1935年由北平成达师范学校出版的金吉堂《中国回教史研究》，对于清代回民的历史颇多发论，其中即已表明到推翻清朝统治后，回回学者开始重新定义同治年间回民与清朝政府的对抗，金吉堂在使用“陕甘新疆之役”作为一节名称后，又有“先烈创造之革命事业”①的定义。1940年由商务印书馆出版的傅统先之《中国回教史》，提出回民史同时存在着“华化”与“回化”的双重问题。但这两本书对于回民起义叙述的过于简略，只能称作介绍，尚缺乏深入研究。20世纪三四十年代发表研究回族和伊斯兰教论著最多的白寿彝先生的系列著作如《中国回教小史》（1944）、《中国伊斯兰史纲要》等，对于清代治下的回民斗争，都总体上仅赋予“起事”的指称，其中白寿彝先生针对云南回民起义的措辞是“地方政府屠杀回民，致激起大规模的民变”②；又说“这种战斗并不是真正的回汉斗争，而是被压迫者对于压迫者的斗争”③。应指出，始于民国年间的专门的“回民民变史”研究工作，正是从白先生整理出第一部回族史专题史料《咸同滇变见闻录》开始的；此集上、下两册，1945年9月商务印书馆出版，是第一部咸同年间云南回民武装起义的史料集，它正是白先生编1952年四册本《回民起义》前两册云南部分的前身。
民国时期，回民以期刊、杂志为载体的新文化运动风起云涌，但主要关注伊斯兰教的普及教育、常识宣传、理论研究以及伊斯兰世界的时事、国内回教社区的消息和发展问题等。不过也有一些文章关注清代回民起义，却是从回汉关系着手、联系历史和现实来立论的，如师古《清代的回汉纠纷》①，雨辰《西北过去回汉纠纷之误会谭》②等，这表明回汉民族冲突实际经常进入民国回族学人研究回民起义的考量之中。
毫无疑问，民国回族学者明确地反对“回乱”的指称，却同时使用“乱”、“祸”等来定义清代由回民扮演主角的起义。如马瑞图那篇著名的文章《咸同滇乱记略》③，马观政的《滇垣咸同十四年大祸记》④等。
东北穆斯林学生1931年创刊的《伊斯兰青年》在1936年几期和1947年《月华》的一期上，已使用“回民革命”的指称⑤，这表明在“五族共和”的框架里，回族学人急切的表达这样一种观念和期盼：推翻满清统治的革命，回民早已是先行者；而民国体制的构建也离不开回族的参与。此外，1919年开始的土耳其凯末尔革命，被视为世界回教改革运动的典范，对1920年代以后的中国穆斯林产生了极大震动⑥，这是“回族革命”论产生的又一背景。可以看出，“回族革命”论的产生也许受到阶级革命理念的影响，但并不是中国共产党最早诠释的概念。但它却逐步成为中国共产党以后构建回回民族的历史意识和民族认同的重要理论来源。实际上，当民国时期的回族学人研究清代回民斗争史时赋予其积极的正义性评价时，即已基本具有了不久的将来“起义”史观的价值评判色彩。但总体上，在学术界、甚至是回族学人中间，“革命”、“起义”为指归的回族斗争史仍然只是小众课题。这其中，没有出现专门的研究著作是一个方面，西北回民起义不如云南回民起义更受关注是另一方面。
民国时期曾组织了多起学者考察西北的活动，参与活动的学者们对清代回民起义史关注最多的应是王树民先生。他收集并评述的《乾隆四十六年河州事变歌》①及专题论文《乾隆四十六年撒喇事变与西北回教新旧派分立之由来》②都是既有史料价值，又有独到见解的名作。
（二）1949年后大陆之研究
中国共产党在长征时期便已开始了回族工作，先后产生了几部纲领性的文件《关于回回民族问题的提纲》，及1940年《解放》杂志登载的李维汉《长期被压迫与长期奋斗的回回民族》《回回问题研究》两篇文章。1941年4月延安出版的《回回民族问题》，是中国共产党运用马列主义民族理论解决中国民族问题的第一部重要著作，实际成为将中国回民“建构”为民族的重要文献，也成为中国正式并有系统地解释回族问题的滥觞，③对中国共产党民族政策体系的形成更具有重要意义；④也表明早在1940年代，中国共产党尚未执政前，回族问题即成为党建立民族理论基础与民族政策内涵的重要依据。⑤
