第一是长三角经济国际化趋势的加速。中国加入WTO以后，国际制造业向中国内地，特别是向中国沿海地区转移趋势趋于明朗，而以上海为地标的长三角在中国沿海发达地区中的地位，在这一波国际产业转移浪潮中超过了珠三角，成为外商在中国投资的首选地区。而在外商眼中，作为投资对象的上海并不仅仅是一个中国行政区划版图上的上海市，而是一个包括长三角的大上海区域，是一个以上海为圆心、以基础设施的动态条件为可伸缩的距离半径的这样一个广阔的地域。我们可以看到，近年来向上海周边地区，如江苏的苏州地区、浙江的嘉兴地区的外商投资都非常踊跃，苏州地区的外商直接投资数额，特别是台商投资数额甚至超过了上海。外商投资在长三角的布局也从正面促进该地区的一体化发展，如将企业的事务机构、销售机构、研究开发机构布局于上海，而将生产基地布局于周边地区，进入上海的外资商业机构，也几乎无例外地向周边地区发展自己的连锁企业。总之，外商投资大量进入上海为中心的长三角地区，并且在整个长三角地区构筑起外商投资企业内部的地域分工网络。这对长三角各地域之间的经济一体化起了重要的推动作用。在上海的南翼，浙江省开始认识到，要适应经济全球化趋势，打开外向发展的轨道，利用上海的资源是必不可少的。苏南的发展提供了一个佐证。浦东开发开放以来，苏南在利用上海的国际影响力引进外资方面远远超过浙江，现在仅苏州一个市的引进外资数量就超过浙江全省，2003年苏州引进外资的数量甚至超过了上海。
第二是长三角经济市场化趋势的加速。20世纪90年代后半期，随着国有企业改革的加速，以及政府和企业之间关系开始向市场化方向发展，这一改革的结果就是政府、特别是地方政府对本地企业的控制力的弱化。改革开放以来形成的，地方政府-乡镇企业或者地方政府-个体私营企业（民营企业）之间的联盟关系开始出现松动。与此相关的一个经济现象就是企业的跨区域发展和“产业转移”，特别是在浙江南部的温州地区，以及宁波、嘉兴等和上海具有比较紧密的联系的地区，许多民营企业通过各种途径“移师上海”。据统计，到2002年，浙江各地在沪投资创办的企业有5万家，其中注册资金200万元以上的企业有2000多家，集团公司有50多家。浙江在沪企业投资总额达618亿元以上，经商人员有25万，劳务人员26万（其中建筑业15万人左右）。浙江省在沪投资总额和创办企业总数，均居全国各省、自治区、直辖市首位。
投资上海，并在上海寻求发展的浙江企业中，不少是当地具有影响力的民营大企业。比如，宁波的杉杉集团是宁波服装业的两大巨头之一，平湖的茉织华集团是浙江平湖市最着名的民营企业，它们先后将企业总部迁入上海。浙江其他一些知名的民营企业，如万向集团、西湖电子、埃力生集团也都在上海设立了分公司，温州低压电器三巨头正泰、德力西和天正在上海建立了生产基地或投资公司。还有更多的浙江企业在上海设立了研究与开发部门，如浙江的台州市，就专门在上海建立台州民营企业科技园区，集中了几十家台州民营企业的研究开发部门。
与此同时，上海方面也采取了积极措施鼓励外省市企业向上海转移。1998年和2002年，上海市政府公布了《关于进一步服务全国扩大对内开放的若干政策意见》（又称“24条”）和“新24条”（即上述“意见”的修订版）。各区专门成立招商办公室，采取种种措施和办法，特别是对内定招商目标登门拜访，宣讲政策，鼓励进沪投资发展，从而引发了周边省市尤其是江浙两省企业新一轮的进沪投资热。一些过去就想到上海发展的浙江企业，顺势应时，纷纷在上海购房产、买地块、办企业。一时之间，在上海工商企业名录上，出现了一批原本是浙江知名企业的字号，但是却在企业名称前加上了“上海”，如上海万向、上海德力西等等。
这一阶段的一个突出现象，就是长三角地区由企业主导的地区间的产业分工开始明朗化。2003年前后，着名的跨国公司英飞凌公司在进入长三角地区以后，就在上海建立了自己的研究与开发机构，而在苏州和无锡设立生产制造企业。以英飞凌公司为代表的这种鲜明的企业内的地域分工展开，表明了长三角地区内部的产业分工已经比较成熟，并被国内外企业所普遍接受。同时，这种企业内的地域分工的展开，也有力地推动了长三角区域经济一体化的进程。
这一阶段，长三角区域经济一体化进展在基础设施层面和制度层面的表现也非常突出。如前所述，1998年沪杭高速的通车是一个标志性的事情，进入21世纪之后，长三角内部的基础设施建设明显加快了步伐，连接杭州和南京的杭宁高速公路，以连接嘉兴和苏州的苏嘉高速公路等跨省高速公路相继通车，沪宁和沪杭高速也从四车道扩充为八车道。连接长三角主要城市的城际轨道交通也进入规划和前期建设阶段。
在制度层面，长三角主要各方在推进区域经济一体化方面达成了共识，除了沪、苏、浙两省一市主要领导人的互访制度外，每年举行的长三角主要城市市长会议（长三角16城市）在某种程度上成为长三角区域经济一体化的组织架构，承担了制度组织协调的功能。在这一阶段，最突出制度层面的成果，还是在2006-2010年的国家第十一个五年计划中，将长三角16城市作为一个单独的区域进行发展规划。比较前两个阶段，这一阶段的突出特征在于：无论是在组织和制度层面，还是在市场和非制度层面，长三角区域经济一体化都显示了成熟的气象。企业包括民营企业和外商投资企业作为长三角区域经济一体化的主要推动力量的作用进一步强化，政府部门的协调功能也趋于积极化。与此同时，长三角区域经济一体化的社会资本的整备也获得了大幅度的提升。
第五节关于长三角区域经济一体化的动力分析
长三角区域经济一体化进程表明，推动一体化的动力机制既有外部因素也有内部因素。
在改革开放初期，外力的推动对长三角区域经济一体化的进程是重要的，上海经济区的建立，以及当时由中央决策层倡导的“横向经济联合”和“经济协作”，对于长三角区域内部的产业转移和产业水平分工的推进，以及降低由于地方分权和财政分灶而得到加强的地方行政壁垒所导致的要素流动的制度成本起到了关键作用。这一时期中央决策层的政策对长三角区域经济一体化进程来说是一种动力（或者说利益）供给型的外力推动。