四、应以纲常四业为立本，诚信勤劳做好本职工作，切勿好逸恶劳，不务正业。切勿参与嫖、赌、酗、殴等有损教风的行为。
五、维护教门的庄严，不得违背教旨另立旗帜，或借故诽谤教主，不得拉帮结派，各行其是。今后凡印发三一教经书及个人对三一教的论述，要在祖祠宣传刊物发表的须经祖祠管委会审核方予印发。
六、加强团结，同道者应尊老爱幼，谊同兄弟姐妹，有善相规，有过相劝，疾病相扶，患难相救，切勿尔虞我诈、口是心非、挑拨离间、造谣生事。
七、三一教祠（堂）应是谈经演教的清静场所，不许在祠内设赌玩牌、聚众暴饮、谈论秽亵、言人是非……，以免招人非议，败坏教风。
八、凡遇朔望或五、十日，要组织学习，讲经论道，印证心法。在学习中务必齐集一处，互相讲解，不惟可以提高文化知识，亦且有利于心身性命之修养。
九、要定期举行会道，设教度人，讲章内容应以三一教经典为主，劝世文次之，严禁利用会道场所谈论世俗是非。
十、各祠（堂）对所有支收款项及物资，均应记账造册，按季按年列表公布，俾众周知，切实执行。
以上规定各门人务须共同遵守，切实执行，不得旷废，若有违背者，视其情节轻重给予必要教育，拒不悔改，坚决清除出教。若有违法乱纪，报请有关部门给予依法惩处。
福建省莆田市东山祖祠修订
一九九九年三月一日这个规章戒律一方面吸取了以往三一教规章戒律对于门人的基本要求，诸如人伦道德、心性修养等，另一方面也加入了新的社会形势的要求，诸如国家的法律、法规等，是当地政府在对三一教进行试点管理之后的产物。
三一教的发展，在总体上还是以传统的各个“祠”、“堂”的独立发展为主。当然，在参照《国务院宗教事务管理条例》的原则下，当地政府对于三一教的“祠”、“堂”管理也进一步深入。1999年，开始正式在东山祖祠设立管委会；2001年，设立仙游县林龙江纪念堂管委会。这样，在莆田、仙游二地，开始以祖祠和纪念堂为中心，对三一教的活动进行管理，完善了诸如卫生、安保、财务等一系列制度，这对于改变长期以来三一教发展比较分散的状况起到了一定的好处。2005年11月23～25日，以国家宗教局蒋坚永副局长为首的中央统战部、国台办、国家宗教局联合调研组在莆田实地调研三一教的发展情况，随后在2006年5月的《国家宗教局关于福建省民间信仰问题的调研报告》中，肯定了莆田地区三一教的管理工作，并原则上同意在莆田地区成立三一教协会。
而这个协会的成立，目前当地也在积极地筹措当中。相信随着管理上的完善，协会的成立，三一教内部的各种制度都会得到进一步完善。
第四节 其他制度
三一教作为一种具有严格形式的民间宗教形态，其制度规范方面是有非常严格的要求，除了以上所说的制度之外，根据《夏午堂建教简章》的记载，还有一些其他的制度形式，这里主要介绍一下集会制度、印章制度、香火制度以及冠带制度。
集会制度，最早源于林兆恩在世时对于弟子经书研读的要求，亦即朔望之会。在后来三一教的发展过程中，这种集会的性质被保留下来，并且得到了不断的加强。作为一种宗教形式，它必然要求信徒之间有有效的、稳定的沟通形式，以维系、稳定宗教情感。这种集会的形式，对于宗教情感的培养，对于宗教认同的形成具有非同一般的意义。三一教非常重视集会这种信徒之间的交流形式，当然，现在已经不仅限于原来的读书交流，而是广泛地涉及诸种内容。根据《夏午堂建教简章》的记载，“凡有三人以上集合起来，按照规定程序进行所议之事，可称为会议”，很显然，对于集会是一种非常宽松的规定，并不是仅限于当初林兆恩所言的朔望之会，即以经典知识为基本交流内容的集会。
根据《夏午堂建教简章》，夏午堂内的集会可以包含以下几种类型：（1）常会，这是门人之间的日常集会，互相参研道法，讨论日常事务；（2）月会，这是门人之间每月的固定集会，主要进行教内修持的探讨、讲解；（3）季会，就是每年的上元、中元之前，由本堂召集信徒及其他教职人员开会，时间1天或半天，讨论决定教内管理事务，如教职人员的任免等；（4）分会，每年上元之后，在分堂召开的堂佐以及其他教职人员的会议，时间1～2日，主要讨论分堂的教务，并且参研道法；（5）大会，每年中元后，在大堂召开各堂选及其他教职人员开会，时间1～3日，讨论大堂教务；（6）总会，每年下元后，在总堂召开各参赞及其他教职人员开会，时间1~4日，讨论总堂教务及修道研究；（7）临时会，为了应对临时事件而召开的会议，主要是针对教内出现的突发事件，比如有不合适的教职人员需要临时解选；（8）维持会，主要是为讨论教内经济建设事项而召开的会议；（9）参考会，接受上级祠堂组织的命令而召开的会议；（10）研究会，针对特定的事件而召开会议，讨论如何适当地处理、应对；（11）欢迎会，就是当教内的师尊、长上驾临各堂时，各门人信徒会集一处，以示欢迎；（12）纪念会，但逢喜庆、丧吊以及建堂、开光、醮祷、兰盆、普度、祈安、谢恩等之时，信徒应会集，共同秉礼。
