（1）清除菌核：实行秋翻深耕，把散落在地表的菌核深埋在土中。水田灌水耙地后捞去浮渣菌核，深埋或烧掉。病稻草不能还田并铲除田边参草。
（2）栽培防病：合理施肥，应施足底肥，早施追肥，避免后期偏施氮肥，防止稻株贪青徒长。在水浆管理上，要实行前浅、中晒、后湿的原则，中期烤田至关重要，可以促进水稻生长健壮，以水控病，提高抗病力。合理密植，尽量使田间通风透光，降低田间湿度，减轻发病程度。
（3）适时用药：这是当前防治纹枯病最主要的措施，应在发病初期及早进行防治。根据实际病情决定是否第二次用药，或结合其他病虫兼治。可用12.5％克纹霉水剂，每亩用200~250毫升对水50~70千克喷施；或12.5％纹霉清，每亩用300毫升对水50～70千克喷施；或5％井冈霉素水剂，每亩用300毫升对水37.5千克喷于水稻中下部。