1949年后大陆学者对回民起义的研究严重受到政治意识形态的主导和支配。从延安时期就已开始的“回族”民族性及集体记忆的建构在1950年代的民族识别工作中正式定论。在持续扩大的阶级斗争运动中，特别是1958—59年的反封建宗教特权运动前后，①对回族历史的建构夹杂了更多的阶级划分的论调，回民社会中的精英分子被划为与下层民众对立的阶层，以之作为回民史阐述的基调。在此背景下展开的回民起义史研究，我们可以从“史料编纂”和“学术研究”两个层面进行总结。
第一，回民起义史料的编纂工作，是从白寿彝先生编的《回民起义》开始的，一直到1990年代，陆续产生了几种重要的第一手资料汇集。
《回民起义》，1952年由神州国光社出版，共4册，是最重要的资料集成之一。它纳入“近代史资料丛编”，又以“回民起义”为书名，说明1949年后以阶级分析和阶级斗争的研究方法为指归的整体性历史研究框架内，“回民起义”史已成其中一个不可分割的部分。其中前2册是云南回民起义资料，是在白先生1945年出版的《咸同滇变见闻录》基础上扩充而成，增加了道光年间滇西回民的反抗斗争和同治年间贵州回民起义部分。后2册是西北回民起义部分，历史涵盖顺治、乾隆、同治和光绪年间，涉及有清一代西北回民反清起义的全过程。《回民起义》是第一次系统收集回民起义史料的大工程。每一篇章开头，白先生对资料作者、资料来源和版本作了说明，对使用该资料应抱的态度也给予指导。它的出版，奠定了清代回民起义史研究的基础，在海内外产生了广泛影响。②
重要性足以与《回民起义》并论的另一部资料记录则是马长寿先生基于实地调查而编成的《同治年间陕西回民起义历史调查记录》。这部记录的形成比较早。马长寿先生1955年从复旦大学调西北大学，次年在历史系建立了西北少数民族史研究室，并于1956-57年带领几位年轻助手和学生，对陕西、甘肃两省十余县、市的回、汉各界人士进行调查，调查资料由他自己加以校正、审核，编成《同治年间陕西回民起义历史调查资料初稿》。但由于外部环境和各种因素的制约，这部初稿问世以来，30余年间并未正式出版。马长寿先生于1971年5月逝世，从1989年开始，在陕西省政协的关注下，经过省政协文史资料委员会审订，收入《陕西文史资料》第26辑，并于1993年12月出版。2009年5月上海人民出版社出版了《马长寿民族史研究著作选》，收入《调查记录》，但并未作任何修订，这是这部伟大调查记录从内部走向公开的重要一步。
这部调查记录的问世，对回民起义史研究可以说是一个纪念碑式的重要文献。在以往的回民起义史料中根本未曾记录的一些重大问题在这本调查记录中都有忠实的、第一手的资料反映。马长寿先生另为本书撰有“序言”，对自己所做的调查、陕西回民起义的前因后果有十分深入的论述。其中关于回民起义的“民族运动性质”的结论在今天读来犹令人发愦。当然，在这部资料形成和出版的过程中，受到官方政策的左右；在调查工作进行的地区，也无一例外是由地方官员陪同进行的。马长寿先生最早在1950年代对原始资料加以校正、审核过，1992－1993年陕西省政协文史资料委员在出版前，又“对稿件中个别不利于民族团结和与史实不符的字句做了必要的删节”。①此外，在我看来，马长寿先生主持的调查，至少还有另外一方面的贡献，就是同时培养了冯增烈、王宗维等一批杰出的研究回族伊斯兰教的专家学者。白寿彝先生主编的《中国回回民族史》中专章对《记录》作了较长的引述与介绍，但未具体评论。②
1963年，由中国科学院民族研究所和宁夏少数民族调查组编写的《回族简史简志合编（初稿）》（内部铅印本）出版，分上下两篇，史志合一，成为用阶级分析方法进行回族史志编纂和研究的另一标志性文献，对“回民起义”史研究的影响很大。
