为了使中国更紧密地与“地球上其他国家站在一道”，裨治文不断地向美部会和美国公众呼吁，要求支持和扩大对华传教事业。他在1842年6月发表的一封公开信中强调，1700万美国人都应该为这个事业效力，“要训练大量有能力的、虔诚的传教士，为此要建立传教会，要开办学校，要设立有关机构，要号召全国所有的教派为此贡献智慧和力量”。他建议要采用一切方式，向中国人传播基督教，“在香港、厦门和舟山，已经可以和千万中国人自由接触；而且我们还相信，传播福音的使者在整个帝国的范围内得到自由和保护，受到衷心欢迎的日子也为期不远了”。
裨治文等美国传教士在为英国欢呼胜利的同时，还积极利用中英之间的这场战争，为美国谋取利益。正是这点长期以来为后人所诟病。
鸦片战争爆发后，美国政府曾派海军少将加尼（com.Kearny），率领两艘军舰到中国。加尼来华的目的有二：一是保护美国侨民的生命财产；二为防禁美国船只和他国船只悬挂美国国旗走私鸦片。加尼所统率的“东印度舰队”（East India Squadron）1842年4月到达广州，1843年4月离华，历时一年。期间，熟悉中国事务的裨治文被聘为加尼的翻译和助手。从1842年5月起，“裨治文博士花了两个月的时间，运用他的能力，在黄埔和广州担任中文翻译”，帮助加尼司令谈判。
裨治文在中英《南京条约》签订后不久，就建议加尼向清廷要求美国人应“同别国商人一样”，凡英国在中国获得的权益，美国亦应一体均沾。这是最惠国待遇的最初表现形式，首次写进了1843年的中英《虎门条约》。
1843年5月，美国政府决定派出顾盛（Caleb Cushing）使团来华。1844年2月顾盛及其副手韦斯特（Fletcher Webster）率使团到达澳门。顾盛聘请裨治文和伯驾担任使团的秘书和翻译，后来又请卫三畏帮办中文函札事宜，裨治文还被推为使团的牧师。在这段时间，裨治文主要是和伯驾一起为顾盛起草和翻译文书，包括翻译《南京条约》中文本的条款，竭力为美国使团出谋划策。
1844年6月16日，顾盛在望厦村与耆英展开谈判，中方由布政使黄恩彤、肇庆府候选主事赵长龄以及候补道潘仕成三人协助，美方则由伯驾、裨治文等相助。裨治文等人的作用可以从耆英的奏章中得到旁证。耆英上奏谓：
……缘英夷有马礼逊等，虽属狡黠，而粗通汉文汉语，有事可与商议。咪夷止有伯驾、啤治文二人，所识汉字无多，仅能为粤省土语，以致两情难以互通，甚为吃力。
从这份奏章中可以看出，中美双方语言交往有诸多不便，但裨治文和伯驾的作用还是无人可以替代的。裨治文和伯驾除翻译、起草文件和充当译员之外，还参与谋划。6月19日，耆英要求美国方面提供一个条约的草案。两天后，裨治文和伯驾等人就依照《南京条约》和《虎门条约》的条款草拟出一个中美条约方案。从6月27日起，裨治文等人又和黄恩彤、潘仕成等就条约的文本逐条商讨。
裨治文和伯驾都支持顾盛对清政府采取强硬手段，达到签约的目的。谈判期间，伯驾写信给顾盛指出：对于这样一个傲慢的政府，应当采取正当、正直、无畏和明智的政策。他们显然不愿或者无意和一个外国较量自己的力量。他还建议美国和法国联合起来，共同要求前往北京，将是对两国有利的策略。他所谓的“正当”、“正直”、“无畏”和“明智”政策的具体体现就是对中国发动猖狂的攻势，他又考虑美国一国势单力薄，所以主张与法国一致行动。
裨治文也给顾盛写信，促使顾盛立即采取行动。他说：
到月底，你在这里虚度了两个月有余，代理总督既不接见，也不向你慰问。我认为如果中国皇帝不能确保钦差大臣即将前来会晤，你务必在五月一日以前北上。
