陕西回民起义得到外省回民的响应和支援是毫无疑问的，虽未达到战略性的全面合作，但影响范围却几遍于全国。左宗棠奏称，“即如陕回肇衅之初，云南回族即预逆谋。有称普洱阿洪者，尚在贼中，现为戎首。各省遇有调发本地回民，必先通消息，俾陕回预为之备。”而甘肃回民与陕西回民临近，更直接而经常地通过交易的形式予以支援。左宗棠奏称“至甘肃回民，久相勾结。即业经就抚之灵州金积堡回目马朝清即马化漋，清水县张家川回目李德昌，或以马械、粮食显与市易，嗾其扰陕；或以官军声势浩大，劝其暂就安抚，相时而动。皆以同教一家，隐相亲附。外虽貌为恭顺，无异王民，内则暗肆狓猖，仍滋他族。”②
在各支甘肃回民军中，与陕西回民联系最紧密的是北路灵州马化龙部。据载，同治七八年（1868-1869），陕西回民军主力尚在董志原时，便屡得到灵州回民的商业性支援，“现在军中屡次阵擒回逆，所有洋枪、洋药、战马，均供由马化漋自归化城一带贩来，销售董志原贼巢，内销金、镇等处。……此次夺获逆首余彦禄所骑之战马，据逆目余驴儿所供，即系马化漋用银七百二十两买来馈送余彦禄者。又据探报，董志原贼巢粮食将绝，马化漋于二月初用骆驼一千五百馀只驮运粮食济贼，嗾其裹粮入犯。”③灵州回民与陕回通过“市易”“销售”发生联系，一方面是出于穆斯林进行商业交换、获取利益的传统使然，另一方面客观上也的确支援了已成“叛逆”的陕回，在官方的立场，后一种情形被加以扩大化，对马化龙产生疑忌是必然的。马化龙支持已经西迁的陕回向东袭扰关中，牵制了清军的军事部署，也就扩大自己的安全边界。
当陕西回军进入甘肃后，甘肃回民所谓“虽曾附合陕逆，究竟凶顽稍逊，尚知怀德畏威。”①在这种情形下，同治四年（1865）二月，雷正绾军进固原，早已投降的甘肃回民头目张保隆助之。文献记载“甘回各思自全，愿为内应，约日举事。”②“六坊回民经张保龙潜约内应，与陕回操戈互斗，伤亡颇多；城外西北远近回村向听张保龙约束，保护汉民村落极多，此次执梃助战，死亡亦复不少。”③占据固原的孙玉宝大败，城遂克复。孙本人“自杀家小”④，后撤至黑城子，于同年三月二十六日为清军委骁骑校永恰布所刺杀。⑤
同治八年（1869）三月十八日，陕西回民军集议庆阳府镇原县萧金镇，并十八营为四大营，以白彦虎、崔伟、禹得彦、马正和分别担任首领，开始向金积堡方向撤退。这却给本地回民造成巨大压力。据载，在固原海城一带，“陕回入境索土回财物，亦如土回之待汉民者，且屠戮之惨不分汉回，悉歼之。”⑥灵州金积堡一带的陕西回民军也是如此作为，故灵州回民颇有怨言：“那些逃亡者来到我们伟大毛拉舍海托必尔屯拉的禁地，仍然无恶不作，杀人放火，抢夺财金，对卡非尔更加愤恨，他们把这些恶行推到一身（指马化龙——本书注）上，真主至知。”⑦但同时，短衣少食的陕西回民也抱怨当地回民太过分，“难道不给我们一点帮助。”①在陕西回民与甘肃回民的矛盾之余，内部的争斗仍然存在，左宗棠奏称，“现诇该逆由环县、固原两路窜至下马关，复由下马关分窜萧河城、预望城、半角城、金积堡一带，贼情涣散，不仅陕西回民与甘肃回民因剽掠而肇衅生端，即陕回之向分东弥、西弥者，亦因丧败而各怀怨恨”。②
