恰巧，哈尔西的译电员以为这句添加语有实际意义，因此未加删除就送给了哈尔西。尼米兹看后勃然大怒，认为这是哈尔西在侮辱他。一气之下，他命令第34特混舰队和一支航母特混大队回头南下，前去支援金凯德，其余两个特混大队继续追击小泽。由于哈尔西中途退出战斗，带走了强大的第34特混舰队，致使全歼小泽舰队的目的未能达到，但仍取得击沉其全部4艘航母和1艘驱逐舰、重创1艘巡洋舰（后被美潜艇击沉）的重大战果。
再说栗田，他在中午前将舰队重新集结后又向莱特湾方向驶来。但一个小时后，据报告在萨马岛东北发现美航母编队，于是他再次改变航向准备迎击来自北面的敌人。然而，整整寻找了一个下午也未发现目标。到这时，他的舰队经过三天的战斗，燃料弹药已剩下不多，人员也已疲惫不堪，迫使他不得不下令经圣贝纳迪诺海峡撤退。哈尔西企图在敌舰队进入海峡前将其击溃，但为时已晚。当他于午夜时分赶到时，只有一艘收尾的日驱逐舰还未进入海峡，这艘驱逐舰很快就被击沉。26日清晨，当栗田的舰队穿过锡布延海，来到班乃岛以西海域时，哈尔西的舰载机对其进行了最后一次攻击，又击沉、击伤巡洋舰各一艘。至此，莱特湾大海战宣告结束。在这场史无前例的海战中，日军付出了惨重的代价，共损失4艘航母、3艘战列舰、10艘巡洋舰和9艘驱逐舰。美军仅损失1艘轻型航母、2艘护航航母、2艘驱逐舰和1艘护卫舰。日本海军主力基本被消灭，从此再也组织不起一支像样的舰队来对抗美国海军了。在历时4天的海战中，麦克阿瑟始终捏着一把汗。前线情况一度告急，麦克阿瑟采取措施，稳定部队，收紧战线。其间，为使“纳什维尔”号能在紧急之时用得上，麦克阿瑟把司令部移到岸上。海战最终以美军的胜利告终，麦克阿瑟听到消息后，长吁了一口气。
海战后，许多人对哈尔西的行为提出批评，包括西南太平洋司令部里的人。但麦克阿瑟却对此表现出十分宽容的态度，他说：“不要再对此事说长道短了，哈尔西是一个能征善战的海军将领，出现失误并不能全怪他，应该直接归咎于分散的指挥、含糊不清的电文以及第3与第7舰队之间低劣的通讯系统。更明确一点说，这一险些带来灾难的事件责任在于华盛顿。在海战中，两位主要指挥官在同一海域、同一战役中作战，但却相互独立，一个归我指挥，另一个归3000多公里外的尼米兹指挥。”
从山下奉文的后背插上一刀
通过莱特湾大海战，海上的威胁虽然解除了，但陆上和空中的压力并没有减轻。
日军“联合舰队”在莱特湾的惨败，使得大本营如意计划“捷一号”作战的一条腿被打断了。但他们还有另一条腿——这就是山下奉文指挥的27万陆军。山下奉文知道，如果麦克阿瑟在莱特立住了脚，就会腾出手来收拾他。因此，在莱特湾海战进行当中，山下从吕宋岛守军中紧急抽调精锐的第1师团和第26师团，增援莱特岛。他计划第1师团在莱特西岸的奥莫克登陆，第26师团在北部港口卡里加拉上岸，这两支部队将汇合成一股，在10天内夺回塔克洛班。战前，山下信誓旦旦地对手下官兵说：“现在我们要登上舞台中心了，我们要像在巴丹那样击败麦克阿瑟，不过这次我们还要活捉他！”
但是，山下打错了算盘。很快就传来消息：栗田舰队失败了。山下奉文第一次有了不祥预感。此时，由于运输舰船不足，日军向莱特增援的速度很慢。鉴于这种情况，山下被迫改变了决定，他命令上岛的增援部队与溃退下来的第16师团残部在莱特岛北部高地掘壕据守，组成所谓“山下防线”，先堵住美军，然后再伺机反击。
