能地保护雅典城郊农村地区，减少斯巴达人的破坏活动。另外，他也作出了反击，他命令海军派出100艘战舰围绕伯罗奔尼撒半岛航行，以阻绝斯巴达和其盟友的海上贸易。此时，从科尔居拉来的50艘战舰也已抵达，其他提洛同盟成员派出的战舰也陆续抵达。雅典舰队在进行环绕航行的时候，只要发现有合适的时机，也会立即进行迅速的登陆袭击，这也大大侵扰了斯巴达等伯罗奔尼撒成员的后方。伯里克利还命令派出30艘战舰前往罗克里斯，也进行环绕航行，一边打击斯巴达的海上交通线一边保卫优卑亚。
伯里克利这种陆上避战、海上封锁的策略不久后初见成效，斯巴达陆军在雅典城下驻扎了一段时间后就不得不因军粮供应困难而撤退，斯巴达的一些盟友也遭到雅典海军的攻击，一些居民被驱逐出家园。当斯巴达撤军之后，伯里克利则开始了反攻，他命令雅典陆军和海军同时进攻麦加里德。足智多谋的伯里克利另外还发动了政治攻势，他成功地实施了远交近攻策略，与色雷斯和马其顿订立了同盟，这就使得斯巴达腹背受敌。
在第二年，斯巴达联军卷土重来，这时雅典则很不幸遭遇了大瘟疫，这场瘟疫比遭到斯巴达重创还要严重得多，许多士兵、平民和医生死去——由于雅典人大部分集中到了城内，因此人口密度很高，这就使得感染人群大幅增加，加之在夏季气温很高，使得雅典城内到处都是死去的人，尸体有时又得不到及时的处理又加重了瘟疫。
好在雅典的海军并没有受到瘟疫的影响，他们奉伯里克利的命令，分出一支由100艘战舰组成的舰队前往色雷斯的卡尔西斯和波提狄亚，攻击这里的斯巴达盟友。同时仍继续侵扰沿途的斯巴达联军后方。
雅典人自由的思想在这个时候起了负作用，他们开始抱怨伯里克利，认为这一切都是他的错，雅典这时希望与斯巴达谈判，但斯巴达拒绝了雅典人的求和，这让雅典人更加怨恨伯里克利，这股怒火最后还是惩罚了伯里克利一下，他被迫交纳一笔罚款，这才让雅典人稍稍平息了点。但雅典人还没有失去理智，他们仍然选举伯里克利作统帅。
这时伯里克利也十分担心再遭到斯巴达人的进攻，于是暗中动用了一笔资金行贿斯巴达国王，恳求他不要在这个时候进攻雅典。斯巴达由此暂时放过了雅典，但这场瘟疫还是让雅典损失惨重，其中一个重要损失就是统帅伯里克利也死于瘟疫。
被雅典海军围困的波提狄亚的境况比雅典也好不到哪儿去，粮食无法自给的波提狄亚很快就陷入了饥饿的恐慌中，饥饿的人群最后还是屈服了，公元前430年他们向雅典投降了。在投降协议中，雅典人把他们驱逐到了卡尔西底和其他地方。
在波提狄亚投降后，斯巴达也发动了反攻，他们进攻了普拉提亚。普拉提亚急忙向雅典求援，雅典也担心普拉提亚经受不住斯巴达人的打击而改变立场，许诺一定会帮助他们。此时，斯巴达人见普拉提亚没有投降或者保持中立的意思，也就立即展开了军事攻击，普拉提亚在得到雅典的承诺后也开始积极应对斯巴达人。一向作战勇猛的斯巴达人本想速战速决，但没想到这座小城竟然十分顽强，斯巴达人用了各种方法始终未能攻破城防。最后，他们决定使用火功，然而这次上天又帮助了普拉提亚人，当大火熊熊燃起后，一阵突如其来的暴雨熄灭了大火。斯巴达联军已无法再在此地耗下去，于是留下一部分人环绕普拉提亚修建了一道环墙，希望继续围困普拉提亚，但此时城内已经只剩下500多名守军，全城的其余人员已经在雅典海军的帮助下全部转移到了雅典。
不过，雅典派去前往进攻卡尔西斯和波提狄亚的军队却遭到了惨重失败，这支军队的将领几乎全部阵亡，另外还损失了430名士兵。
斯巴达联军的1000名重装步兵这时候又在其海军舰队的配合下进攻阿凯纳尼亚，阿凯纳尼亚是提洛同盟的成员之一。阿凯纳尼亚也和普拉提亚一样，立即向雅典发出了求援，其附近就有一支雅典驻军。于是，在附近的海面上雅典海军和斯巴达海军进行了一场海战。在此地的雅典驻军统帅是福密俄，他在得到情报后，立即用优势的雅典舰队向配合陆军行动的斯巴达舰队进逼，斯巴达舰队被迫退到了佩特里和埃维纳斯河口，然后斯巴达人就像是非洲的野牛与狮子对阵一样，用主力战舰在河口组成了环形防御圈，圈内为轻型船和5艘快船。