在裨治文、伯驾等人的建议下，顾盛“其语意时而恭顺，时而桀骜，情词甚为闪烁”，“动以北驶为挟制之词”。几经交涉，中美双方终于在7月3日签订《望厦条约》。此约除无割地赔款等外，所有中英条约的事项应有尽有，有些则为英约所无：如领事裁判权适用范围的明确而扩大；关税例则须与美国议允；中国港口官员须负责接待美国兵船；准美国人在五口自建教堂、墓地；条约十二年一修；美国享有最惠国待遇；等等。从其中有关“准美国人在五口自建教堂、墓地”的规定中可以确证，在望厦村谈判期间，裨治文、伯驾与卫三畏等三人对顾盛有极大的影响。
中美《望厦条约》第十七款规定：
合众国民人在五港口贸易，或久居，或暂住，均准其租赁民房，或租地自行建楼，并设立医馆、礼拜堂及殡葬之处；必须由中国地方官会同领事等官，体察民情，择定地基，听合众国人与内民公平议定租息；内民不得抬价掯勒远人。勿许强租硬占，务要各出情愿，以照公允……
条约还载有准许外国人购买中国书籍和聘用中文教师的规定。其中第十八款规定：
准合众国官民延请中国各方士民等，教习各方语言，并帮办文墨事件，不论所延请者系何等样人，中国地方官民等均不得稍有阻挠、陷害等情；并准其采买中国各项书籍。
这两项规定充分体现了裨治文等美国来华传教士的利益和要求。其中允许“设立礼拜堂”一项无疑打开了清政府禁教政策的一个缺口，成为后来法国要求天主教弛禁的先导；而允许购买中国书籍和聘用中文教师的规定对于以往在语言上一直感到有很大困难的传教士是特别有价值的，传教士可以通过聘请中国教师、仆役和采买中国书籍，同社会各阶层进行广泛的接触，为他们的传教活动提供相对便利的条件。
裨治文在《望厦条约》签订后，感叹鸦片战争带来的巨大变化：
中美之间有关和平、敦睦和通商的条约终于签订了……彼此相隔这么遥远的两个国家，一个是东方最大的，一个是西方世界最大的；一个是最年轻的国家之一，一个是非常非常古老的，她们形成新的，令人瞩目的时代特征。中国政府的行为态度有多大的变化呀！中国与西方国家的关系又有多大的变化呀！在华外国人的环境条件又有多大变化呀！
他评论道：
显然，一场伟大的革命开始了！我们为此欢欣鼓舞，但不是为了已经发生的那些事情的缘故，而是因为即将发生的一切。很显然，全能的巨手在指引着这些变化，使我们在实践神旨的道路上，可以前进无阻。
顾盛在签约后第三天向国内报告，指出《望厦条约》较之中英条约的16项“优点”。当时在华欧美人士亦都公认《望厦条约》对西方人士在华权益的规定，较之《南京条约》不仅详细周密得多，而且新增许多权利。正因为如此，《望厦条约》成为中国与法国、挪威和瑞典等欧洲国家订阅条约的蓝本。从1844年到1860年为止，十余年的中外关系的实际发展，几乎完全是受《望厦条约》的规范。
顾盛能与清政府签订优于英国以战胜国的威力而订立的《南京条约》的《望厦条约》，其原因有三：第一，适值鸦片战争后，清政府对于战祸谈虎色变，不愿轻易起衅端；第二，是英国人对顾盛的帮助；第三，顾盛是律师出身的美国政客，对于谈判与草拟法律文书，自较朴鼎查高明。尚需强调的是，顾盛到中国以前，对于中国的实际情况，所知不多，他所订的条约之所以能赢得所有当时在华欧美人士及后世欧美有关史家的一致称赞，裨治文和伯驾两位在华传教士起着不可估量的作用。
在7月3日中美《望厦条约》签订前，裨治文和伯驾都是美国使团里最忙碌的人物。古里克（Edward V.Gulick）根据保存在美国国会图书馆的顾盛文件，发现裨治文和伯驾所作的翻译工作基本相当。谋划条约内容方面，十分熟悉中外关系的裨治文也不会比伯驾的作用小。