印章制度，因为在夏午堂之内有各种不同层级关系的祠堂，所以，对于什么样的级别应该使用什么样的印章，夏午堂内都有着严格的规定，“以四方、长方、大小分别高低”。夏午堂认为其印章制度是依照教主林兆恩生前的遗训的，“凡铸造印章，法于教主遗传考古制度施行”，所以，各堂在铸造印章的时候都必须严格遵照制度的规定。一般而言，印章制作之后，需要“拓其印鉴三份”，一份留在总堂，一份留在大堂，另一份附启告天。印章的使用是一件非常神圣的事情，所以，保存印章者就得承担起责任。一旦不能承担此责任的话，那么，就应当将印章交付还大堂，由大堂转给总堂注销。印章包括印信和图章两个部分。印信，“宜用四方、长阔平均，以木为之，或以金石为之，文字用篆书”，主要用于疏、启、符、证等。印信的大小即代表着尊卑的差异，“以小为尊，以大为卑”，所以夏午堂把印信的层级分成等级：（1）最上乘，四方，大小1寸2分；（2）上乘，四方，大小1寸6分；（3）中乘，四方，大小1寸八分；（4）下乘，四方，大小2寸4分。此外，还有一些特殊大小的印信；（5）特乘，四方，大小2寸八分；（6）特授，四方，大小8分；（7）名号，四方，大小或8分，或6分，或4分，或3分；（8）特铸，四方，大小2寸6分。
从印信的大小等级及其特殊功用来看，夏午堂印信制度是非常完善的。印信最后是要在不同层级的堂祠使用，所以，就各个级别的堂祠来说，其印信内容都有着明确的规定，总堂及其教职人员的印信分别如下：（1）总堂印信为“夏午堂印”；（2）总会印信为“虚空真宰”；（3）总理室印信为“三一教教主宝印”；（4）总教室印信为“儒道释夏至宝”；（5）道统印信为“道统中一”；（6）总持印信为“总持一贯”。
分堂教职人员的印信也是有明确规定的：（1）启教科印信为“三一教教主宝印”；（2）行教科印信为“儒释道夏至宝”；（3）阐教科印信为“三教先生至宝”。本堂的印信则为：（1）承教科为“三教先生至宝”；（2）经宗科为“儒释道夏至宝”；（3）心宗科为“三一教教主宝印”。图章的大小样式及内容也是有着明确的规定的，就样式而言，图章“宜用长方，阔要三分之一，以木为之，或用金石为之，文字为楷书”，主要用于呈示、通告等事项。图章大小亦有区分：（1）最上乘，1寸2分长；（2）上乘，3寸6分长；（3）中乘，2寸长；（4）下乘2寸4分长；（5）特乘，1寸8分长。
各个堂祠的图章也是不一样的，总堂的图章分：（1）总理室图章“夏午堂总理室图章”，1寸2分长；（2）总教室图章“夏午堂总教室图章”，1寸2分长。大堂图章一颗，刻“夏午真传某字大堂图章”。分堂一颗，刻“夏午真传某字第几分堂图章”。本堂图章一颗，刻“夏午真传某村某堂图章”。
香火制度，这是出于宗教仪式的需要。在进行宗教仪式、供奉的时候，势必会涉及香火的摆放，而香火的摆放也是有着严格的规定的，因为不同的香火及其摆放形式体现的是不同的等级。香火的不同，主要是体现在所使用的布的颜色、大小上，“以大小色素丝布数种，以别上下、尊卑”，其规定如次：（1）立本香火，用白布为之，大小3寸4分；（2）入门香火，用黄布为之，大小3寸4分；（3）教位香火，用缎丝布为之，大小2寸4分。
教位即不同的堂祠的负责教职人员，所以，其等级自然也是不同的，这种不同是通过缎丝的颜色来体现的：（1）最上乘，共分二等，一等黄缎，二等白缎。（2）上乘，分三等，分别为大红缎、桃红缎、水红缎。（3）中乘，分三等，颜色分配与上乘同。（4）下乘，分三等，颜色分配同前。（5）特乘，未入门者使用，白布为之。
冠带制度，这是对于门人信徒服饰礼仪的确定，以表示尊卑的不同。三一教门人的基本服饰为头戴三纲巾，身穿三纲五常服。后来又有八卦带的设置，根据夏午堂的规定，其门人的冠带制度分五个等级，称为“五等五色之带”，其对于三一教的制度而言，这些可能都还不是很完善，因为，随着很多文献的散佚，很多传统的制度可能有所散失，以上也只是从文献中略作整理。虽然不可能很完备地展示历史上三一教的制度状态，但是，至少可以从中对三一教的制度有一个大致的把握。作为一个民间宗教形态，三一教还是有着其自身的完备的制度系统的。