从菏泽县城到黄河南岸（约四五十里）有一条经吴家店、高楼案的大道。高楼寨北面，有许多道防堵黄河泛滥的河堰，河堰上下柳林密布，捻军主力就埋伏在高楼寨以北的村庄，河堰和柳林中。1865年5月17日，僧格林沁率军追至菏泽之西、高楼寨之南的解元集地区。捻军派山少数部队迎战，且战且走，诱使僧军步步向高楼寨地区深入。18日中午，僧军进至高楼寨，顿时号角齐鸣，声雳原野，埋伏在那里的捻军将士们奋勇出击，挺矛持刀，袒臂鏖战。僧格林沁分兵三路：翼长诺林丕勒、副都统托伦布等率左翼马队，总兵陈国瑞、何建鳖各领本部步队，是为西路；副都统成保、乌尔图那逊等领右翼马队，总兵郭宝昌率本部步队，是为东路；副都统常星阿、温德勒克西等各领马队，是为中路。捻军亦分三路迎战。西路鏖战二小时左右，捻军稍却。适中路捻军将常星阿部清军击溃，立即支援西路捻军向敌人发起反击，将西路清军歼灭。与此同时，东路捻军亦将敌军击溃。在后督队的僧格林沁只得率残部退入高楼寨南面的一个荒圩。捻军乘胜追击，立将该圩团团围住，并在圩外挖掘长壕，防止敌人突围。当夜三更，僧格林沁率少数随从冒死冲出，当落荒逃至菏泽西北十五里的吴家店时，被一青年捻军战士砍死在麦田中。
高楼寨之战，捻军全歼僧格林沁的蒙古马队，使清军的精锐骑兵损失殆尽。副都统成保奏称：“我军失利后，马步兵勇收集无多”。曾国藩也说：两年来僧军屡挫，捻军“夺官马至五千余匹之多，自此不可复制”。薛福成在《科尔沁忠亲王死事略》中称：“陈国瑞所部步队四千覆溃几尽，国瑞仅以身免，……总兵何建鳌、内阁学士全顺，皆死于阵。”这次作战，是捻军在抗清斗争中取得的一次重大的胜利，也是运用运动战取胜的一个典型的战例。捻军发挥快速流动作战的特长，牵着僧军盘旋打圈，使其精疲力竭，同时伺机反击，消耗敌之兵力，挫伤其士气，最后在地形和群众条件都对捻军有利的地区，一举全歼穷追之敌。僧军方面，由于僧格林沁盲目轻敌，一味穷追，后方供给不继，部队饥疲交加，士气日益低落，加上得不到豫、鲁清军的有效配合，遂为捻军提供了打歼灭战的有利条件。
二、粉碎曾国藩“以静制动”的攻捻方略
（一）曾国藩“以静制动”的攻捻方略
僧格林沁军覆灭后，清廷深恐捻军渡过黄河，北攻直隶，威胁京畿，从1865年5月下旬开始，进行了一系列新的部署：命两江总督曾国藩携带钦差大臣关防，统领所部各军，前赴山东，于北面驻扎“督剿”，继又令其督办山东、河南、直隶三省军务，所有三省旗绿各营及地方文武员弁，均归节制；命直隶总督刘长佑驻军大名一带，扼守黄河天险；催调提督刘铭传所部淮军迅速北上，“力固畿南门户”；命三口通商大臣崇厚率领经英国人训练的天津洋枪队，进驻景州（今河北景县），堵截捻军；命署两江总督李鸿章于所部各军内拨派精锐若干，由上海乘轮船前往天津，增援直隶，命醇郡王突环统领京城旗绿各营，“密筹布置”，守卫北京。
曾国藩在接到清廷的命令后，一方面故作姿态，力辞节制直隶、山东，河南三省之命，并以种种理由拒绝迅速北上，以免仓促上阵，重蹈僧格林沁全军被歼的覆辙；另方面积极进行作战准备，并向清廷提出了新的攻捻方略。他认为捻军骑多步少，行动迅速，“飘忽靡常”，因而主张重点设防，“以静制动”，即所谓“各练有定之兵，乃足以制无定之贼”。后来他又一再重申采取这种攻捻方略的必要性，声称“细观贼情，已成流寇行径，若贼流而官兵与之俱流，则节节尾追，著著落后。……虽终岁奔波，终无大损于贼”。强调要在捻军“必经之途，驻扎重兵”，“变尾追之局，为拦头之师，以有定之兵，制无定之寇”。据此，曾国藩提出如下具体方案：由他坐镇徐州，负责捻军经常出没的四省十三府州（即安徽庐州、凤阳、颖州、泗州，河南归德，陈州，山东兖州、沂州、曹州、济宁，江苏淮安、徐州、海州）的攻剿事宜，四省的其它地区则由各省巡抚负责。四省分别以临淮、周家口、济宁、徐州为“老营”，驻扎重兵，多锗粮草弹药，以为重镇。他认为这样一来，就可做到“一省有急，三省往援。其援军之粮药，即取给于受援之地，庶几往来神速，呼吸相通”，“四省有首尾相应之象，而诸军无疲于奔命之虞”。
