1999年，由财政专户集中的纳入义乌财政第二预算的预算外资金就达5.1亿元，是当年义乌市地方财政预算收入的1.42倍多，如果考虑到各个部门留用的预算外资金，则义乌当年预算外资金将超过10亿元；2000年，义乌综合财政预算收入为21.4亿元，其中预算外资金达到12.64亿元，是当年义乌市预算资金的1.44倍。另一方面预算内资金增长速度也不断加快，特别是1994年财政体制重大改革之后，义乌市小商品市场的迅速发展，使得义乌市地方财政收入迅速增加。1998、1999、2000年义乌市地方财政收入分别为26246万元、35848万元、49950万元，2000年比1998年增长了90.31%，年均以38%的速度增长；2000年义乌市完成财政预算总支出49058万元，比1998年的27488万元增长了78.47%，年均增长33.6%。财政收支的迅猛增长，尤其是财政预算外资金的迅猛增长，客观上要求有一个较为健全的、能够统筹安排的、科学合理的预算分配机制。但当时由于受制于预算外资金的管理体制，预算外资金主要由执收单位使用，不纳入政府预算。义乌市虽然在1996年打破了这一管理体制的束缚，从各预算单位集中了部分预算外资金建立了财政第二预算，用于经济建设，并且于1999年以制度形式加以规范，但相当部分的预算外资金还是游离于政府统筹之外，部分资金甚至脱离财政监督和管理。而掌握在部门和单位手中的预算外资金，由于其使用具有很大自主性，所以使用时往往仅从部门和单位的局部利益出发，很少考虑整体利益，结果在资金投入的用途和规模上往往会出现重复建设、盲目投资的现象，造成公共资源的浪费和资金使用效益的低下。
从预算管理模式和运行机制看，当时我国无论是政府预算管理还是单位预算管理，都处在尚不稳定的改革转型期，管理中发挥作用的还是原计划经济时期形成的模式和机制，整个财政管理仍然带有计划经济管理模式的烙印。因此，随着市场经济条件下公共财政体系框架的逐步确立，无论是政府预算管理还是单位预算管理，与公共财政要求都产生了很大的差距。就政府预算管理而言，义乌市在推进公共财政过程中运用我国原有预算管理模式进行财政预算管理，实践中产生了许多矛盾和问题：预算编制、执行、监督职责界定不清，相互交叉分散，财政各科室职能混乱，互相“扯皮”；预算编制方法不科学，资金分配不合理，传统的“基数加增长”使核定的支出指标容易与实际情况脱节；预算编制时间短且粗，预算编制往往只有短短的两三个月，客观上使得预算安排先天不足；预算内外资金“两张皮”，政府预算内容不完整；预算执行环节管理弱化，财政资金使用效益不高；财政监督不力，财政监督缺乏有效的机制，对财政资金运行全过程的监督相对弱化。就单位预算管理而言，虽然1996年改革了原来“全额拨款管理、差额拨款管理和自收自支”的三种单位预算管理方式，但行之有效的预算管理方式并未形成，实践中采用的还是“全额、差额和自收自支”的管理方式。这种管理方式的缺陷：一是只注重财政拨付单位的预算资金的管理，而忽视单位预算外资金和其他资金的使用管理；二是过分强化了单位预算经费包干的激励机制，而弱化了单位财务管理的财政监督机制。其结果一方面加剧了各单位竞相争经费、提高预算支出基数的博弈，财政常常陷入当年预算还未批复，但单位要求追加预算经费的报告已经纷纷提交财政的窘境；另一方面单位又利用财政忽视对单位非财政预算资金管理和单位财务财政监督弱化的缺陷，不断利用各种资源包括权力资源制造收费机会来增加单位收入，最终又基本转化为包括职工福利在内的单位福利。导致财政对单位执收的非税收入监控困难，单位开支标准难以控制，单位定员定额管理流于形式；资金浪费与挤占、挪用专项经费并存，甚至“小金库”在一定范围内还能得以生存。
