但是，经过多年的司法实践，各方面意识到1996年3月修改《刑事诉讼法》废除“先定后审”的做法虽然是正确的，但是为了杜绝“先定后审”而规定检察机关不向法院移送全部案卷材料在客观上给被告人及其辩护律师造成极为不利并无法克服的困难。因为即使在法庭审理的时候，被告人及其辩护律师也并不了解控方有哪些证据材料特别是其中对被告人不利和有利的证据材料，致使他们难以有针对性地展开辩护，对维护和实现司法公正极为不利。于是，在2012年3月对《刑事诉讼法》再度修改时又恢复了检察机关向法院起诉案件时“将案卷材料、证据移送人民法院”的做法（2012《刑诉法》第172条）。尽管如此，并没有恢复1979年《刑事诉讼法》第108条“先定后审”的规定，并且对案件的程序审查更加简单：“对于起诉书中有明确的指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。”（2012《刑事诉讼法》第181条）即法院对检察院起诉的案件是“有诉必审”，并不通过起诉审查排除某些案件进入审判领域。
台湾地区“刑事诉讼法”以前并无起诉审查制度，但在2002年修改“刑事诉讼法”时对第261条进行了修改，新增了起诉审查制度，即“法院于第一次审判期日前，认为检察官指出之证明方法显不足认定被告有成立犯罪之可能时，应以裁定定期通知检察官补正；逾期未补正者，得以裁定驳回起诉”（台2002“刑诉法”第161条）。这实为一种中间审查制度，其目的是“确实促使检察官负举证责任及防止其滥行起诉，基于保障人权之立场，允宜慎重起诉，以免被告遭受不必要之讼累，并节约司法资源”。当然，对于法院作出的驳回起诉裁定，检察官若不服可提起抗告，请求上级法院予以纠正。但是，如果“驳回起诉之裁定已确定者，非有第260条各款情形之一，不得对于同一案件再行起诉”；如果“违反前项规定，再行起诉者，应谕知不受理之判决”（台2002“刑诉法”第161条）。通过此中间审查制度之机制，台湾地区法院可将部分定罪证据不足的案件拦截在法院审判大门外。这样做显然有利于提高司法效率。
三、普通审判程序
审判程序是刑事诉讼程序的重心，西方法治发达国家无论何种法系都奉行审判中心主义。而在审判程序中，又以普通审判程序为代表，体现出完整、典型的审判中心主义。所谓普通审判程序不是特指某种审判程序，而是泛指在一个法治国家或法治社会针对一般刑事案件而实行的常规或常态审判程序，它的名称可能有不同称谓，而且也可能表现为不止一种具体的程序，但是它一般具有以下特点：其一，适用的案件一般为比较严重的犯罪；其二，审判组织通常为合议庭，有的还采用陪审团或类似的审判组织；其三，一般采用直接、言词原则进行审理，凡有必要，证人、鉴定人等都应出庭作证，接受交叉询问；其四，对被告人的诉讼权利保障比较充分，通常享有获得强制辩护、非法证据排除、与控方证人对质等诉讼权利。基于以上，普通审判程序是所有审判程序中诉讼构造最完整，诉讼程序最公正，诉讼权利最充分的审判程序，因而也是最典型、最严格意义上的审判程序。大陆和台湾地区都有普通审判程序。但是，从历史的眼光看，两岸普通审判程序都经历了一个从低级阶段向高级阶段发展的过程，并且今后还将不断发展、完善。
在1979年《刑事诉讼法》上，一审案件的审判程序只区分为公诉案件审判程序和自诉案件审判程序。就公诉案件而言只有一种审判程序。不论何种刑事案件，只要属于公诉案件都将进入该审判程序。在审判组织上，除了“轻微的刑事案件可以由审判员一人独任审判以外”，其他案件都应组成合议庭进行审判，只是基层法院和中级法院的合议庭由审判员一人、人民陪审员二人组成，而高级法院和最高法院的合议庭则由审判员一至三人，人民陪审员二至四人组成。此外，对于“罪行较轻经人民法院同意”的案件，检察院可以不派员出席法庭支持公诉。除以上外，在具体的庭审程序上不论何种案件并无区别。从法律规定上看似乎有证人出庭作证的要求，但并没有区分任何情况。好像所有案件证人都应当出庭。然而司法实践中几乎没有证人出庭。更重要的是，当时的审判程序实际上奉行的是“强职权主义”或“超职权主义”，审判长主导和控制着一切庭审活动，不仅辩方没有什么真正的诉讼权利，而且控方也是徒有其名，审判长乃至合议庭不仅肩负着审判权而且还行使控诉权。在法庭上公诉人宣读起诉书后，“审判人员开始审问被告人”。庭审的目的不是为了客观地查明案件事实，依法确认被告人是否有罪，而是为了“走过场”，把法官在开庭前根据前述第108条的规定对被告人所做的有罪认定，通过庭审从程序上确认一下，并没有多少实质意义。在这种审判程序下，既谈不上公正也谈不上效率。
