《金瓶梅》的故事结构本身像它的题目《金瓶梅词话》那样，直言不讳地招认出它同说唱的直系亲属关系。《水浒传》第二十三回到二十六回，从武松打虎写到斗毙西门庆、杀死潘金莲。《金瓶梅》写武松上酒楼寻西门庆为武大报仇，西门庆却跳窗逃走，武松一怒之下误打了皂隶李外传，因此递解孟州。这是《金瓶梅》第一回到第九回的主要内容。到第八十七回，武松才被赦回乡，杀嫂祭兄。那时西门庆已因淫欲过度而丧命了。总起来说，《金瓶梅》第一回到第九回，加上第八十七回，大体相当于《水浒传》的第二十三到第二十六回的内容。《金瓶梅》所增加发展的西门庆及其他人物的故事，主要是在武松流配后到遇赦回乡前的这一段间隙内发生的。可以设想，《水浒》故事当元代及明初在民间流传时，各家说话人在大同之中有着小异，其中一个异点，即为了迎合封建城市的市民阶层和地主阶级的趣味爱好，西门庆的故事终于由附庸而成大国，最后产生了独立的《金瓶梅词话》。它和《水浒》一样，都是民间说话艺人在世代流传过程中形成的世代累积型的集体创作，带有宋元明不同时代的烙印。
《水浒》的写定比《金瓶梅》早，但它们的前身“说话”或“词话”的产生却很难分辨谁早谁迟。与其说《金瓶梅》以《水浒》的若干回为基础，不如说两者同出一源，同出一系列《水浒》故事的集群，包括西门庆、潘金莲故事在内。从某些方面看来，《水浒》中西门、潘的传说比《金瓶梅》的传说早，从另一些方面看来又可以说相反。这是成系列未定型的故事传说，在长期演变过程中出现有分有合、彼此渗透、相互影响的正常现象。
《金瓶梅》在多数情况下沿用《水浒》有关回目的原文。更正确地说，《金瓶梅》和《水浒》都采用它们未写定的祖本即话本或词话系列的原文，因而产生两书重叠部分相同的一面。后来既然发展为两部各自独立的小说，它们势必分道扬镳，因而产生两书重叠部分相异的一面。
《金瓶梅》不像《水浒》那样让武松在酒楼一举打死西门庆，而是误打皂隶李外传，因而配递孟州。这是《金瓶梅》之所以独立成书的先决条件。
《水浒》第二十四回，西门庆自述“先妻是微末出身”，“殁了已得三年”。在东街养的外宅是唱慢曲的路歧人张惜惜、李娇娇，“现今娶在家里。若得他会当家时，自册正了他多时”。西门庆原配亡故，他续娶的一妻和五妾中李娇儿、潘金莲已经成型，吴月娘、孟玉楼、孙雪娥、李瓶儿和通房丫头春梅未提及。可能当时西门、潘的传说还在酝酿，也可能她们和《水浒》关系不大而被节略。《水浒》第二十四回为《金瓶梅》的西门庆家史保存了难得的接近原始的面目。
两书重叠部分异点之所以产生，有的是《金瓶梅》独立成书所必不可少的，如上述武松为亡兄复仇而发生失误。有的属于以讹传讹性质，和创作意图无关。如《水浒》第二十三回：武松“在清河县因酒后醉了与本处机密相争，一时间怒起，只一拳打得那厮昏沉”。机密当是宋代诸军都统制属下的职名“机宜”之误，后来的说话艺人不了解，把它传作机密，在《金瓶梅》中又变成枢密，由枢密而错成“童枢密”。堂堂枢密使童贯何至于被醉汉武松所打？因为这和《金瓶梅》关系不大，这一失误没有被发觉，也未得到纠正。
有的情节由《水浒》而《金瓶梅》经历了由简入繁的过程。如武大本无前妻和前妻遗下的女儿迎儿，这是《金瓶梅》后来加上去的。在艺术上看不出明显的得失和优劣。又如《水浒》第二十四回：“却说那潘金莲过门之后，武大是个懦弱依本分的人，被这一班人不时间在门前叫道‘好一块羊肉倒落在狗口里’，因此武大在清和县住不牢，搬来这阳谷县紫石街赁房居住。”《金瓶梅》写武大搬家达四次之多。第一次，“因时遭荒馑，搬移在清和县紫石街赁房居住”；第二次，“那消半年光景，又消折了资本，移在大街坊张大户家临街居住”；第三次，因潘金莲和张大户勾搭，大户死后，武大夫妇被逐，“又寻紫石街西王皇亲房子赁内外两间居住，依旧卖炊饼”；第四次，潘金莲勾引子弟，武大在紫石街又住不牢，变卖妻子首饰，“典得县门前楼下两层四间房屋居住”。前面写明潘金莲已经搬出紫石街，可是西门庆勾搭潘金莲时，她却又依旧住在紫石街。由简而繁，有时竟然不考虑先后情节是否连贯。可见小说的写定者在这些地方十分草率，加工修改反而出现新的破绽。
