（二）坚决地、全面地贯彻执行毛主席的革命科技路线
科学院能否动员一切力量，迅速有效地完成上述战斗任务，关键在于能否坚决地、全面地贯彻执行毛主席的无产阶级革命路线和革命科技路线。毛主席为我们党制定了无产阶级革命路线，这是全党各部门，包括科学院的党组织，都必须坚决地、全面地贯彻执行的。同时，毛主席对多快好省地发展我国科学技术工作还作了一系列重要指示，提出了一条完整的、马克思列宁主义的革命科技路线。主要是：
一、阐明了科技工作在贯彻执行党的基本路线，在反修防修、巩固无产阶级专政中的重要作用：“阶级斗争、生产斗争和科学实验，是建设社会主义强大国家的三项伟大革命运动，是使共产党人免除官僚主义、避免修正主义和教条主义，永远立于不败之地的确实保证，是使无产阶级能够和广大劳动群众联合起来，实行民主专政的可靠保证。”
二、规定了我国科学技术“一定要在不远的将来，赶上和超过世界先进水平”的伟大目标。“我们不能走世界各国技术发展的老路，跟在别人后面一步一步地爬行。我们必须打破常规，尽量采用先进技术”。“科学技术是生产力”，“科学技术这一仗一定要打，而且必须打好。不搞科学技术，生产力无法提高。”
三、“为了实现这个伟大的目标，要有数量足够的、优秀的科学技术专家。”“为了建设社会主义，工人阶级必须有自己的技术干部的队伍，必须有自己的教授、教员、科学家、新闻记者、文学家、艺术家和马克思主义理论家的队伍。这是一个宏大的队伍，人少了是不成的。”
四、发展科技工作，必须实行“知识分子同工农群众结合”，实行领导干部、工农群众、科技人员“三结合”。“卑贱者最聪明，高贵者最愚蠢”。要鼓舞全国的工人、农民、新老干部、知识分子“打掉自卑感，砍去妄自菲薄，破除迷信，振奋敢想、敢说、敢做的大无畏创造精神”。
五、“要无产阶级政治挂帅”。坚持“政治和技术的统一”，坚持“又红又专”。“一方面要反对空头政治家，另一方面要反对迷失方向的实际家。”“思想工作和政治工作是完成经济工作和技术工作的保证，它们是为经济基础服务的。思想和政治又是统帅、是灵魂。只要我们的思想工作和政治工作稍为一放松，经济工作和技术工作就一定会走到邪路上去。”
六、要坚持马克思主义的认识路线，实行“理论和实际统一”。马克思主义哲学“强调理论对于实践的依赖关系，理论的基础是实践，又转过来为实践服务”。“实践——理论——实践，不是理论——实践——理论”。“要完全地反映整个的事物，反映事物的本质，反映事物的内部规律性，就必须经过思考作用，将丰富的感觉材料加以去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里的改造制作工夫，造成概念和理论的系统，就必须从感性认识跃进到理性认识。”“要加强理论研究，要有专人搞，不搞理论是不行的。”同时，要正确处理普及和提高的关系，实行“在普及基础上的提高”和“在提高指导下的普及”。
七、要独立自主、自力更生地搞科学技术，“打倒奴隶思想，埋葬教条主义”。“外国一切好的经验，好的科学技术，我们都要吸收过来，为我所用。拒绝向外国学习是不对的。当然，迷信外国，认为外国的东西都是好的，也是不对的。”
八、要实行“百花齐放，百家争鸣”。“艺术上不同的形式和风格可以自由发展，科学上不同的学派可以自由争论。”“艺术和科学中的是非问题，应当通过艺术界科学界的自由讨论去解决，通过艺术和科学的实践去解决，而不应当采取简单的方法去解决。”“实行百花齐放、百家争鸣的方针，并不会削弱马克思主义在思想界的领导地位，相反地正是会加强它的这种地位。”
九、“为了充分适应新社会的需要，为了同工人农民团结一致，知识分子必须继续改造自己，逐步地抛弃资产阶级的世界观而树立无产阶级的、共产主义的世界观。世界观的转变是一个根本的转变”。“你们学自然科学的，要学会用辩证法。”
