从国务院组建程序上来看，“五四宪法”规定，“根据国家主席提名，全国人大决定总理人选，根据总理提名，决定国务院组成人员的人选”，“在全国人大闭会期间，全国人大常委会决定国务院副总理、各部部长、各委员会主任、秘书长的个别任免”；“七五宪法”则规定，“全国人大根据中共中央委员会提议，任命总理及国务院组成人员”。这一规定实际上将全国人大对国务院总理人选的决定权改为了任命权，而且取消了国务院总理对国务院组成人员的提名权，以及全国人大常委会对国务院组成人员的任免权。这种“政”从“党”出的直接规定，更加强化了中央行政体制中本已十分严重的党政不分和党权过分集中现象。
从国务院性质和地位来看，“五四宪法”规定，“国务院即中央人民政府，是最高权力机关的执行机关，是最高国家行政机关”；而“七五宪法”则将这一规定取消，仅保留了“国务院即中央人民政府”这一有关国务院性质的表述。这样就淡化了国务院对全国人大的隶属关系和全国人大对国务院的监督职能，也弱化了国务院在国家行政机关中的地位。联系“七五宪法”凸显中共地位的做法，很容易使人得出国务院直接对中共中央负责的结论。这种对于国务院性质和地位的模糊化处理方式，在中央行政体制的地位界定、运行依据、运作程序等方面势必造成诸多负面的影响。
从国务院职权来看，“七五宪法”对“五四宪法”规定的有关国务院职权的17项内容进行了简化和缩水，只保留了“规定行政措施，发布决议和命令，制定和执行国民经济计划和国家预算，管理国家行政事务”等几项内容；对于国务院组成人员的职责更是只字不谈，还取消了“五四宪法”中“总理领导国务院工作，主持国务院会议，副总理协助总理工作”，“国务院各部部长和委员会主任负责管理本部门的工作，并在本部门权限内可以发布命令和指示”的规定。
从国务院与地方政府的关系来看，根据“五四宪法”，国务院作为最高国家行政机关，“统一领导全国地方各级国家行政机关的工作”。这一规定明确了中央人民政府与地方行政机关之间的领导与被领导的关系。而“七五宪法”则将其修改为国务院“统一领导各级国家机关的工作”。这在一定程度上扰乱了国家机构的系统和分工，同时也扩充了中央政府对地方的管辖和控制，强化了行政体制的中央集权的程度。
综上可以看出，经四届全国人大一次会议修改后的宪法，在关于党政领导体制方面的规定，不仅没有跳出原有体制的框架，而且以国家根本大法的形式进一步强化了“一元化”体制中高度集权、党政不分等弊端。
第二节 新一届国务院的运行及其调整
一、周恩来支持邓小平领导国务院开展全面整顿
四届人大一次会议后，周恩来病重住院治疗，面对“文化大革命”造成的混乱局面，新组建的中央政府竭力排除江青集团的干扰，坚决按照四届人大提出的任务，果断采取一系列有力的措施，着手对各方面工作进行整顿，为消除动乱，促进安定团结和国民经济的发展做出不懈的努力。整顿取得显着成效，并且对中央行政体制产生了重要的影响。1975年整顿的逐步开展和取得成功，凸显出周恩来对于中央行政体制重新整合的良性政治效应。
从1975年２月开始，到这一年11月“反击右倾翻案风”运动兴起。在不到一年时间里，在周恩来的全力支持下，以邓小平为首的国务院抓住中央行政体制重新整合的良好契机，对国民经济和各方面工作开展了在当时条件下尽可能全面、深入的整顿。
从整顿的指导思想和主要内容来看，周恩来在四届人大一次会议上重申的：“在本世纪内，全面实现农业、工业、国防和科学技术的现代化，使我国国民经济走在世界的前列”的战略目标，不仅为1975年整顿奠定了基调和重心，也成为统率整顿的纲领。邓小平为首的国务院在领导整顿中，正是以周恩来提出的实现“四个现代化”宏伟目标为号召，提出了“三项指示为纲”的口号，并策略性的将其规定为指导各项工作的“总纲”。
从整顿的领导力量和组织力量来看，中央行政体制的重新调整后形成的新一届政府，成为其后全面整顿的组织基础和保证，全面整顿也正是在中央行政体制重整后新一届中央政府领导下逐步推进的。其中，邓小平通过正常的组织程序，重新回到中央并担任重要领导职务，是整顿展开并取得显着成效的最重要组织保证。
