以泛珠三角区域经济合作为例，泛珠三角区域经济合作包括广东、福建、江西、广西、海南、湖南、四川、云南、贵州等9个省（区），再加上香港和澳门，所以又称之为“9＋2”合作。其目的是，积极推动广东与周边省区和珠江流域各省区的经济合作，构筑一个优势互补、资源共享、市场广阔、充满活力的区域经济体系。以2004年“首届泛珠三角区域合作与发展论坛”召开为标志，泛珠三角区域合作区成立以来，正逐渐成为实现合作各方共同利益、促进港澳繁荣稳定、推动东中西部协调发展的重要载体。突出体现在六个方面：
一是成功搭建论坛和洽谈会两大合作平台，有力地推动了合作各方经济社会又好又快发展。截至第四届泛珠洽谈会结束，合作各方累计签约项目超过1.4万个，总金额超过1.6万亿元。特别是历届承办方通过承办论坛和洽谈会，既扩大了自身影响力，又获得了巨大的经济利益。第一届洽谈会期间承办方广东省签约项目710个、金额1336亿元，分别占总数的83.8%和45.7%；第二届承办方四川省签约项目133个、金额147亿元，分别占18.9%和12.8%；第三届承办方云南省签约项目297个、金额1065亿元，分别占29.1%和53.8%；第四届承办方湖南省签约项目797个、金额1981亿元，分别占46.2%和49.4%。与此同时，历届泛珠洽谈会签约项目落实情况好、履约率高。
二是切实加强合作机制建设和规划编制，初步探索出区域合作发展新路子。合作各方坚持以规划为龙头、以机制为保障开展合作，使泛珠合作稳步推进并呈现勃勃生机。一是完善区域合作架构和机制。签署《泛珠三角区域合作框架协议》，确定了行政首长联席会议制度、政府秘书长协调制度、日常工作办公室制度以及部门衔接落实制度等，并在广东省设立泛珠三角区域合作行政首长联席会议秘书处。二是制订区域合作发展规划蓝图。配合国家“十一五”规划，编制并推进实施《泛珠三角区域合作发展规划纲要（2006～2020年）》及交通、能源、科技、信息化、环保等专项规划，有序推动了区域合作的发展。三是积极探索异质性合作路子。充分发挥各方优势，致力于打破过去以行政区域配置资源和规划经济发展的模式，按照区域经济发展规律和生产力发展的内在要求，在三个关税区之间、在自觉自愿基础上，努力搭建有组织、有制度保证的区域合作新平台。与此同时，积极推进与长三角、环渤海两大区域的交流合作，通过签署《关于区域合作组织间开展工作交流与合作的协议》，开展工作互访和交流、互邀参与区域组织重大活动等，促进三大经济圈互联互动。
三是贯彻实施“一国两制”方针和CEPA，有效地促进和维护了港澳繁荣稳定。全面开展与港澳在经贸、服务业、零关税商品、旅游等各个领域的交流合作，进一步密切了港澳与内地的联系。泛珠合作四年间，曾荫权、何厚铧行政长官分别率领政府和企业家代表团访问了泛珠所有内地省（区），增进了港澳对中西部地区的了解，推动一大批港澳企业到内地省（区）投资发展。内地各省（区）也纷纷到港澳举办投资推介活动，借助港澳的国际平台“走出去”开拓国际市场。2006年，香港、澳门与内地九省（区）的进出口额为1215亿美元，占内地对港澳贸易额的72.1%，增长24.9%。借助泛珠合作平台的强大推动力，香港进一步巩固了国际金融、贸易和物流中心地位，澳门进一步巩固了国际旅游中心、区域性商贸平台的作用。
四是积极推动优势互补、互联互动，促进了东中西部的协调发展。合作各方积极响应国家西部大开发和中部崛起战略，以加强泛珠合作带动东中西部的联动发展。一是以推动产业转移为途径，优化东中西部产业布局。仅在第四届洽谈会上广东就签约产业转移项目233个、投资总额246.55亿元。2005～2008年，湖南实施泛珠合作项目7500多个，引进资金年均增长50%以上；江西与泛珠省（区）签约5000万元以上工业项目869个，实际引资532亿元，占该省实际引资的40%以上。二是各省（区）积极推进跨区域的高速公路、铁路、水运、航空及能源项目规划建设，内地九省（区）分别与铁道部签署了战略合作协议，交通部编制印发了《泛珠江三角洲区域合作公路水路交通基础设施规划纲要》。