善于海战的雅典海军利用他们老道的经验，排出了一个纵形队形，然后环绕斯巴达的环形防御圈航行，做出将要展开攻击的姿态，斯巴达人立即进行了收缩，但此时海上风力正盛，战术训练略逊一筹的斯巴达舰队由于防御圈收缩，战舰拥挤到了一起，强劲的海风又使得战舰难以控制，船只频繁发生碰撞，所以，斯巴达舰队已经陷入混乱。福密俄抓住这个战机，立即指挥雅典战舰发动了进攻。本来就一片混乱的斯巴达舰队一击即溃，几乎就没有做出任何抵抗，各战舰纷纷各自逃跑，雅典海军则乘胜追击，最终获得了俘获12艘战舰的战果。
斯巴达人初战失利，剩下的舰船重新集结后，又得到了一些补充，准备再战。雅典舰队也在进行再战的准备。几天之后，海面上再次战舰云集。斯巴达人的作战意图是利用海峡内的空间狭小的特点打击庞大雅典舰队，而雅典人当然清楚其大舰队开进狭小的海峡不利于展开，因此并不准备进入海峡与斯巴达决战。但是斯巴达人这次却意外地成功了——他们按照作战计划进行出航引诱，原本并不打算进入海峡的雅典舰队竟然未能禁住诱惑，鬼使神差地追击斯巴达舰队进入了海峡。斯巴达诱饵舰队立即发出了信号，斯巴达联合舰队也迅速做出反应，以最快的速度向雅典舰队展开了攻击。结果，最终只有10艘雅典战舰逃出了海峡，回到了诺帕克都。这场战役本应就此结束，那样的话斯巴达人就获得了漂亮的胜利，但一举击败强大雅典舰队的斯巴达舰队此时竟然得意忘形，他们在乘胜追击雅典的逃亡战舰，不知不觉中，斯巴达人的作战队形已经凌乱，此时一艘正在追击雅典战舰的斯巴达舰船被击沉，这本是一起正常作战中的损失，但没想到在心理上始终对雅典海军恐惧的斯巴达舰队以为遭遇到了雅典舰队的反击，顿时整个舰队成了惊弓之鸟，一些舰船掉头逃跑，由于海湾狭窄，斯巴达人对此海域的航道也不熟悉，竟然有很多船因此搁浅。
而作战素质甚好的雅典舰队本来此时已经所剩无几，但也立即抓住这个难得的战机组织了反攻，最终，雅典人不但俘获了6艘战舰，而且还把先前被斯巴达人俘获和损坏的战舰夺了回来。
不过，斯巴达也袭击了萨拉米海湾，雅典不得不封锁港湾入口。公元前428年，这年夏天，斯巴达联军再次进军阿提卡。雅典人还是按照伯里克利的战略，不与斯巴达联军正面决战，只是坚守雅典城。而斯巴达人也仍旧没有什么办法，扫荡、破坏一番后只能再次撤军。但这一次，斯巴达的外交也获得了成功，密提林等一些城邦背叛了雅典，站到了斯巴达一方。此时，对雅典来说还有一个坏消息，那就是它雄厚的资金告罄，以往雅典可以完全依靠提洛同盟各成员城邦的贡金就可以支撑战争，现在资金已经耗尽了，于是雅典不得不从雅典公民中征集了200塔兰特。雅典这时也派出了一支由12艘战舰组成的舰队向提洛同盟各成员城邦征收贡金。在军事上，雅典也不得不向密提林派出军队。而斯巴达也向密提林派出了一支由42艘战舰组成的舰队。同时，斯巴达采取了双管齐下的战略，在向密提林派出舰队的时候也再次从地面上进攻阿提卡，斯巴达的海陆同时行动迫使雅典陷入两面作战的被动局面中。
不过，驰援密提林的斯巴达舰队行动缓慢，而雅典的围城又让密提林陷入了饥饿的困境，无奈，最后密提林不得不接受雅典的条件，重新回到提洛同盟中。雅典人在密提林发动了一场报复行动，处死了一千多人，并且拆毁了密提林城墙，把密提林的舰船划归雅典所有，连密提林的土地也划归了当地的雅典人。
而在密提林向雅典人投降的时候，普拉提亚也向斯巴达人投降了，斯巴达人也同样采取了报复行动，处死了200多普拉提亚人和雅典人，把女人变成了奴隶。土地则交给了底比斯人耕种10年。
这时候，随着斯巴达和雅典的战争持续日久，且整个希腊世界都被卷了进来，这使得很多城邦都因战争的困难重重，结果，很多城邦爆发了暴动、革命，当然，实际上这是一次重新分化组合，提洛同盟中的贵族主导的城邦希望投靠斯巴达，伯罗奔尼撒同盟中的民主派希望投靠雅典，各城邦都出现了混乱，他们既彼此交战也陷入内斗中。
