中国与日本之间尽管存在各种各样的问题，但是相互之间也存在着各种各样的合作，而且正是由于这些合作，才使得中日关系保持了一种基本稳定的状态。但是，现有的合作仍然相对不足，应该继续加强和深化中日之间的各种合作，因为合作不仅仅是改善中日关系的基本条件，而且同样作为东亚大国的中国与日本对整个东亚地区也具有一种责任，只有实现了包括中国与日本在内的东亚地区的多边合作，才能最终真正建立起良好的中日关系。
一、促进中日关系发展的根本途径
不论中日关系中存在多少问题，但是应该说中日两国政府和大部分国民已经有了一种基本共识，即中日两国“和则两利，斗则两伤”，因为这一点已经被历史多次证实，因此双方都在设法维护和强化两国关系中的积极发展因素，并想要解决两国关系中存在的问题。为此，两国在政治层面继续加强对话与交往，尽可能使各自的政策公开透明，以减少误解，增加信任与理解；在经济层面继续寻找可以合作的领域，扩大经济合作的范围；在文化层面也继续扩大交流范围与人员来往。尤其在20世纪90年代后半期，中日关系在经历了冷战结束后一段时间的重新整合后终于又确立了新的发展目标。1998年11月，中国国家主席江泽民访问日本时，中日双方签订了30多项经济合作协议，并且共同宣布建立面向21世纪的致力于和平与发展的友好合作伙伴关系，为21世纪中日关系的发展勾画了一个宏观的目标。1999年7月，日本首相小渊惠三回访中国，再次确认了双方达成的这一目标。2000年，中国总理朱镕基访问日本，强调双方的合作关系，并同日本国民进行了直接对话，增进了双方国民的友好感情和相互理解，进一步强化了两国交流合作的基础。2001年，日本首相小泉纯一郎两度访问中国，除去对历史问题进行解释外，也强调了与中国合作的重要性。虽然后来由于靖国神社问题中日两国的政治关系一度处于冷淡状态，但是在2006年10月恢复政治关系后双方继续强调合作，两国首脑在2008年5月签署了第四个政治文件，确立了建立彼此战略互惠关系的目标。
然而，只有总体目标和增加交流并不一定必然导致中日双方更加理解，因为这一关系还会受到国际环境与各自国内政治变化的影响，20世纪80、90年代的中日交流规模远远超过了70年代，而那时中日关系中出现的问题也多于70年代就充分说明了这一点。
中日两国关系中存在的问题，既有历史问题也有现实问题，其中有些问题是属于民族感情或政治理念的问题，这些问题涉及了一个民族深层次的民族尊严或者政治文化，是一些最不容易解决的问题，因此很难彼此说服对方，也很难在短时间内找到一个双方都能够接受的解决办法。因此，除去增加诸如经济联系等彼此的现实共同利益之外，在中日关系中还应该尝试去寻找一个新的办法，从一个新的角度去看待和应对这一现实。
其实，中日关系完全可以从一个更大的范围去思考，从而也可以寻找到更多的共同利益。面对国际社会越来越走向全球化的趋势，要真正解决中日关系中存在的问题，或者说要找到一条促进中日关系持续正常发展的途径，就应该顺应全球化的潮流，从超越双边关系的更高的角度去寻找，即摸索建立一个由中日两国共同主导的包括东亚大部分国家在内的地区多边合作机制，并将中日两国关系也纳入这一多边机制之内。这样一来，中日关系就有了新的协调合作机构与新的协调合作规则，两国在其中既发挥主导作用，又受其制约，并且共同的地区责任会增加双方的共同利益，比如在地区经济合作、保护地区环境、共同应付地区金融风险、解决地区冲突等方面的共同利益。有了更多的共同利益，就会逐渐冲淡以至消除目前两国在双边关系中存在的分歧。
