对卡斯特罗来说，没有哪个人比古巴共产党的主要组织者埃斯卡兰特更能代表这种理论上的分歧。“埃斯卡兰特，”卡斯特罗向阿列克谢耶夫解释道，“是古巴共产党的领导人。他相信在拉丁美洲可以走议会道路。”埃斯卡兰特也是古巴国内的一种政治威胁。在国外他或许算不上精力充沛的革命战士，但在古巴国内，他是个不知疲倦的政治工作者，而且他对古巴新成立的革命阵线——古巴革命统一组织（ORI）怀有野心。卡斯特罗对这种政治上的分歧和来自埃斯卡兰特政治野心的威胁深感厌倦，他把埃斯卡兰特从古巴革命统一组织清理出去，并让他流亡海外。
正当苏联要结束对古巴援助的总结之际，卡斯特罗开始反对埃斯卡兰特。克里姆林宫和埃斯卡兰特的交往要比卡斯特罗长得多。1962年4月初两人关系恶化之际，克里姆林宫对此阴谋颇感忧虑。莫斯科主要担心两个问题：一是切·格瓦拉似乎信奉毛泽东的持久革命理论，受后者影响，在捍卫社会主义的斗争中，古巴政权或许会和中国站在一起；二是古巴或许更像南斯拉夫，在和莫斯科的交往中可能会采取更为独立的路线。
这年4月，克里姆林宫发现，卡斯特罗除对古巴共产党员采取措施外，古巴人还想急于摆脱莫斯科。当一再推迟访问莫斯科之时，卡斯特罗情报部门的负责人要求克格勃帮助古巴建立培训中心，为拉丁美洲在西半球的革命活动培训游击队员。古巴人有理由认为，莫斯科可能会对此感兴趣。1961年8月，主席团批准和古巴人、尼加拉瓜桑地诺解放阵线合作，以共同支持革命运动的计划。三个月之后，克格勃授权在洪都拉斯建立培训中心，为组建“尼加拉瓜敌后游击队”作准备。
尽管已经和尼加拉瓜开展合作，但克格勃还是在1962年4月假惺惺地告诉古巴人，那只是一个搜集情报的组织。“我们不支持民族解放运动。”他们告诉古巴情报部门负责人。
赫鲁晓夫准备对“液面”（施压）战略采取冒险措施，而古巴人并不知道真相，他们正在触及这些措施。赫鲁晓夫还不准备在美国的后花园挑战美国。尼加拉瓜行动的规模很小：从1961～1964年，克格勃仅在此项目上投入25万美元，而且或许会流产，而古巴人意识里的那个培训中心将会花更多的钱，也会引起更多的关注。赫鲁晓夫的东南亚盟友已经被允许向亲西方的势力发起攻击，那是因为老挝边境地区的势力对比有利于苏联东欧集团。而古巴的挑衅则完全是另一码事。美国在加勒比海地区拥有绝对优势。因为肯尼迪非常关注古巴政权，因而卡斯特罗决心开展的革命活动似乎就是一种自杀行为。
对此事的过度谨慎并未打消克里姆林宫的忧虑：压制古巴的秘密情报工作也许会损害苏联和古巴的关系，并让卡斯特罗核心圈子的一些人物更接近北京。古巴是苏联主要的社会主义国家盟友，为了再次保证苏联的这一立场，赫鲁晓夫要迅速打消卡斯特罗对苏联援助古巴所怀有的任何疑虑。此前莫斯科已经允许埃斯卡兰特流亡苏联，但在后者抵苏一周后，就被《消息报》指责为“宗派主义分子”。就像赫鲁晓夫所希望的那样，卡斯特罗看了这篇文章的译文后，感到很高兴。与此同时，苏联人指示哈瓦那，他们将对1961年9月的一揽子军事援助方案进行补充，包括派遣更多苏军，提供一套索普卡（Sopka）岸舰导弹发射架，还有伊尔-28小猎犬轰炸机。这种轰炸机最远能飞至迈阿密。前两次援助额都未达到卡斯特罗的要求，只派出2500名苏联军人，而不是1万人；只有一个炮兵连而不是后者要求的3个连。然而，摆出这一姿态是有意要让卡斯特罗知道，苏联将不会干涉古巴内部的政治事务。一位苏联将领还被派至哈瓦那商讨未来古巴的军事需要。