但斯巴达和雅典的战争还在持续，雅典向西西里的林地尼派出了舰队，因为林地尼遭到了斯巴达联军的攻击。西西里是伯罗奔尼撒同盟重要的粮食供应地，因此，斯巴达始终严防西西里出现背叛，而雅典也早就希望打击伯罗奔尼撒的这一粮食基地。然而，雅典的瘟疫这时又死灰复燃，这一次又给雅典造成了重创——有4400名重装步兵和300名骑兵死于瘟疫，这相当于一次大决战的损失。但斯巴达人也没能及时攻击雅典，因为伯罗奔尼撒地区出现了频繁的地震，斯巴达只好放弃了乘机攻打阿提卡的机会。
直到公元前425年，斯巴达联军才再次进入阿提卡。雅典除了坚守雅典城外，也再次向西西里派出了40艘战舰。这支舰队在途中攻占了伯罗奔尼撒重要的海上中转站罗斯，正在进攻阿提卡的斯巴达联军得知这一消息后立即撤兵，然后组织了一支远征部队准备重新夺回罗斯。此时，留守罗斯的是德莫斯提尼，他一面加固城防一面向雅典派出信使求援。斯巴达远征部队抵达罗斯后，从水陆两个方向同时展开进攻，但水陆两方面均没有成功，斯巴达舰队在海战中还受到了不小的损失。此时，雅典人成功地劝说了美塞尼亚人，陷入进退两难的斯巴达人此时补给已经供应不上，在坚持了72天后，步兵损失严重，战斗力下降，最后只好投降。罗斯战役斯巴达人彻底失败了。
雅典人再接再厉，迅速组织了远征舰队，向伯罗奔尼撒同盟中的另一重要力量科林斯发起的攻击，这次远征共计派出了80艘战舰、2000名重装步兵、200名骑兵，另外还有一些盟友的部队。科林斯战役最后也是以雅典人的胜利而告终。
斯巴达人当然不会就此罢休，公元前424年，斯巴达在名将伯拉西达的率领下也向安菲波里发起了攻击，这是一场精心策划的进攻，斯巴达人事先在城内得到了内应，因此一举拿下了这座城池。斯巴达人之所以精心策划攻占安菲波里是因为这个城邦对雅典的意义就如同罗斯对斯巴达的意义，安菲波里是雅典的木材供应地，这可是雅典造船的原料，因此，安菲波里的失陷让雅典很吃惊。接下来，斯巴达人有连续攻占了几个雅典盟邦。
至此，斯巴达和雅典都已经筋疲力尽，而战争却没有分出明显的胜负，公元前423年春天，斯巴达和雅典终于达成了暂时休战的协议，为期一年。
公元前422年，协议期满后，双方又开始了战争。一年的休战也是一年的筹划，雅典将军克里昂说服了雅典人，他率领雅典舰队沿着海岸线向安菲波里前进，一路上攻击色雷斯地区的斯巴达盟邦，并且攻占了托伦。在到达安菲波里后，他命令陆军上岸，然后在安菲波里前的一座小山上安营扎寨，他认为此地可攻可退，是个理想的驻地。他希望等援军到达后再向安菲波里展开进攻。斯巴达将领伯拉西达在得知雅典军队进攻安菲波里后就立即率军进入了安菲波里城内，准备迎战。而克里昂从山头上看到城内的斯巴达军队正在频繁调动，而此时雅典援军还没有到达，他不希望此时与斯巴达军决战，因此决定暂时退向爱昂。他将部队分为左右两翼，由左翼率先前行，他率领右翼从一条较远的道路向爱昂撤退。而他此时犯了一个严重的错误，那就是他采取的纵队行军的方式，而不是可以随时接敌的战斗撤退队形。
克里昂之所以这么做是认为他们有充裕的时间，斯巴达人正在调动军队，无暇攻击他们。然而，精于陆战的伯拉西达立即就发现了雅典军队这个缺陷，于是当机立断，迅速出击。他命令将斯巴达部队分为两支，他亲自带领一队，从雅典左翼军经过的小山上向下冲击，而另一队则从色雷斯门冲出去，然后从雅典左翼军的背后发起攻击。
结果可想而知，正在行军的左翼纵队突然遭到了从山上冲下来的斯巴达人的攻击，他们立即被冲散了，向后退却，但他们的背后却又遭到了另一支斯巴达部队的，立刻陷入到了混乱中。伯拉西达击溃雅典左翼军后立即调头进攻克里昂率领的右翼。
失去了左翼的雅典部队也未能支持多久，而克里昂在撤退中又被一个密星纳斯人杀死，失去主帅的雅典军更加混乱不堪，斯巴达人在这场突袭战中大获全胜，以仅死亡7人的代价赢得了杀死600人的战绩。
雅典夺回安菲波里无望，这也促成了雅典和斯巴达的停战，伯罗奔尼撒战争的第一阶段就此结束。斯巴达国王普雷斯托安纳克斯与雅典将军尼西阿斯签订了《尼西阿斯和约》，约定维持50年的和平。