1975年在周恩来支持下邓小平亲自领导的整顿工作是从整顿经济先起步的。从农业到军工、科技、教育、文艺等领域的整顿，呈现出全面铺开的发展势头，并形成彼此配合、相互推动的整体态势。而对经济领域的整顿，则是以当时严重混乱的工业交通的整顿为重点。鉴于铁路的混乱局面已严重影响到了正常的工业生产和社会生活，邓小平决定将铁路整顿作为全面整顿的突破口，他多次约见主管交通运输的副总理王震和新任铁道部部长万里，针对铁路运输中存在的问题，强调首先要解决铁路部门的体制问题。到4月份，堵塞严重的几条铁路线都疏通了，全国２0个路局有19个超额完成装车计划；全国铁路平均日装车数创造了历史最高水平，列车正点率大为提高。
对铁路系统雷厉风行的整顿，为接下来各部门、各行业的整顿树立了榜样。在铁路整顿取得初步成效的基础上，国务院又将整顿工作扩展到钢铁、国防工业、农业、文艺、科技、教育等领域。为了切实把钢铁工业抓上去，国务院还专门成立了由副总理谷牧为组长、冶金部部长陈绍昆为副组长的钢铁工业领导小组，同时由国家计委牵头，由与钢铁工业相关的部委组成保钢小组，加强领导和协调。经过整顿，全国重点钢铁企业的生产形势明显好转。在农村整顿中，虽然当时片面强调学习“大寨经验”，对农业生产造成了一定的负面影响。但总的来看，由于采取了放宽和稳定农业的政策，整顿对于农业生产和农村经济的发展还是起到了较大的推动和促进作用。
随着整顿的逐步铺开，国务院把整顿从经济部门引导到上层建筑领域。邓小平在听取中国科学院汇报工作时，强调科研必须走在国民经济的前列，要保护有水平的科技人员，提拔党性好、组织能力强的人给科技人员当后勤。除上述各方面的整顿外，财政、军队、国防工业等领域也都进行了整顿，并取得了一定成效。
治理“文革”造成的各种社会病症，关键在于加强和改进党的领导。邓小平明确提出“整顿的核心是党的整顿”，并阐明整党在全面整顿中的地位、作用及整顿任务，而且还做出“1975年冬至1976年春要整党”的部署。这表明对整顿的部署已不仅仅局限于局部的、单独的某一个方面或者某几个方面的整顿，也不仅仅是对生产和社会秩序的简单恢复，而是通过抓“整党”这个根本环节，使整顿形成全方位的发展态势，从而促进整个国民经济和社会发展回归到正常的轨道上来。为了给全面整顿做准备，国务院起草了《关于加快工业发展的若干问题》（也称《工业二十条》）、《科学院工作汇报提纲》和《论全党全国各项工作的总纲》。三个文件的起草，表明新一届政府全面整顿的思路已经较为清晰和成熟，全面整顿也将成为中央行政体制运行的方向和工作重点。
然而，就在整顿即将全面展开之际，一场针对邓小平而开展的“反击右倾翻案风”的运动开始了。以整党为核心的“全面整顿”还没来得及展开，三个指导性的文件也未能下发，1975年整顿就被迫中断了。
二、整顿的初步成效及对中央行政体制的影响
四届人大组建的新一届政府开展的1975年整顿，虽然为时较短，干扰甚多，但却取得了明显的效果。整顿使工业交通部门的形势发生了较为显着的变化。1975年工农业总产值达到4467亿元，比1974年增长11.9%，其中工业总产值比1974年增长15.1%。不仅限于经济领域，这期间，军工、科技、教育、文艺等领域也分别取得明显的成绩。经过整顿，国防科技各工业都恢复了正常的研发和生产，1975年下半年，接连成功的发射了三颗人造卫星，被誉为“三星高照”；科技、教育领域开始打破沉寂混乱的局面，出现了新的气象；文艺工作重新强调“百花齐放”的方针，解除了对一些优秀作品发表和演出的限制。虽然整顿的重点在经济领域，但必然涉及行政体制。整顿过程和整顿取得的成效对中央行政体制产生了有利的影响。这种影响主要反映在四个方面：首先，有利于重新塑造中央行政体制的权威。“文化大革命”全面发动后，国务院工作遭到严重冲击，许多政府部门基本处于瘫痪状态，大部分行政领导受到诬陷和迫害，政府职能根本无从履行。周恩来力挽狂澜，勉力维持着国务院的运转。“林彪事件”后，国务院工作虽有起色，但囿于当时条件的限制，且由于周恩来身患重病，心力不足，中央行政体制应有的权威始终未能得到有效的恢复。