由于金凯德的护航航母大队和哈尔西的第38特混舰队在海战后需要撤回基地进行休整和补给，因此，肯尼的陆基航空兵便担负起地面作战的全部空中支援任务。但当时正值雨季，倾盆大雨不住地下，使岛上的机场变成一片泥沼。只有塔克洛班的机场尚可勉强使用，但土质也不好。工兵部队昼夜奋战，在跑道上铺设钢板，终于在10月27日接待了肯尼的第一批34架战斗机。后来，肯尼曾多次试图再进行增援，但由于机场小容不下很多飞机，加之日军不断空袭，因而进展不大。这样，日军实际上掌握了莱特岛的制空权，他们大肆空袭金凯德的舰队，使其遭受严重损失，同时频频攻击美军地面部队，使之前进受阻，并有效地掩护了其向莱特增兵的任务。至11月上旬，日军运兵船通过奥尔莫克港共向岛上输运了5万部队，几乎未受到任何阻碍。在这种情况下，麦克阿瑟不得不再次请求哈尔西的第3舰队前来支援。
此时，麦克阿瑟的地面部队正在向西、北两个方向挺进，但泥泞的道路和日军的空袭给美军的行动带来极大的障碍。给养跟不上去，通讯线路又常常中断，肯尼有限的飞机则集中去攻击日军的增援补给基地奥尔莫克，无力为地面战斗提供空中支援。所有这一切，都减慢了部队的推进速度，并带来很大伤亡。美军先头部队第24师艰难前进，但到了11月份，还是被阻挡在莱特岛北端的一个在地图上没有名称的山岭下，不能前进。
11月6日，麦克阿瑟随身带着几个参谋来到了第24师正面。此时，该师已经被阻挡在这座山岭前一个星期了。不夺占该山岭，美军就无法深入莱特岛北部山区，更重要的，日军可以凭借这个山岭的掩护，源源不断地运来援兵和补给。因而，这个山岭成为美日双方争夺莱特岛的关键。
麦克阿瑟在山坡下临时搭建起来的帐篷里找到了第24师师长赛伯特，当时天上正下着没完没了的雨，帐篷内的积水已到了膝盖下。一个士兵正在用钢盔往外舀水，赛伯特坐在用弹药箱支起的桌子上察看地图。见到总司令来到自己的指挥所，赛伯特一下子跳了下来，连忙向麦克阿瑟敬礼，嘴里咕哝了一句：“这个鬼天气！”
“嗬！你倒很轻松，我问你，你为什么在这里停止了一个礼拜？”麦克阿瑟劈头就问。
“报告将军，敌人的工事太坚固了，天气也……”
“我不管这么多，我要你在一个礼拜内必须达到山那边，夺取奥尔莫克港，否则你就回家养老去吧！明白吗？”麦克阿瑟发火了，他背着双手，眼睛紧紧盯着赛伯特，像凶神一样。在部属面前，麦克阿瑟很爱发火，这次他确实急了。按计划他必须在月底前拿下莱特岛，准备进攻吕宋。现在，莱特岛的三分之二还在敌人手中。
看到麦克阿瑟发火的样子，赛伯特不敢马虎了。麦克阿瑟走后，赛伯特立即把各团军官召集到他的帐篷里，开了一个紧急会议，研究下一步打法。
当天下午，美军重新开始向山岭发起进攻，约一个连的部队从侧面袭击。但是日军早有戒备，进攻很快被击退了。次日一整天，美军不断发起大规模进攻，但未能攻破日军防线。
11月8日拂晓，天空灰蒙蒙的。接着，又很快黑了下来，台风带着豆子大小的雨点顷刻间就席卷了整个山岭。棕榈树被吹得像弯弓，有些被拦腰折断，有些被连根拔起。山上一人多高的茅草被大风吹得像怒涛汹涌的大海。
突然间，大炮齐声轰鸣，炮声和风雨雷电竞相怒吼。美军一个步兵团在暴雨中向山上冲去。不时有人从泥泞的山坡上滚下来，搞不清是被击中了，还是滑倒的。眼见美军已冲上山岭，但是日军的机枪突然从一个个碉堡里、山洞里吐出长长的火舌。冲上山顶的美军一排排地倒下了。
就这样，山岭得而复失，失而复得，反反复复几十次。到11月底，山岭仍然控制在日军手中，倒在山脚的美军尸体有几千具。