正是基于上述背景，义乌市首先在原财政第二预算基础上开始了财政综合预算的改革探索。义乌市的财政第二预算，是指采用复式预算组织形式，在政府经常性预算基础上，对具有指定用途不能统筹安排的政府性基金收入、部分财政专项资金以及政府按比例集中的预算外资金部分，参照政府预算编制方法单独编制但不列入政府预算，仅作为政府预算补充的一种预算形式。其预算内容打破了预算内外的资金界限，按照预算内、外资金综合平衡的思路，把基金类收入（包括土地出让金收入）、国有产权类收入、行政事业性收费以及从财政专户中按一定比例集中的政府预算外收入纳入第二预算管理，参照预算管理的办法每年编制预算，经市政府常务会议审议通过，由财政部门实施。财政第二预算虽然改善了当时的政府资源配置方式，提高了政府宏观调控能力，但就其预算形式而言，它存在着许多制度性缺陷：破坏了政府预算的完整性；违反了我国《预算法》规定的预算编制程序。就其功能而言，虽然将部分预算外资金纳入了政府预算范畴，但进入第二预算的预算外资金毕竟只是部分，相当数量的预算外资金不能统筹安排，在使用上缺乏计划性和综合性，因此并未达到统筹安排使用财政资金的功效。义乌市的地方财力仍然主要依靠有限的预算内收入，财政对预算外资金的调控能力十分有限。
因此，为了从根本上改变预算内外资金两张皮、政府预算内容不完整、公共资源配置不合理、财政资金使用效益低下的状况，义乌市从2000年开始，将第二财政预算内容列入了政府预算，并在此基础上开始编制包含政府所有收支内容的政府预算，成为全国第一个完整的财政综合预算。
但是，财政综合预算的编制和执行，一是需要预算单位真实的基础数据，二是需要完善的政府性收支管理制度，三是需要有效的单位预算管理体制。
鉴于此，义乌市财政经认真探索和反复研究，决定按照综合财政预算管理的思路，以资金管理为中心、以部门综合预算为切入点，重新构建以财政综合预算为主要内容的预算编制、执行、监督“三分离”的财政预算管理运行机制和单位预算管理机制。为此，2000年义乌市政府下发了《关于推行综合财政预算管理办法的若干意见》（义政〔2000〕13号）的通知，义乌财政由此再次展开了从资金管理到预算编制、执行、监督的一系列改革探索，并随着改革的推进陆续出台了关于经费标准、单一账户直接支付办法、政府非税收入管理办法、政府性债务管理办法等相关管理制度，废除了原来的预算外资金管理办法和财政第二预算。经过连续几年的改革，最终形成了富有地方特色的综合财政预算管理模式。
（二）改革的基本内容和运作模式
1．改革的基本内容
义乌市综合财政预算管理改革，其基本内容可概括为探索资金管理方法、深化和完善部门预算、改革单位预算管理方式、创新政府采购制度、规范政府性债务管理等。
（1）完善资金管理方式，实行政府非税收入收支分线、资金统管首先，清理预算单位银行账户，建立行政事业单位银行账户管理台账。
1998年和2003年分2次由市纪委牵头，组织财政、审计、人民银行、监察局四家单位联合对全市339个行政事业单位2843个账户进行全面清理，取消所有执收执罚单位的收入户和收入过渡户，建立了行政事业单位银行账户管理台账，比较全面地掌握了账户开设情况。其次，清理、规范收费项目，建立完整的非税收入项目库。根据非税收入灵活性、专项性、不稳定性等特点，在全市开展了非税收入项目清理工作，取消了一批不合理项目，对留存和新增收费项目，按上级财政和物价部门规定，严格审批管理，建立了完整的非税收入项目库；同时实行收费项目和标准公开，主动接受群众和社会力量的监督。
