《秦陇回务纪略》，八卷，著者是陕西凤翔府知府张兆栋的幕僚余澍畴。由于凤翔府方位在西，民间向称为西府，是清代陕西回民集中居住的又一区域。凤翔回民于同治元年（1862）八月卷入起义洪流，陕西至此全境靡乱。而凤翔境内的回民起义及官府应对的情况，记载最详的便是这部《秦陇回务纪略》。书中还记载了同治初西北官军中“川勇”的情况，是考察汉民参加回民起义的第一手的独树一帜的材料。同治元年至三年（1862-1864）镇守凤翔的知府张兆栋著有《守岐纪事》，属于张氏的私家著述，内容虽较《秦陇回务纪略》为简，但既记载了张氏个人的真切观感，同时也堪作史料对堪之用，亦收入《回民起义》中。邵宏谟、韩敏编辑的《陕西回民起义资料》同时还收录了张兆栋的《守歧公牍汇存》和《凤翔纪事诗存》，补充了凤翔回民起义史料之不足。记载凤翔回民起义的还有凤翔汉绅郑士范的《旧雨集》三卷，从私人角度上记载了凤翔回民在外来东府回民的煽动下起义的经过及凤翔被围期间的状况。
《平回志》，八卷，光绪丁亥（十三年，1887）杨毓秀编纂，光绪己丑（十五年，1889）剑南王氏刊。此书记载了同治元年（1862）到光绪十三年（1887）间陕甘新回民起义的史事，但重点放在甘肃。《回民起义》收入此书，除删去被称为“空话”的“弁言”外，余照录。
《征西纪略》，曾毓瑜著，光绪十八九年（1892-93），曾氏在新疆莎车军次，将自己的见闻写成本书。全书包括“陕甘靖寇记”三篇，“新疆靖寇记”、“新疆兵变记”各一篇，对于同治元年（1862）到光绪十年（1884）间陕甘新回民起义及新疆建省的经过，按照年月日，依次记述。
此外，《回民起义》所节录的张集馨《临潼纪事》，只是张集馨“自定年谱”中的片断。咸丰八年（1858），张以甘肃藩司丁忧，路过陕西，记载了临潼地方汉、回因为看戏发生争斗、官府又处置失措的情况。张集馨更多的文字收录于中华书局1981版的《道咸宦海见闻录》。由于张氏曾任甘肃布政使、陕西粮道、署陕西巡抚，他撰写的这部个人年谱对于咸同之际的西北吏治，多有记述，其中相当多的部分涉及西北回民的社会生态，据此可以考察回民起义前的西北社会经济政治状况。
《回民起义》还节录了雷正绾等编的《多忠勇公勤劳录》卷三卷四，记载了同治元年（1862）十一月钦差大臣多隆阿奉命督办全陕军务直到次年在周至战死的过程。由于为多隆阿部下所纂，所记多颂词，但年代明确，线索清楚，可作勘同之用。
毫无疑问，《钦定平定陕甘新疆回匪方略》是研究西北回民起义的最早的、第一手的基本史料集成。它是清末由内廷军机大臣总理各国事务衙门和硕恭亲王奕訢等敕修，朱学勤、陈邦瑞等总纂的平定七省诸部方略的一部分，清内府铅活字印本。1985年经过中国民族图书馆整理，北京中国书店影印出版，分装为24巨册。本部纪略共320卷，卷首一卷。按照年、月、日先后，汇集了从咸丰五年（1855）八月至光绪十四年（1887）九月计30余年间清廷平定陕甘新回民起义的上谕、奏章等。因此，《方略》无异是研究西北回民起义最重要的、权威性的第一手资料。但是，回民起义期间，官员并不是将所有的事况都向朝廷启奏，而进呈朝廷的奏章，又多自夸功绩或索要钱粮，官员将领们的失职无能自然使用春秋笔法，能隐则隐了。因此，这样一部卷帙浩繁的官书对于历史事件的记载有一定的局限性，许多史实反映的也并不清楚。另一方面，咸丰末至同治六年（1867）之前，陕甘新历任官员瑛棨、胜保、恩麟、玉通、庆昀、多隆阿、刘蓉等人针对回民起义的奏章、朝廷的上谕等多收录于《方略》之中，以此颇可免除学者收集资料之苦。同一官员的奏章和朝廷相应的上谕依时间先后集中、依次排列，对于事件的发生和演变的记述颇为一目了然。
