直到正统六年（1441）十一月初一日，重建乾清宫、坤宁宫二宫和奉天、华盖、谨身三大殿的工程告竣后，明英宗才最终决定“定都北京”，北京的文武诸司不再称“行在”。迁都南京的事化为泡影。
嘉靖中，蒙古俺答、朵颜、吉囊、阿不孩、瓦剌等部不断入塞侵扰大明北疆，甚至进到京城近郊，严重威胁着京师的安全。《明世宗实录》记载：嘉靖二十九年（1550）底，就有“重都城之守”、“筑关厢之城”等议论。在这样的背景下，有人说京师正阳门、崇文门、宣武门三门外关厢，应该修筑外墙，长约5780丈。再建门楼五座。如果让三关厢的居民，每家出一个劳力，共可得1万人，修筑三关厢外墙的工程100天就可完成。但兴工后不久就停了下来。三十二年三月底，兵科给事中朱伯辰上书，大意是说：我看洪武皇帝定鼎金陵（南京）后，当时就修筑金陵外城，皇帝考虑宏远，是为江山万年之计。永乐皇帝迁都北平，北京距边塞很近，为什么北京只有城而没有外郭呢？因为永乐间建北京时，可以说是营建都城刚刚开始，未来得及考虑周全。近来因为边境敌情告紧，皇上重视大臣的建言，要修筑南面的关厢外城，众多臣民太幸运了。
但因为主管建外城的大臣方法不当，毁坏民舍，趁机敛财，惹得民怨沸腾。而且所筑外面城墙仅仅是正南一面，规制褊狭，所以墙未筑成很快就停工了。我个人认为城外居民很多，不下数十万户，又四方万国商旅来京，货物聚集，需要有外郭以围护。况且如今边塞警报频频，真是不可掉以轻心，不能不及时作打算。我曾经到四郊去走过，去看过，见四郊都有土城故址，几乎环绕一周，长约有一百二十里。如果仍然循着土城遗址，将低处加高，薄处培厚，缺处补修，断处接上，就可省工省力，收到事半而功倍的效果。
嘉靖皇帝就这件事征询大学士严的看法，严说：“现在修筑外城，是大家共同的心愿和期盼，如果修成了，也是一劳永逸的事。在修筑外城时，难免会遇到掘毁人家的坟墓，搬迁居民的房舍等这类事，为了修筑京师外郭这一大计，也就不能惋惜和抚恤了。”后经兵部会同户、工二部议定，请皇帝委派官员进行实地考察后，择日兴工。嘉靖皇帝还特别交代“外城须四面修筑，以全王制”。这年闰三月初十日，兵部尚书聂豹等奏称：臣等“相度京城外四面宜筑外城约计七十余里。……外城基址：臣等踏勘得自正阳门外东马道口起，经天坛南墙外及李兴、王金箔等园地，至荫水庵墙东止，约计九里。转北经神木厂、獐鹿房、小窑口等处，斜接土城旧广僖（熙）门基止，约计一十八里。自广僖（熙）门起转北而西，至土城小西门旧基，约计一十九里。
自小西门起，经三虎桥村东马家庙等处，接土城旧基，包过彰义门，至西南直对新堡北墙止，约计一十五里。自西南旧土城转东，由新堡及黑窑厂经神只坛（即山川坛，也叫先农坛）南墙外，至正阳门外西马道口止，约计九里。大约南一面计一十八里，东一面计一十七里，北一面势如椅屏计一十八里，西一面计一十七里，周围共计七十余里。内有旧址堪因者约二十二里，无旧址应新筑者约四十八里。……
外城规制：臣等议得外城墙基应厚二丈，收顶一丈二尺，高一丈八尺。上用砖为腰墙垛口五尺，共高二丈三尺。城外取土筑城，因以为壕。正阳等九门之外，如旧彰义门、大通桥，各开门一座，共门十一座。每门各设门楼五间。四角设角楼四座。其通惠河两岸，各量留便门，不设门楼。城外每面应筑敌台四十四座，每座长二丈五尺，高二丈，收顶一丈二尺。每台上盖铺房一间，以便官军栖止。
四面共计敌台一百七十六座，铺一百七十六所。城内每面应筑上城马道五路，四面共计马道二十路。西直门外及通惠河二处，系西湖玉河水出入之处，应设大水关二座。八里河、黑窑厂等处，地势低洼，潦水流聚，应设小水关六座。城门外两旁，工完之日，拟各盖造门房二所，共二十二所，以便守门人员居处……”
从上面所引《明实录》的史料来看，当时对修筑北京外城不能不说是踏勘认真，规划周密，设计科学，用心良苦。但是，自当年闰三月十九日建京师外城兴工后，还不到一个月，上从嘉靖皇帝，下到辅臣严和督理工程的官员，便一个个顾虑重重，大有要退缩的样子。四月十一日，嘉靖皇帝对辅臣严等说：“建城一事固然很好，但不可伤害财力，白白忙碌一番。如果城墙下部用土筑，上面包以砖石，必定不耐长久。必须围墙用土夯筑坚实，门楼用砖包筑可以承重。这样的话，一两年内定难完成。朕听说西面是最难施工的，这是开始时不可不预先考虑到的。”严将嘉靖皇帝的谕旨传示各督理工程的官员，其中陈珪说：“修筑四面重城，原来议定用土坚筑，只是其垛口、腰墙及各城门始用砖砌。只有西面地势低下，地多沙土，稍难施工。应该先筑完南面，再转筑东面、北面、西面，依次根据实际情况修理。”
