自然交配即公兔和母兔自行交配，不需要特殊处理。这种方法比较简单、配种及时，可节省人力。缺点是种公兔利用率低。实行自然交配时，应把母兔放入公兔笼内，因为公兔对环境要求比较严格，若环境突然变化，可导致公兔注意力分散，造成性欲降低。
自然交配时，饲养员把母兔放入公兔笼内，发情好的母兔表现温驯，与公兔互相嗅闻。当公兔爬跨母兔时，母兔前肢趴伏、后肢直立，把臀部举起，尾巴侧向一边迎合公兔交配。当公兔发出“咕、咕”的叫声，倒在笼底，起来后顿足显示很兴奋的样子时，表示交配顺利完成。饲养员应立即取出母兔，检查是否假配，如无假配应立即把母兔后肢提起，轻拍臀部数下，以防精液倒流。
母兔有择偶性，会拒绝某些公兔交配。如把母兔放入公兔笼内后，母兔拒绝公兔爬跨，甚至发生咬斗，应及时取出母兔另择公兔。
配种时切忌多人围观，造成周围喧闹，导致公兔的注意力分散，影响配种，甚至公、母兔不愿交配。
如果母兔发情表现明显，但更换2～3只公兔都不愿接受交配，可对母兔进行强制配种。饲养员一只手抓着母兔双耳和颈背部领皮，另一手插入母兔腹下托起臀部，迎合公兔爬跨交配。
自然交配公、母兔比例在理论上可以达到1：8～1：10，在生产实践中以1：5～1：6为宜，否则会降低受胎率。