历史是极为复杂的过程。远非可以用某种一成不变的模式予以简单化的解释。
族群冲突问题在以往阶级分析方法指导下的起义史研究中不是重点关注的内容。实际上，如果把民族、同一民族的不同区域社群、方言群体、宗教派别等都理解为族群，则族群冲突事件其实是大多数“农民起义”的基本内容。
在传统所定义的“起义”史观里，回民起义是传统中国社会中最具代表性的少数民族起义事件。它并非与族群冲突无关，也未脱离传统民变所包含的族群冲突因素。对于以“回民”命名的回民起义，其族群因素是显而易见的。本书的研究认为，清末西北回民起义的重要内容，是回民社会的边缘化和被边缘化、与主流大社会之间的文化隔阂、族群矛盾的长期存在、清末地方治理的失衡及在特定条件下导致的大规模族群冲突与整体性回民起义，并最终导致官府朝廷对起义回民的军事镇压。“回民起义”的指称，实际就包含有三重性：处于边缘的回民社会与大社会的关系，自始至终的族群冲突与对抗，整体意义上西北回民社会对晚清国家机器和不合理的统治体系和治理制度的武装反抗，这三者在逻辑意义上分别是深层原因、主要内容和表现形式，依次既有因果关系，又是同一历史进程的三个层面。此种结论实际是对以往研究中“回民反清”、“民族运动”、“民族斗争”等观点的重现与补充。限于以往学术研究的语境，上述问题远远没有得到很好的分疏与解释，而这正是本书的基本研究任务。
回民族群自明中后期形成后，向来存在着与邻近的主流族群之间的经济矛盾、文化隔阂和由此引发的族群对立，回民社会内部也不断产生着阶层的分化与教派的纷争。在晚期帝国政治框架和清代满汉一体的大社会的文化制度的共同歧视和压制下，回民社会基本保持着边缘化或被边缘化的状况，无法在主流社会、政治和文化架构中找到合理的族群定位，在一系列复杂的文化背景和政治背景的综合作用下，最终在多民族的西北地区引发了官府朝廷没有预料到的一系列严重族群对抗与仇杀。
应该指出，作为回民起义爆发的直接原因和爆发之后的基本内容，族群冲突既包括第一层面的回、汉民族之间的冲突，也包括次一层级的亚族群的冲突，即回民内部不同教派、汉民社会中团练、流民、土匪及官军溃勇、各地区回民军之间的联合与斗争等等。
在官府朝廷的屡次处置不断失衡、地方官府诉讼事务上长期歧视压制回民的情况下，于陕西关中由官绅共同组建、倚靠地方汉民社会提供人力和财力支持的地方团练，在汉绅、官员的支持和默许下，变成了攻击他们的穆斯林乡邻的武力工具。陕西回民的自保和反击，很快招来了晚清国家军队的全力镇压和西北全境“族教一体”的穆斯林同胞的全面响应。有清一代甘肃、新疆的穆斯林社会本就有着与清朝国家机器对抗的既往历史。由于长期以来对官府统治不满，加上散见于甘肃北路、狄道河州和天山北路一带并不严重的回汉族群对立和冲突，以及西宁地区的教派斗争，在陕西回民起事的影响下，都急剧恶化并很快发展成武装起义。
总体上，不能把西北回民看作是蓄谋已久、借机起义的群体。他们事先既没有政治目标、宗教目的，也没有建立独立政权的打算，只是为了在文化上“保教”，社会上保群体的生存，被迫发动及卷入起义。
回民起义后把斗争目标转向敌对的武装力量，同时也必然攻击其背后的族群、地方社会和处置不当的地方官府，进一步则招致官府朝廷调动军队和团练进行镇压，从而最终形成起义回民的最大敌人和斗争目标不再主要是敌对的族群，而转变为晚清的国家机器，其中包括地方官府、朝廷官员、官方的军队、各地城镇和外围的团练。反过来，正是由于起义回民对上述官方目标的攻击，便导致起义回民、回民社会总体对抗晚清国家的局面。
由此，在“族群冲突”这一大背景下，便不难理解为什么起义回民既攻击敌对的汉团汉民，回民军中却同时存在大批被裹胁和自愿加入的汉民；各地回民军在族群对抗时各行其是，在同清军作战时却尝试联合；以及丧失了对晚清地方政治和进入西北地区镇压起义的官方军队的基本信任后，各地回民军先后进行建立军事政治实体的组织化尝试的原因所在。这个结论与起义爆发前回民社会没有政治认同的变迁与建立政权计划的史实并不矛盾。
