元在江南基本沿用南宋依地亩征税的夏秋两税制。忽必烈时，除江东、浙西外，其余地区只征秋税。成宗时，江南征夏税，并规定秋税只输租，夏税输钞。个别地区有减免征税的变动。江南户钞，一万户田租中输钞百锭，每户折交中统钞五钱，专供份地主人，相当于北方的五户丝。
为了避免税粮不均，江西地区创行所谓助役粮。具体做法是：凡民田百亩，令以三亩入官，为受役者之助。寺观田，除宋旧额，其余亦验其多寡，令出田助役。此外，浙东一些地区还丈实田亩，编行“鱼鳞册”，又按民户财产和税额多少编制“鼠尾册”，作为服役的依据。
元大部分徭役都有专户，如猎户、盐户、矿冶户等。专户世袭，并与民户异籍。不过，民户也负担一些徭役，如运粮、筑城、排河等。之外，元承前代“和雇”制，由官府出价，向民间强雇劳力、车辆等。
元还有职役，包括里正、主首、社长、库子等。里正主管里社居民；主首催办赋税；社长劝课农桑，纠监违非；库子管理仓库。职役主要由上等户充任，充任者可免本身其他差徭。元对里社有一系列具体规定，就经济方面而言，诸经商及因事外出，必从有司会问邻保，出给文引，违者究治。
元朝所谓课程，主要是指工商税课，包括岁课、盐课、茶课、酒醋课、商税、市舶抽分、额外课等。
岁课，是对山林川泽之产，就当地拔出民户，设官开采；或令包采炼，因其呈献而定为岁入之课。这项税课发展到后来，官吏以多课为能，巧取豪夺，无尽无止，治采户被逼流亡的很多。
盐在元代是官府的专卖品。在产盐地，设立灶户煎煮，贩私盐者徒二年，杖七十，并籍家产之半。盐的行销有固定地区，商人买盐引贩盐，一引重四百斤，窝阔台时价银十两，后屡有变动。盐引严禁伪造，犯者斩，并籍家产以赏告人。商人越界贩盐，减私盐一等科罪，盐一半没官，一半赏告者。盐制过严不利于商业发展，也不便于百姓买盐。盐专卖是元朝国家收入的大宗。
茶也是元的专卖品，具体办法大体承袭宋旧制。最初有长引、短引之分，长引计茶一百二十斤，收钞五钱四分二厘八毫；短引计茶九十斤，收钞四钱二分八毫。后来废长引，但税率则一增再增。茶课初期收入不大，后来则成为政府一笔重要收入。因茶税太重，茶农被逼改业的很多。
商税，元初规定三十取一。市舶十分取一，粗者十五分取一以为抽分，以后商税不断有增加。
元还承前代的“和买”制，实际是强行向各地收购土产，按户摊派。当时官价不到实价的一半，并长期拖延不付。
九元代农业、手工业和商业政策
就人口而言，元代北方的人口显著下降，而江南地区较南宋时有所增加。此外，当时各民族往来迁移和杂居的情况较为常见。
金元之际，北方农村破坏严重。元建立以后开始重视农业生产，并在朝中设司农司掌管农桑水利，督课各地方官劝农。当时司农司还颁行农桑之制十四条，作为督责农业生产的依据。当时北方荒地很多，元规定，各处荒地在限期内许旧主认领，逾限，许自愿耕种。后来，朝廷又下令募人开耕荒地，每丁百亩，免三年赋税。忽必烈时，淮北只输丁税。成宗时，才开始征收地税。元建国后，在各行省立屯田以助军饷，分军屯、民屯两种。据至大元年（1308年）统计，全国屯田一百二十余所，垦田二十万顷以上。另外，元朝还重视农田水利事业，重视耕作技术的交流。
元代棉花种植已较为普遍。桑哥当政时，曾设置浙东、江东、江西、湖广、福建木棉提举司，每年向民间征收棉布十万匹。桑哥败后，罢废六处木棉提举司，但朝廷对棉布征收不减反增，每年在五十万匹以上。成宗时，棉布开始被列为正赋。棉花种植在北方也逐渐得到了推广，与此同时棉织业得到了发展。
元代在全国各州县都设有学官，很多地区还立有书院。学校、书院都有学田充当经费。
元制瓷业在南宋的基础上有所发展，仅江西景德镇瓷窑就有三百余座。元改南宋所设的监镇官为提领，后来又以本路总管监领，并隶属于朝廷将作院之浮梁瓷局。官府有命则进呈精美瓷器，并有“枢府”字样，时人称之为“枢府窑”。窑主兴烧要向官府纳税，按规定二八抽分。窑立有簿籍，私之者刑；釉有三色，冒之者罪。凡利于官者，一涉欺瞒，则牙商、担夫，一例坐罪。
元火器制造在前代的基础上有了较大的发展。当时漂阳、扬州等处都设有炮库，制造火药。
元代商业发达，北方的大都、南方的杭州是元代的两大城市，东南沿海还出现了一批新兴的城镇。大都是政治、文化中心，也是商业中心。依照汉制皇都“面朝背市”的设计原则，城市的商业区在大内以北、全城中心钟鼓楼附近及城西羊角市一带。钟鼓楼西的海子是繁华的运河码头，南来的货船在这里停泊。顺承门外是南商的聚居地，平则门外多留居西方商人。杭州城里有十个大方衢形成市场。街上有高楼环绕，下层是店铺。每周有三次集市，方衢附近设有邸店，供外地商人存放货物。杭州的商家有十二行，官府经由行会抽取商税。按照元朝法令，禁止夜市。