曾国藩煞费苦心制定的攻捻方略，其用心非常狠毒，但是，这一方略并不能解决地广兵少的矛盾。且不说捻军可以避开这十三府州的重点设防区，即使在上述重点设防区内，捻军依然可以在乡村纵横驰骋，摧毁地主民团的圩寨，并伺机伏击由城市出援的清军。此外，清军重兵集中于主要城市，广大地区的兵力就相对薄弱了，加上奉调北上的湘军、淮军与各省防军之间矛盾重重，使捻军仍有继续流动作战的条件。
1865年6月18日，因镇压太平天国“有功”而被封为“一等毅勇侯”的曾国藩，在清廷的一再催促下，离开金陵，沿运河北上，踏上了镇压捻军的反革命征途。
（二）捻军继续流动作战
高楼寨之战后，山东清军兵力空虚，仅有丁宝帧所部三千人扼守济宁，“能守而不能战”，而捻军新胜，士气大振，兵强马壮，“纵横自便”。如果捻军此时不失时机地挥军北上，不但济南指日可下，而且可以更加沉重地打击清军，开创新的局面。但是，当时由于捻军首领们对尔后的进军方向“争言不决”，有的主张“先陷济南”，有的主张“北趋直隶”，有的主张“渡黄由豫入陕”，以致在近半个月的时间里，数万部队徘徊于黄河以南、运河以西的菏泽、曹县、城武、定陶、郓城、巨野、濮州、范县、金乡、济宁地区，虽然队伍有所发展壮大，但较长时间无所作为，失去了乘胜进攻的良好时机。及至得悉“京师有备”，自知难以渡河北上，赖文光等才于6月1日率部自汶上袁家口等处渡过运河东进。由于此时济宁，济南等地清军防守已经加强，捻军随即回到运河以西的嘉祥。这时，张宗禹已率部南下安徽，赖文光，任化邦等便接踵南下，谋与张宗禹等会合，恢复蒙亳一带的捻军基地。
张宗禹、赖文光等部捻军先后返回蒙亳地区后。即向当地清军发起进攻，相继占领了一些乐镇和圩寨。6月18日，捻军攻占高炉集，切断驻涡阳（即雉河筑）的安徽布政使英翰所部的粮道。6月21日，捻军三四万人乘胜进围涡阳城。这时，奉调开往徐州的总兵易开俊部清军三千人已行抵蒙城，曾国藩也于6月30日到达江苏清江浦。英翰接连消援于曾国藩，曾即命提督黄翼升率所部水师由高良涧（今江苏洪泽县）入洪泽湖，沿淮河西上，命总兵周盛波等部由徐州赴宿州以援蒙亳，命提督刘铭传部自济宁驰回徐州“以拯皖北之危”，自率部分湘军进驻临淮关。接着，漕运总督吴棠命总兵姚广武率部由濉溪口、临涣集出发，河南巡抚吴昌寿命总兵张曜、宋庆两部豫军由商丘出发，安徽巡抚乔松年命总兵张得胜、副都统克蒙额等部皖军由颍上、太和出发，驰援被困于涡阳的皖军，对捻军形成包围态势。捻军久攻涡阳不下，粮药将尽，在各路清军步步逼近的情况下，不得不于7月25日撤围，西走河南。
捻军分南北两路深入豫境：北路由张宗禹等率领，经商丘、柘城、太康，扶沟、鄢陵、许州、襄城、郏县、宝丰、鲁山，南走南阳府，南路由赖文光等率领，经沈丘、淮宁、周家口、西华、临颍、郾城，复折往东南，趋西平、上蔡等地。
曾国藩在捻军分两路进入河南后，仍坚持其专办十三府州攻剿事宜的方针，他认为张宗禹一路已进入豫西，“万难追及”，而赖文光一路进入陈州，属于十三府州，便派刘铭传等部跟踪追击。9月23日，曾国藩自临淮移营徐州。其时，赖文光一路捻军已由河南新蔡进入安徽阜阳县西部的瓦店集、迎仙集一带，刘铭传等部淮军以及豫军、皖军等正从周家口、徐州、颍州、固始等地压来，妄图多面夹击，一举消灭捻军。10月1日，凹张寨一战，捻军失利，赖文光及时率军撤出，由周家口北趋西华、太康、睢州，从考城入山东，活动于曹县、定陶、郓城，菏泽等地。