十、“党政军民学，东西南北中，党是领导一切的。”“全党努力学习科学知识，同党外知识分子团结一致，为迅速赶上世界科学先进水平而奋斗。”“只要我们更多地懂得马克思列宁主义，更多地懂得自然科学，一句话，更多地懂得客观世界的规律，少犯主观主义错误，我们的革命工作和建设工作，是一定能够达到目的的。”
毛主席的无产阶级革命路线，包括作为它的组成部分的革命科技路线，是指引我们的科技工作朝着正确方向前进的灯塔。坚定地而不是摇摆地、全面地而不是片面地贯彻执行毛主席制定的路线和政策，我们就一定能够把科技工作较快地搞上去，一定能够较快地发展一支又红又专的科技队伍，一定能够对社会主义革命和社会主义建设作出较大的贡献。
对毛主席的革命科技路线，必须努力进行系统的、准确的宣传，并且注意防止和克服对这一路线的任何偏离、割裂或曲解。比如，一定要坚持无产阶级政治挂帅。对于许多科技人员和科技工作干部中仍然存在的脱离政治的倾向不认真批评，是不对的；另一方面，不承认科研工作的重要意义，不鼓励科技人员为革命而努力钻研科学技术，把为革命而努力抓好科技工作、钻研科技业务说成是脱离政治、业务挂帅、技术至上，也是不对的。一定要坚持科研工作的群众路线。对于脱离群众、轻视群众、轻视普及工作等倾向不努力克服，是不对的；另一方面，不充分发挥专业科研机构和专家的作用，不注意专业科技队伍的发展和提高，不注意专业科技人员的合理使用，也是不对的。一定要坚持理论联系实际的方针。对于科研工作脱离实际的倾向不坚决纠正，是不对的；另一方面，反对或取消理论研究，忽视或否认实验室的工作，也是不对的。一定要坚持知识分子的世界观改造。认为知识分子已经改造得差不多了，不继续加强对他们的政治教育，不纠正他们中间的资产阶级思想作风，不安排他们参加适当的体力劳动，是不对的；另一方面，离开使用谈改造，认为在“改造好了”以前不能使用，不了解思想改造是长期的，不承认大多数知识分子已经有相当进步，在今后的工作和学习中还将继续进步，也是不对的。一定要强调马克思主义哲学对自然科学研究的指导作用。不积极组织科技人员学习毛主席的哲学思想、学习自然辩证法，不鼓励和帮助他们在工作中自觉地运用辩证法，不认真开展对自然科学领域中的唯心主义和形而上学的批判，是不对的；另一方面，不注意哲学和自然科学的区别，以为哲学可以代替自然科学，以为有了哲学就可以不要各门自然科学本身的基础理论，以为不需要依靠辛勤的科学实践和精确的科学论证，只依靠哲学的一般原理就能推演出具体的科学问题的科学结论，也是不对的，等等。
由于科学院是知识分子成堆的地方，资产阶级知识分子比较多，资产阶级思想和资产阶级法权思想的影响比较深，无论是现在，还是在今后很长的时期内，脱离无产阶级政治、脱离工农群众、脱离生产实际、扩大三大差别等倾向，都会存在，稍一放松，就会抬头。修正主义仍然是我院的主要危险。对于这一点，必须有充分的认识，并且时刻警惕，务必不要重犯过去的错误。但是，同这种修正主义的倾向作斗争，只有站在坚决地、全面地贯彻执行毛主席的革命科技路线的立场上，才能正确地和有效地进行。如果采取简单粗暴的态度和作法，或者夸夸其谈，以感想代替政策，对毛主席的革命科技路线作随心所欲的片面解释，势必带来思想混乱，造成工作损失，甚至导致科技工作的严重削弱或取消，从而实际上脱离无产阶级政治的需要，脱离社会主义建设的需要，脱离人民群众的需要。这就仍然会陷入修正主义。科学院的党组织必须领导和教育群众，系统地、深入地、反复地学习和领会毛主席对于科技工作的一系列重要指示，同时结合学习和领会马克思、恩格斯、列宁的有关的重要论述，长期地、坚持不懈地同修正主义的各种表现和影响作斗争。必须在执行党的路线、政策，处理各种对立统一关系中，努力学会运用唯物辩证法，反对形而上学，具体地分析具体情况，注意一种倾向掩盖另一种倾向，防止从一个极端走到另一个极端，以便领导广大干部和群众提高认识，统一思想，坚决地、全面地贯彻执行毛主席的无产阶级革命路线和革命科技路线。
