第一节 三一教的经典
三一教以林兆恩为教主，信奉的经典即以林兆恩的著作为主。而林兆恩在其授徒传教过程之间，勤于著述，自嘉靖三十二年（1553）开始至万历二十六年（1598）的45年间，几乎每年都有好几种著作问世。其间由门人汇编成集，主要有《圣学统宗》、《林子圣学统宗三教归儒集》、《三教分内集》、《圣学统宗非非三教心圣集》、《林子全集》、《林子三教正宗统论》、《林子会编》、《夏午真经》等等。这些是研究林兆恩和三一教思想的最基本依据，但是，对于普通的信众来说，这样繁多的作品是很难接受。目前在三一教内主要尊奉的林子著作为《林子三教正宗统论》、《夏午真经》以及《夏午尼经训》，这些著作是林兆恩的得意门徒，也是其选定的嫡传弟子卢文辉所编撰的，基本上能够反映三一教的宗教思想。
当然，除了林兆恩的作品之外，三一教的经典之中还包括门人对于林氏生平事迹的记录。在林氏逝世之后，出于对教主的缅怀和传教的需要，林氏门人中所撰的行实类作品非常多，主要有林兆珂的《林子年谱》，卢文辉、陈衷瑜、董史的《林子本行实录》，翁曜的《林子年谱》，朱逢时的《三教先生年谱》，黄曹的《豫章真师记》，黄大本的《林子纪闻》，林至敬的《丁戊本纪》，张洪都的《林子本行》等等，在这些著作当中，除了林兆恩从弟林兆珂的作品是力图恢复林氏的学术身份，将其作为一个理学家、教书先生来描述之外，其余的都是从宗教传播的目的出发，对林兆恩的生平进行了神化，使得林兆恩成为了一个彻头彻尾的神异人物，具有了无限广大的神通。当然，撇开这些宗教色彩的描述，这些行实类作品的描述对于我们了解林兆恩的生平有着非常重要的意义。目前，教内所尊奉的为林兆珂的《林子年谱》和卢文辉等的《林子本行实录》。
林氏的弟子和再传弟子也有相当数量解释其著作，或者通俗化其著作的作品传世，如卢文辉的《夏心集》，林至敬的《卓午实义》、《明夏集》、《龙华别传会语》，黄州的《金光丹鉴》，朱逢时的《心海真经》，郑曾照的《道统论》，曾人茂的《夏语注释》，董史的《东山集草》、《林子门贤实录》，陈智达的《三教初学指南》，梁普耀的《本体经释略》、《三教正宗易知录》，郭嗣周等的《镇家宝正集》、《镇家宝补遗》等等，这些作品在莆田民间都有较为广泛的传播，同样受到了信众的重视，特别是《三教初学指南》、《三教正宗易知录》等这些作品，因其语言表述比较简单、容易入门，成为很多信徒接受三一教的基础，在莆田各地有着广泛而深入的影响。
作为宗教，三一教除了有其思想的基础之外，还有科仪制度方面，这个主要是由林兆恩的弟子及再传弟子所完成的，卢文辉的《放生仪文》、《龙华三会忏文》，陈衷瑜的《忏修仪文》、《陈子会规》，林兆麟等的《悟本规程》以及民间广为流传的《招魂仪文》、《进表仪文》、《普施仪文》、《午供进贡仪文》、《朔望仪文》、《三教关限仪文》、《启建仪文》、《转藏天宫仪文》、《悲慈三昧九忏文》、《三教迎旌仪文》、《三教会神仪文》等等，除了完善了三一教的规程，也几乎涉及日常科仪的任何一个方面，基本上是对佛道二教既有的仪式加以改造而来的，其余则是流传于民间的迷信。这些自然不是林兆恩本身所提倡的，林兆恩在世的时候在其《破迷》篇中，对于当时社会所存在的诸如羽化长生、神、法术、符咒等迷信的现象进行了批判，认为产生这些现象的原因在于“二氏者流传既失真，又以己之私意揣度而逆亿之，玄远其说，谬悠其辞，以尊其师，以神其教，至于诡怪诞妄，不足取信于人，此则二氏之流弊也”。而林氏后世弟子对于其教的这些仪式方面的完善，在林兆恩看来，显然是有违其本意的。但是，作为一种真正的宗教，作为要在民间广泛流传并得到信众的支持，对于他们来说，也是一种必需的举措。当然，除去这些受到了严重的佛道二教因素以及民间迷信影响而产生的这些仪文之外，《存省规条》和《醒心诗》则是最能够体现林兆恩对于门人弟子的约束和对于仪式的要求。