有的情节则《水浒》写得极差，亏得在《金瓶梅》中得到补救。如前书第二十四回：“那清河县里有一个大户人家，有个使女小名唤做潘金莲，年方二十余岁，颇有些颜色。因为那个大户要缠他，那个使女只是去告主人婆，意下不肯依从。那个大户以此怀记于心，却倒赔些房奁，不要武大一分钱，白白地嫁与他。”这样一个姑娘和同一回书中吹嘘自己“是一个不带头巾男子汉，叮叮当当响的婆娘，拳头上立得人，胳膊上走的马，人面上行的人，不是那等搠不出的鳖老婆”，显然无法一致。《金瓶梅》改为潘金莲和张大户私通，为主家婆不容而被大户“赌气倒赔房奁”下嫁武大，二人依然勾搭如故。大户死后，武大夫妻被主家婆逐出。这样就合理得多了。
有时人物形象的某一特征由于小说情节发展的需要而不得不作相应的修改。如《水浒》第二十四回，潘金莲对王婆说：“既是许了干娘（做寿衣），务要与干娘做了。将历头去叫人拣个黄道好日，奴便与你动手。”潘金莲可说目不识丁。《金瓶梅》却在后面增加几句对话：“王婆道：娘子休推老身不知，你诗词百家曲儿内字样，你不知全了多少，如何交人看历日？
妇人微笑道：奴家自幼失学。婆子道：好说，好说。便取历日递与妇人。
妇人接在手内看了一回，道明日是破日，后日也不好，直到外后日方是裁衣日期。”《金瓶梅》是词话体小说，潘金莲后来写了唱了不少词曲。她自幼学弹练唱，沾受了乐户行院的风习。这一点对她个性的形成关系密切。
于是她就被写成了因特殊需要而知书识字的一个女人。
如上面所列举的那些例子，由粗而精，由简而繁，都可以说明《金瓶梅》比《水浒》后起，怎能说两书的前身“说话”或“词话”的产生难以分辨孰先孰后，甚至从某些方面看来，《金瓶梅》所依据的西门、潘的传说比《水浒》所写的还要早呢？
《水浒》和《金瓶梅》的重叠部分有一个不太引人注目而关系不小的异点：前者故事发生在阳谷县，后者则在清河县。街坊名相同，都叫紫石街。
故事传说由来已久，哪怕县份不同，街坊名却轻易不得改变。据《水浒》，武氏兄弟和潘金莲的原籍是清河县，西门庆是阳谷县的破落地主，故事出在阳谷县。据《金瓶梅》，武氏兄弟是阳谷县人，后来移住清河县，潘金莲和西门庆都是清河县人，事情就出在本地。
《水浒》和《金瓶梅》的重叠部分，后者往往袭用前者原文，连文字也很少改动。武松的籍贯明明改为阳谷县了，《金瓶梅》沿用《水浒》的《景阳冈头风正狂》古风一首，其中“清河壮士酒未醒”原句就未作相应的修订。那么《水浒》的阳谷县紫石街，《金瓶梅》为什么非写为清河县不可呢？
两本书都确定地把清河、阳谷两县写成毗连县份，属东平府管辖。按照历史上的政区划分，宋代有清河县及清河郡，属河北东路；元明二代只有清河县，元属大名路，明属广平府。《金瓶梅》第十七回写道：“话说五月二十日帅府周守备生日，西门庆即日封五星分资、两方手帕，打选衣帽齐整，骑着大白马，四个小厮跟随，往他家拜寿。席间也有夏提刑、张团练、荆千户、贺千户一般武官儿饮酒。鼓乐迎接，搬演戏文，只是四个唱的递酒。玳安接了衣裳，回马来家。到日西时分，又骑马接去。”提刑使、团练使是宋制，州府设分元帅府是元制，镇守某地总兵官下设守备是明制。这一段文字不管官制怎样紊乱，可以确定的是阳谷县不可能有守备、提刑、团练等高一级的官府，而清河郡则有接近于州府的地位。
要像《金瓶梅》那样描写一个破落户发迹变泰，而和当朝宰辅发生关联，进而揭露朝廷的黑暗和腐朽，故事所在地由一个县而改变为郡，对情节的发展显然有利得多。这是《金瓶梅》只能把故事发生地点安排在清河县而不可安排在阳谷县的原因。而《水浒》在明代写定时，可能考虑到清河县既不属山东省东平府，因而就改为东平府属下的阳谷县了。当然这未必是说书艺人或写定者查考史籍的结果。而是原来的传说确切不移，使得《金瓶梅》的传说者或写定者不至于轻易有所改动。就这一点而论，《金瓶梅》显然比《水浒》的重叠部分更早、更忠实于原来的传说。