左宗棠对陕甘回民的关系洞若观火，“回教有新、老之分，马化漋本新教回民，与陕甘老教回民，宗旨不同，互相水火……而甘回究不如陕回之强，马化漋尤思借以自卫。始因陕回窜附，代为乞抚，市德于陕回，继因陕回反复无常，又思豫为别白，以免官军之剿，其诡谋盖谓陕回胜固可藉以为重，陕回败亦有辞以自解。究之阳顺阴逆，其用心则路人所共知。”③战役阶段，“甘回恐官军进剿势将波及，有预先自陈实为良回者，有因陕回侵掠闭门不纳者”。④宁、灵回民屡次利用陕西回民对抗官军，马化龙本人屡次与官军议抚，但又心存疑虑，不想交出军事力量，辄以陕西回民为借口，“胡昌会马化龙云：陕回因官军冲散，马械骤难收集，乞宽期悉檄。”又，“陕回屡败后，意本求抚，其丧失眷口无所系恋者，则仍思乘冰桥北窜，以故留马械不檄。”马化龙因之告官军曰：“陕回不悉檄马械，请急击之。”另有马家河回目马忠海“屡嗾其党劫掠官运，嫁祸陕回。”⑤在作战时，土回不顾陕回。同治七年（1868）十二月，“陕回屡败之余，不能分踞各寨，尽附金积。壕内外列幕而居，屏以长墙。”清击金积堡，“壕内甘回恐官军拥入，自断其卡桥，陕回堕濠死者无算。”同治七年，陕西回民军“窜扰”南路，张家川尤当其冲，“李得仓所部回众不但不为煽惑，并能与附近汉民联络一气，共御外侮。”⑥
到了后期，进入甘肃的陕西回民军实际已成为甘肃起义回民与官军博弈的牺牲品。口述史说马化龙有条件地供给陕西回民军粮草，“陕回战前，甘回战后，打仗之日，给粮较多，不打仗之日，给粮较少云云。”①以至同治九年（1870）六月，“乏食已久，陕回老弱妇女饿毙者多。”陕西回民领袖陈林被迫冒险到花马池掠食。②同时，陕西回民军往往要以极高价钱向土回买粮，粮价之贵甚至到了数十两银子一斗麦的地步。③愈往后期，愈是困窘，甚至发展到“人吃人，狗吃狗”（原文如此）的地步，④而本地回民最终向清军投降后却仍有余粮。进入宁夏境内的陕西回民军，陷于这种艰难处境，促成他们全面向清军投诚的转变。
陕西回民与当地回民的分歧，为清军将帅注意到并加以利用。同治八年（1869）八月，刘松山与陕西回民军大战于郭家桥，据载，“灵州抚回周斌至营，谓陕回败窜来者，强踞甘回各庄，情出无奈。松山即传驻金积堡回目马潮清令谕知甘回各堡，官军只剿陕回。”⑤另有说马化龙降后与清军相约：凡金积堡的兵以草腰为号，清兵入堡，不杀草腰回兵等。因而善后迁至甘肃的陕西回民后代追述起来，对马化龙颇有微词。⑥
陕西回民与甘肃回民不能很好合作，在地域、教派分歧之外，双方又有战略取向之别。以马化龙之子马耀邦为首的大部土回主战，而陕西回民军则主张渡河与河州的马占鳌、肃州的马文禄联合，马化龙本人左右为难。⑦马化龙为刘松山击败，令各回求抚，“陕回心更不安。”禹得彦、白彦虎等率部从盐茶往西，约崔三（崔伟）、马生彦等“西趋长流水打拉池，出会宁、安定一带，南合河州之回。”⑧作为陕西回民抵抗到底的一支队伍，白彦虎部历金积堡、兰州、西宁，以至肃州，“所如辄不合。”⑨进入新疆后，与北疆的回民军也没有联合起来过，与阿古柏势力更是纯粹相互利用。同治十一年（1872）三月，因就抚意见不一，退至肃州的陕西回民重要首领冯君幅实心向清军就抚，结果“为马四所害”，其部下也被马氏收而有之。①
同治八年（1869）九月十八日，陕西回民军在打拉池遭清军截击，队伍遂分为二：马正和、陈林、余彦禄等率所部由长流水、宁安各堡一带回金积堡，屯扎堡外东西各堡，与甘肃回民杂居。白彦虎、崔伟、禹得彦等由郭城驿、巉口，至狄道、河州。十月二十日以后，“陕回已由狄道西窜图入河州入伙，而河州逆回畏官军进剿被其连累，固拒不纳。陕回向河回买粮，河回故高其价，每斗四十斤，索价银四五两。”②到了西宁战争阶段，陕西回民军“既不真心归顺，又为土回驱逐，故尔东奔西突，乘间图逞。”③同治十一年（1872）五月，陕回余老虎儿、马政和分带回民军，因西宁回民不肯收留，遂由黄城滩到永昌掠食。④七月，又有1000余名陕西回军，由西宁逃出，拟赴甘、凉一带抢粮。⑤这种互不信任、难获支援的局面使陕西回民军愈加前路无着，所以同治十一年十月十九日西宁解围后，土、客各回互相猜贰，纷纷乞抚。⑥杨文治于同治八年（1869）八月初十日被清军俘杀于固原黑城子，白彦虎外逃，禹得彦、崔伟等被编为旌善马队，在平定西宁府时，成为清军的得力力量：“陕回在西宁者，两万有奇。崔伟、禹得彦、毕大才等倾心向化。锦棠简其精壮，立为旌善马队。向阳堡之役，助剿尤力。”⑦这支回民骑兵队伍后来随清军西征，一方面参与镇压了新疆地区的回民起义，一方面驱逐阿古柏势力，收复国土颇有战功。