陕西社会科学院的两位汉族学者邵宏谟、韩敏自1978年起，应陕西人民出版社之约，撰写《陕西近代革命史话》一书，因接触到大量回民起义史料，遂编写了《陕西回民起义资料》并撰写了《陕西回民起义史》。宁夏的李范文、余振贵亦编写《西北回民起义研究资料汇编》（宁夏人民出版社，1988）一书，对建国以来的回民起义史研究进行了总结。这些史料的汇编为回民起义史研究的深入发展打下了坚实的基础。
前文已指出，如果抛开价值判断话语，比较中性的概念指称应该使用“起事”、“事变”这类词汇来描述和研究回民起义，而这类相较于“起义”在价值评判上明显中立的指称，即使是1949年后的回族人士也是经常使用的。如刊登于《甘肃文史资料选辑》第一辑上的马重雍①先生的《清同治年间甘肃回变中的马化龙》和《清同治初穆生华起事始末》；马培清②的《马占鳌的起事与投降》；马丕烈③的《马仲英起事与三围河州》等，便反映此种事实。但是在公开的官方史学中，除“起事”、“革命”外，渐次统一用“起义”指称概括清代回民的武装反清运动，这种取向一直保持到今天。伴随其间的，基本上是全面的正义性评价。
1949年后，在意识形态话语的支配下，学者在整理历史资料时，要批判留存至今的清人史料中的“大汉族主义”痕迹及对“封建地主统治阶级”歌功颂德的内容，因此在选编这些史料时，都程度不一地对原始史料有所改动。如邵宏谟、韩敏之《陕西回民起义资料》，以简体字重新横排，“改正其中一些带有侮辱性的字样”，使引用者无从基于文字而窥知清末以来官员文人对回民及回民起义的认知和观感；这方面的代表便是1949年后几乎所有的简体字史料集和研究都将字删或改为“回”。又往往将“盩厔”等一些繁难字词改为“周至”等一些现代词，一定程度上破坏了文献原貌。类似于此的删改在史料集《回民起义》中也难以避免（见下文“史料及文献分析”部分）。在保存难见史料的同时，因删削而大大降低了文献价值，学者引用，很有必要查核原本。
第二，在学术研究方面，作为回族出身的史学领域的代表人物，白寿彝先生建国前后的一系列研究和立论对1949年后的回族史和回民起义史的研究框架、研究结论起到了举足轻重的影响。他在《回回民族的新生》以较大的篇幅论证了回族自古至今都是一个“战斗的民族”的事实。①在1960年2月22日《人民日报》上发表的《关于回族史的几个问题》②一文中，回族史研究中的“阶级关系和民族关系”更是主要强调的内容。在1990年西安举行的陕西回民起义史研究学术讨论会上，白先生又从北京寄来讲话录音带，对回民起义研究应采取的方法和应有的正确认识发表了自己的看法。③以白先生的学术贡献和地位，他的主张在建国后的回民起义史研究中具有无可争议的代表性。
马霄石的《西北回族革命简史》1951年由上海东方书社出版，简要叙述了1862—1877年间西北五省区回民起义的原因、经过，并进行了评述，阐述了回民起义与太平天国的关系，是系统研究西北回民起义的首创之作。林幹1953年在《史学月刊》上发表了《太平天国末期陕甘宁青的回民革命》《太平天国时期云南的回民革命》（分别载《史学月刊》1953年8、10二期）两篇文章后，又在1957年就完成了《清代回民起义》（1957年6月第1版），历述了从清初顺治年间米喇印、丁国栋到光绪年间马永琳领导的历次回民起义的原因、经过、失败原因。值得注意的是，由林幹这样一位汉族学者完成的这部书，受到了白寿彝、马坚先生的指导。④
文化大革命时期，回民起义史研究与其他学术活动一样处于停滞状态。①“文革”后，大陆学界重新开始的回民起义研究，仍然以阶级斗争学说为指导，在研究方法和总体结论上并未有大的改变。
1980年代以来，系统论述西北回民起义史的著作主要有以下几种：
1.黄庭辉的《1862－1873年陕甘宁青回民起义期间的民族关系（初稿）》（中国社会科学院民族研究所历史系，1981年5月印），原为单行本，后收入翁独健编《中国民族关系史研究》（中国社会科学出版社1984年版），比较突出地提出了回民起义历史中的“民族关系”问题。