第一，观念保守，刑事管辖权的规定落后于海峡两岸刑事司法互助实践的实况。如前所述，“两岸条例”第75条规定，台湾地区居民在大陆（包括大陆船舶、航空器内的空间）犯罪，台湾地区司法当局有权审判，不受大陆已经审判或者刑罚执行之事实的任何影响。对此，笔者曾认为，该规定既有悖于法理情理，也不切合实际，与其“刑法”第9条以及将大陆视为“中华民国”之一部分的“宪法”第4条这两个规定也相矛盾。然而，台湾地区立法当局在后来制定颁布的“港澳条例”第44条中也作了类似的规定。但是，海峡两岸真能够完全和绝对地不承认对方司法机关所做的刑罚裁决或者已经进行的刑罚执行活动吗？
海峡两岸刑事司法互助的实践活动其实已经给出了否定的答案。大海峡两岸关系协会与海峡交流基金会于2009年4月26日签订的《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》（以下简称《南京协议》），在第1条列出了双方在刑事领域相互提供协助的事项范围，其中便包括“接返（移管）受刑事裁判确定人（被判刑人）”，第11条“罪犯接返（移管）”对此作了较为详细的规定。这两个条文在一定程度上确立了海峡两岸司法机关互相承认和执行对方所做的生效刑事裁决的原则，符合“一事不二罚”的刑事法基本原则，也符合人权保障的海峡两岸共同法治原则。从被判刑人移管（接返）的实际情况看，截至2013年6月，在上述协议生效迄今的近四年时间里，大陆方面向台方陆续移交了12名病重的台湾服刑人员。显而易见，海峡两岸移管被判刑人的刑事司法互助活动对“两岸条例”第75条的规定其实提出了相反和否定性的原则，充分地表明“两岸条例”上述第75条和“港澳条例”第44条之规定明显滞后于当前的刑事司法互助实践活动。
第二，对大陆居民的刑法保护不当地采用对等互惠原则，而对港澳特区所谓没有得到许可或者认许的法人采用对等互惠原则。如前所述，对大陆居民在台着作权或者其他权利受到刑事侵害后是否享有自诉或者告诉权利的问题，“两岸条例”第78条认为要根据台湾地区人民在大陆所享有之诉讼权利来确定。从该条例的立法当时来看，大陆关于知识产权保护的立法较为落后，尚未规定对着作权等知识产权的刑法保护，难以对在大陆着作权等权利受到刑事侵害的台湾居民给予刑事自诉或者告诉的权利。从表面看，台湾地区立法当局是为了保护台湾地区居民在大陆的着作权等合法权益而作出上述合理的规定。
但是，这种立法规定并不符合刑事立法的基本规律。作为公法的一种，刑法是保障法、强制法，除却刑事自诉的情况，凡有刑事侵害发生，必有刑事手段出现和发挥作用，岂能因为被害人的身份情况而有所区别？在当代社会，答案自然是否定的，鲜有现代国家或者地区在法律中做这种明显具有歧视性的规定。更何况，大陆知识产权法律保护从无到有、从有到优，发展良好。因而在全国人大常委会于1994年7月5日通过《关于惩治侵犯着作权的犯罪的决定》、全国人民代表大会于1997年3月14日通过对刑法的修订而在新刑法典中规定“侵犯知识产权罪”的情况下，上述规定显然是一种对大陆居民的歧视性待遇，不合时宜，更不合现代法治精神。在司法实践中，甚至还有台湾地区的司法机关援引该规定，对大陆企业知识产权在台受到刑事侵害的情形不予立案处理，受到了海峡两岸刑事法学者的批评。而“港澳条例”第46条似乎略有进步，对港澳特区居民赋予与台湾地区居民相同的刑事自诉或者告诉权利，但对法人则根据是否被许可或认许而作出区别，在实质上对居于港澳特区的大陆法人又予以不平等的歧视性对待。在同为WTO成员，且大陆对世界上任何国家、地区居民赋予同等的着作权刑法保护的情况下，“两岸条例”第78条和“港澳条例”第46条的规定违反了刑法上人人平等的现代刑事法治原则。
第三，对港澳特区刑事管辖的规定违反“一国两制”原则。大陆改革开放的总设计师邓小平先生于20世纪80年代提出了“一国两制”的伟大构想来解决香港、澳门问题，并很快成为中华人民共和国的国策和法律，并在90年代落实为具体的法律制度和政治实践。但是，台湾当局和理论界很多学者在没有提出行之有效、得到认可的解决之道的情况下，却并不接受以“一国两制”来解决海峡两岸统一问题的政治途径，反而在解决与香港、澳门特区之间刑事管辖权冲突的问题上违背法理地作出了违反“一国两制”原则的规定，具体表现为以下两个方面：（1）将港澳特区视为其他国家而采用国际性的刑事管辖原则，不符合“一个国家”的原则。
台湾立法当局在“港澳条例”第43条第1款中将台湾地区“刑法”第5条、第6条、第7条、第8条照搬而来，而这三个“刑法”条文在用语上都有“中华民国领域外”的表述。但是，不管是根据《中华人民共和国宪法》，还是依据台湾地区的“宪法”，香港、澳门都是中国不可分割的一部分；大陆从来都没有将香港、澳门从法律上视为中华人民共和国之外的地方，也从来没有在刑事法中作与“港澳条例”第43条第1款任何相同或者相似的规定。况且，即便是台湾地区立法当局制定颁布的“两岸条例”，也没有将台湾地区“刑法”上述四个条文的内容或者精神适用于大陆。（2）忽视港澳特区法治现实，对港澳居民在国外的犯罪规定刑事管辖权。“港澳条例”第43条第2款规定了对香港、澳门特区居民在其他国家或者地区实施犯罪的刑事管辖权，即其实将台湾地区“刑法”第7条“属人原则（二）——国民国外犯罪之适用”照搬而来适用于港澳特区居民，完全不顾香港、澳门成立特别行政区后依照基本法所享有的独立立法权和司法权，也根本不考虑这种规定可能虚置的后果，具有明显的“一厢情愿性”。相反，大陆从来都认为，作为一种全国性的法律，《中华人民共和国刑法》并不在香港特别行政区、澳门特别行政区施行，因而也谈不上由大陆的司法机关按照刑法典第7条第2款的规定对在其他国家或者地区实施犯罪的港澳特区居民行使刑事管辖权。所以，总的来看，台湾地区立法当局关于“港澳条例”第43条的规定鲜明地体现出其纯粹为了体现台湾当局对港澳的所谓治权，通过单方面的立法来否定“一国两制”在港澳特区的实际施行，与全国人民代表大会所制定颁行的香港特别行政区基本法、澳门特别行政区基本法相抗衡。