那么《水浒》的西门、潘故事有没有留下较早传说的痕迹呢？第二十三回有“邻郡清河县人氏”的说法。邻郡就不是同郡。尽管小说把清河县属东平府该管这一点写得很确定，但还是露出了一星半点真实的历史面目——清河县不属东平府该管。据《新元史·地理志》，清河县属恩州，元初几年恩州曾一度隶属东平路。这可能是两书把清河县误以为归属东平府的来由。
《金瓶梅》第十回说李逵杀了梁中书全家老小，而今本《水浒》第六十六回却说是杜迁、宋万所杀。这可能反映了当时《水浒》话本中原有的不同家数的不同面目。否则，《金瓶梅》完全没有必要作这样的改动。朱有炖《黑旋风仗义疏财》杂剧，宋江上场白说：“因带酒杀了阎婆惜，被巡军拿某到官，脊杖六十，迭配江州牢城营。打梁山过，有某八拜交的晁盖哥哥，知某有难，引半垓来小偻錧下山救某，将监押人犯打死，救某上山，就让我第二把交椅坐。”这和元代杂剧大体相同。可见今本朱仝义释宋公明后直到上梁山前的情节，如宋江投奔柴进、花荣大闹清风寨等都不是《水浒》故事所固有。《金瓶梅》第八十四回《宋公明义释清风寨》和《水浒传》第三十三回雷同，很难说一定是前后沿袭，而不是互相渗透的结果。
《水浒》故事以宋江为中心的主干来源较早，后来从它那里派生了一支西门庆、潘金莲的故事，这个故事和原来的许多《水浒》故事又在长期的流传过程中有分有合，彼此渗透，互相交流，同时又各有相对的独立性，有的章节此早彼迟，而另外部分则可能相反。继续渗透、交流的结果，早中有迟，迟中有早，再也分不清孰先孰后了。
《金瓶梅》和《水浒传》的关系如此，它和其他话本、非话本小说的关系也大体相似。
《西山一窟鬼》与《金瓶梅》第六十二回只有道士召请黄巾力士驱鬼的情节和描写黄巾力士的一首韵文比较相近。这一回以李瓶儿的二十七盏本命灯被吹灭作为她死亡的恶兆，不见于《西山一窟鬼》，而源于《三国志演义》的诸葛亮之死。《杨温拦路虎传》所写的泰安州打擂台，又见于元杂剧《刘千病打独角牛》。以上都是元明小说戏曲中的熟套，难以区分孰先孰后。
《戒指儿记》和《新刊京本通俗演义全像百家公案全传》中的包公案，在《金瓶梅》中作为提刑官西门庆所审理的案件，虽是插曲性质，但已经组织在小说的情节之内。
《戒指儿记》偶一提到永福寺，没有作任何渲染。这个寺院是《金瓶梅》中许多事件发生的现场之一。如果《戒指儿记》和《金瓶梅》彼此有影响，那只能是后者在先，或者后者虽然较迟，但却较多地把它和永福寺的关系保存在词话里。《戒指儿记》说：阮三父亲“要写起词状，要与陈太常理涉”，《古今小说》太常作太尉，可见《戒指儿记》说他名叫太常，官为丞相，都反映了当时有不同的口头本子在流传。
《戒指儿记》引用的《南乡子》词（“情兴两和谐”）见于《金瓶梅》第八十二回，又见于《国色天香》《张于湖记》及《古今小说》《任孝子烈性为神》。
见戴不凡《小说见闻录》，浙江人民出版社1980年版，第119页。
这是各种传说彼此渗透、互相交流的又一证明。
在《百家公案全传》之前，包公案在元代杂剧中已广为流行。屈死的阴魂在包公马前刮起一阵旋风，这一情节又见于元代杂剧《神奴儿》。《金瓶梅》第四十七回和《百家公案全传》的相应故事雷同。“左眼眶下有一道白气，乃是死气。主不出此年，当有大灾殃。”“今后随有甚事，切勿出境。”
它和《杨温拦路虎传》的“卦中主腾蛇人命，白虎临身。若出百里之外，方可免灾”，一正一反，都是小说戏曲中的俗套。
《新桥市韩五卖春情》见于《古今小说》。它的出版略迟于《金瓶梅》成书。即使是《金瓶梅》采用它，至少也在它未定型时，不能排除它同时也有可能接受《金瓶梅》的影响。
《刎颈鸳鸯会》卷首揭出情、色两字，又引用宋代卓田词《眼儿媚·题苏小楼》（“丈夫只手把吴钩”）。《金瓶梅》的开头也如此。这篇平话的入话：“妾家后庭即君之前垣也。”和西门庆、李瓶儿越墙私通的情境相似。
是两家谁影响谁，还是两家共同受到《孟子·告子》“逾东家墙而搂其处子”和《登徒子好色赋》之后而产生的故事传说的影响？平话主角“日常在花柳丛中打交，深谙十要之术”，这“十要”和《水浒传》、《金瓶梅》的王婆十条挨光计可说异曲同工。“木边之目”、“田下之心”也是平话和《金瓶梅》