（三）主任检察官制度的内部权责关系
1.关于条线指导和管理
检察机关的上下级之间究竟如何行使领导关系，一直以来都没有受到理论界和实务界的关注。实践中，条线管理中的案件指导，实际就类似于上级机关检察官绕开下级机关的检察长而直接对下级机关的检察官进行指令。这种领导方式势必架空检察官——主任检察官——检察长的检察权运行轨迹。当然，主任检察官制度的改革不能动摇上级检察机关对下级检察机关的领导，但为了使主任检察官制度能够有效运作，必须使上级检察机关对下级检察机关的领导通过检察首长之间的指令进行，且这种指令应当限定在检察一体的原则之下，从而使主任检察官制度下的检察官能真正独立行使检察职权。另外，案件指导的意义在于集中力量和智囊以提高案件质量，在主任检察官制度下，提高案件质量的观念并未改变，只是在方法和理念上有所不同。主任检察官制度下，条线管理失去了着力点，更注重检察官办案主动性和办案水平的提高，是通过权责重新分配倒逼办案能力和案件质量。单纯案件指导的存在不利于主任检察官和检察官主动发挥主体能动性，容易产生依赖。对此，宜通过检察首长之间的指令或上级院对下级院的指令，再转化为对主任检察官的指令，来实现条线管理。总体上，弱化条线指导和管理是大势所趋，案件管理机制改革和案管部门的独立化，强调了案件的流程管理和技术手段的应用，也为此提供了支持。
2.不同层级检察官的权力边际
主任检察官办案责任制改革，必须根据检察权运行的规律，明确检察官之间的相互关系，在遵循检察一体要求合理安排不同层级检察官领导与服从关系的同时，承认所有检察官作为检察权行使主体的独立地位。在尊重检察官主体性的前提下，科学确定不同层次检察官的职责权限，界定好主任检察官的办案权利，通过把握好主任检察官和检察权其他主体之间的关系，配置检察办案责权归属。
主任检察官的权利来源于宪法和法律的规定，由检察长授权。应当结合侦查、逮捕、起诉、诉讼监督各业务性质特点，结合检察工作实际，明确主任检察官办案组的职责，依法划分检委会、检察长、主任检察官办案组的职责权限，确保检委会、检察长依法行使法定职责，坚持放权和检察工作一体化要求结合起来。要坚持检察长的领导，检察长对检察机关有权管辖的一切案件有控制权，不过，检察长对具体案件发布指令，应当适当约减，并且在指挥方式上，应当尽可能减少行政性的指令，而运用审查、劝告、承认的方式行使指挥监督的权力。要加强检察长、检委会对执法办案的领导，确保检察长依法享有捕与不捕、诉与不诉等各项法定职权，确保检委会依法享有决定重大疑难案件、宏观业务指导、内部监督等职权，充分发挥检委会专职委员、检委会办事机构、专家决策咨询组织等作用，不断增强检委会的亲历性、专业性，提升决策议事水平。
主任检察官有提交检委会讨论的权利，对检委会的决定必须无条件执行。主任检察官有权自主决定的事项，检察长或检察委员会提出异议的，主任检察官应当认真汇报，说明情况，检察长或检察委员会重新作出决定的，主任检察官必须执行。检察长和检察委员会讨论案件时，应当充分听取主任检察官的意见，以保证这种决定建立在客观事实的基础之上。在主任检察官还难以承担重大案件处理的社会压力且缺乏抗干扰和承担错案责任的能力情况下，继续坚持检察长和检察委员会相结合，客观上形成了检察官保护和责任转移的机制，使主任检察官在检察一体的羽翼保护下能够相对独立地履行职责。
检察办案工作具有团队性，组建的检察官办案组织应当以主任检察官为核心。在办案组织内部，主任检察官应当发挥领衔、定断等司法属性，享有对案件的调度权、决定权、指导权，并对其职责范围内的处理决定承担全部责任。主任检察官在职责范围内享有自主决定权，对此部门负责人没有指令权。部门负责人一般只负责本部门的综合管理工作，制定部门发展计划，在思想建设、业务建设、队伍建设、行政事务、后勤保障等方面履行职责，并对主任检察官办案组织的业务进行协调，在具体的办案活动中不形成指令关系。只有部门负责人在担任主任检察官承办具体案件时，才拥有案件办理权和决定权。部门负责人可以统筹分配本部门主任检察官的案件办理，指定办理上级交办、督办的案件；调阅主任检察官办案材料或通过办案系统了解办案进度和有关事项的处理情况，听取本院有关业务部门、律师（辩护人）等其他诉讼参与人以及组内检察官对主任检察官工作的意见，对主任检察官执行检察长、检察委员会的决定情况进行检查。在日常监督管理中，部门负责人发现主任检察官作出的决定有问题，可以要求主任检察官再复议一次，或者及时提交检察长审议。如果主任检察官办案组织内部发生重大分歧，部门负责人可以根据监督管理情况召集主任检察官联席会，双方有充分讨论交流并听取他人意见的机会，若还有分歧由检察长或检委会决定。