嘉靖皇帝批准了陈珪的意见，但他还是顾虑工程重大，需要大量人力、物力、财力，功成不易，主张先建南面，等到物力、财力都充裕时，再因地制宜，规划设计，以建成四面城墙。于是，嘉靖皇帝便让严与督理工程的官员进一步会商。会商的结果是：京城的南面，民多物繁，亟宜卫护。现在筑城的丁夫既已聚集起来，筑墙的夹板开始搭建，必须取好土夯筑坚实，以图持久。筑完一面后，结算用费多寡，其余三面，即可类推。在这之前的规划，原是四面筑墙，所以南墙横阔有二十里。如今既然只筑南面城墙，那么筑到十二三里时就当收缩，这样不至于浪费财力。现在准备将正在筑着的正南一面城墙，东折转北接京城东南角，西折转北接京城西南角，集中人力物力修筑坚固，可以按期完成。至于东、西、北三面外城墙怎么修筑，等再作计划上报。就这样，永乐年间中筑的北京城与嘉靖年间筑的北京外城相结合，形成了明北京城“凸”字形城郭。
自从明永乐年间迁都北京，军国之需，皆仰给于江南。换句话说，国都北京对米粮的需求，全赖京杭大运河的漕运。所以，明代京杭大运河的漕运制度日益详备。
（十）清北京城的进一步发展
明朝后期，生活在长白山区的满洲部族渐渐兴盛起来。其首领爱新觉罗·努尔哈赤是一个相貌雄伟，一表人才，心怀大志，内藏不露，声音洪亮，强记不忘，招纳人才，胸怀大志的人物。明万历十一年（1583）夏，努尔哈赤始带兵在长白山、黑龙江间征战。万历四十四年正月初一日，努尔哈赤即皇帝位，建元天命，国号为“金”，亦称“后金”。天命十年（明天启五年，1625）三月，后金定都沈阳，称盛京。
天命十一年八月，努尔哈赤去世。他的第八个儿子皇太极继承皇位，建元天聪。天聪三年（1629），后金大规模兴师伐明。皇太极号令：“朕承天命，兴师伐明，拒者戮，降者勿扰。俘获之人，父母妻子勿使离散。勿淫人妇女，勿褫（读ch，意为剥夺）人衣服，勿毁庐舍、器皿，勿伐果木，勿酗酒。违者罪无赦。”可见，当时后金军的纪律是非常严明的。十年四月，在众大臣再三就“上尊号，正国体”问题的请求下，皇太极祭告天地，行受尊号礼，定有天下之号曰大清，改元崇德。崇德八年（1643）八月，皇太极突然病逝。九月，他的第九个儿子福临继承皇位，建元顺治。
顺治元年（1644）五月初二日，清军进抵北京，京北各县城以及天津、真定诸州县都投降清军。六月十一日，睿亲王多尔衮及诸王、贝勒、贝子、大臣举行会议，决定建都北京。七月初八日，清室以迁都祭告上帝、陵庙。十月初一日，清世祖福临亲自到北京南郊告祭天地，即皇帝位，定鼎北京。顺治二年（1645）五月二十九日，重新修建乾清宫成，又复建太和殿、中和殿、位育宫等。三年十月三十日，复建太和殿、中和殿工程告竣。八年九月十七日，改承天门为天安门。转年七月初五日，改皇城北门为地安门。十一年六月二十六日，慈宁宫建成。十三年闰五月十一日，修建乾清宫、坤宁宫、交泰殿，及景仁宫、永寿宫、承乾宫、翊坤宫、钟粹宫、储秀宫等工程完成。十八年（1661）正月，顺治帝死，他的第三个儿子玄烨即位，年仅六岁，改元康熙。
康熙六年（1667）七月，年仅十二岁的康熙帝亲政，御太和殿受贺。八年十一月，修“太和殿、乾清宫成。上御太和殿受贺，入居乾清宫”。
史料说明，清迁都北京后，虽然也进行了一些宫殿城池的修建，但在整个北京城的建设上，除新建了景山之上的万春亭（中）、观妙（左一）、周赏（左二）、辑芳（右一）、富览（右二）五亭之外，没有多少引人注目的工程。但是，这绝不是说清代在北京城市建设上没有多少作为。应当说，清代在北京城市建设上最大的贡献是营建北京西郊的“三山五园”，即畅春园、圆明园、万寿山清漪园（清末改颐和园）、玉泉山静明园、香山静宜园。这“三山五园”的营建，倾注了清代中后期重大国力，为国都北京城市建设增添了许多亮点和辉煌。康熙、雍正、乾隆以至于嘉庆、道光年间，许多重大朝政都是在京西皇家园林，特别是圆明园中进行的。所以，清代北京西郊皇家园林的兴建，不是一般意义上的城市园林建设，在一定程度上说，是北京城外的另一处政治中心，如同承德避暑山庄一样。
总之，清朝在北京城本身的建设上，没有明代那么重要和辉煌的成果。但是，北京毕竟是清朝的政治中心，是管辖、号令远比明代更为辽阔的中国土地的国都。因此，北京的城市地位和职能决定了它与京杭大运河更为密切的关系。
清朝末期，随着现代交通工具和设施，如轮船、火车、铁路、汽车、公路等的出现与发展，特别是因为清政府采取了“停漕改折”的措施，盛行数百年的大运河漕运废止了。但是，元、明、清三代忙碌了数百年的大运河漕运，却在京杭大运河的沿线留下了说不完的动人故事，积淀了永葆活力和深厚的运河文化。