第一节 入教仪式
三一教的信徒称“门人”，这是林兆恩在世时所确定的称呼，沿袭了传统儒家的师徒关系。信徒称门人，在一定程度上也体现了林氏所倡导归儒宗孔的基本主张，表明了其所创立的宗教具有明显的儒家色彩，就这个角度而言，称之为儒家的民间宗教形式，似无不妥。传统儒家收徒的仪式，简单地说是“自行束修以上”，即缴纳一定的贽仪，然后师徒关系便得以确立。在林兆恩所创的三一教中自然也保存了这一层最为原始的师徒礼仪，当然，作为一种宗教，林氏的三一教也增添了不少其他的必要程序。
如果想成为三一教的门人，首先必须得有一至两位老门人（对于老门人的人数，三一教的规定也是在改变的，按照《陈子会规》的规定，是需要三个。目前，是一至两位就可以了）。“介绍”这个程序不是可有可无的，它是成为三一教门人的必要前提。同时，介绍人介绍的不是入教人简单的、基本的情况，而是要对入教者的日常品行进行介绍，只有被认定为“伦纪无亏，品行端正”，同时又具有“恒业”，才能够被介绍入门。这一点和三一教所强调的以儒家的三纲四业为基础密切相关。因为林氏在世之时，在创立其三教合一的宗教理论的时候，强调最多的，就是要以儒家的纲常来教化和约束人，只有在士、农、工、商的常业中践行儒家伦理道德的人才能够成为真正的三教弟子。
隆庆六年（1572）在改作三纲五常堂、合一堂之后，林兆恩曾这样训诫弟子：士若能持受孔门心法，能时习举子业而两不相妨碍者，是吾弟子也，入。若不能持受孔门心法，即与俗儒无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而以举子业为相妨碍轻弃去之，谓之士也可乎？亦非吾弟子也，勿入。其入者坐于东舍，毋越他舍混坐。农者、工者、商者，能持受孔门心法，各守常分，各安常业者，是吾弟子也，入。若不能持受孔门心法，即与俗农俗工俗商无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而不守常分，不安常业，谓之农、谓之工、谓之商也可乎？亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于西舍，毋越他舍混坐。布衣之士，能持受孔门心法，兼理家政，而仰足事俯足蓄者，是吾弟子也。入，若不能持受孔门心法，即与俗流无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而仰不事俯不蓄，谓之布衣之士也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于东之东舍，毋越他舍混坐。道释之徒，能持受孔门心法，又且诵习经典，而奉其戒律者，是吾弟子也。入，若不能持受孔门心法，即与俗僧俗道无别，非吾弟子也，勿入；或能持受孔门心法矣，而不习经典，不奉戒律，谓之道释之徒也可乎，亦非吾弟子也，勿入。其入者，坐于西之西舍，毋越他舍而混坐。
在林兆恩的这段训诫之中，对于那些要成为其弟子的人有两重基本的要求：一是要持受孔门心法；二是不管士、农、工、商，甚或道释之徒，都必须要做好本分，尽好本职。那么，简单地说，实际上就是前面所言的伦常和常业。这是成为三一教门人的最基本的要求，也是每一个入门的人按照林兆恩的规定所必需考察的方面。三一教历来对于这两条的考察都是非常重视的，怎么考察？一则取决于对介绍人的信任；二则，除了介绍人介绍之外，主师（或见证师，入教仪式的主持者，门人入教之后即以其为师）要考察他（她）的相关情况，在确定没有问题之后，才能够获准成为三一教门人。一个人自愿成为门人，在经过介绍人的介绍以及主师（或见证师）的查勘，确定其符合入教条件之后，才能择日进行皈依仪式。
经过伦常、常业查勘的入教者，在选定的吉日，斋戒沐浴，由主师（或者掌教师）带领在教主殿前行入教仪式。其程序大致为：填“启章”——主师（或者掌教师）宣读戒律——焚启告天——授艮背心法（林子心法）。“启章”，一般称“警戒启章”、“入门启章”，实际上就是林兆恩生前（嘉靖三十三年）所确定的《初学诸生告天矢言》，教内亦称《具启三教门人》，是在门人进行皈依仪式的时候，必须填写并焚烧于教主殿前的一段启章，其大致内容如下。
