自创生关注生产再生产该过程的成分的过程网络（Autopoiesis focuses on the network of processes that produce the components which reproduce the processes.）。自创生的定义在马图拉纳和瓦雷拉的思想发展中存在不同的表达：
自创生定义1 一个自创生系统是一个有组织（被规定为一个统一体）的成分生产（转化和分解）的过程网络，这个网络生产出这些成分，并且（a）通过它们的交互作用和转化，这些成分连续地再生成和实现了生产它们的过程网络（即关系），并且（b）把它（这个机器）构成为一个空间中具体的统一体，在这个空间中成分通过指定这种网络实现的拓扑域而存在。
自创生定义2 一个分子自创生系统是一个封闭的分子生产网络，它递归地生产的东西恰是生产这些分子的同一的分子生产网络，并且保持它的边界向物质和能量流开放。
自创生定义3 一个系统是自创生，那么（a）它有一个半透的膜边界，（b）这个边界由系统内部生产出来的，并且（c）它包含着在生成该系统成分的反应。
根据“自创生定义3”所给出的三个条件，一个人能够将生命与非生命区分开。左边的所有存在者都完全满足“自创生定义3”中的三个条件，而右边的则没有一个完全满足这三个条件。
（M，R）系统
与自创生理论一样，罗森（R.Rosen）提出的（M，R）系统（（M，R）system）理论同样关注生命组织的特异性。这里我们根据莱特列尔（Juan Carlos Letelier）等人的概述对该理论的基本思想作一个简要的陈述。
为模拟细胞的新陈代谢，罗森首先区分类两类实体：组分（components）和输入/输出物质（即可转化的物质）。一个组分将一组输入物质转化为输出物质。酶代表组分，因为它们在自身不变的情况下将反应物转化为产物。因为成分代表新陈代谢的活动（metabolic），即（M，R）中的M。一个实际的新陈代谢网络包含数以千计的这类组分（它们形成了新陈代谢组分的类Mi）和可转化的物质。因此任何新陈代谢反应，例如葡萄糖的磷酸化作用（phosphorylation），可以看作是一个组分对一组输入物质的作用以产生输出物质。因此，细胞的新陈代谢可以表示：其中Mi是节点，连线表示一个成分的输入是另一个成分的输出。
在真实生命系统中，每个成分Mi都有有限的寿命。因此，要使一个稳定的系统在稳态中运行，那么对每个成分Mi，必须要有一个产生Mi并且维持这个代谢系统的功能的机制（或子系统）。因此，在与每个成分Mi相关联的新陈代谢网络中，必须存在一个子系统Ri，即（M，R）中的R，来修复每个成分Mi（图3.4）。子系统集{Ri｝蕴涵一个极大的复杂性，因为这些子系统也是由将输入物质转化为输出物质的成分构成的（在这种情况下，输出物质就是成分Mi）。此外，每个Ri的输入物质是Mi集体行为的副产物。这样一来，一个（M，R）系统就出现了一个不可思议的跳回（resiliency），因为每个成分都由一个过程网络（即Ri子系统）动态地维持，而这个过程网络的输入物质又来源于由成分Mi集合的活动所激发的这个相同的新陈代谢网络。
罗森首先研究的一个关键问题就是因为子系统Ri的存在而引发无穷倒退。事实上，与每个Mi的情况一样，每个Ri也是一个具有有限寿命的物理实体。那么由哪个系统或子系统集来修复Ri呢？祈求专门的子系统来修复每个Ri显然是不适当的。罗森认为，这个无穷倒退可以避免，如果集合{Ri｝具有通过（M，R）系统的自我复制（self-replication）的能力。
罗森的主要结论就是证明了：在某些情况下，代谢和修复活动的协同蕴涵了在整个代谢网络的自我生产（或自我维持）意义上的自我复制。换言之，在某些（M，R）系统中，代谢和修复活动有可能引起每个Ri子系统的复制。
不可思议的是，这个有关代谢系统的闭合性的证明并不是依赖于代谢网络内部所有Mi（成分）与Ri（修复系统）之间的图形连通性，而是依赖于集合与映射集合之间的一个普遍但并不显著的属性。