起义回民不同程度的自治化尝试当然不可能提出超前的政治纲领。既使按照国族时代的标准，在国家利益、国家认同这些根本性的政治层面上，各地的回民军集团完全没有过份的行为举动。本书认为，类似于穆生花称“平南王”、妥明称“清真王”、孙玉宝称正西王、马化龙称“大总戎”、马桂源把持西宁军政权力等等，都仅有其言而无其实，这就是只能将他们的组织化尝试的成果称为“军事政治实体”而不能称为“政权”、“神权”甚至“国家”的原因所在。而且，我们要将上述内容需要放到特定的历史年代和传统中国民变史中去加以考察，不应以超出当时历史条件和历史现实的政治认同、国家认同的概念和范畴反过去加以括套，那样的话，只能得出不合适的结论。
回民起义与文化隔阂、族群对立以及官方的处置都有关系，起义之后，族际冲突甚至仇杀导致社会经济严重残破、难以维持。西北地区不仅回民社会形成了组织化和军事化的史实，汉民社会也普遍建立团匪武装或依托起义回民军以求生存。主要在回民军的反击和进攻下，晚清官方在西北的政权统治受到全面反抗，难以维系。
然而在空间、时间上都保持了如此大规模的清末西北回民起义最终将走向何方？如何解决？历史已经证明，回民摒弃晚清帝国国家权力的自治化尝试在汉族为主体民族、满汉一体的政治文化架构、多民族广泛分布的西北地区、在西北的地缘政治框架内、回民内部有着地区和教派分化的历史情况下，是没有出路的。
回民起义由族群冲突引发，族群冲突又与国家治理脱不了关系，其解决最终又必然需要国家机器的介入。在西北汉绅、满汉官员的作用及继续维护统治等种种因素的考量下，清廷最终决定把地方和朝廷的军事力量应用于全面解决西北回民事变。反抗镇压的回民军与清军之间的战争之曲折反复并不能改变回民起义最终必然失败的结局。各地回民军不是被击溃屠杀，就是主动投降受抚以保全背后的回民社会；战斗到底的白彦虎一支，最终只能逃往国外，成为域外的回回遗民。这都使中国回回民族和中国西北地区的这段历史带有深深的民族性悲剧色彩。其间的历史规律只不过是在中国历史上的传统民变之外，增加了具有独特的伊斯兰信仰和精神价值、具有独特的犷悍与战斗气质的一群穆斯林中国农民的斗争与追求而已。其间严重的族群/民族间的对立与冲突，在中国的民族关系史上留下了血色浓重的一笔。
历史和现实表明，族群间的对立与冲突难以根本消除，但国家可以经由建构合理的文化制度框架，提供便于促进族群交流的场合和化解族群冲突的现实途径。类似于回回民族这样的独特族类，这其间既要为其制定合理的法律定位，也要为回民社会的精英阶层提供便于向社会和政治上层顺利流动的途径和保证。为了避免族群间的文化隔阂，使回回民族不再是被自外于主流大社会之外的边缘化群体，就要在中华文化的汪洋大海中，将回族伊斯兰文化也加以吸纳并融汇于其中。
历史上回汉之间的族群矛盾起于族际间细微的文化差异和生活习惯，这就要求国家在制度设计上，促进族群间的学习、沟通与理解。同时，在回民内部，针对不同的区域认同和教派认同，不仅要促进地方精英、官方力量加以发挥作用，更要居间予以公平、公正的处置。而不应采取主流大社会民族沙文主义和国家主义思考下的分隔族类、压制新教、同化教育这一类的措施。这不仅会遭到回族社会的抵制，激化其内部矛盾，也注定最终会走向失败。
对于在族群规模和文化传统上早已成熟数百年的回民社会自身而言，在爱国守教的前提下，寻求适度的自治、坚守并发展以伊斯兰为核心根基的民族精神和群体气质，既是必然的也是必须的。宗教智识阶层应该和世俗回民精英同时成为回民社会和主流大社会共同的精英，并在其间起中介、沟通和对话的功能。大社会和国家的文化制度框架包容了回回民族的特殊性，回民社群也不能自外于其中，需要保持开放、积极的姿态，做到“各美其美，美人之美，美美与共，天下大同”，在爱国守教的前提下，达到族群、地区和主流大社会和谐共存、共同发展的长远目的。