黔滇、滇川跨省高速公路加快建设，贵阳经桂林至广州的高速铁路国家已批准立项并于2009年开工建设，厦深、向莆铁路建设的前期工作正在扎实推进。区域内实现粤桂滇黔四省（区）500千伏输电线路联网，“西电东送”输送能力超过1200万千瓦。三是建设公平开放规范的市场环境。内地九省（区）工商、税务、质监、食品药品监管、知识产权、反走私、金融以及海关、检验检疫等部门，采取清理有关法规、加强执法合作等有力措施，初步营造了公平、开放、规范的市场环境，促进了企业的跨省（区）发展。
五是不断丰富和拓展合作内容，推进了泛珠区域和谐社会建设。合作各方积极拓展区域内人民群众共同关心的文化科教、环境保护、食品安全、卫生防疫、劳务输出等各个层面的合作，努力以合作促民生、以合作促和谐。此外，合作各方还联合举办汽车集结赛、旅游推介大会、文物展览等各种活动，推动泛珠合作走进普通民众生活、惠及各省（区）民众。
六是加强国际交流与合作，架起了我国与东盟合作发展的新桥梁。合作各方积极参与中国－东盟自由贸易区建设。在第三、四届论坛期间，成功举办两次泛珠三角区域行政首长与东盟国家商务部官员对话会，探索建立泛珠区域与东盟地区互利双赢的稳定合作机制。与此同时，泛珠各省（区）加快推进建设连接东盟的国际大通道，连接云南和泰国的昆曼铁路于2009年底通车，广西正重点建设从南宁经越南、老挝或柬埔寨、泰国、马来西亚到新加坡的铁路和高速公路网。近年来，泛珠各省（区）与东盟的投资、贸易合作迅速发展。
二、我国区域政府之间合作存在的问题
理论表明区域政府之间合作是协调区域政府之间关系，实现区域共赢发展的重要措施。但在实践中，虽然我国区域政府之间合作正蓬勃发展，但通过区域政府之间合作消除区域间消极竞争行为，促进区域融合的效果与理论预期相距甚远。自1980年国务院发布《关于推动经济联合的暂行规定》，提出“扬长避短，发挥优势，保护竞争，促进联合”的方针，拉开我国地方政府之间横向经济合作的序幕以来，我国区域经济合作活动日趋活跃。但与此同时，我国的地方保护主义就没停止过。从区域经济合作开展以来，国务院相继出台了一系列有关“禁止地方市场封锁”规定，但各地的市场封锁做法屡禁不止，政府层面一方面协商合作，另一方面纷纷各自出台限制要素流出，阻碍其他地区同类产品流入，保护地方企业的政策和措施。在吸引外部资金流入，争夺原料等方面展开政策大战，最终导致各地区产业结构同构化现象严重，港口重复布局，资源利用效率低下等问题。可以说中央政府出台措施，从制度层面推动区域合作的过程，同时也是恶性竞争不断持续的过程。
以我国长江三角洲地区经济合作为例。20世纪90年代以来，这个区域的经济合作取得了显著的成效，表现为：合作方式灵活多样；优势企业跨地区兼并、收购和控股；加强了区域商贸网络建设；区域合作领域不断拓宽和深化。但此区域的市场分割和地方保护，恶性竞争、重复建设等现象仍然非常严重。如南京以下长江段已布局了九大港口，各港口间距离不过25公里；目前，此区域16个地级以上市有14个将发展高科技、具有高附加值的汽车工业、石化工业、电子工业、新型建材等行业列为本地区的支柱产业，而苏、锡、常三地前五位产业几乎一样，江、浙、沪的制造业结构再次出现“往一条道上挤”的趋势。长三角的引资大战也越演越烈，各地为了吸引海外大公司的投资，争相开出更优惠的条件，致使胜利的天平不断向投资者倾斜，而因此所造成的内耗损害了长三角参与国际竞争的整体实力。在长江三角洲经济一体化的大趋势背后，是行政和区域壁垒的四处阻隔：（1）深水港之争凸现区域壁垒；（2）水污染治理中的利益纠纷；（3）同一产业正面交战；（4）恶性竞争多方受损；（5）合作之声“议而不行”。在长三角各地方政府高歌区域“一体化”的合唱越来越强的时候，一个悖论是，“绝大部分人都认为，该地区经济中经济内耗问题和发展的外部性问题在程度上不是降低了，而是随着经济总量的扩大越来越严重了”。一方面，我国地方政府之间的区域合作有了长足的进展；另一方面，地方政府之间的竞争内耗依旧严重。上述事实说明，目前我国地方政府之间的区域合作在规范地方政府竞争秩序上还存在着局限性，通过地方政府之间进行区域合作还难以达到消除区域行政壁垒，建立地方政府竞争秩序的目的。其问题主要体现在：