四届人大的新一届政府组建后，随即对“文化大革命”所造成的严重混乱局面开始进行大刀阔斧的整顿。整顿过程中，国务院第一副总理邓小平领导雷厉风行，坚决果断，敢于碰硬，通过召开会议，中央批示，转发文件等方式，制定出一系列摆脱动乱、扭转混乱局面的方针、政策，很快便打开整顿的局面。整顿着重抓了消除派性和调整领导班子这两个相互关联的要害问题，针对一些突出的问题，发布命令指示，规定任务，限时完成。在领导整顿的过程中，国务院较好地履行了促进经济发展、维护社会稳定的行政职能。中央行政体制在整顿中的成功运行，有利于重新树立起了一种有权威、有业绩的政府形象。
其次，有利于解放老干部，增强中央行政体制的组织基础。完善的组织力量是维护中央行政体制的重要保障。“林彪事件”后，周恩来抓住批判极左思潮的时机，解放和重新任用了一大批老干部。但是，到1975年仍有许多高级干部没作结论，仍有不少副部（省）级以上的老干部被打倒后没有恢复工作。一些老干部只是解除了隔离审查，还有许多老干部仍在关押、审查中，没有做出正式结论。四届人大后，根据毛泽东关于尽快结束专案审查、把人放出来的指示，在周恩来的积极推动下，4月底，中央做出决定，除与林彪集团有关的审查对象和其他极少数人之外，对绝大多数被关押受审查者予以释放。根据这一决定，长期被关押的高级干部三百多人先后得到释放。被解除审查的老干部也逐步重新走上领导岗位。
在整顿各级领导班子过程中，国务院部委内部的组织力量也得到了加强和完善。
如四届人大任命的财政部部长张劲夫上任后，即致力于恢复、加强财政部的各级机构，把原财政部和人民银行总行在“文化大革命”中被撤销的司、局组织建制全部恢复起来。财政部率先在中央机关撤销了“五七”干校，使近800人重新回到工作岗位，从而填补了财政管理干部队伍的缺口。整顿期间，国务院政治研究室的成立，更加完善了国务院的组织机构，充实了中央行政体制的组织力量。政研室在协助整顿中发挥了积极的作用，其中较为突出的是协助修改了《工业二十条》和《汇报提纲》，组织撰写了具有指导整顿全局作用的理论文章——《论全党全国各项工作的总纲》。
再次，有利于恢复中央政府对国民经济的集中统一管理。“文革”时期根据毛泽东的指示，进行了以下放权力为中心内容的体制变动。1970年国务院把直属企事业单位的绝大部分下放给地方管理；少数由中央和地方双重领导，以地方为主；极少数的大型或骨干企业由中央和地方双重领导，以中央为主。这种削弱“条条专政”，旨在加强“块块专政”的行政性分权化改革方案，虽然对于改变中央高度集中的管理体制具有一定的意义。然而，一哄而起的“大砍大裁”，造成中央和地方多头管理，人权、财权、物权相互脱节，经济效益降低，管理体制混乱，削弱了国家对宏观经济的调控权。“林彪事件”后，针对过激过猛的下放权力所产生的问题，也曾在体制上进行过调整，但效果并不明显。1975年邓小平领导的整顿开始后，为了扭转国民经济分散混乱的局面，国务院加强了对国民经济的集中统一管理。1975年6月，国务院召开计划工作务虚会，对原有的计划体制做了重要的规定，用“抓大放小”的办法，力图解决“条块之间”的矛盾。针对当时经济生活中的乱和散的主要问题，提出必须强调集中领导，关键企业、关键建设项目要以中央各部为主管理，其余可由地方管理，但不能层层下放。
最后，有利于消除派性，营造较为良好的行政环境。行政体制总是要在一定的行政环境中运行的，良好的行政环境是行政体制得以较好的履行行政职能、实施行政管理的重要保障。从建国后党政关系的发展历史可以看出，中央行政体制的顺利运行离不开党的领导和政治支持。“文革”中，党的组织遭到严重冲击，党的领导受到削弱，党的威信降低。中共九大后，虽然一再强调党的“一元化领导”，并恢复了各级党组织，但其作用发挥的还是不够充分，这在很大程度上也限制了中央行政体制的顺畅运行。