当然，如何建立起一个由中日两国共同主导的东亚多边合作机制，还有很多困难，例如中日两国如何对待美国等地区外强国、如何在东亚国家面前树立中日合作而不是对抗的形象，以及如何增加东亚国家对中日共同承担东亚地区责任的信任、如何协调多样化的东亚各国的相互关系等等。不过，中日两国至少在公开的政策层面上已经表明了在地区问题上进行合作的意向，如日本早在20世纪90年代初就提出了“世界中的日中关系”的概念，试图将中日关系放在一个更大的世界范围内来定位，希望与中国在一些地区和全球性问题上进行合作。中国领导人也多次表示了基本相同的看法，如1992年1月中国外长钱其琛在会见日本外相时表示：“在当前复杂多变的国际形势下，中日两国加强在国际事务中的协调与磋商，共同为本地区乃至世界的和平与发展做出贡献，这是我们的责任。”1994年11月中国国家主席江泽民在会见日本首相时说：“中日两国作为本地区重要国家，在和平与发展方面肩负重大责任，双方应当高瞻远瞩，站在地区和全球的高度，面向21世纪，推动两国在广泛领域的合作取得扎扎实实的进展，为人类的进步与繁荣做出应有的贡献。”中日两国领导人在1998年11月的《中日联合宣言》中也指出：“双方认为，中日两国作为亚洲和世界有影响的国家，在维护和平，促进发展方面负有重要责任。双方将在国际政治、经济及全球性问题等领域加强协调与合作，为世界和平与发展及人类的进步事业做出积极贡献。”2008年5月两国首脑签署的《中日关于全面推进战略互惠关系的联合声明》中也同样强调了双方的合作，双方承诺将增进政治互信，促进入文交流，在能源、环境、金融、知识产权等更广泛领域进行合作，共同致力于地区的和平与稳定以及共同应对全球性问题的挑战等等。
也就是说，中日两国都有合作的愿望，当然也为此展开了一些活动，不过这些还远远不够，目前最关键的问题是如何具体去落实双方的合作意向，其中最重要的一点就是如何具体去推进建立一个中日两国能够共同在其中发挥主导作用的东亚多边合作机制。
二、东亚现有合作机制的不足
20世纪90年代之后，随着全球化趋势的出现，世界各个地区区域集团化的趋势也有所加强。在这一趋势中，最引人注目的是欧洲联盟的扩大与发展，欧洲大部分国家都被或即将被纳入其中，使其在很大程度上甚至已经具有了一个准国家的性质。在欧盟内部，虽然仍然存在着不同的国家主权，这些国家之间的关系也并非没有问题，但联盟共同的利益正在超过或克服国家之间的一些分歧。尤其是在欧盟中发挥主要作用的法国和德国，在过去的100多年中曾多次兵戎相见，积怨甚深，但在欧盟内部两国的分歧已显得微不足道，两国对整个联盟的共同利益和责任已远远地超过了两国的分歧。
相对于欧洲，在中日两国同处的亚洲地区，区域集团化的发展却比较缓慢。在东亚地区国家之间，由于其政治经济制度、历史文化传统、现实发展水平和各自与地区外强国的关系等方面不同，目前还难以形成一个类似于欧盟那样有效的共同体，还缺乏一个能够让中日在其中发挥作用而又能够制约两国关系的多边合作机制。也正因为如此，有很多人认为亚洲不同于欧洲，东亚不同于西欧，中日关系也不同于法德关系，因此认为二者之间根本就没有可比性。但不论亚洲与欧洲有多么不同，中日关系与法德关系有多么不同，以法德为主导的欧盟的发展至少可以给我们提供一些有益的启示，它不但使两个过去曾互为仇敌的国家消除了宿怨，而且领导几乎整个欧洲走上了一条繁荣发展的道路。随着经济全球化和区域集团化趋势的加强，东亚地区或早或晚都会向着类似的方向发展，只不过我们需要人为地去推动其更快地向着这个正确的目标前进。
