这一阶段，嘉业堂藏书楼在全国图书馆系统中具有较高的地位，编目部主任周子美加入了中华图书馆协会，1929年1月参加了协会的第一次年会，并成为协会宋元善本书调查委员会十二位委员中的一员。同年，刘承干被聘为中华图书馆协会参加第一次国际图书馆会议中国委员会的委员，嘉业堂刊刻的《邠州石室录》、重刻蜀大字本《史记》参加了国际图书馆会议的展览。同时嘉业堂与国内其他图书馆、出版机构、私人藏书家的往来也十分频繁，进行业务交往和古籍的互通有无。其时，全国着名的藏书家如傅增湘、张元济、徐乃昌、刘世珩、潘明训、张钧衡、蒋汝藻与刘承干有密切的交往，北大校长蔡元培、光华大学校长张寿镛等知名人士均到访过藏书楼。商务印书馆刊印百衲本二十四史时，张元济曾向刘承干借过《旧五代史》、《明史考证捃逸》等书，并借了宋版《汉丞相诸葛武侯传》、《窦氏联珠集》、《鹤山先生大全集》刊入《四部丛刊》中。
数尽则穷，盛满则衰，至1934、1935年间，刘承干已开始零星卖书，将宋刊蜀大字本《史记》、宋白鹭洲书院本《汉书》、一经堂本《后汉书》、宋刊元补本《三国志》、淳佑刊《窦氏联珠集》等书卖给了“专购宋元刻本”的宝礼堂潘明训。其他如藏书楼内部制度不够完善、刘承干兴趣全部转移到商业活动上均是造成藏书楼走向衰落的主要因素，尤其是日本的侵华更是加快了嘉业堂的中衰。
1937年杭嘉湖地区沦陷后，藏书楼工作全面停顿，仅留下一两人留守。在拒绝日本人所谓“驻兵保护”的要求后，刘承干通过贿赂伪军，于一日夜间用船将三万余册珍本运往上海寓所，其中大多为明刊本，其余也有清乾隆以前的版本。对无法运走的书籍均抽去第一册，并将它们藏入刘氏家宅的天花板之上。日本人收罗中国古籍一重版本，二重全帙，而藏书楼的大量珍本已被刘承干运往上海，且留余的书又被抽去首卷，日本人因此认为书楼价值不高，于是为了宣传的需要，借松崎与刘承干相识的关系，做了个顺水人情。刘承干先生在《求恕斋日记》中自述：“当日兵战时，曾为松崎鹤雄号柔甫，是王壬秋弟子，通中文，昔在大连曾与往还者，函致上海派遣军总司令松井（渠为妻舅）嘱为保护，由松井派牧次郎（杭嘉湖司令官）到南浔出示保护，并见今上御匾，行立鞠躬，颇客气。”这一时期，嘉业堂藏书楼的衰落还表现在刘承干的几次大规模散书上。
第一次规模较大的散书是在抗战时期卖给中央图书馆的明刊本1200种，稿本30余种。其过程大致如此：抗战爆发后，南京中央图书馆内迁重庆，得到一笔下拨的建筑经费，但当时法币贬值极快，管理中英庚款董事会的朱董事长骝先先生，提议将原拨本馆之建筑费移购善本图书。于是，中央图书馆馆长蒋复聪奉命至港沪收购，而吴兴张氏、刘氏、金陵邓氏、番禺沈氏诸家之书乃归诸本馆。刘氏的书是经郑振铎、徐森玉、张元济的介绍而与蒋复聪秘密成交的。这批书价值很高，其中不乏善本，成交后书被运到香港，但不巧为日军发现并掠到日本。
抗战胜利后方重归我国，1949年移往台湾。
第二批大规模卖出的是400余种明刊本，它们都是经买主张叔平精心挑选的，内中同样有不少善本，但其价值则稍逊于中央图书馆所购的那批书，现收藏于杭州大学图书馆善本库。