左宗棠去世后，其全部著作由其门人杨书霖等编集，并于光绪十六年（1890）后陆续刊行，形成了共134册的《左文襄公全集》，包括了左氏生前的奏稿、说贴、批札、咨札、谢扎、诗文，附录的张亮基和骆秉章的奏稿（左氏曾任二人幕僚，二人的文章多出于左氏之手），以及罗正钧纂的《左文襄公年谱》。1986年，上海书店影印出版了这部全集，分装为20巨册，名之曰《左宗棠全集》，较好地保存了这部史料集的原貌。
成立于1982年、位于湖南长沙的岳麓书社，从1983年开始整理出版简体字版的《左宗棠全集》，于1996年出齐。在清末出版的《左文襄公全集》基础上，广泛收集和补充了海内外公私所藏的左氏已刊或未刊的奏稿、书牍、批札、诗词、联语等，力求使左氏的片言只语搜集无遗。通过整理者数年的悉心访求，辑佚的左氏文献达2073篇，较清刻本4412篇约增加47%；新增字数320万，较清刻本总字数450万字增加70%。在各分册陆续出版之际，又有左氏的著作不断发现，在《附册》中又作了一份《左宗棠著作补佚》，加以补充。整理后的左集分装为15册，800万字，包括奏稿9册，书信3册，家书诗文、札件、附册各1册。由于岳麓版《左集》收集的资料齐全，而且体例严谨，所收3200份奏折，871篇札件，均按年月日编号，在每一册的最后分列人名和主题索引，非常便于查找和利用。①左宗棠自同治六年（1867）初被任命为陕甘总督，此后他的文字便多与平定回民起义有关。这些文章主要收录于《左集》的奏稿三、四、五、六等册中。而诸如《平定关陇纪略》《平回志》等，其中相当多的文字其实都辑于《左集》。
此外，岳麓书社还整理出版了《左宗棠年谱》单行本，湘军史料丛刊之《左宗棠未刊奏折》，秦翰才辑录的《左宗棠逸事汇编》，任光亮、朱仲岳整理的《左宗棠未刊书牍》等等，都是同样方便利用的简体字整理版，且由于是左氏的私人著述，其中记载了相当多的左氏个人的意见，对于我们考察回民起义，良有禆益。
《清实录》，全称为《大清历朝实录》，现存较好使用的本子是中华书局影印本，共60册，4433卷，包括目录42卷；其中的第45册至51册《穆宗毅皇帝实录》，即同治实录，是所有《清实录》中记载同治间西北回民起义史实最集中的部分。马塞北辑有《清实录穆斯林资料辑录》上、中、下三大卷，将所有《清实录》中关于穆斯林和伊斯兰教的资料统统辑入，方便进行专门研究。其中下卷第一分册页837至1410，便集中辑录了“穆宗同治皇帝实录”中的穆斯林、伊斯兰史料。此外，青海民族学院民族研究所编印了作为“青海民族史料汇编”的《清实录·青海民族史料辑录》，吴忠礼、杨新才主编了《清实录宁夏资料辑录》上、中、下三册；新疆社会科学院民族研究所也辑了《清实录新疆资料辑录》12册，对于研究西北各省的清代回民史提供了方便。
《甘宁青史略》，慕寿祺辑著，赵元贞、李炳校，10册，民国二十五年(1936)由兰州俊华印书馆铅印出版，1982年台北广文书局印行，分为10册装。广文本包括1至9册的《甘宁青史略正编》，共32卷，9至10册的《甘宁青史略副编》，共5卷。天津古籍出版社1988再版；又收入“中国西北文献丛书”第三辑，1990年由兰州古籍书店影印出版。慕寿祺（1874—1947），字少堂，又字子介，号松严、求是斋主人，甘肃镇原平泉镇人。光绪二十九年（1903），中癸卯科举人。他一生淡泊名利，曾多次辞官不就。以后，加入同盟会，成为甘肃最早的同盟会员之一。辛亥革命后，曾任甘肃省议会副议长等职，参与编纂《甘肃通志稿》。他一生著作等身，其中尤以《甘宁青史略》脍炙人口，影响深远。①此巨著属于区域性通史、方志著作，所载历史从远古直至晚清。对于清末回民起义史，此书第一次较为完整的对这段历史作了记述。作者所处时代与回民起义时相隔并不遥远，作者自身又属当地人，因此书中所述许多历史，在今天的学术研究中被当作信史引用。