5月初，赫鲁晓夫收到一些军事和经济方面的情报，情报令人失望，也威胁着他的整个外交战略。1962年1月，当首次在克里姆林宫发表“液面”战略时，他相信莫斯科不久就会变得更为强大，从而迫使美国最终解决柏林问题，然后就禁止核试验达成协议，以达成裁军，乃至超级大国互不侵犯的协议。确实，2月，他曾向乌布利希暗示，1963年签订和平条约后，危机将会消除。
隆冬时节，赫鲁晓夫还听到有关R-9和R-16远程核导弹性能的坏消息。尽管R-16导弹的飞行试验如期开展，但这种导弹还是颇令人失望。为了防范美国人首先发动核攻击，这型导弹就是要为苏联提供可靠的二次核打击能力。事实证明，导弹装置非常原始，除非苏联人准备首先发射核导弹。而在赫鲁晓夫时期，苏联从来就没有生产出更多的导弹来达到这一目标。因此，这型导弹实际上毫无用处。1962年2月，有人告诉赫鲁晓夫，R-16导弹不如美国的第二代导弹——民兵导弹。首批民兵导弹将于1962年部署。苏军指挥员需要好几个小时来作发射准备，而美国导弹则可以在几分钟内作好发射准备。“在我们把R-16导弹吊装到位之前，一切都完蛋了。”火箭军司令这样告诉赫鲁晓夫。
R-16最大缺陷就是其燃料易挥发。赫鲁晓夫的得意门生——新兴的苏联战略火箭军首任司令米罗特凡·涅杰林元帅和一百多位专家、技术人员一同在1960年10月遇难。当时一枚R-16导弹在发射前起火并爆炸。R-16导弹燃料的腐蚀性也很强。导弹一旦被加注燃料，要么立即发射，要么必须在几天内抽空燃料，还要送回工厂清理、调整弹体。而“民兵”导弹使用固体燃料，可以在数年间都处于发射状态。作为苏联下一代洲际弹道导弹R-16的竞争者，R-9导弹的研制甚至更糟。这一型号导弹的飞行试验证明，它有许多缺陷。
从导弹数量上来看，也对苏联人不利。1962年初，苏联才部署了首批R-16导弹，而R-9导弹尚未部署。然而，美国在1962年部署的洲际弹道导弹开始反映出早几年美国对双方导弹差距所作出的过度反应。1961年秋到次年春，美国洲际弹道导弹的数量翻了一番多，从30枚增加到75枚。苏联人从公开发表的报告得知，到1962年底，除拥有第一批民兵导弹外，美国的核武库将拥有200多枚洲际弹道导弹。民兵导弹对苏联的战略威胁最大，它将在当年秋季部署。据说最终部署了一千枚这种固体导弹。
与此同时，赫鲁晓夫也对经济方面的消息感到失望。苏联的政府预算从每年春季开始。每年3月和夏季之间，政府的计划人员将与主席团成员一道来拟订实际的生产计划，然后在秋季的全会上提交全体中央委员，在此基础上制订未来的生产计划。苏联的档案保管得并不好，但1962年赫鲁晓夫得到的统计数据表明，农业和工业生产都呈现亏损状态。统计数据太糟，以至于克里姆林宫不得不考虑要提高国内大宗消费品的价格。在赫鲁晓夫时代之前，从未尝试过这种办法。如果这些办法还不能解决问题，那么涨工资也将难以为继。
