首先，大蒜的确具有杀菌的作用，并且生吃大蒜可以用来预防和治疗细菌性腹泻，但是当患有非细菌性腹泻时，就不宜再生吃大蒜了。这是因为此类患者若生吃大蒜会刺激肠道，使肠黏膜发生充血和水肿，从而加重病情。
正在服药的人
大蒜能抑制某些药物的有效成分，甚至可以与某些药物中的成分发生化学反应而产生毒素。所以，医生经常会建议正在服药的患者，在饮食上忌辛辣。不过，服抗结核药的病人则例外。近据国外医学杂志报道，如将大蒜制剂（如蒜粉胶囊、大蒜油胶囊等）与常用抗结核药（如异烟肼、乙胺丁醇、利福平等）同时服用可大大提高抗结核药抑制结核菌的效果，并能加速结核病灶的钙化过程及促进空洞的愈合，减少肺部损伤。一般来说，结核病患者在服完抗结核药后再嚼服4～5克生大蒜头，即一瓣生大蒜即有效。服某些抗菌消炎药物的同时服用大蒜，也有增强疗效的作用。
此外，食用生蒜不宜过多，阴虚火旺（如面红，午后低热，口干便秘，烦热等）、胃溃疡、慢性胃炎者要忌食，且不可与蜂蜜同食。