在检察官办案组织中，检察官在主任检察官的领导下开展工作，检察官在工作中发现或遇到问题，应当及时报主任检察官决定。应当避免检察官陷入纯粹的唯命是从，主任检察官在办理案件过程中应当发扬民主，在对案件作出决定或者提出处理意见前，应当充分听取检察官的意见和建议，保证检察官可以发表独立的意见，保证检察官可以合法地对抗主任检察官的错误决定。主任检察官应与检察官妥善分工，合理分配工作量，以确保证案件质量，提高办案效率，完成各自承担的工作任务。主任检察官对本办公室承办的全部案件承担责任，主任检察官办公室的其他检察官对自己承办的案件承担责任。只有保证检察官在办案中的主体地位，才能真正调动检察官的工作积极性，才不会消极对待业务工作。而主任检察官凭借专业的意见，而不是行政指令，也才能令检察官真正服从主任检察官的调遣。
（四）如何放权给主任检察官
检察官办案责任制是对检察职权的重新配置，实施的关键内容是“合理放权”，即合理下放职责权限，授予检察官在职权范围内的充分权利。放权给主任检察官应“因权制宜”，合理为先，出于职权配置和检力资源配置自我完善、自我发展的要求而实施。试点可以从办理具体案件的基层院、分院开始，条件成熟后再推至市院，试点范围宜按从司法性到行政性的强弱次序依次推进。如侦监、公诉部门因为司法性相对较强，应着力解决“定者不审、审者不定”的问题，检察长和部门行政领导除对重大、疑难、复杂的问题和案件进行具体的指导和决策以外，应将主要精力集中于考核、监督及事务性的指导上。如取消侦查监督部门负责人审核案件环节，由主任检察官直接向检察长报批案件，重大、疑难复杂案件或事项除外；同时下放部分由检察长批准的事项，由主任检察官决定。而公诉部门主任检察官，对除重大疑难复杂案件外的其他案件有决定起诉的权力，原检察长的职权如改变公安机关起诉意见认定的犯罪事实和罪名、决定两次退回补充侦查、追加变更起诉书指控、建议侦查机关追捕漏犯的决定权下放给主任检察官。自侦部门由于行政性、政策性较强，应谨慎推进，一般可先将不需要报部门负责人审核的事项下放给主任检察官。而介乎二者之间的控申、监所、民行等部门应加强涉及群体性处理决定或重大监督决定的控制。办事检察官并非直接处理具体个案，在业务职责方面谈不上职权的收放，对检察官办案主体性的要求不强，因而也无实行主任检察官的必要性和紧迫性。
（五）关于任期制
主任检察官是一个岗位，实践中也有进行轮岗的需求，出于检察官的发展，既保持相对稳定性，保证相对专业性，又防止利益固化，避免丧失在不同岗位历练的机会，也有必要建立退出机制。在试点方案中，有的单位明确，主任检察官实行任期制，每届任期三年，可连选连任。也有单位明确，当个人提出申请不再担任主任检察官，或者所办案件出现上级对口职能部门规定的低质量案件（工作）且应负主要责任的，或者在任职期间出现违法违纪现象，或者因健康原因在一个考核年度内请假累积超过六个月且经两次提醒仍无法正常履行职责的，或者年度考核评定为不称职或者连续两个年度被评为基本称职等，应当免除主任检察官职务。笔者认为，如在同一主任检察官岗位上任满二届，应强制轮岗，既可以在不同专业的主任检察官中进行轮岗，也可以在不同部门之间的主任检察官中进行轮岗，甚至可以在不同院际进行轮岗。这样，可以改变以往检察人才资源主要集中在行政序列、执法办案一线干警队伍始终处于不稳定状态的局面，将法学功底扎实、实践经验丰富、工作实绩突出、协调能力较强的检察官配备到主任检察官岗位上，为一线检察官搭建展示才华、发挥作用的良好平台，吸引更多优秀人才向执法一线集中，打造专家型主任检察官，传导专业经验，又尽量疏解检察官发展的通道，为检察官队伍的职业化、专业化发展奠定基础。