谨筮日斋沐介贽皈依
三一教教主门下启领
孔门传授心法于是始知吾性之善即孔子，敢不战兢惕厉，夙夜奉行，誓发一念之减，学不至于孔子不已也。又敢不遵守明训，以三纲五常为日用，入孝出悌为实履，士农工商为常业，修之于家，行之于天下，以为明体适用之学也。
至于义利之辨，不可不明也；沉湎之凶，不可不戒也；方刚之气，不可不创也；嗣续纲常，固于认为最重，而淫邪之僻，亦不可不惩也。如或败纲乱常，不忠不孝，不士不农，不工不商；义利之辨，有所未明；沉湎之凶，有所未戒；方刚之气，有所未创；淫邪之僻，有所未惩；即是孔子罪人，将何以自立于天地之间也。为此肃启，不胜怵栗之至！
附启：
一自愿诸凡所授心法，惟当勤而行之；所示明训，惟当遵而守之。誓发一念之减，真有若上帝之临汝，更不敢稍违于终食，少离于斯须也。
一自愿日搜己过，痛自忏悔。某当窃闻之：众生举止动念，无不是罪；某亦众生也，而生平之所举止动念，恶得无罪？或为不善于明，而明为人所非；或为不善于幽，而幽为神所谴。自今伊始，誓将以前日所为不是之事，自怨自艾，志心忏悔，更不敢有一毫自昧之心！如有不搜己过，不自忏悔；抑或忏之于前，而不悔之于后，即是得罪于天，惟天鉴之。
太岁×年×月×日
三教门人×××焚香百拜
具启进上
奉教门人引证
当然，这段文字与林兆恩的《初学诸生告天矢言》是有稍许区别的，原文开头做“三教门人某谨筮日斋沐介贽启领”，文字到“惟天鉴之”终结，后面部分没有。很明显可以看出，从《初学诸生告天矢言》到《具启三教门人》的演变，完全是出于仪式的需要，目前教内门人入教时所焚的告天启章，就是上述《具启三教门人》的形式。在这段启章里，入门者一方面强调对自己的伦理纲常以及常业上的要求，另一方面也是对自己以前的行为进行忏悔，以表明其皈依的决心和努力的方向。
由于传统社会对于男女的道德要求不同，所以，在三一教发展的历史上也曾经出现过“女弟子入门启章”，其内容与上引《具启三教门人》不同，根据《四尼宝经》的记载，大致如下：
三教门人×××率道徒门女×××，谨斋沐介贽，启领圣门传授心法。
于是始知人性本善，敢不旦明惕厉，誓发一念之诚，以求复其性乎？又敢不恪守妇箴，以求副四德三从之教乎？自今以往，谨遵懿训，孝翁姑，和妯娌，洽邻里，宜家室。凡闺阃当行之道，必懔懔然佩服不忘也。至于妒忌之心，不敢不戒；惨毒之念，不敢不惩也；淫乱之想，不敢不防也；针黹之功，不敢不勤也。
如或不孝不顺，不和不正，不慈不贞，即是败纲乱常之妇，岂非背圣人之教，有愧于闺房哉？为此肃启，不胜惶恐之至。
附启：
一、自愿诸凡所授心法，惟当勤而行之。所示明训，惟当遵而守之。誓发一念之诚，真若有上帝之临汝，更不敢稍违于终食，少离于斯须。
二、自愿日搜己过，痛自忏悔。如有不遵明训，即是得罪于天，惟天鉴之。
三、每日持不迂斋一餐。
四、平常须戒杀生。
五、不许败乱教门道规。
六、不许忘师背祖。
这里很明显增加了很多对女子的传统道德的要求，比如三从四德、孝翁姑、和妯娌、宜家室等等，这些要求都是传统社会里对于女子的基本规定。因为男、女所处的社会地位不同，因此，对于各自的要求也是不同的。这在另一个侧面也表明了三一教的发展程度，因为林兆恩在世的时候是没有女弟子的，所以，只有《初学诸生告天矢言》，不需要对女子的问题做出特别的规定。而在林兆恩的弟子传教的时代，出于宗教组织发展的需要，女子已经开始入教，所以需要有针对女子的特别的规定。
在进行完焚启告天的仪式之后，由主师（或者掌教师）宣读“入门须知”，入门须知是向门人弟子介绍教门的最基本的知识，让门人能够有一个直观的认识，陈衷瑜的《陈子会规》曾规定入门须知的内容大致如下：我此法门，小而试之，可以去病养身；大而用之，可以成圣成仙成佛。此法门功夫，非能眼见，非能耳听，亦非空谈说怪，亦非定人生死，亦非判人吉凶。只要求心身性命之学，作天地间第一流人物，真门弟子也。如或背予前训，非门弟子也。听之，听之！这是传统的门人入门伊始所要掌握的对于三一教的基本理解。现在三一教入门的时候所要求门人掌握的“门人须知”也大概如此，当然，在历史的演变过程之中也是需要有所改变的，比如东山祖祠编的《门人须知》就是和以上不太相同，而是要求门人掌握与三一教相关的一些基本常识：
