泥鳅的皮肤和肠均有呼吸功能，因而泥鳅的运输比较方便。泥鳅的运输按运输距离分有近程运输、中程运输、远程运输；按泥鳅规格分有苗种运输、成鳅运输、亲鳅运输；按运输工具分有鱼篓鱼袋运输、箱运输、运输工具运输等。
泥鳅的苗种运输相对要求较高，一般选用鱼篓和尼龙袋装水运输较好；成鳅对运输的要求低些，除远程运输需要尼龙袋装运外，均可因地制宜地选用其他方式方法。
不论采用哪一种方法，泥鳅运输前均需暂养1～3天后才能启运。运输途中要注意泥鳅和水温的变化，及时捞除病伤死鳅，去除黏液，调节水温，防止阳光直射和风雨吹淋引起水温变化。在运输途中，尤其是到达目的地时，应尽可能使运输泥鳅的水温与准备放养的环境水温相近，两者最大温差不能超过5℃，否则会造成泥鳅死亡。
干法运输就是采取无水湿法运输的方法，俗称“干运”，一般适用于成鳅短程运输。运输时，在泥鳅体表泼些水，或用水草包裹泥鳅，使泥鳅皮肤保持湿润，再置于袋、桶、筐等容器中，就可进行短距离运输。
（1）筐运法。装运泥鳅的筐用竹篾编织而成，为长方形，规格为（80～90）厘米×（45～50）厘米×（20～30）厘米。筐内壁铺上麻布，避免鳅体受伤，一筐可装成鳅15～20千克，筐内盖些水草或瓜（荷）叶即可运输。此法适用于水温15℃左右、运输时间为3～5小时的短途运输。
（2）袋运法。即将泥鳅装入麻袋、草包或编织袋内，洒些水，或预先放些水草等在袋内，使泥鳅体表保持湿润，即可运输。此法适用于温度在20℃以下，运输时间在半天以内的短途运输。