（三）关于科学院的整顿问题
为了完成党和国家交给我院的艰巨任务，为了坚决地、全面地贯彻执行毛主席的无产阶级革命路线和革命科技路线，科学院必须在思想上、政治上和组织上进行整顿。这是毛主席、党中央对科学院发出的战斗号令，也是全院广大群众的迫切要求。
无产阶级文化大革命在我院取得了伟大的胜利，广大群众、干部和科技人员阶级斗争和路线斗争的觉悟有了很大提高，迫切要求为社会主义多做贡献，许多人已经在一部分经济建设、国防建设的科学技术研究方面和一部分理论研究方面进行了有益的工作，总的形势是好的。但是斗、批、改的任务还需要继续深入，进行整顿就是深入斗、批、改。根据中央十三号文件所提出的七个“是不是”对照检查，科学院还存在以下比较严重的问题：对毛主席的无产阶级革命路线和革命科技路线还存在着许多错误认识，甚至还有曲解和抵制；党的知识分子政策和干部政策还没有得到正确的贯彻执行；各级领导班子中不同程度地存在着软、懒、散的现象；资产阶级派性在院和所的不少领导班子中还很严重；很多党组织的战斗作用受到破坏，团结涣散，纪律松弛。这种状况如不改变，巩固无产阶级专政的任务就不能落实，科研工作就不能正常进行。我们必须依靠全院广大群众，坚决打好整顿科学院这一仗。
整顿的内容有以下六项：
一、结合实际，认真学习，揭露矛盾，开展批评和自我批评。
立即组织广大群众，紧密联系实际，针对我院当前的问题，深入学习毛主席关于学习理论反修防修、安定团结和把国民经济搞上去的三项重要指示，深入学习毛主席关于科技工作的一系列指示，深入学习中央最近的一系列文件。在学习中要严肃地、认真地开展批评和自我批评，正视问题，揭露矛盾。要紧紧抓住有关党的路线、方针、政策的问题，紧紧抓住有关党的组织原则的问题，牢牢掌握大方向，警惕资产阶级派性的干扰和抵制。各级领导干部和全体党员，在学习中，在批评和自我批评中，都要以身作则，勇敢地走在群众的前面，反对敷衍了事、徘徊观望、明哲保身的错误态度。要通过学习和不同意见的争论，坚持真理，修正错误，提高觉悟，统一认识，坚决在毛主席革命路线的基础上团结起来。
二、认真落实党的知识分子政策和干部政策。
要在短期内，在全院认真落实党的团结、教育、改造知识分子的政策。各单位要在深入学习的基础上，对本单位执行知识分子政策的状况作一次全面的检查，采取适当的措施，把广大知识分子的社会主义积极性充分调动起来。要充分发挥科技人员的专长，为他们从事科学实践、提高科学水平创造必要的条件，保证必要的时间，并且关心他们的生活。在使用的同时，必须继续抓紧思想改造，坚持知识分子同工农相结合的方向。
抓紧落实党的干部政策。凡是能够工作而没有分配工作，或者分配不适当的，要认真进行分配和调整。同时要教育干部服从工作需要，能上能下。对文化大革命以来受审查尚未作结论和需要复查的人，要尽快处理完毕。在定案、复查工作中，要严格区分和正确处理两类不同性质的矛盾，充分做好各方面的思想工作。
三、增强无产阶级党性，批判和消除资产阶级派性。
我院党的组织目前迫切需要整顿。整顿的要求，主要是使各级党组织真正成为“能领导无产阶级和革命群众对于阶级敌人进行战斗的朝气蓬勃的先锋队组织”，提高每个党员继续革命的觉悟，使党员真正成为无产阶级的先锋战士。要求党员坚持无产阶级的革命正气，敢于领导群众向一切资产阶级思想作风和各种歪风邪气进行坚决的斗争。必须严格执行党的政治纪律和组织纪律，坚决纠正那种不执行、不拥护、不宣传党的路线和政策，甚至损害党、国家和群众利益的恶劣现象，坚决纠正那种少数不服从多数、个人不服从组织、下级不服从上级、党组织不服从中央的破坏党的民主集中制的恶劣现象。每个支部都必须成为坚决执行党的路线和党的决定的坚强的战斗堡垒。吸收党员必须严格遵守党章的规定，不允许不合党员条件的人入党。