1.制度化程度低，区域合作组织运作缺乏制度化组织规则的约束
从制度经济学的角度看，组织是按一定规则运作的个体成员的集合。组织所依赖的规则的层次高低（是正式制度如法律，还是一般的规则、习俗）决定了组织的地位和在社会现实中组织功能的实效。以法律法规等正式制度为运行规则的组织是一种制度化组织，其组织功效较非制度化组织在现实生活中对组织成员的约束力更具有强制性。
而我国目前的区域合作组织大都只是一种地方政府倡导式的非制度性合作协调机制。政府之间许多共识的达成是靠领导人互相做出的承诺来保障的，缺乏法律效力，使得这种共识的达成缺少稳定性，一旦地方领导调动便容易使合作机制落空。我国现行行政法体系中缺乏对政府之间以及政府部门横向间相互关系的规范性法律条文，因而体现政府以及政府部门间横向相互关系的以地方政府为主体而构成的区域经济合作组织，由于缺乏必要的法律依据，就难以通过建立一种区域经济合作组织制度化的运行规则，以形成有法律约束力的相互间合作与协调关系。没有法律约束力的区域合作，意味着地方政府之间的区域合作缺乏必要的制度保障，既无法为地方政府之间的合作行为提供足够的激励，也无法对违反合作“游戏规则”者进行充分的惩罚以使违规者望而生畏。因而地方政府尽管在观念上认可区域合作的重要性和必要性，但在现实的利益冲突和竞争面前，各地方政府仍然会自行其是。
2.组织化程度低，没有建立起一套功能性的组织机构
目前，我国各区域政府之间合作多是以高层论坛或会议磋商的形式出现的，合作形式较为松散，参加会议的代表一般就区域经济合作发表一些看法，只能达到交流、联谊、造势的目的；其常设机构联络处，往往只有为数不多的兼职的工作人员，日常工作不过是收集一些信息。论坛及会议上签署的一些合作协议，由于缺乏资金的支持以及组织机构统一的监督实施，往往流于形式，难以达到预期的目的。20世纪90年代后许多区域经济合作组织出现了问题，很多地区政府负责区域经济合作的职能部门——经济技术协作办公室在机构改革过程中被撤销或降格后并入其他部门，区域经济合作组织消失或名存实亡。
3.合作主体单一，政绩考核体系存在问题
我国目前各地区经济合作，仍是以政府推动为主，企业及民间组织对于区域间合作的参与度仍远远不够，因而往往造成“政府搭台热闹有余，而经贸唱戏依旧不足”的局面。而且以经济绩效为主要考核标准的政绩考核制度决定了我国地方政府竞争具有“政治锦标赛”性质，这就减少了地方政府之间合作博弈的可能性，加剧了竞争失效行为。对于一个地方政府来说，GDP是衡量政府政绩的主要标准，当他们面对项目竞争与分配时，区域合作机制可能遭受最严峻的考验。从各区域政府合作的动机来看，在很大程度上还是从发展各自的地方经济的要求出发，而不是从整个区域发展的内在要求出发。因而在执行整体的合作发展规划时，各地在很大程度上都是按照自身发展的内在逻辑和实际需要来展开的，而不是从整个区域发展的要求出发的。各地方政府在参与这些区域合作中更多的是“口头承诺合作”，私下里依然“我行我素”。
4.只存在利益共享机制而没有利益补偿机制
各地方政府在区域合作中只关注合作给各自带来的利益，只有利益共享而不能对那些为了实现区域整体利益付出代价的地方政府进行利益补偿。如区域经济合作要求各个地方政府开放各自市场，一些经济相对落后地区的竞争力比较小，它开放了市场后，其他地区的商品区和劳务大量进入该地区挤兑了本地相关产业发展，但是区域经济合作组织却又不能及时完成区域产业结构调整和优化布局来补偿该地区，这样在一定程度上就打击了一些地方政府参与区域经济合作组织的积极性。