兔粪尿是一种优质高效的有机肥料。兔粪中含的氮、磷、钾比其他畜禽粪便都高，还含有多种微量元素和维生素。1只成年兔1年大约可积肥10千克，10只成年兔的排粪量相当于1头猪的排粪量。
兔粪尿能改良土壤团粒结构，提高土壤肥力，并具有杀虫灭菌、抗旱保墒等作用。施用兔粪尿的土壤，能减少蝼蛄、红蜘蛛、黏虫等地上和地下的害虫。施用兔粪尿对各种作物都能起到增产作用。但是，必须对兔粪尿进行加工处理，以提高其肥效和利用率。此外，兔粪是一种好饲料，用兔粪喂畜禽鱼类，能很好地被消化吸收和利用。
（1）堆积发酵。将兔粪尿和残剩草料一并堆积，边堆边加水，使其水分含量达到50%左右。堆成圆形，周围用泥封闭，任其发酵。经数周后，里边温度可达50℃以上。待温度下降后，打开粪堆，再任其发酵一段时间，一般以变为褐色、为臭味和酸味，手感质松软、不沾手，即以腐熟好。
（2）制成兔粪尿液。将收集到的兔粪尿中的杂草去掉，按1：7加水入缸封闭，夏秋季3～4天，冬春季10～15天即可发酵好，用麻袋或纱布滤去渣，即成兔粪尿液。使用时再加入10倍水稀释，装入喷雾器，施于农作物叶面上，对大麦、小麦、水稻行穗期叶面喷施，可获得明显的增产效果。
（3）制成颗粒肥料。将兔粪尿中的饲草、杂质去掉，晒干后装入塑料袋，扎紧袋口待用。此种颗粒肥料易保存、肥力强，使用方便，可作穴肥施于果树、茶园、蔬菜。作基肥使用时，除肥效显著外，还具有抗旱保墒、杀虫灭菌等作用。
（4）兔粪喂猪、鸡、鱼。国内外用兔粪喂猪的报道很多，许多养兔户用兔粪喂猪，节省了精料，增加了经济收入。兔粪喂猪的方法主要有以下几种：用鲜兔粪直接喂猪；发酵后喂猪；晒干粉碎后喂猪。国内外关于兔粪喂鸡的报道很少，有试验表明，兔粪可以代替部分玉米饲喂肉鸡。兔粪喂鱼可大大提高产量，其方法如下：将屠宰下脚料（包括胃肠道中的粪便）放入锅中，加水煮熟后再加入玉米面、麸皮、谷糠等，继续煮沸5分钟，（下脚料占60%、混合精料占40%左右），使之成为稠粥样。取出放在水泥地上再掺入一部分玉米面、麸皮、谷糠等组成的混合精料，晒干制成颗粒饲料喂鲤鱼，适口性好，生长快。
（5）兔粪作药用。《本草纲目》中曾有兔粪作药用的记载。兔粪有驱虫杀毒的作用，在果园、菜地中经常使用兔粪尿，能减少地老虎等病虫害。