日后，美军就给这道山岭起了个名字——断头岭。
麦克阿瑟一直关注着“断头岭”的争夺，到11月20日，他看到第24师仍毫无进展时，不得不把留作准备攻打吕宋的第1骑兵师调上去，增援第24师。
这期间，克鲁格曾试图向南迂回从背后攻打奥尔莫克，但为日军沿西海岸2号公路部署的重兵所阻。下旬，美军以猛烈的炮火突破日军防线，夺取了“断头岭”，进至利蒙。但日军仍顽强防守着奥尔莫克走廊的所有入口，他们一面收紧防线，一面组织局部反攻，企图在伞兵配合下夺取美军机场。
为避免莱特变成第二个孤岛，尽快结束战役，麦克阿瑟调来第32师和第11空降师，使岛上兵力增至18万人。同时，他认识到，必须关闭日军进入莱特的“后门”，切断其在奥尔莫克的补给线，这样才能为最后在莱特取得胜利创造决定性的先决条件。于是，他提出一个大胆的计划：在正面进攻的同时，派一支兵力在奥尔莫克登陆，从背后突然分割敌人，与正面部队协同歼敌。
12月7日，克鲁格让新调来的第77师乘登陆艇和驱逐舰，绕过莱特岛南端迂回到西侧，在奥尔莫克以南3英里处登陆。由于这次行动完全出乎日本人的意料，所以登陆部队几乎未遇抵抗，很快便建立了稳固的滩头阵地，并向奥尔莫克发动进攻。12月9日上午，美军突破了奥尔莫克的防线，攻入奥尔莫克市区。得知这个喜讯，麦克阿瑟欣喜若狂，他迫不及待地对呆在司令部里等待消息的记者们宣布：“我们已在‘山下防线’的背后插上一刀，敌人已成瓮中之鳖，我们的胜利不久就会到来。”
美军攻占奥尔莫克，将日军一分为二，割成南北两部分。随后，第77师以主力向北发动进攻，于21日同南进的第10军会师，从而控制了岛上大部分地区。山下奉文在莱特岛上的防御终于崩溃了。
12月26日，麦克阿瑟召开记者会，宣布：“除少数地方要肃清残敌外，莱特岛战役可以说已经结束了。山下奉文遭到了日军历史上最惨重的失败。”
此时，莱特岛仍有零散的残敌。麦克阿瑟把扫荡残敌的任务交给艾奇伯格，让其接管第6集团军（改称第8集团军），而克鲁格则去指挥真正的第8集团军（改称第6集团军），其用意像第5舰队改称第3舰队一样。日军残部各自为战，他们在没有任何食物和弹药补给的情况下顽强坚守每一个高地，直到战至最后一个人。很多人都在毫无希望的情况下切腹自杀。直到第二年的4月，美军才最终肃清了残敌，完全控制了莱特岛。
在莱特岛战役中，日军除1000人撤离、800余人被俘外，其余约7万人被击毙或病饿至死。美军也伤亡惨重，仅阵亡就达3500余人。
战役结束后，菲律宾政府授予麦克阿瑟一枚勇敢勋章（相当于美国的国会荣誉勋章）。
马歇尔将军发来贺电：“祝贺你们的战斗取得了伟大的成功。……”
碰巧的是，就在莱特战役结束之际，美国国会为了鼓励在这场史无前例的大战中做出贡献的统帅，创立了一种新的特级军衔——五星上将。麦克阿瑟与马歇尔、艾森豪威尔等一道被授予陆军五星上将。同时，莱希、欧内斯特·金、尼米兹被提升为海军五星上将。12月24日，马歇尔通知麦克阿瑟：
美国众、参两院分别于12月11日和15日通过一项法案，决定授予你陆军五星上将军衔。
第二天，在麦克阿瑟的司令部里举行了简单的仪式，菲律宾总统也前来参加。参谋人员把新领章钉在麦克阿瑟的衣领上后，他发表即席讲话：“作为这次作战的总指挥，我对所有的指战员，对你们在最困难、最危险和最复杂的情况下表现的决心，刚毅和勇气，表示敬佩和感谢！……”