针对以上弊端，《刑事诉讼法》在1996年进行修改时，对审判程序进行了重点改革。首先，一审案件审判程序从以往的只有公诉案件和自诉案件两种审判程序，又增加了一种兼具有公诉案件和自诉案件的简易程序。其次，在公诉案件一审程序中，废除了以往“先定后审”的诉讼模式，而强调庭审活动的实质化，一方面要求法官处于中立地位，不再“审问被告人”，全面控制庭审活动，另一方面强化检察机关的控诉职能，要求公诉人在法庭上真正履行支持公诉的活动，同时又对辩方的权利予以一定保障，不仅保障其自己聘请律师辩护的权利，而且还对没有聘请律师的未成年、盲聋哑被告人以及可能判处死刑的被告人由法院为其指定辩护律师。此外，还确立了“疑罪从无”的裁判原则。如此这般，控辩双方在一定程度上可以进行“平等对抗”，法官也可以进行中立审判了。正因为如此，在1996年《刑事诉讼法》修改后，有人认为大陆刑事庭审方式吸收了英美当事人主义审判模式的因素，或者具有当事人主义审判方式的色彩。
尽管有以上多方面明显的进步，但1996年《刑事诉讼法》对于审判程序的改革仍然存在不少问题。主要是：第一，公诉案件一审程序在保障辩方对控方证据特别是对控方证人的对质权方面没有建树，证人不出庭成为审判实践中突出的问题；第二，对于侦查机关及侦查人员程序违法行为特别是所取得的非法证据难以排除；第三，由于新增加的简易程序适用案件范围有限，造成普通程序中相当一部分案件本可以简化审理但因没有法律依据还须按普通程序审理，使法院的审判负担过重，影响了司法效率。
面对上述问题，有关方面积极设法解决。2003年，最高人民法院、最高人民检察院、司法部共同发布了《关于适用普通程序审理“被告人认罪案件”的若干意见（试行）》。按此《意见》，对于本来属于应当适用普通程序审理的案件，如果被告人认罪则可以简化审理，不必恪守普通程序的规定，理论界将此简称为“普通程序简化审程序”。但是这个《意见》在实践中执行得并不好。主要是因为理论界不少人对此提出批评，认为如此“简化审”程序是对程序公正性的“牺牲”；同时还认为该程序本身缺乏正当性，违背了法律规定。而在实践中，由于该程序确实不是法定程序，正当性和权威性不足，加上内容本身也存在不少问题，法院执行并不太积极。2010年6月，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部联合发布了《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》，这是大陆关于在刑事诉讼中排除非法证据的第一个系统、正式的法律文件，受到社会各界的欢迎和好评。但由于缺乏经验该《规定》本身还存在一些问题，同时它不是国家法律，权威性不够，再加上这个问题本身的特殊性，在执行中实际面临许多困难甚至障碍。于是，大家都寄希望于《刑事诉讼法》的再度修改能够解决好上述一系列问题。
在上述背景下，2012年3月《刑事诉讼法》修改中也确实对普通审判程序进行了重点修改。其一，缩小了普通程序审判的案件范围，这主要是通过扩大简易程序的适用范围而实现。按照扩大适用范围后的简易程序，一般认为基层法院审判的案件有80%左右可适用简易程序，那就只剩下20%左右的案件需要进入普通程序进行审判，从而使普通程序实现了“瘦身”。其二，强化了普通程序中审判的实质化。这主要体现在法律明确规定了证人、鉴定人包括侦查人员在法定条件下出庭作证接受质证的要求，同时还对应当出庭而不出庭或出庭后拒不作证的行为规定了相应的法律制裁措施。当然，也对证人保护、证人补偿问题作出了相应规定（以上见2012《刑诉法》第187条、第188条、第62条、第63条）。此外，还针对鉴定意见的特殊性，规定控辩双方都可申请有关专家出庭协助本方质证（2012《刑诉法》第192条）。其三，确立了非法证据排除规则，对于采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人的供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述以及符合法定条件的物证、书证，如果在审前程序没有被排除，则在法庭上被告人及其辩护人等有权要求予以排除。法庭经过调查确认确系非法证据或不排除是非法证据的，就应当予以排除，不得作为对被告人判决有罪的依据。显然，上述规定大大强化了审判的实质化，从而也大大提高了程序的公正程度，有利于实现审判结果的公正。当然，这样规定并切实贯彻实施后，势必在这部分案件中需要投入更多的司法资源，诉讼效率也会有所降低，但这是“公正优先”产生的必然代价，是应当的和值得的。在此前提下，也要尽力提高诉讼效率，为此，专门新增加了庭前会议制度，在开庭前由审判人员召集公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人，对回避、出庭证人名单、非法证据排除等与审判有关的问题，了解情况，听取意见（《刑诉法》第182条），以便事先做好准备和安排，避免开庭后出现新情况、新问题而不得不中断庭审，延误审判。
在台湾方面，一审案件原来就有普通程序与简易程序之别，但随着案件数量的不断增加和对案件审理程序公正性的要求提高，促使立法不仅不断地修改普通程序和简易程序，而且从普通程序中又分离出一个分支程序——简式审判程序。从其相关法律规定来看，如此设计的基本精神是对于比较复杂、重大的案件，程序更加严格，投入的司法资源也越多，对被告人及其辩护人的程序保障也越充分；反之，则程序相对灵活，资源相对减少，权利保障相对减少。