灌溉制度是指在一定的气候、土壤和农业技术条件下，制定适时适量的灌溉方案，充分发挥水的利用效率，以达到增产、节水、增效的目的。保护地蔬菜生产处于一个相对封闭的环境，和露地作物栽培相比较，水分对土壤、植物及环境空气湿度的影响更直接，不合理的灌溉制度不但会造成水分浪费，而且会引起温室空气湿度增大，病害大量发生。因此，按照蔬菜的需水规律，确定合理的灌溉时期和灌溉量是保护地蔬菜节水的关键。
由于蔬菜比一般农作物对水分的反应更敏感，保护地蔬菜生产需要进行较频繁的灌溉，其需水规律受蔬菜种类、品种、气候条件、土质、耕作措施及保护地类型影响很大，确定保护地蔬菜的灌溉制度一般需要采用试验测定的方法。
由于蔬菜主要依靠根系从土壤中吸取水分，所以控制土壤水分含量就成了确定灌溉制度的主要方法，目前通常采用的方法为土壤水分指标法，其基本原理是通过试验建立不同土壤水分指标与蔬菜生长状况与产量的关系，比较不同水分处理对蔬菜生长发育和生理功能的影响，确定适宜的灌水时期和灌水量的土壤水分指标，然后根据确定的土壤水分指标进行灌溉。土壤水分指标通常包括土壤水分含量指标和土壤水分张力指标，通过土壤水分指标确定灌溉制度的具体实施方法是，通过试验确定保证蔬菜各个生育阶段正常生长的计划湿润层内最佳土壤含水量的上限和下限指标，应用张力计和土壤水分测定仪器实时监测土壤水分变化状况，当蔬菜各生育阶段的土壤水分含量或土壤水分张力达到其下限指标时的日期就是开始进行灌溉的时间，然后利用上限指标与下限指标计算确定这一时期的灌水量。
另外，还可以采用水分生理指标法，通过水分生理指标监测作物本身的水分状况确定灌溉制度比利用土壤水分指标更可靠，因为作物的水分亏缺并不仅仅取决于土壤的水分状况，它还与大气蒸发量的变化、作物根系分布状况、作物生长的生理特性、水分输导能力等方面的因素有关。