如果抛开自创生理论和（M，R）系统理论的理论和技术细节，那么这两个理论都试图把握和刻画维持生命自我的变异的同一性的组织和过程，而生命的组织和过程的形式最终表现为一种操作闭环（operational closure）、循环的因果关系（circular causality）、反身性（reflexivity）、递归性（recursiveness）或自指性（self-referentiality）。生命自我的这两种理论描述揭示出生命的特异性（peculiarity）不在于其构成的物质成分上，而特别在于其内在的组织形式上。如果上述关于生命本质的直觉的理论刻画是恰当的，那么生命的这种操作闭合的组织和过程就能解释自我现象中的同一性与变异性的悖论。因为，这两个理论都表明，生命的同一性是一种组织的不变性（organizational invariance）。其次，这种组织不变性不是通过保持其构成物质成分的稳定性和不变性来维持的，而是一个在其物质构成不断发生代谢、其本身也在不断成长发育情况下实现的。通过这种组织和过程机制，生命的同一性（“活”的同一性）最终超越了物理的同一性（“死”的同一性）、他创生和异创生的同一性。当面对环境扰动，只要有机体能能维持其操作闭环的完整性，那么它就仍然是“活”的，那么一个明确的、与环境相区分的自我就始终存在；否则，如果扰动超过了操作闭环的完整性的限度，那么生命组织就会解体，生命就死亡了。
生命自我的这个变异中的组织不变性使我们寻找定域的、极化的自我的习惯消失了：一个有机体中并没有一个隐藏在某一局域的“小人”，没有一个绝对的“中央控制器”充当最终的自我。对于一个生命体而言，只要维持其组织不变性的操作闭环没有解体，那么生命自我就始终由这个生命整体来表达。自我首先是身体自我，其次才是更高级的自我形态。借用系统、复杂性和动力学的术语来说，生命自我是机体在维持其组织不变性的过程中所涌现的全局表现。即便像人类这种复杂性的生命，其自我仍然由该生命整体来表现，而不仅仅是其一部分的脑或脑的前额叶。
3.4 变异的同一性与意向性
生命自我的变异的同一性（或组织不变性）要求生命体与环境之间保持一种选择的开放性（或封闭的开放性）。我们认为，这种生命操作闭环所确定的选择的开放性就是最初的意向性。因此，意向性是生命的内在特征。瓦雷拉认为，必须把有关同一性和意向性的两个关联命题放在理解生命的中心位置。
命题1：生命本质上是一个建构同一性的过程。
（1）正如我们上面特别指出的，这里的同一性指的是处于不断建构中的组织不变性，它并不必然涉及心理和人格意义上的同一性。
（2）这个同一性的建构过程是一个操作闭环，它是一个反身性的过程，其首要作用就是它自己的生产。
（3）这个操作闭环引起了一个全局一致性，它无需一个“中央控制器”，因此，同一性实质上不是定域在某一局部的。
命题2：生命同一性的实现过程在逻辑上以及在机制上蕴含了一个特定的视角或交互作用域的出现。
（1）这个操作闭环是开放的，它所涌现的全局一致性整体与外界有一种特定的交互作用关系，并形成了一个特定交互作用域。
（2）换言之，这个自主的交互作用过程自然地形成了一种意向关系，世界是在这个关系中呈现给有机体的，并被这个有机体所选择。
（3）离开了意向关系，世界依然在那里，但却没有可触，没有可嗅，没有可听，没有可见，没有可言，更没有可思——简言之，没有因“我”而显现的世界或“生活世界”。
3.5 小结
自我是一个真实的现象。在一个人有意识的每一刻，自我感始终存在，由自我感所显示的那个“我”始终在场。自我问题的复杂性不在于是否存在自我感和自我，而在于人们对于自我存在方式的困惑。
造成人们理解自我困惑的根源有两点：
（1）人们通常认为，事物的同一性应该表现为一个不变的时空极点。这个极点既没有空间广延的变化，也不随时间变异。（2）反思意识的发展，使一个“我”具有了对象化自身的能力，这造成了“我”在某种意义上的分裂，而同时长期记忆又塑造了个体的历史同一性。
这里，通过对生命的组织和过程的理论考察，我们认为生命自我并不是由某个时空极化的“小人”来实现的，而是表现为整个生命机体的组织不变性。尽管这个组织不变性是一个不断建构的不变性，一个会经历时空变化的不变性，但只要维持这个组织不变性的操作闭环能够继续，那么生命的同一性也将持续。生命的同一性是一个变异的组织的不变性。因为组织是全局性的，因此，生命自我的表达也是全局性，而不是生命体中的某个局域部分。
对于一个要被理解的世界而言，人本身是其中最困惑的现象。要理解与人关联在一起的这种复杂的心智现象，我们选择坚持一个演化的生命-心智连续性的立场。这样的立场可以使我们将意识放在一个自我保存的生命管理中来考察，将它与物质生命的组织和过程联系在一起，将它与身体联系在一起。身体是生命自我的表达的“剧场”，而更复杂的自我形式也将在身体的“剧场”里上演。
自我已经在生命中出现，那么赋予生命以自我感的意识又是如何发生的呢？这是我们下一章要探讨的主题。