三、甘回之间
同治时，甘肃回民人口已极繁盛。在清人文牍里，为与陕西回民及新疆穆斯林区别，甘肃回民也以“甘回”这样的简称屡屡出现。其所指回民分布于东到平凉府、西至肃州、北到宁夏府、南兼河湟一带，范围是极广的。
早在乾隆时期，花寺与哲合忍耶的教争已使甘省境内的教派格局大致维持着一种“老教”、“新教”的局面。唯“老教”势力中心在河湟西宁一带，新教则发展到宁、灵、固、平。同时，后来在新疆举旗起义的回民妥明、索焕章也与哲合忍耶派联系密切。经过一系列教争，甘肃回民对于教派问题有比较高的敏感度。甘肃回民的起义反映出明显的派别与地域因素，表现为灵州的新教哲合忍耶集团，西宁的花寺势力，临洮的穆夫提势力，肃州的猎回势力（老教格迪目）等。但是自清军全面介入以来，特别是自同治三年（1864）至陕甘时局平定，西北回民的教争几乎再没有出现过。各地回民军均程度不同地相互合作，但是这类合作仍相当有限。
西宁的马桂源兄弟、马尕三与河州的马占鳌虽然都是花寺门宦，①也大体处于同一地域范围，但双方自始至终并没有组成统一的同盟团体，完全是两个互不隶属的集团。早在咸丰末年马尕三暴动时，北扰西宁南川，东到河州积石关大掠，所掠对象不分回汉，其中就包括马占鳌的乡邻。马占鳌则集合邻村回民抵御，屡次取得胜利。②同治元年三月，沈兆霖又奏言“回匪马尕三煽惑四工撒回聚众滋事，循化八工听从纠合，肆行抢掠米拉沟土回。”③此外，双方缺乏合作的基础，还有政治方面的原因。马桂源兄弟长期以国家官员的名义实际掌控西宁一地，期间他们并没有反叛的身份。但相反，在马桂源兄弟得意之时，马占鳌却难以与官方达成抚局，而是势力雄厚的反叛集团。同治十一年（1872），马占鳌投降，成为清军最得力的军事工具。但马桂源兄弟为保存实力，反而成为官军首要的镇压对象。
就两个回民集团自身的教派因素来说，马桂源及马尕三病死后继为回民军领袖的马永福等都是花寺门宦的上层人物。在回民起义之前，马桂源为首的花寺教众与穆夫提门宦发生过严重的教派争斗，并由此引发西宁地区的回民起义。起义后，马桂源方面从领袖人物到一般回众基本上由花寺教众组成，其通过教权掌握军权、实施军事行动的特色十分明显。与此相反，“马占鳌在宗教上初无甚地位，及花寺领袖马永瑞、白庄领袖马悟桢就抚后，悉众归其节制，遂创教权为军权所夺之先例，以至于今，是为一大关键。”①实际就是最终用军权压制了教权。
到战争后期，随着河狄回民的分化，相当一部分人为了各自利益，寻求时机积极与官方合作。左宗棠曾指出，“大抵甘回不如陕回之悍，而狡诈过之。始则攻陷城邑，据之以叛。见官军至，则又阳为归诚服罪，籍稽诛讨；选蠕观望，以趣时变。其挟术多此类也。”②甘肃回民乘陕西回民起义而起义，多少带有一些投机的色彩。起义后，为了自保，则利用各种时机寻求利益最大化，这种情况在北路宁灵地区表现的尤为突出。
宁、灵、固、平的回民起义，远没有实现统一作战。哲合忍耶新教的根据地在金积一带，同心、平罗的回民则多属于老教教派。在作战时，各有利益和取舍，行动不一。马兆元攻灵州时，马化龙、同心城的周法就不甚配合，“与之拒绝。”导致马兆元败回平远。③平罗回民武装则在包围银川之后撤退。④