再次，依托预算单位银行账户管理台账、非税收入项目库，建立非税收入征管信息系统。义乌市通过自行设计开发了全省第一个非税收入征管信息系统，建立了单位开交（缴）通知书、银行开票兼收款、资金直接进入专户的非税收入执收征管系统。征收管理工作的信息化，统一和规范了收、罚款票据，并通过实行当事人上银行交款、资金直接进入财政专户和国库、票据通过电脑自动结报的管理方式，实现了收支分线，确立了行政事业性收费和罚没款的“票款分离、罚缴分离、银行代收、财政统管”的收入管理模式。第四，在非税收入征管信息系统基础上，开设义乌市政府非税收入征收汇缴专户。义乌市人民政府在《义乌市政府非税收入管理办法》的通知（义政发〔2005〕59号）中指出，该征收汇缴专户专用于归集、记录、结算、划转政府非税收入款项。根据汇缴专户管理要求，所有预算单位必须将其执收的纳入政府预算管理的各种政府性基金、行政事业性收费、国有资源和国有资产有偿使用收入、罚没款项以及未纳入政府预算管理的各种预算外资金，不分预算内外，统一缴入政府非税收入征收汇缴专户。
再由征收汇缴专户将缴存的资金，按照收入级次和规定的类别定期划解国库或财政专户，分别纳入一般预算、基金预算和预算外资金管理系统进行规范管理，实现预算内外财政资金的统管。第五，建立政府非税收入财政实时监控系统。为加强预算外资金和罚没款项等政府非税收入的管理，严格收支两条线，义乌市财政于2000年建立了财政、银行、执收（罚）单位联网信息系统，全市200多家执收（罚）单位、23个银行代收点与财政实行联网。在此基础上，按照便民、高效原则，扩大银行代收网点，非税收入银行逐步向全市所有金融机构放开。通过财政、银行、预算单位联网，实现财政实时在线监控，确保政府非税收入收支分线、资金统管的实现。最后，建立违规处罚办法，明确了收入不上缴财政专户、私设“小金库”等违纪违法行为的惩处措施，并作为市对各单位年终考核的重要内容。
（2）规范支出管理，建立以财政直接支付和财政授权支付为主的单一账户支付体系
为加强财政资金管理，义乌市于2001年在浙江省首先实施了国库集中支付制度的改革。与浙江省其他地方不同的是，义乌市财政部门没有直接设立会计核算中心代理各个机关的会计核算业务，各机关会计业务由设在市政府机关事务管理局的机关财务管理核算中心统一核算，而且为加强财政资金管理，实现财政对财政资金运行的实时监控，提高财政资金的使用效益，义乌市在建立机关财务管理核算中心的同时，就开始了国库管理制度的改革，实施了国库集中支付制度。具体内容包括：建立单一账户体系。2001年义乌市根据财政部、中国人民银行关于财政国库管理制度改革试点思路，出台了《义乌市推行财政资金单一账号直接支付制度的若干意见》（义政〔2001〕44号）。文件规定财政单一账户体系由国库存款账户、财政零余额账户、预算单位零余额账户、预算外资金财政专户和预算单位小额现金账户组成。义乌财政按照文件规定的集中支付改革要求，根据财政资金管理实际，分别在人民银行开设了国库账户，在商业银行开设预算外资金财政专户、财政直接支付账户、往来款直接退付账户和财政授权支付账户，明确各账户结算制度，建立了具有义乌特色的单一账户体系，以规范资金支付管理。
推行财政直接支付和财政授权支付改革。2001年1月，以教师及机关工作人员工资支出直拨为突破口，逐步将政府采购、基本建设、支农专项等支出通过单一账户体系将资金直接支付到收款人或用款单位账户；将单位零星支出、未实行财政直接支付的购买支出和交存财政专户管理的暂存款（直接退付）根据批准的用款额度，由财政局授权，预算单位自行向代理银行签发支付指令，通过单一账户体系将资金支付到收款人账户，逐步建立起以财政直接支付和财政授权支付为核心的单一账户支付体系。六年来累计集中支付财政资金75.3亿元，授权支付资金1.14亿元。