目前三一教内所认定为经典的自然是不止这些。三一教至今已有400多年历史，历代门人弟子对于经典的诠释以及科仪的完善，都有相当的作品流传于世，而这些作品与林兆恩本人的作品一起，构成了三一教的经典体系。
三一教的经典系统还是比较复杂的。由于三一教在历史上很长一段时间内总是处在地下的发展状态之中，这些经典之中大多数都是在民间流传。在这样的流传过程当中也不免会有损益的情况出现，同时，有些经书因为得不到很好的保存，在流传过程中亡佚了，这对于三一教的研究来说，不免是一个遗憾。
第二节 三一教的教义
在嘉靖二十六年（1547）至嘉靖二十九年（1550）之间，林兆恩因科举的失败而弃去举子业，出入于二氏之间，以寻求心身性命之道。但是，在对儒、释、道三家作了详细的了解之后，林兆恩开始感到困惑，因为“从儒者讲道，徒见其详于手容足容之间，剖析支离之陋，恐孔门授受之指，似不如此也。乃复弃去儒者之学，而从二氏者流，徒见其溺于枯坐顽空之习，搬精闭气之术，又恐释迦老子之道，似不如此也”。在遍习三家的过程之中，林兆恩发现三家各有其不足的地方，那么，孔老释迦的原旨是什么？林兆恩为了解决心头的疑问，“数年间，如痴如醉，如癫如狂。凡略有道者，辄拜访之，厚币之，或邂逅儒服玄装，虽甚庸流，亦长跪请教。故莆人咸以教主为癫。而教主殊不为少阻，而真心不退”。这种恳切求道的热情之中，自然也包含着仕途失望之后的无奈，当然更多的是对于真“道”的渴望和探求。后来，在“明师”的指点之下，林兆恩才豁然开朗，确立了以心学为基础的三教归儒的理论旨趣，所谓“一本皆四书五经”、“直指此心是圣”。
在《三教合一大旨》中，林兆恩比较明确地阐发了其基本的思想意旨：林子曰：“沙界之华，龙天之夏，而为儒者曰我儒也，为道者曰我道也，为释者曰我释也。教既分为三矣，而余之意欲会而归之，以复合于孔、老、释迦之道之本一也。余尝概与所可使由者言：惟本是立，所以教其使。余尝概与所可使知者言惟门是入，以教其中；抑且惟则是极，以教其终。然孔、老、释迦之教，亦皆有始，亦皆有中，亦皆有终；而孔、老、释迦之道，亦无有始，亦无有中，亦无有终。夫教较然三也，若不知孔、老、释迦之教之所以三，则无以识其一，而为道之至。道浑然一也，若不知孔、老、释迦之道之所以一，则无以统其三，而为教之大。既识其一，复统其三；较然非三，浑然非一。大矣哉！至矣哉！此儒道释之所同，而孔、老、释迦之能事毕矣。且人之性本善也，本是孔、老、释迦，本自时中，本自清静，本自寂定，而非有待于孔、老、释迦，而后能时中，而后能清静，而后能寂定，而后能孔、老、释迦也。《中庸》曰：‘惟天下至诚，为能尽其性。’诚之有未至者，性之有未尽也。而尽人之性，尽物之性，以参天地，以赞化育，乃吾性之分量，至诚之极功也。未至乎此，而曰教、曰道者，则是教其所教，而非其教之大也；道其所道，而非其道之至也。然教本于道，道本于性，余于是而知能性吾之性以为性，则孔、老、释迦之道可得而道，斯其为道也至矣；道吾道以为道，则孔、老、释迦之教可得而教，斯其为教也大矣。”在林兆恩看来，儒释道三者原本是没有区别的，都是本之于道的，亦即根源于人的本性。而人的本性至善，能够认识到人的本性，“尽性”，也就能够理解浑然本一的“道”。因此，人只要能够真正认识了道，那么，不管是孔、老、释迦之教都是“大”的，合乎“道”的基本要求的。反之，如果不能尽性，不能体道，那么所形成的“教”只是以其自己所知去教人，而不是以道教人，因此，也是偏狭的。“教”是本之于“道”的，故从根本上来说，任何“教”之间都是没有差别的，都是“一”。但是，现实的情况并非如此。