鉴于经济上出现的亏损，赫鲁晓夫命令三位经济顾问弗洛尔·科兹洛夫、阿列克谢·柯西金和阿纳斯塔斯·米高扬对下一年度的国防开支进行核算，看能否削减30多亿卢布的国防资金，这相当于30亿美元。尽管赫鲁晓夫认为只有核武器才能实现平等的国际关系，但是他从不同意增加军费的要求。1959年，因为导弹发射台开支很大，他甚至压缩导弹发射台的数量，而且出于发展国内经济的需要，还准备在1962年提出同样的要求。
在老挝、柏林和古巴，苏联与美国的关系很紧张，也加重了苏联的经济负担。这也让赫鲁晓夫不能实现其愿望：缩短每周工作时间，增加工农业投资。他本想尽其所能来帮助社会主义国家，但是，不能逃避因此而产生的成本问题。
显然因为对国内情况颇为失望，4月，赫鲁晓夫曾问计于马利诺夫斯基，在和美国展开的洲际弹道导弹竞争中，是否有捷径可走？赫鲁晓夫相信，苏联的导弹计划存在着大量浪费现象，他不再能预言苏联何时将制造出他所期望的那种核威慑武器。这次对话发生的具体时间还不清楚，但这可能是由美国核武器发展的消息所引发的。赫鲁晓夫每周都要从马利诺夫斯基那里收到有关美国军队部署的报告。1962年4月20日，美国将18枚“大力神”导弹（共有54枚）首先部署在科罗拉多州，这是美国的第一代洲际弹道导弹。与此同时，美国还在继续部署以莫斯科为打击目标的“朱庇特”中程弹道导弹，这型导弹是1961年开始部署的，其中在意大利部署30枚、土耳其部署15枚。
“我们在美国人的裤子里塞只‘刺猬’怎么样？”据说赫鲁晓夫曾这样问马利诺夫斯基。“刺猬”是苏联的一种核导弹，而且“要放在美国人的裤子里”——赫鲁晓夫指的是加勒比海地区。赫鲁晓夫总有许多点子。1962年冬的某个瞬间，他把苏联为古巴提供的防卫性军事援助和苏联在古巴所拥有的战略性优势两者联系在一起，为何不能把古巴变成莫斯科的意大利或者土耳其？马利诺夫斯基的回答是，尽管从军事角度来看，这是一个不错的主意，但要把核导弹部署在佛罗里达海岸附近，却是一个重大的政治问题，需要作出决定。赫鲁晓夫要求，眼下马利诺夫斯基先成立一个小组，研究如何实现这个想法。尽管这个想法对喜欢拍脑袋出主意的赫鲁晓夫很有吸引力，但是否要冒巨大的风险而在古巴部署导弹，赫鲁晓夫还没有下定决心。
5月6日，巴特寮、中国人和越南人发动了蓄谋已久的春季攻势。正如克里姆林宫所希望的那样，那是一场大胜。几天之内，富米·诺萨万将军在南塔的驻军一败涂地。富米很不明智，他把6000人的部队驻扎在一个由山脉围起来的盆地里，那是个理想的伏击地。越南人和巴特寮的军队一包围这个阵地，富米和那些将军们就逃跑了。美国军事顾问称富米的军队“没有任何战斗力”。最后，这支军队逃得很远。用美国观察家客气的话说，这是一次大撤退，“远离了任何追击”。
正如当初苏发努冯亲王向苏联人对此次军事行动所做的预测那样，南塔被占领后，战场的力量均衡被彻底打破。巴特寮和北越现在控制了老挝东部所有地区。中情局估计，巴特寮有能力再发动一次像南塔一样的攻势，以占领老挝内地其他重要地区。事实上，美国情报部门相信，尽管富米·诺萨万军队的人数是巴特寮和梭发那军队的两倍，但前者不是后者的对手；两周后，整个老挝可能就会处于巴特寮的控制下。北越军队的出现则很有意义，用中情局的话来说，北越人“擅长”打仗，他们“协调着国内的进攻，而这些进攻都有章法且不计损失”。还不能确定美国会做何反应，而美国的介入才会阻止其行为。