战斗持续到傍晚，胁坂的冲动让他付出了惨重代价。他的两名部下在战斗中阵亡，而另一名部下则切腹自杀。他自己在战斗中也身中数箭，只是因为有盔甲他才没受致命伤。到了日落时分，有59艘日船要么沉没，要么就被朝鲜士兵登船而俘获。最后，胁坂把自己的将旗转移到了一艘更小的船上，带着不到原先20％的船只逃跑了。
李将军保留了一份关于他战时成就的详细日记，并定期向朝廷报告。关于闲山岛的伟大胜利，他这样写道：
“开始，我派出了5或6艘板屋船为先锋去追击，造成要进行突然袭击的假象。当敌船全速来追击我船时，诱其追到开阔水域。我立刻命令我方船队摆鹤翼阵，以半圆形来包围敌船。接着，我大喊：‘冲锋！’我们的船向前冲去，‘地’、‘玄’和‘胜’字号炮怒吼，把2或3艘敌船击成了碎片。其他的敌船被打得魂飞魄散，向各个方向四散逃窜，完全混乱。我们的官兵，还有地方官员们大叫：‘胜利！’争先恐后，以箭一般的速度奔跑，向着敌船发射暴雨般的利箭和炮弹，烧着了敌船，彻底杀光了上面的敌军。”
李舜臣以一种大将风度把幸存的敌人聚集起来，移交给了地方官员，命令他们给予必要帮助，并在和平一旦到来时把这些人送回日本。总之，日本的伤亡人数估计达到了惊人的9000人，而朝鲜只有19人阵亡，114人受伤。
闲山岛战役的尾声
作为闲山岛大胜的余波，很明显，平壤成为日本人在陆地上北进的终点。此时，得到补给和增援的唯一一条来自海上的线路，是一条之后还要通过陆路运输、耗力的路线。即便如此，后勤保障也难以维持长期的进攻。丰臣秀吉不得不下令让自己的海军避免和朝鲜海军正面交锋，而后者则控制了朝鲜沿海海域。丰臣秀吉的那个包括中国、菲律宾以及整个东南亚在内的、宏大的征服幻想已难以实现，很大程度上是因为他没有领会控制海洋的战略重要性。
一位前英国皇家海军中将乔治·亚历山大·巴拉德（1862～1948年）在他的《海洋对日本政治历史的影响》一书中，评价了李舜臣在闲山岛伟大胜利的意义所在：“这是这位伟大朝鲜将军的最高成就。他在短短6周时间里所取得的一连串成功，是整个海战史中从未有过的。他摧毁了敌人的作战舰队，切断了敌人的交通线，消灭了敌人的护卫船……彻底粉碎了敌人野心勃勃的计划。甚至是纳尔逊、布莱克、让·巴尔特，都不能和这个来自于饱受残酷压迫的小国、鲜为人知的人相提并论。令人遗憾的是，对他的记忆却只存在他的祖国。按任何一种公平的标准来评价，他都应当被纳入天才的领袖之列。”
尽管李舜臣的指挥才能拯救了朝鲜，但接着因为拒绝执行向日本人进攻的命令，他却遭到了国王的冷落。李舜臣知道，这个命令是由于一个日本间谍提供了虚假信息才产生的。李舜臣被投入监牢，差一点被处死，而他的竞争对手元均将军则获得了朝鲜舰队的指挥权，并再次让朝鲜舰队陷入了灾难中。在绝望之中，朝鲜国王又让李舜臣官复原职，而此时他只能集结起13艘战船和200名水手了。他发誓说：“我还有13艘船，只要我在，敌人就别想得到西海。”
他实现了誓言。在鸣梁海战中，面对双方巨大的数量差异，李将军仍大获全胜。一年之后，这位伟大的海军将领驶向露梁，再次与日本人作战，他的生命在那里走到了尽头。
丰臣秀吉的衰亡
