明末清初，伊斯兰教随着回族的发展也在发展变化，这时伊斯兰教义和中国传统文化相结合，形成自己独具特色的民族哲学。产生了一大批以信天命、重三纲、守忠孝，以五常诠五功（即穆斯林必须履行的五项宗教功课：念、礼、斋、课、朝）等为内容的哲学著作。著名的有王岱舆（约公元1570～1660年）的《正教真诠》《清真大学》《希真正答》，刘智（约公元1660～1720年）的《天方性理》《天方典礼》《天方至圣实录》，马注（公元1640～1711年）的《清真指南》，马德新（公元1794～1874年）的《四典要会》《大化总归》《醒世箴言》等。这些人身为穆斯林，又通晓儒家学说，对佛、道也多有研究，当时人称之为“中阿兼通”“学通四教”“长攻儒者之学”的人。出现这种情况的根本原因在于，中国封建社会向以儒家学说一统天下，伊斯兰教传入中国后要想图生存、求发展，只能向儒家靠拢。这种结合是一个长期过程，但至明清之际已趋完成。与此同时，为适应回族经济发展和人口增加，解决宗教人才缺乏问题，还先后在陕西、山东和云南等地开始建立了由清真寺招收学生，传习经典、培养宗教职业者的经堂教育制度，培养了大批著名的回族伊斯兰教经师、学者。这一时期内，随着苏非派教义的传入，伊斯兰教在回族聚居的甘肃、宁夏和青海等地，其影响有加强的趋势。在这里苏非派神秘主义与回族宗法制相结合，逐渐形成了一种被称为“门宦”的制度。“门宦”即是中国伊斯兰教的一种教派形式，又是一种宗教上层的高门世家。这种教制首先产生在甘肃河州等地，后来发展到西北回、东乡、撒拉和保安等族许多地区。到解放前先后形成的门宦约有四五十个之多，其中以嘎德林耶、虎夫耶、哲合忍耶、库布忍耶势力最大，习惯上称为中国伊斯兰教的“四大门宦”。每个门宦都有自己的历史和特点。门宦制度的产生往往伴随着教派的斗争，因而影响族内的团结。新中国以后，党和国家实行宗教信仰自由政策，门宦之间的偏见日趋减少。
三
伊斯兰教在回族中长期流传，不但对回族的政治、经济产生重大影响，而且已经渗入到他们社会生活和风俗习惯的各个方面，成为回族传统文化的重要组成部分。从饮食上说，回族人禁食猪肉，不饮酒。这些习俗都来源于伊斯兰教《古兰经》上的规定。该教认为猪是一种“不洁净的”“秽物”，饮酒、赌博、拜像，求签（即卜卦）是“秽行”，“恶魔的行为”。所以久而久之，宗教的习俗逐渐演变为民族的习俗。回族群众普遍戴白色或黑色无沿小圆帽，亦称礼拜帽，原本是做礼拜时戴的，但现已成为民族装饰和标志。西北回族妇女一般都戴披肩盖头，这也来源于伊斯兰教。回族家庭中生了孩子，满月时要请清真寺的阿訇起个“经名”。青年男女举办婚礼时要请阿訇念“尼卡哈”，新人从政府那里领取结婚证书后，须再请阿訇写一份“依扎布”（阿文证婚书）。回族去世后用清水洗净，穿“克凡”，请阿訇站“者那孜”，埋体在墓穴内面朝西，以示向往麦加，这些都和伊斯兰教的信仰有关。
一般的回族家庭，都喜欢在正屋中悬挂山水花卉等字画以及用阿拉伯文书写的对联，伊斯兰教的影响也至为明显，因该教反对任何偶像崇拜，故不挂人物像和动物图片，凡有眼睛的图像不能张贴。不过，随着社会发展，特别是当代，已经不像过去那么严格了。
回族风俗，“勤苦洁净不染烟酒”，讲究饮食卫生，注意沐浴和洗涤。农村回族屋内，往往门后房梁上吊着一个水罐，下面有通下水道的浅坑，是人们经常沐浴用的。平时洗脸、洗手，则用汤瓶。汤瓶又名洗壶，最早从阿拉伯传入。现在城里的回族饭馆，也常挂着一块绘有“汤瓶”图案的清真木牌，有的还在“汤瓶”下加添“虎图白”棍或阿文的“清真言”，以示这是地道的伊斯兰文化。
回族有两大节日即开斋节和古尔邦节，这也来源于伊斯兰教。开斋节在伊斯兰教历的第九个月举行，斋戒期满十月一日为开斋节。古尔邦为阿拉伯语，意为“献牲”，这一节日在开斋节后的第70天，伊斯兰教历的十二月十日举行。回族过这两大节日都十分热闹，届时家家沐浴盛装，制作油香、馓子和小吃等食品，互相馈赠，互相祝贺，经济条件富裕的人家在古尔邦节时还要宰牛羊庆祝。虔诚的穆斯林前往清真寺参加“会礼”（集体礼拜）。另外，许多地区的回族还过圣纪节，纪念伊斯兰教创始人穆罕默德的诞生和逝世，有更浓的宗教色彩。
回族除受伊斯兰文化的影响外，由于和汉族长期杂居，以及回汉通婚、学习使用汉语文等，因此也受到中国传统文化的强烈影响。从历史上说，元末明初以来回族人的衣着就逐渐与汉族同。人名除回回名以外，还使用与汉族基本相同的姓、名和字。史籍载明末回族人已经是“士农工商通与汉人相同”，汉儒文化影响可谓源远流长。从饮食上说，回族基本保持了由伊斯兰教律演变而来的习俗，但在不违背这一前提下，它吸收了中国传统文化中高超的烹调技艺。饮茶本是汉族独特的饮俗，以后回族也讲究喝盖碗茶和酽茶。