一、三一教亦名夏教，民间俗称三教。教主林姓讳兆恩，字懋勋，别号龙江，道号子谷子。证果后自称混虚氏，曰无始氏。学者初尝称曰三教先生，后乃称三一教教主，又曰夏午尼氏道统中一三教度世大宗师。俗称教主、林子、先生，或老师。（明正德十二年七月十六日寅时诞生，于明万历二十六年正月十四日寅时成道归天。世寿82岁，圣寿无疆，莆田市城厢区英龙赤柱人）。
二、东山祖祠为三一教发源地，教主所著经典为本教指南。
三、三教门人在三教祠进香时，必要恭敬，精神集中，不要讲话，遇熟人只用点头即可。
四、进香时，双手合香向香位稍作揖，香要插正，身体不要曲足，及向四周作揖。每炉只敬一柱香，第一柱香敬教主，第二柱香敬虚空，以下按顺序进香。进香毕，恭对教主金容，先行三作揖，后进行一跪三叩礼，起立五作揖后，退一步礼毕。（一跪三叩表示三教合一，跪叩前三作揖表示三纲，跪后五作揖表示五常）
五、东山祖祠供桌排列：东木——鱼鼓，西金——罄，南火——香炉，北水——供茶，中土——花。（以五行排列，以形象度化）相比陈衷瑜的《入门须知》来说，山东祖祠编的《门人须知》更加显得通俗易懂，只需门人弟子掌握关于三一教的教名，教主生平、称号，三一教的发源地、经典以及简单礼仪及其意义。这对于初入门的弟子了解三一教来说是比较方便的。
在宣读完《门人须知》之后，主师（或者掌教师）还需要向门人宣读戒律、入门训言等（此处涉及三一教教规戒律，第六章《三一教的制度》中将详细述说），最后由主师（或者掌教师）授以艮背心法（见第七章《三一教的修持》相关部分）。这样，入教者的入教仪式也就基本完成了，也只有在经过这个仪式之后，才能成为“门人”、“三教弟子”。
当然，在门人入教的时候，是要交“贽仪”，亦即传统拜师所说的“束修之礼”。这并没有一定的规定，大概在用制钱的时候是八十一文，用银钱的时期为五分或者一钱。
目前，基本上是以随意捐助为主的，并没有数量上的明确要求。在很多时候，这是一种形式，表明捐助者与林兆恩之间具有了师生之谊，成为了三一教的门人。对于入门一系列程序，《陈子会规·入门规则》中有着比较详细的说明：
入门者以伦纪无亏，品行端正者方为合格。
入门者须得三人以上介绍，必经掌教认可，方得焚启告天。
入门者须先自温全是否能服从教门规章制度，如认可，然后筮日斋沐介贽行入门仪式。焚启后恭听掌教宣讲入门规则及存养省察功夫。
入门者须遵守入门规则，如有不正当之行为，介绍人应尽规劝之道，倘不悛改即行斥退。
门人在经过入门仪式、成为三一教弟子之后，也必须遵守教内相关规定，如果不能执行，或者在现实生活中伦常有亏，在经过介绍者和其他门人的劝告之后，若仍无悔改，那么就会被取消门人资格。
第二节 会道仪式
三一教有其自身的经典体系和崇拜系统，加上林兆恩创教之初即是以教弟子熟悉经典为主，故对于经典学习一直比较重视，在嘉靖三十三年（1554）所著的《明经堂》中，林兆恩对弟子的经典学习作了非常明确的规定：
一、作文。以四、九日为期，每期作文一篇，辰候至午候而止。诸生所习之经不同，会日俱作《四书》文，经文随便自作。
二、作文。以理为主，气辅之，平淡中取奇，词苑之巨匠也。……今后作文，理要精微，气要昌大，转折处亦要圆活，然此非可易言也。……诸生毋徒求之文字之间可也。
三、看书。每日上午《四书》，下午本经，各一叶半。所看书，白文务要熟诵，小注亦要熟诵。
四、读书。每十日义二篇，论、策、表各一篇。
五、每月四、九日下午，会齐明经堂。先将本日所作之文，私相笔削批点，然后呈览。览毕，听挚签背经书白文，得签者即背首五句，依次左旋，各背五句，周而复始，至所看书毕而止。此掣签讲说经书，每掣二人，相为问难。若讲解不明，另举一人再讲。余者静坐以听，毋得譟言以乱规矩。其所讲者只要发明本文及体贴小注，截段明白。若有疑者，先书于起止簿上，俟讲毕时问难，且便掣签时查考。又次掣签背义、论、策、表，只掣三人，务要应声朗诵十数句。
六、各备起止簿，书所读某义、论、策、表若干，所看经书若干，以便查考。
七、会日俱早膳后来，午膳要回家，不必轮流办会，务以恬淡省事为主。
八、遇期有事，预先禀明。