（二）地方志和地方文史资料
西北回民起义，乡野因素贯穿始终。居住于乡野地带的汉、回民众，其族类差异表现于日常的乡野生活之中；大部分西北回民，他们的数量不在城镇占优势，而主要居住、生活于乡野地带；汉、回械斗，普遍发生于西北各地的乡野地带，回民起义后报复焚掠，各地乡野村落也大遭催破。对于这些颇具草根意义的历史现象予以考察，如果单纯依靠官书文献，将难以有深入发现。而对于乡野、草根的记述，中国早已有更为充裕的文明遗产——地方志。
中国国家图书馆数字化地方志中所收录的6518部地方志（包括行记）中，①相当一部分出自陕西；而以甘肃地域之广阔，所收录的方志却相对有限。甘肃文化向不如陕西发达，人口少，城镇不如陕西繁荣，反映在方志上，数量也远远不如陕西之多。而相当多的甘肃地方志，甚至从来都没有机会正式刊印出版，只是以手稿本的形式为公私收藏，既无从用，亦不能用，这其中甚至包括了地方大员参修、囊括了主要地方文化精英人物的《甘肃通志稿》这样一部跨府县的省级志书。而另一部同等规制的《续修陕西通志稿》，虽以稿名，却得正式刊印出版。
在纸质影印地方志资料集之中，江苏古籍出版社、上海书店、巴蜀书社于1987年开始联合出版的卷帙浩繁、收录了3000余种的多卷本《中国地方志集成》，有达57册的陕西府县志辑，9册的宁夏府县志辑，5册的青海府县志辑，及49册的甘肃府县志辑。同时，台湾成文出版社的“中国方志丛书”，收录陕西方志118种，甘肃方志46种。所有这些方志辑中，本书可资使用的，主要是同治及以后的方志，这只占据了所有西北方志中的一小部分，而每一方志中，又只有个别篇章、个别文字堪用。本书征引的地方志名目，请参考文后所附“参考文献”部分，此处不赘。
1949年后，各省和各市县的政协都设有文史委员会，其主要职责便是编纂收集反映近现代旧、新“民主主义革命”史的史料，主要内容则是经历了各历史阶段的重要事件的人物的回忆文章。某种程度上，这类文史资料延续了古代方志编纂的传统，但更广泛而深入地收集了民间第一手的鲜活史料，相当程度补充了官方资料的不足。对于本书而言，文史资料所辑的回族精英人物的回忆文章，极大地弥补了长期以来回民伊斯兰教史研究领域中的回民内部史料不足的窘况。本书使用的如《甘肃文史资料选辑》第一辑上马重雍②先生提供的《清同治年间甘肃回变中的马化龙》和《清同治初穆生华起事始末》；马培清的《马占鳌的起事与投降》等文章，便足以证明上述文献学意义。
（三）口述史和民间史料
浩如烟海的汉文史料中，关于清末回民起义的资料不虞馈乏，但用于考察回民起义，却产生某种“史料的族群归属问题”，即大部分史料都是主流大社会也就是汉族文人官绅所撰述的（同样的问题在研究太平天国、捻军时几乎不存在），而被认为极有价值的回民社会内部的史料却不多见。
对于回民起义史的研究，考察纳入“民族”框架之前的回民社会自身对起义的认识很有必要，然而这方面并没有足够充足的资料。在白寿彝先生于1950年代编的《回民起义》丛书里，关于西北回民起义所收录的文献，只有两篇短小的文字是出自回民社会的，一是无名氏以小儿锦写的《纪事》，由庞士谦阿訇译成汉文，其文虽简，而引用者多。另一篇则是单化普录自“陕甘耆老”的零星记述《陕甘劫余录》，最早刊载于民国《禹贡》回教专号，1949年后，《回民起义》丛书、《中国伊斯兰教史参考资料选编》《西北民族宗教史料文摘（甘肃分册）》等都全文照录，亦可见其文作为出自回族民间史料之珍贵。