克罗尔深知这次谈话的重要性。或许是因为赫鲁晓夫清楚，披露的太多了，他故意告诉这个西德人，肯尼迪对下次危机可能会作出的反应，他的想法根本没有什么“可保密的”。“似乎我已经开始谈到这些了。”他说道。但是赫鲁晓夫并未谈起这个话题，而且克罗尔有理由相信，他的话非常重要。就在同一天——9月11日，他联系了美国驻莫斯科使馆以及加拿大驻苏大使，并且警告他们，一场严峻的柏林危机正在酝酿之中。但是，西方同行并不完全信任克罗尔。为了讨好他们，克罗尔似乎过于亲近赫鲁晓夫。9月14日美国国务院收到克罗尔的报告，4天后报告才被送到白宫。似乎只有副总统办公室注意到这份报告。“克罗尔离开莫斯科之前，赫鲁晓夫向他非常坚定地表明，”约翰逊的军事参谋霍华德·伯里斯写道，“苏联将很快采取行动，单独签订一项和平条约，如果需要的话，最终会求助于联合国。”他预示了一些不祥之兆：“赫鲁晓夫已经得出结论，西方领导人自己已经证明，为避免冲突，他们将会接受这个和平条约，而且会让他们自己适应这个条约。”克罗尔的报告未被认真对待，对此，约翰逊的这位军事参谋极为愤怒，他的结论是：“我们的外交官和一些政治人物似乎不能，也不愿意接受这个事实，即不可能就柏林问题和苏联人展开礼貌的谈判。历史上的俄国人，特别是最近的俄国共产党人明白，他们只对有组织的实力作出回应，并且愿意运用这种实力，而且非常明确地表明，之所以这么做，就是要维护其国家的战略和地位。”肯尼迪总统已被说服，赫鲁晓夫正在就柏林问题挑起一场冲突。然而，来自这位不被信任的西德外交官的警告并没有让副总统约翰逊和其军事参谋来考虑这样一个问题：在1958年和1961年施展的最后通牒战术惨遭失败后，赫鲁晓夫为何会认为1962年11月的最后通牒能让美国作出妥协？中央情报局也未对该消息进行评估。9月13日，中情局对苏联的柏林战术提出预测。或许他们先于国务院听到了克罗尔的这次谈话内容，报告指出：“苏联人最近散播的谣言称，他们将在今年秋天的联合国大会上提出柏林问题。”但是，这份报告并不认为美苏之间会发生像8月那样的严重冲突。
与此同时，克罗尔意识到，其警告并未得到西德政府的重视，更不用说得到西德盟国的重视。9月28日，他公开发表文章。《四周后柏林的最后一战》成为报纸的头版头条新闻，这是一篇对西德前驻苏大使的长篇访谈。克罗尔预言，美国中期大选后，赫鲁晓夫计划发动一场“激进运动”。他预计苏联人将要和东德单独签订和平条约，并且立即终止北约进入西柏林的通道。克罗尔承认，这个预测来源于他和赫鲁晓夫的谈话。
令人奇怪的是，似乎苏联的那些社会主义阵营国家，包括东德在内，都没有得到有关苏联11月计划的任何消息。1962年秋，赫鲁晓夫和乌布利希就改善东德农业生产的办法互通过信件。9月28日赫鲁晓夫出访中亚时，苏发努冯亲王会见了阿列克谢·柯西金，或许他得到了有关当年秋天会发起攻势的明确消息。巴特寮一直怀疑，莫斯科为在柏林问题上赢得先机而拿它做交易，克里姆林宫要他们放心。“我们和美帝国主义在外交战线进行着广泛的斗争，”柯西金向这位老挝领导人披露道，“这会特别涉及柏林问题、古巴和其他一些事情。”
9月中旬，响应赫鲁晓夫的要求，苏联海军对在古巴部署导弹的行动提供更多安全保证。赫鲁晓夫此前曾要求对运载核弹头的船只予以特殊保护。9月18日，苏联国防委员会制定了一个雄心勃勃的计划，要派一支护航舰队前往古巴，舰队包括7艘G级导弹潜艇、4艘F级鱼雷潜艇、2艘巡洋舰、2艘巡航导弹舰、2艘驱逐舰，还有一系列辅助船只。对这支小型舰队的大多数舰只来说，其目标就是要在11月9日抵达古巴。与水面舰只相比，潜艇需要一倍的时间才能抵达古巴。因此，潜艇将于10月7日从科拉半岛启程。除保卫古巴外，舰队还要保护运载R-14导弹和核弹头的货船。而大量的水面舰只则于10月22日左右起航，将在百慕大南面与潜艇会合。11月初苏联海军计划在那里举行一次为期三天的军事演习。而运载R-14导弹和核弹头的船只以及为其护航的潜艇将于11月9日前抵达那里。
苏联海军明白，如果美国得知船只由潜艇护航，华盛顿可能会发现船上运载的是重要货物。F级潜艇使用柴油引擎，在水下航行时，它需要定期浮出水面来为电池充电。因此，海军建议他们在白天潜航，只在夜间浮出水面。
另一个重要变化是，按最初的计划，G级和F级潜艇并不装备核弹头。但在国防部的新计划中，这些潜艇都将装备核武器，而且G级潜艇艇长将会收到一份特别清单，以便“一旦收到莫斯科的指令，（他们可以）对美国沿海最重要的目标实施打击”。