就笔者目前所掌握的材料来看，抗战时期刘氏大规模的卖书仅此两次，但零星卖书还有一些，如牧次郎到南浔向刘氏“要当地志书，因送湖州府乌程、归安二县及南浔镇志，价买《永乐大典》四十三册，计四万三千元”。这部《永乐大典》残本不久送到了满铁图书馆。
由于抗战时期藏书楼元气大伤，之后便一蹶不振，庋藏混乱，图籍破损。1949年渡江南下的中国人民解放军遵照周总理妥善保护天一阁和嘉业堂的指示，留下一排战士专门保护藏书楼，陈毅并在攻打上海前专程视察了藏书楼。
全国解放后，人民政府就接管了嘉业堂，浙江图书馆和嘉兴地区图书馆派了大批工作人员来楼整理混乱不堪、尘封蠹蚀的藏书，经四个月的时间方才整理就绪。“造具清册时，共有书籍十一万余册，杂志三千余册，自刻书二万余册，木板三万多片，这就是解放时嘉业藏书楼的主要家底。”此后，嘉业堂一直是浙江图书馆的外县分馆。
如前所述，南京沦陷后，刘承干曾将三万余册古籍运到上海寓所，那么，这批书（除卖给中央图书馆和张叔平的外）在建国后的命运如何呢？根据材料来看，一部分书由刘承干或赠或卖与他的亲朋好友，如复旦大学中文系的王欣夫教授就得了45种，而大部分则分别归属于复旦大学图书馆、北京中国书店、天津中华书店等处。
据华东师大周子美先生介绍，解放后刘承干收入减少，于是委托他和王欣夫找买主，因此，复旦大学图书馆向刘承干购买了一部分古籍。又据当时去刘家购书的复旦大学图书馆潘继安先生说，复旦大学图书馆曾先后三次购买了刘氏藏书。
第一次是1954年，刘承干以每本0.35元的价格出让清刊本2037种，其中经部132种，史部393种，子部160种，集部1133种，志部170种，丛部49种，不少为乾隆以前的善本。第二次主要是抄本。其中以刘承干在民国初年花数万元从国史馆抄出的《清实录》、《清史列传》价值最高，成交价为6000元。
第三次主要是明刊本，外加2部假宋本《列女传》、《韩昌黎集》，这批书是刘承干预先搭配好的，买主不能挑选，每本价格5元，其中不少为海内孤本。复旦大学图书馆与刘承干原本还有第四次接触，该批书也是刘氏预先搭配好的，2部假宋本加一批明刊本，但由于刘氏开出的书目中有三分之一复旦已有收藏，且当时古籍书店出售的明刊本开价与刘氏相仿又能挑选，故未成交。北京中国书店、天津中华书店分别于1958年从刘承干处购买了一些书。“北京中国书店李新乾同上海书店李大宸持叶荛城介绍信来，要看书。”天津中华书店的王仲珊也是由李大宸陪同到刘家的，“上海书估李大宸同天津中华书店王仲珊来，二次成交书籍”。在此之前，北京某国营书店也与刘承干成交了一批书，“北京书估葛鸿年由春藩同来，以《永乐大典》三十七册（按：此为刘氏抄本，非嘉靖、隆庆间抄本）售去，每册四十元，又明版《昭代典则》二十册一百元”。
百代兴亡朝复暮，江风吹倒前朝树，盛极一时的嘉业堂藏书至此大概已经散失殆尽了。综观嘉业堂藏书史，自兴起至衰落前后不过半个世纪，呈现出兴起得快衰落也快的特点，这种“自我得之，自我失之”的流星般的藏书过程是由许多原因造成的。虽然嘉业堂藏书历史不长，藏书楼本身也存在许多不足之处，但是刘承干在中国近代藏书史上还是应该占有一席之地的。“他是中国近代史上私家藏书最多，花费精力、金钱最多的一个，远远超过清代以来私人藏书家的巨擘，毫不过分。”他不守历代藏书家只重宋元本的陋习，而是广收博取，对于保留古代典籍起了巨大作用。