新兴城镇，南方以上海镇、昆山、临清会通镇为著名。上海镇在南宋时属秀州，元代因海上贸易发达于此设市舶司，因人口渐多，开始设县，成为新兴商埠。昆山则是朱清任海运万户致富后，于此修建宅第，招徕船舶，屯聚粮艘形成的。临清会通镇因临运河而迅速发展起来的。
北方草原也出现了上都、和林、应昌、德宁等规模大的城市。这些城市是随着政治和军事的需要建立起来的。城市建成后，随着经济的需要，商业活动即随之发展起来。对这些地区，元一再实行免税、减税和其他优惠政策，以奖励商人前往北方草原贸易。还用所谓“中粮”、“中盐”等办法，招募商人运粮往和林，计值给以盐引、茶引或钞币。每年“中粮”高达三十万石。
宋代商人按行业组成商行，元代仍然继续。当时有所谓“一百二十行”、“三百六十行”之说。宋代商贸中有牙人做中介。金规定：南宋商人在榷场交易，不得从中克取厚利。元灭宋后曾规定：“除大都羊牙及随路买卖人口、头匹、庄宅、牙行依前存设，验价取要牙钱，每十两不过二钱，其余各色牙人，并行革去。”[8]限制牙人，有利于商人直接贸易。
为了运送江南财赋，元朝还重修大运河。南宋时，海运有了较大发展。宋金之间，虽严禁海上交通，但私贩不止。元灭南宋后，由江南达直沽的海运试航成功之后，忽必烈立万户府二，任朱清、张瑄经划海运。不久又立行泉府司，专管海运，从此海运日趋繁盛。当时南粮北运，“河漕视陆运之费省十三四，海运视陆运之费省什七八”。[9]有元一代，海运始终是保证财赋运送的重要手段。当时官府还备置海船九百余艘，船户八千余，分纲航运。如海船不足，官府还以预付雇值的办法强征民船和水手。
元的陆上交通主要实行“驿站”制度。就驿站本身而言，有陆站、水站两种，并以陆站为主，后来，朝廷设通政院统领各地驿站事务。驿站所在地，签发蒙、汉人民为“站户”，与民户分立，专供驿站所需车马和使臣的饮食，不纳赋税。过往使臣则凭借“铺马圣旨”（给驿玺书）或差使牌符，向当站的站户勒索酒肉等物品。
元对外贸易有陆路与海路两种。陆路贸易时常因战乱受阻，而海上贸易则非常便利。元灭宋后，收降回回商人蒲寿庚，命他招纳外国番舶商人前来互市，又令行省唆都招收海外诸番。元在东南沿海先后设置泉州、上海、温州、澉浦、广州、杭州、庆元等七处市舶司。海商在每年冬汛季风起时，领公据出海到所请国贸易，但不得越投他国；次年乘夏汛季风返回，赶原市舶司抽分，货卖时再取三十之一的税。未请凭验，擅自出海，船物没官。此外，又有官府具船给本，选人入番贸易的办法。所获利息，官取其七，贸易人得其三。并禁止权势之家私自入番贸易，犯者籍其家产之半。虽然官府垄断海外贸易，但权贵豪商非法经营的很多。
海外出口以金银、瓷器、丝绸为大宗，进口以丁香、胡椒、豆蔻、钻石、珠宝、药物为主，但禁金、银、铜、铁、丝棉、缎匹、销金绫罗、粮食、军器、男女人口私贩入番。不过，当时海外贸易中，贩运奴隶是很常见的。据《元史》记载，由海道与元建立各种关系国家有二十余个。行泉府司所管辖的海船有一万五千艘，而且规模相当可观。
十元后期财政的败坏
武宗即位以后，为了争取诸王大臣的拥戴，滥加封赏，仅四个月就支出钞四百二十万锭，又应求而未支者一百万锭，一时“财用不给”，陷入了严重的财政危机。忽必烈时，阿合马与桑哥都曾设置专理财政的尚书省，后来都罢废。武宗又再立尚书省，并改各地行中书省为行尚书省。从此，尚书省以“新政”理财。
武宗再立尚书省时，已借支钞本达一千万锭以上，致使物重钞轻，钞法大坏。尚书省平章政事乐实请变更钞法，随即新造“至大银钞”颁行，并拨至元钞本百万锭，以资国用。元建国后，只造纸币。武宗时新造铜钱，分“大元通宝”和“至大通宝”两种，之前历代铜钱都相参通用。京师设资国院，山东等六行省设泉货监，管铸钱事务。之后毁至元钞版，通用至大银钞与铜钱。
接着，又定税课法。诸色课程以成宗大德十一年（1307年）的旧额、元增，总为正额，再折合至元钞数。至大三年（1310年）开始又规定，税课官员能再增收正额十分之九的称“最”，增七分至三分者，分别称“上酬”、“中酬”、“下酬”，不到三分者称“殿”。这种以税额多少评定等第的做法，鼓励官员去多方征税，从而加重了对人民的剥削。
武宗死后，仁宗不待正式即位就废尚书省，各地行尚书省仍为行中书省。正式即位后，仁宗下诏罢至大银钞及铜钱，又罢资国院和泉货监，依旧印造中统钞及至元钞，子母并行。凡官司出纳，均用中统钞。不久又派官焚毁至大钞。仁宗行“汉法”政治，同时用汉人传统的办法经理田赋。延祐元年（1314年），仁宗采用平章政事章闾的建议，令有田之家及诸王位下、寺观、学校、财赋等田，一切从实自首，做到“税入无隐”。但在实行中，此法遭到贵族、乡豪的抵抗，官员又以虚为实，妄增顷亩，因缘为奸，流弊甚多，以至激起民变，经理田赋也随之停止。