清真寺的建筑艺术是回族文化的重要方面。从古至今，各地不少清真寺采纳了以中国传统的殿宇式四合院为主的建筑样式，两旁厢房比例，楼阁对起，碑亭逢峙，结构匀称，画栋雕梁，悬匾挂联。这都有别于世界伊斯兰国家和地区，而独具民族风格。
从心理性格看，人们常常会发现回回人有一种“刚”性。当这种性格表现出来的艰苦耐劳、热情耿直、固守传统的品德，同汉族的“温柔敦厚”“复归于仁”等儒家文化融合后，回回人的性格又总是“刚”“柔”交替出现。
四
回回民族，从它诞生之日起，就一直面对着动荡的历史年代、复杂的民族关系和艰苦的环境，然而它又是在中国封建社会中成长发展起来的。在这种特殊的历史条件下，造就了他们艰难创业、自强不息的奋勇性格和心理状态，一开始就以生气勃勃的精神活跃于中华大地上，对祖国的政治、经济和文化发展作出了重要贡献。在创造中华古代文明中，涌现出不少杰出的政治家、思想家和文学家、航海家、艺术家、科学家和诗人，以其政绩和著述丰富了祖国的文化宝库。
回族人民对发展祖国的经济曾付出过很大力量，收到很大效果。元代回回作为一支农业的有力开拓者，与汉族人民一起，披荆斩棘，艰苦奋战，开发了河西，包括现在的宁夏和甘肃的张掖、酒泉等地和陕西的渭河平原，以及云南的大理、昆明一带地区。其中回回政治家赛典赤·赡思丁当政时期（1274～1289年），回族和汉族人民一起兴建了水利灌溉系统工程，疏浚大江开凿人工河，设闸分水，既利宣泄，又供灌溉。时至今日，其遗址仍然是灿然可观。自17世纪中叶以来，宁夏回汉劳动人民共同开凿并多次整修了古老的灌渠，使宁夏平原生产发展，“人蒙工利”“田沃野、干渠润，屯列平原万井稠”“塞上江南”之誉名扬海内。另外元明两代回回在南京、河南和湖北一带屯田者也不少，他们对开发当地和兴修水利都有显著成绩。
回族人民精通技艺，手工业和矿业开采都具有较高水平。元代回回工匠的数量相当可观，他们多编入元朝政府或诸王贵族所属的官局，从事建筑、武器和金银器皿以及纺织、酿造等业的劳作。回回将领哈散纳率领的一支阿儿浑（回回人的一种）军并回回工匠三千户，设局织造“纳失失”（波斯语音译，一种织金锦缎）的丝织品，为元朝宫廷缝制宴飨服的原料。由回回人扎马剌丁领导的，“撒答剌欺提举司”，专门生产织造撒答剌欺，也是西锦的一种，多用犬兔之毛织成，精美别致，被视为珍品。回回军匠制造的“回回炮”在中国兵器业上占有独到地位，其炮又名西域炮。“折叠弩皆前世所未闻”，威力无比，“声如雷霆”。明代回族手工业有制香料业、制药业、制瓷业等多种形式。北京曾有著名的“香儿李家”，祖传制香几百年。北京有名的“王回回膏药”和“马思远药锭”也都是明代开始的。制瓷业中，他们制造的青瓷被誉为“回青”，图案鲜明朴实。熟皮制革一直是回族的传统手工业。明末清初，河南开封和孟县的桑坡是全国著名的皮毛集散之地，主要加工牛羊皮。另外，宁夏的石嘴山、甘肃兰州及陕西的王阁村、山东的济宁等处也都是著名的毛皮集散地。
回族尤擅长经商、贸易，元代回回商人的活动遍及全国各地。还在蒙古西征以前，回回商人就往来于西域、漠北和平原地区，以粮食和绸缎、珍宝换取游牧民的皮张，促进了内地和边疆及中外贸易发展。元朝建立后，回回商人更加活跃，“大贾擅水陆利，天下名城巨邑，必居其津要、专其膏腴”。香料、珠宝、金银饰品是他们经营的主要商品，其交纳的税款在元世祖时期的财政收入中占有重要地位。在泉州、广州、杭州等对外贸易商埠，唐宋以来就有不少阿拉伯、波斯商人寓居，入元以后由于元朝政府依靠回回商人经营海外贸易，他们来往于南海诸国，远及西亚和阿拉伯半岛。中国人民的重大发明如造纸术、罗盘针、火药，也都经过回回商人的介绍传播到欧洲各国。明代回族商人来往于内地与边疆的贸易不减当年，仍有“回回善营利”“识宝回回”之说。只是明清统治者实行闭关自守政策，才使中、西交通事业受阻，回回商人的海外贸易从此衰落下来。
回族人民在文化、科学技术方面的成就也很突出，对祖国的文化发展作出了很大贡献。元代回回不仅带来了西亚的天文学、医学、建筑学、音乐等方面的科学文化成就，更加丰富了中华文化，而且在学习汉族文化、发扬中华文化方面，涌现了不少杰出的学者、文学家、诗人和军事家等。天文学家扎马鲁丁于至元四年（1267年）向元世祖忽必烈撰进《万年历》，颁行全国，并在北京建立观象台，制造浑天仪、斜纬仪、平纬仪、地球仪、方位仪、天球仪和观象仪七种天文仪器，在中国天文学史的交流上占有重要地位。明代在钦天监里仍设有“回回历”专科，出现过马沙亦黑、阿都剌、郑阿里等一批历法家。回回人亦黑迭儿丁是元代著名的建筑学家，他是元大都（今北京）宫殿和宫城的设计者和工程组织者，为以后北京故宫以及整个北京的城市建筑发展奠定了基础。