非三教也者，非以非三教也，以非三教之流者非也。
余之设科也，有曰“立本”者，是乃儒教之所以为教也；有曰“入门”者，是乃道教之所以为教也；有曰“极则”者，是乃释教之所以为教也。而其教之序也，先立本，次入门，次极则。
道家者流虽曰入门，而不知立本，而况极则者乎？释氏者流虽曰极则，而不知入门，况于立本者乎？而近世讲学之士则亦有可言者，固知习儒者之立本而纲常矣，又窃慕释氏之极则而虚空矣，而其所谓存心养性以入门者或亦未能知也。故修人道以为入门之地，而明心法以为极则之先，余之所以教人者，如是而已矣。
譬之树然，夫树一也，分而为三大枝，曰儒、曰道、曰释。儒之一大枝复分为二小枝，有专主“尊德性”者，有专主“道问学”者，各自标门，互相争辩，则亦何异于道流、释流是其所非，非其所是，而喋喋不已也。道之一大枝复分为三小枝，清静也、彼家也、炉火也，各自标门，互相争辩，则亦何异于儒流、释流是其所非，非其所是，而喋喋不已也。释之一大枝复分为五小枝，临济也、沩仰也、云门也、曹洞也、法眼也，各自标门，互相争辩，则亦何异于儒流、道流是其所非，非其所是，而喋喋不已也。自是枝而复枝，叶而复叶，纷纷籍籍，是是非非，盖有不可得而胜数者矣！林兆恩认为一个完整的对“道”的理解当中应该包含“立本”、“入门”、“极则”三个渐进的层次，立本强调的是以伦常来明人道，入门强调的是所以修炼心性的方法，极则则是在完成立本、入门之后所能达到的对于虚空本体的认识，只有将这三者结合起来才是真正的“道”，真正的“一”。可是现实中的儒、释、道三家都只是得到了“道”的一端，道家只知道“入门”，却不知道“立本”，更何况“极则”；佛家只知道“极则”，却不知道“入门”，更何况“立本”；儒家（近世讲学之士）只知道“立本”，羡慕佛家的“极则”，却不知道修身养性以入门的方法。这三者都是有着明显的缺陷和不足的，可是它们相互之间却自以为是，相互论争。而且，这种论争不仅发生在儒、释、道三者之间，还发生在各自的内部，在林兆恩看来，儒家有“尊德性”和“道问学”两途，道教有“清静”、“彼家”、“炉火”三家，佛教有“临济”、“沩仰”、“云门”、“曹洞”、“法眼”五家，相互之间也是论争纷纷，是是非非，喋喋不休。这样的争论都是一种见解上的偏狭，不能完整地体会到“道”的本体，就“道”的角度而言，原本应该是一致的。因此，正是在对三教本身所具有的偏狭和缺陷的认识之上，林兆恩才有“非三教”的说法。“非三教”不是对三教本身的否定，而是对三教末流的种种偏狭、自是而非他的弊端的否定。在这种基础上，林兆恩强调应该将三教统一起来，这个统一是有一个前提的，即先修人道（立本），再明心法（入门），最后达到虚空本体（极则）。
余所谓三教合一者，欲以群道释者流而儒之，以广儒门之大也。然三教合一之旨有二：若谓三教之本始不待合而一者，非余所谓三教合一之大旨也。
余所谓三教合一之大旨者，盖欲合道释者流而正之以三纲，以明其常道而一之也；合道释者流而正之以四民，以定其常业而一之也。如此，则天下之人无有异道也，无有异民也。而天下之人亦无曰我儒也，亦无曰我道也，亦无曰我释也。此其唐虞三代之盛而无有儒道释之异名，故谓之“一”，一之而归于正。
余之所以合三氏之教而一之者，非他也。三纲四业而为教之始也，见性入门而为教之中也，虚空本体而为教之终也。