曾国藩唯恐捻军进入山东半岛富蔗地区，便一面命驻防济宁的潘鼎新部淮军扼守运河，一面命总兵张树珊的步队，副都统色尔固善的马队以及徐州的清军北上山东，跟踪捻军；并从苏南调总兵杨鼎勋、郭松林等部进驻宿迁、徐州，以为后援；还命刘铭传、周盛波两部淮军分别进驻周家口、归德，防备捻军南下。清廷对曾国藩在山东围堵赖文光部的部署虽感满意，但对进入豫西的张宗禹部却忧心忡仲，认为该路捻军“不西趋秦境，必北扰晋疆”，而曾国藩所率清军多在东路，实有鞭长莫及之势。为此，拟命李鸿章率总兵杨鼎勋等部驰赴河洛一带，进剿张宗禹部，兼顾山西、陕西门户。接着，又令正在赣南镇压太平军余部的鲍超所部湘军赶赴豫南。曾国藩深知，如果李鸿章督师豫西，必然从东路将淮军调走，使他失去依恃，于是上奏清廷，建议暂勿令李鸿章赴河洛。清廷采纳了他的意见。
就在反动派频繁调兵之际，赖文光等已率捻军由山东进入江苏丰县、沛县、砀山、徐州一带，取得粮食和兵员补充后，又西进河南，于11月底与从鲁山、宝丰东进的张宗禹所率捻军会师于扶沟，随即西趋襄城、叶县、舞阳一带。
（三）曾国藩“以静制动”方略的彻底失败
捻军不断深入河南流动作战，而湘、淮军一般只守据点，不积极攻剿，使新任河南巡抚吴昌寿兵饷两绌，一筹莫展。他在给清廷的奏报中，一方面诉说“豫省军务种种棘手，势处万难”，另方面对曾国藩名为督办三省军务，实仅株守十三府州之地，表示不满。12月14日，清廷谕令曾国藩。统筹全局，前往应援”，并告诫他“未可株守一隅，致误事机”。与此同时，曾国藩也因捻军主力全部进入河南，不得不对其攻捻方略进行一些改变，表示“不复拘泥十三府州之说”。他一面坚持仍在济宁、徐州，临淮、周家口四处驻扎重兵，以备“迎头截击”，一面令李昭庆部淮军万余人奔赴河南，与原驻周家口的刘铭传部淮军万余人“同作两支游兵，仿照僧格林沁之法”，与捻军“纵横追逐，使之不得休息”。曾国藩还准备将其大营由徐州移往周家口。
在曾国藩尚未变更部署以前，捻军即已分路疾驰南下：赖文光等率部自临颖、郾城走西平、遂平、确山、正阳、罗山、光州；张宗禹等率部自襄城、叶县走裕州（今方城）、唐县（今唐河）、邓州。1866年1月，捻军各部先后进入湖北，赖文光一路在麻城、黄州（今黄冈）一带活动，张宗禹一路在襄阳、枣阳一带活动。1月18日，赖文光，任化邦郎乘清军提督成大吉部哗变之机，发起进攻，成大吉仅率少数清兵从麻城逃往滠口。捻军遂占黄陂筹地，威胁武汉。2月18日，捻军又于黄陂东南的街埠一带大败清军，毙总兵粱汉胜等多人。
捻军在鄂东连打两次胜仗，湖广总督宫文急忙消求援兵。曾国藩命总兵喻俊明等率水师驰赴武汉，令刘铭传率所部淮军由周家口驰赴湖北黄州，令浙江提督鲍超率所部湘军进驻豫、鄂交界地区，听候调遣。当援鄂清军刚到湖北，捻军又甩掉敌人北上，经河南进入山东。4月11日，张宗禹郎在安兴寨（今菏泽东北）击败总兵杨飞熊部八营清军，13日，又在龙堌集（今巨野西南）大败总兵王心安部八营清军，20日，在郓城西北的柳条圈又败潘鼎新所部淮军。26日，赖文光部也到达郓城境内，两支捻军重又汇合。
4月29日至5月7日，捻军三次抢渡黄河，运河均未成功，遂又分兵两支南下：张宗禹等率部走河南虞城、宁陵，归德等地；赖文光等率部南进江苏丰县、砀山，邳州、宿迁等地。6月15日，两支捻军在徐州汇合，旋又分开。张宗禹部由丰县、砀山走河南虞城，宁陵、睢州、杞县，又南下太康、陈州，从周家口渡过沙河，由郾城西进：赖文光部走安徽宿州、怀远，渡过涡河趋凤台、太和，然后入河南境内。捻军一直在曾国藩所圈定的重点防区内往返穿插，流动游击，使其“以静制动”的方略彻底失败。