水分控制是旱育秧壮秧的中心环节和成败关键。旱育秧在秧苗不同叶龄期对水分的反应和需求不同，水分管理要针对不同叶龄期分阶段采取措施。
（1）播种出苗至齐苗期：种子出苗和出苗率的影响因素主要是土壤温、湿度和病虫害等。旱育秧出苗不齐和出苗率不高的主要原因是水分控制不当。土壤水分对出苗率和出苗速度影响极大。芽谷播种后，土壤含水量必须达到一定水平才能出苗。超过该水平，随着土壤含水量的增加，出苗率和出苗速度迅速增加。当土壤含水量增至某一限度后，出苗率趋于平稳，所以齐苗前一定要保持床土相对含水量在70%～80％，但不同品种出苗对土壤水分的要求有明显差别。
（2）及时揭膜，及时补水：播种后，一般5～7天便可齐苗，要适时揭去苗床上的覆盖物。揭膜时间不当，往往因秧苗周围空气湿度急剧下降，叶面蒸腾大，而根部吸水供应不上，导致生理青枯死苗。因此，应看天气揭膜，要求晴天傍晚揭、阴天上午揭、雨天雨前揭，边揭膜边喷一次透水，以弥补土壤水分的不足。如遇高温天气，则可在苗床上撒铺一层薄薄的秸秆遮阳，以减少水分蒸发和烈日灼晒。
（3）齐苗至移栽前：以控水控苗为主。早育秧和其他育秧方式的重大差别就在于此期的控水。秧苗幼苗期不同阶段对水分胁迫的忍耐力差异很大。一二叶期秧苗营养仍由胚乳供给，对外界周围环境反应不敏感，对水分胁迫有较大的忍耐性，表现在出现卷叶的土壤含水量最低，卷叶至死亡延续时间长。二三叶期的幼小苗，处于“糖断奶”期，秧苗必须完成从自养到异养的转变，此时水分亏缺，秧苗忍耐力最差，从卷叶到死亡的时间也最短，是旱育秧对水分亏缺最敏感的时期，也是防止死苗，提高成苗率的关键时期，要注意及时补水。四叶期以后的小、中、大苗，出现卷叶的时间早，但卷叶到死亡的时间也最长，所以，四叶期以后是控水旱育培育壮秧的关键，即使中午叶片出现萎蔫也无需补水，但发现叶片有“卷筒”现象时，要在傍晚喷些水，一次补水量不宜大，喷水次数不能多。移栽前一天傍晚，可结合施“送嫁肥”浇一次透水。