作为一个农民的儿子，丰臣秀吉成功地统一了日本，并让这个岛国持续了一个世纪的、被称为“战国时代”的内战得以结束。尽管他曾经为维护国内的稳定作出了巨大贡献，但是农民血统却妨碍了他获得幕府将军的头衔。他对朝鲜和中国军事征服的战争，注定要让他付出日本国内来之不易的持久和平作为代价。更重要的是，当丰臣秀吉于1598年61岁时死去之前，他还未真正巩固权力。名义上，权力传给了自己年幼的儿子秀赖，可他的儿子当时才只有5岁。
强大的封建军阀，即大名们之间的争斗日益激烈，内乱死灰复燃。所谓的“五大老”内部争执不休，相互暗斗。因此，令人毫不吃惊的是，到了16世纪末时日本出现了两大集团。一方是以东部的江户（即今天的东京）为核心，以关东平原的大名德川家康为首，而另一方则以丰臣秀吉最亲密和最善战的同盟者石田三成（1560～1600年）为首，他在同盟者中也是最强大。石田发誓要保卫继承了父亲显赫地位的秀赖。
在为最后的摊牌作准备时，石田三成和德川家康都在拉拢其他的大名。丰臣秀吉死时，德川家康已经有了显赫的战绩，他在1575年曾经和武田信赖进行了长筱战役。据说，他喜欢突然间大发雷霆，但是却能够让部下忠心于自己。相反的，石田三成是因为在丰臣秀吉的幕僚下从事政治和对外工作而得到提升的，但在政治运作的过程中得罪了许多大名。因此，其部下的忠诚至多是暂时性的，而这也导致了他在1600年10月的关原之战中最终失败。
根据托马斯·A．斯坦利和R．T．A．欧文的说法，这次对抗决定了未来日本统治的进程充满了阴谋、虚假承诺和背叛：
“关原的战斗，是之前几个月来政治运作积蓄的结果。7月份德川家康从大阪的代行会议（指当时丰臣秀吉确立的“五大老”和五奉行的政务代行体制。——译注）抽身，去保卫自己的东部领地免遭属于石田集团的邻邦的侵犯。石田立刻带他的西军，从后方对德川家康发动突然进攻。德川家康并没有上当，而且他精心部署的间谍网也让他对情况了如指掌。在把自己的联军集结起来之后，他于8月份从江户出发，佯装对北方的邻邦发动进攻。接着，他以主力部队转向西，阻挡石田预定的作战线路。”
岐阜和鸿巢两座城堡先后为德川家康所占，这样他控制了前往自己首府江户的主要道路，并可以向前进军，威胁位于佐和山城的石田军基地。石田被对手如此迅捷行动吓了一跳，他意识到，家康军的势头很快就要扫向东面，甚至可能将年幼的秀赖置于危险境地。石田放弃了防御阵地，把自己的部队移动到了关原，这里的山川地势中还有一个相对较窄的关隘。
石田的决策实际上有利于德川家康，因为后者在战斗方面有更好的训练，而且更适合打围攻战。
秘密交易
石田于10月20日向关原隘出发，他的军队在行动中遭遇了一夜大雨。尽管他清楚自己的联盟很脆弱，但却不知道背叛的风暴已经袭来。虽然石田此时政治地位显赫，但已和相当一部分日本大名们疏远。虽然一些大名和他联合是出于对前主子丰臣秀吉的忠诚，但其他人则对维持现状没有很强烈的意愿——尤其是这只会让石田得益。
在这些人中，就有17岁的小早川秀秋，1597年在入侵朝鲜行动最后的几个月里，他就被任命为日本在朝鲜的统帅。由于日本将军们的内部争斗，朝鲜战役失利。在石田眼中，秀秋应当承担罪责。而具有讽刺意味的是，德川家康却站在秀秋一边保护他，而更让这位年轻统帅心情更复杂的是，他的母亲敦促他在这场即将到来的权力之争中站在德川家康这边。