不过应该感到欣喜的是，在东亚地区也已经出现了一些多边合作机制的雏形，如亚太经济合作组织（APEC）、东盟地区论坛（ARF）、东盟与中日韩三国的“10 3”机制及脱胎于此的中日韩三国首脑会晤机制、中国与东盟的自由贸易区等等，也存在一些诸如图们江流域地区和澜沧江—湄公河流域地区等次区域经济合作。此外，日本等一些东亚国家也多次提出建立“东亚共同体”的设想和主张。但是，同时也应该感到遗憾的是，以上这些机制存在严重不足，或者是有地区外强国参加并在其中发挥主导作用而使中国和日本在其中难以发挥主导作用，或者并不是包括中日两国都在内的合作，或者涉及的领域比较单一而对国家总体关系缺乏有效制约，或者在组织机构上还缺乏制度化的强制措施，或者有些设想和主张太过于理想化而缺乏实际可操作性。甚至，还存在着一些包含有政治意味和排斥某些国家参加的地区合作，例如目前在美国主导下正在形成中的“跨太平洋伙伴关系协议”（TPP），就邀请日本参加而将中国排斥在外，这样肯定会不利于中日之间的合作，当然也不利于东亚地区的合作，因为不能想象排斥中国或者排斥日本而形成东亚地区真正的合作。因此，克服现有合作机制的不足，谋求建立一个中国和日本共同发挥主导作用并包括大部分东亚国家在内的综合性多边合作机制，是中日两国面临的共同任务，同时也是东亚地区走向合作的必经之路。
三、对未来的展望
面对东亚地区的现状，即使明确了任务和目标，要想真正建立起一个东亚地区的多边合作机制也不是一件容易的事。考虑到目前东亚国家的现实情况，只能选择一种渐进的方式来推动一个多边合作机制的建立，而不能急于求成，否则反而会最终破坏这一机制的建立。也就是说，现有的一些合作机制虽然还不是很健全，或者说还不是一种理想的合作机制，但必须在现有机制的基础上来进一步改进和完善，逐步克服现有机制的不足，增加其有效性，其中很重要的一个方面就是发挥中国和日本在各种合作机制中的作用。
一般来说，东亚地区只要不发生突发性的危机，经济能够持续发展，地区国家间相互依存的需要会促使东亚各国走向合作，中国和日本也会积极推进这一合作进程，如从2010年1月起中国已经同东盟国家建立起了自由贸易区，日本也在积极推进同东盟国家的全面经济合作伙伴关系，并提出要在“10 3”的基础上实现一揽子经济合作的构想，希望与东盟建立共同前进的共同体来实现整个东亚地区的合作。不过，需要注意的是，东亚的任何合作都应该有中日两国的参加，或者至少任何合作都不会造成中日两国的不信任，否则东亚的合作机制就难以建成。针对上述中国与东盟的经济合作以及日本与东盟的经济合作，曾有日本的媒体认为，这是中日两国在争夺东亚的主导权。应该说，这是一种近视的看法，因为两国在提出与东盟的经济合作构想的同时，也表明了开放的态度和对未来整个东亚合作前景的憧憬，两国与东盟之间的经济合作也是促进整个东亚合作的一个过程与环节。只要东亚国家之间的各种合作能够持续下去，就必然会导致出现一个涉及领域广泛和更加固定而有效的多边合作机制，作为东亚地区大国的中国和日本也一定会在其中发挥主导作用。
如果能够建立起一个中日两国共同发挥主导作用的合作机制，中日关系就能够像法德关系那样超越历史的恩怨与现实的对立，共同为东亚的和平与繁荣承担起责任，共同造福于两国国民。当然，两国关系未来的发展相当程度上还取决于中日两国政治家们的政策选择，但全球化与区域集团化趋势已是不可抗拒的世界潮流，中日关系只能在一个顺应全球化趋势而形成的东亚多边合作机制中才能够得到发展。
东亚的未来需要东亚国家的合作，尤其是中日这两个最为重要的国家之间的合作。因此，建立中日主导的东亚地区多边合作机制是改善中日关系和保证东亚地区和平与繁荣的唯一出路。在这一合作中，中日两国会有更多的共同利益和共同责任，在这种共同利益和共同责任不断增加的过程中，中日双边关系中的一些矛盾才有可能渐渐淡化或者消除。目前最为重要的，首先是需要中日两国相互尊重和承认各自的国际地位，至少建立一种抑制矛盾和争端而不至于使其上升为危机的对话与管理机制，并在这一前提下有意识地共同推进东亚地区的多边合作，比如建立和主导东亚首脑会议等。如果能够如此，则无疑是东亚地区的福音，同时也是中日关系的出路所在。