千百年来，菲律宾的民间文学一直在土著民中口头流传。在西班牙殖民统治时期，天主教传教士深入到菲律宾群岛各地区、各民族的聚居地，一边学习当地的语言、文化、风俗，一边传教。在这个过程中，传教士接触到当地土著的各种民俗和各式各样的民间文学作品，做了一些记录，甚至主动收集了一些民间文学作品。这些工作虽然很有限，而且传教士在记录时还进行了些许改写，一定程度上改变了民间文学的原貌，但这标志着菲律宾民间文学搜集、整理和研究的滥觞。
菲律宾民间文学真正开始为人们所认识是在19世纪中后期，它是伴随着当时民族主义的兴起和民族认同的需要而出现的。在殖民时代，菲律宾社会的话语权由西班牙天主教会和殖民政府所掌控，菲律宾的本土文化被根本否定，原住民族被视为是劣等的、没有文化的民族，西班牙的天主教文化、骑士文化、贵族文化成为菲律宾社会文化的主流。19世纪后半叶，西班牙殖民统治即将走到尽头，民族主义思想开始成为菲律宾社会的主要思潮。这使得作为民族文化一个重要部分的民间文学得到了越来越多的认同，并逐渐成为塑造菲律宾社会民族精神的一个重要方面。于是，在民族主义的旗帜之下，菲律宾的社会精英阶层和民族知识分子把对于整个菲律宾群岛民间文学的研究，定位为达到民族认同的重要途径。因此，对于民间文学的研究也是由倡导民族意识和社会改良的菲律宾民族主义知识分子最先开始的。他们认为，民间文学作为菲律宾民族文化遗产的一部分，表现了民族精神，有利于增强对于菲律宾各民族的历史和文化的自豪感。
于是，菲律宾民俗学、民间文学研究的兴起也被赋予了重要的时代意义和历史内涵。值得注意的是，当时对民间文学的关注和研究的兴起，伴随的还有菲律宾社会对于民族语言认同的上升。在这个时期，伊萨贝罗·雷耶斯（Isabelo de los Reyes）和何塞·黎萨（Jose Rizal）是两位作出了基础性和开创性贡献的代表人物。雷耶斯开创了对菲律宾民间文学科学而系统的研究，被誉为“菲律宾民间文学之父”。作为奠基人，他的许多基础性工作使得后人的研究成为可能，比如他最先整理并发表了伊洛哥族的英雄史诗《兰昂的一生》等多部民间文学作品。黎萨是菲律宾国父，作为一位民族主义诗人和作家，他大力提倡菲律宾本土文化，在文学领域中涉猎广泛，其中也包括民间文学。1889年，他在伦敦发表了《两则东方寓言》一文，把一则菲律宾“猴子乌龟”故事和一则日本民间故事进行比较，这篇文章收录于《特鲁布纳东方记录》（Trubner's Oriental Record）的第三卷。虽然这仅是个较为简单的历史比较法式的初步研究，但它开创了菲律宾民间故事学研究的先河。此外黎萨还搜集过谚语、谜语和歌谣，翻译了吕宋地区著名的玛丽亚·马科琳（Maria Makiling）山的传说。
20世纪初，菲律宾成为美国殖民地。在这个时期，美国殖民政府在菲律宾普及中等教育，来菲律宾教授英语的美国教师对于搜集和整理菲律宾民间文学发挥了主要作用。弗里泽·加德纳（Fletcher Gardner）在他加禄语地区展开搜集和整理民间文学的工作，发表了《他加禄语故事集》。露西塔·卡兰巴格（Lucetta Kellanbarger）以及莱特克利夫夫人（Mrs.Ratcliff）搜集并整理出版了《内湖故事集》（The Laguna Sketchbook）。伯顿·麦克斯费尔德（Berton Maxfield）和米灵顿（W.H.Millington）在班乃地区收集、发表了《比萨扬故事集》。除了基础性的收集工作，这一时期也有相应的研究著作相继问世。1899年，何雷斯·斯古德（Horace E.Scudder）编写了《民间传说》；1904年，约翰·米勒（John Maurice Miller）编写了《菲律宾民间文学》；1905年，华盛顿·伊文（Wash-ington Irving）撰写了《阿尔罕布拉》（The A lhambra），并被列为菲律宾教育部的民间文学教材。与此同时，美国人类学家也来到菲律宾做了不少搜集整理工作；劳拉·本尼迪克（Laura Watson Benedict）1913年出版的《巴格伯神话》（Bagobo Myths）；克劳德·莫斯（Claude Moss）1924年出版了《纳波里故事》（Nabaloi Tales）；菲库勃·科尔和梅勃·库克·科尔夫妇（Fay-cooper Cole &；Mabel Cook Cole）1915年出版了《丁吉延的传说》（Traditions of the Tin原guian），1916年出版了《菲律宾民间故事》（Philippine Folk Tales）。此书包括来自多个民族的58篇传说和故事，是第一部在菲律宾全国范围搜集而成的民间文学集，成为菲律宾民间文学史上的里程碑式著作。另一部重要著作是菲律宾本土学者卡米洛·奥西斯（Camilo Osias）在1920年出版的七卷本《菲律宾读者》（ThePhilippine Readers），收录了多种体裁的民间文学异文和相关的研究论文。1921年，哈里奥特·范斯勒（Harriott Ely Fansler）和伊斯多罗·潘拉斯圭（Isidoro Panlasigui）编撰了三卷本的《菲律宾民族文学系列丛书》，涵盖了民间故事、传说、童谣、谜语、民歌等。
这一时期有两位著名学者对菲律宾民间文学研究的发展作出了至关重要的贡献。菲律宾大学教授、人类学家奥特里·贝耶（H.Otley Beyer）整理了大量的人类学、考古学和历史学资料，编撰了一部一百五十卷《菲律宾民族学大系》（The Philip原pine Ethnographic Series），藏于菲律宾大学图书馆。这部文化人类学巨著收录了多达二十卷的菲律宾民间文学、习俗和信仰的最原始的田野材料。与此同时，他在菲律宾大学开设了很多人类学、民俗学课程，促进了菲律宾民间文学的教学和研究工作。另一位菲律宾民间文学专家范斯勒（D.S.Fansler）进行了更为深入的研究，他从贝耶的《菲律宾民族学大系》中筛选出二百多篇做了摘要，在自己的手稿中专门列为一卷编入《拜尔搜集的菲律宾民间故事》（Philippine Folktales from the Beyer Collection of Filipiniana）。