9月初，赫鲁晓夫极为焦虑，为了顾全大局，他没有批准马利诺夫斯基的新计划。9月1日到12日期间，军方向主席团提交该计划，而仅仅在此之前的几天里，美国已经对15艘不同的苏联船只实施了50次空中侦察。因为美国和北约一直密切监视着驶往古巴的苏联船只，赫鲁晓夫担心派两艘巡洋舰和驱逐舰前往古巴会引起国际反响。考虑到计划中的潜艇舰队过于庞大，他指示马利诺夫斯基放弃派7艘装备核导弹的G级潜艇到古巴的想法，而只同意派出装备有核鱼雷的4艘F级柴电潜艇，以代替G级潜艇。
苏联海军修改计划之前，运载核弹头的“因迪吉尔卡”号货船已于9月16日离开苏联。根据先前的计划，将有一艘潜艇为其护航。一旦航行至美国水域附近，它将受到保护。为此，海军建议派出一艘Z级B-75弹道导弹潜艇——苏联唯一的一种弹道导弹潜艇，以在百慕大水域附近与因迪吉尔卡号会合。此时，B-75潜艇正在美国海岸一带巡逻待命，以发射其携带的两枚R-11核导弹，打击美国沿海目标。
这些军事决定大大缓解了赫鲁晓夫的忧虑。到9月底，他的注意力已经回到11月结束冷战的问题上。9月28日，他给白宫写信，就禁核试验条约提出新的理论。虽然不可能就如何验证禁核试验达成一致，但赫鲁晓夫说，他愿接受一项禁止实施各种核试验的条约，包括在大气层、太空和水下进行的核试验，它们都不需要在苏联领土上实施核查。然而，他也提出一项约定，重启禁核试验谈判时，英国、美国和苏联三个核大国要保证在5年内暂停地下核试验。如果5年后能达成全面禁止地下核试验条约，那么，届时各方可重新审议大气层禁核试验条约问题。信的末尾，他提及超级大国在柏林问题上的分歧，把这种分歧形容为“危险的温床”。这是不祥之兆。他还写道：“我再次告诉贵方，对柏林问题，直到11月美国的中期大选，我们都将无所事事。在我们看来，大选之后，显然在11月下半月，有必要继续进行对话。”然后他暗示，或许最早在11月，他迫切希望和肯尼迪总统再次举行峰会，以讨论所有这些问题。“要找到解决柏林问题和其他迫切需要解决的国际问题的方法，最重要的是最高级别的政治家要亲自接触。”
因为回苏联数周，肯尼迪家族同最喜欢的俄国人——格奥尔吉·博利沙科夫失去了联系。回到美国时，他给肯尼迪总统带来了赫鲁晓夫的一封特殊信件。10月8日，他约见罗伯特·肯尼迪，要求为他安排一次和总统的见面。
博利沙科夫那天发现，他的朋友极为消沉。其“情绪罕见地低落”，后来他在给多勃雷宁大使的报告中这样写道。罗伯特·肯尼迪强调，当博利沙科夫离开美国之时，正值苏美关系转折之际，他极为忧虑。“坦率地讲，”罗伯特·肯尼迪说，“苏联最近针对古巴的措施已经激怒了总统，而且我们将其视为反对我们的措施。”他还说，因为国会选举在即，总统特别关注这些变化。
罗伯特·肯尼迪没有问及赫鲁晓夫的动机，博利沙科夫也未提及这个问题，只是称，苏联领导人强调，“为了以一种合理方式解决这些问题，我们必须要从相关的各种军事力量着手，要尊重其他国家的主权，不干涉他们的内部事务。”赫鲁晓夫并没有向博利沙科夫披露阿纳德尔秘密行动计划，以及为何到11月他将不再忧虑“相关的各种军事力量”。
对于谈判的前景，罗伯特·肯尼迪也有一些坏消息要告诉苏联人。他告诉博利沙科夫，总统正在回复赫鲁晓夫9月28日的来信，回信或许会让克里姆林宫感到失望。肯尼迪不可能同意从西柏林撤出所有西方军队，不会像赫鲁晓夫规定的那样，在协定签订4年后完成撤军。对总统来说，也不可能为签署大气层禁核试验条约而同意为期5年的暂时禁止地下核试验的条件。
肯尼迪问博利沙科夫，赫鲁晓夫是否准备在当年秋天来美国。这位中间人是否知道赫鲁晓夫即将发动的政治攻势还值得怀疑。然而，他对肯尼迪的答复却留下了进行某种特殊访问的可能性。“美国在国会选举之前，赫鲁晓夫不打算参加联合国大会，”博利沙科夫说道，“然而，如果确实需要赫鲁晓夫在联大发言，那么，他将会在国会选举之后来美国。”罗伯特·肯尼迪一言未发。
次日即10月9日，肯尼迪总统对赫鲁晓夫可能在11月采取的措施深感忧虑，并告诉来访的法国外交部长。他说，这是“西方国家将要冒多大风险的”问题。肯尼迪认为，赫鲁晓夫不可能在11月来美国，“打着参加联合国大会的幌子来和美国总统讨论柏林问题”。肯尼迪的结论是，“鉴于苏联在古巴的行为，”他的意思是指在古巴集结防御性武器，“要在柏林问题上达成一致，前景非常渺茫。”肯尼迪又说道：“赫鲁晓夫可能要强行做某件事。”
赫鲁晓夫为11月所做的一切准备工作，如果曾经有文字记录的话，现在还没有被发现。但是，这些片断正在被拼接起来。到11月6日，导弹将被运抵古巴，并用于作战。届时苏联外交部也已经为那些正式协定准备好陈词滥调的声明，即要求联合国在西柏林驻军和西方从那里撤军。此外，一旦肯尼迪吞下从西柏林撤军的苦果，他将提出一个禁核试验的草案，以此来安慰肯尼迪。只要在古巴部署导弹的秘密行动再坚持5周，赫鲁晓夫相信，约翰·肯尼迪将别无选择，只有接受苏联提出的在1962年结束冷战的条件。