长三角地区是我国经济最活跃、最具竞争力的区域，也是全球制造业基地，电子信息、生物医药、新材料等高新技术产业快速发展，食品、纺织、机械装备、船舶、汽车、家电等产业已形成相当规模，太阳能光伏、风力发电、半导体照明、软件技术等一批新兴产业迅速崛起。但是，随着经济社会的发展，特别是我国加入WTO后，长三角面临严峻的挑战。一方面，长三角在土地资源、劳动力成本、能源消耗、生态环境等方面的压力不断增大，依靠要素密集投入的粗放型发展方式制约了区域经济进一步发展和竞争力的提高；另一方面，科学技术迅猛发展，科技支撑经济发展的作用日益凸显，经济全球化、区域经济一体化已成为发展趋势。在新形势下，加强区域科技合作、提升自主创新能力、实现经济增长方式转变，成为长三角区域实现长远发展的必然选择。2008年9月16日国务院出台了《关于进一步推进长江三角洲地区改革开放和经济社会发展的指导意见》，要求长江三角洲地区坚持科学发展、和谐发展、率先发展、一体化发展，构建具有国际竞争力的区域创新体系，实现关键领域和核心技术的创新突破，营造鼓励自主创新的政策环境，大力推进自主创新，实现经济增长方式转变。自2003年共同签署《沪苏浙共同推进长三角区域创新体系建设协议书》以来，两省一市加快了科技合作的步伐，在联合开展科技攻关、实现科技资源共享、跨区域产学研合作、人才开发一体化、加强知识产权协作等方面都取得了成效。但是，与国际发达地区相比，与长三角肩负的国家使命相比，长三角科技合作还有许多不足之处，应当充分借鉴国际经验，创新体制机制，进一步深化科技合作方式与合作内涵，加快实现长三角区域科技一体化发展。
一、长三角科技创新的现实基础和主要优势
长三角区位条件优越、自然禀赋优良、科教资源发达、经济实力雄厚，以占全国2.1%的国土、11%的人口创造了占全国的22.5%的国内生产总值，财政收入占全国总量的31.5%。多年来，长三角地区加快改革开放和经济社会发展，为服务全局、带动周边，加快全国的现代化建设作出了巨大贡献，已成为全球重要的制造业基地，也是全国创新实力最强的区域之一，呈现出以下几个显着特征：
1、区域创新资源丰富，科技创新综合实力领先全国
长三角知识技术密集，各类人才荟萃，是全国创新资源和创新成果最富集的地区之一。一是科研基础实力雄厚。目前长三角拥有各类高校和独立学院304所，是珠三角的2.4倍，比京津冀高出1/4；据《2008全国科技进步统计监测报告》显示，沪苏浙三地研发人员数占全国的22.9%，其中科学家和工程师达33.02万人，比京津冀高5.5个百分点，是珠三角的1.5倍；据《2008两院院士调查报告》统计，三省市共有两院院士349位，其中上海、江苏两院院士数分列全国第2和第3位。二是创新投入力度明显增强。2008年，上海、江苏、浙江三省市的全社会研发经费投入总量达1280.9亿元，占长三角国内生产总值（GDP）的1.96%，其中上海高达2.59%，超过OECD国家的平均值，R&；D投入总规模远大于珠三角和京津冀。三是创新产出水平显着提高。2008年长三角专利申请量占全国的37.76%，其中发明专利授权数达11035件，占全国的23.69%，比京津冀高出5.15个百分点，是珠三角的1.5倍；长三角拥有全国驰名商标146个，占全国的28.5%，是珠三角和京津冀的2.9倍和2.3倍，在2008年度“中国品牌500强”排行榜中，长三角占据了25.8%，成为中国“品牌高地”。长三角科技创新综合实力位居全国前列，2008年《中国区域创新能力报告》显示，长三角区域创新能力综合指数平均为47.63，综合实力位居全国前列。
2、高新技术产业规模效益明显，在全国占据重要地位
改革开放以来，长三角紧紧抓住国际产业转移的机遇，加快发展高新技术产业，努力推进产业结构优化和升级，高新技术产业规模不断扩大，先导性作用不断增强。一是高新技术产业发展效益全国领先。2008年，长三角实现高新技术产业增加值3623亿元，是京津冀地区的2.8倍，是珠三角的1.3倍；高新技术产品出口额达1560.9亿美元，是京津冀的4.9倍，是珠三角的1.2倍。二是高新园区聚集效应显着。近年来，长三角高新技术园区保持快速增长态势，已成为引领高新技术产业发展和产业结构调整的主要区域。2008年，长三角7个国家级高新区高新技术产业工业总产值已达11972.6亿元，比京津冀和珠三角分别高94.17%和62.83%；实现出口805.1亿美元，分别是京津冀和珠三角的2.96倍和1.66倍；汇聚了一大批高新技术产业、高新技术企业、创新成果以及高层次创新创业人才，在推动产业结构调整方面的作用不断增强。三是产业集群发达。长三角已培育了一大批具有特色的产业基地，在国内乃至全球都占据重要份额。通信设备、计算机及其它电子设备制造业总产值占全国比重达30-35%，集成电路制造占全国的40-45%；生物医药产业产值占全国比重达25%以上。
3、创新创业基础条件完备，创新支撑能力日益增强
经过多年的培育发展，通过研发平台、孵化器、科技金融和产业的良性互动，长三角已打造了一个产学研结合的创新创业载体支撑体系。一是科技基础设施日益健全。长三角是全国最早开展重点实验室、工程技术研究中心等科技基础设施建设的区域，2008年长三角建有国家级重点实验室56家（截至2008年上半年），工程技术研究中心31个，企业技术中心111家，设有博士后科研工作站企业292家，分别占全国的25.45%、15.58%、19.3%和21.0%，基本形成了覆盖应用基础研究、中试及成果转化和产业化的全方位支撑体系。二是研发国际化水平不断提高。根据《2005-2007年跨国公司对华产业投资趋势报告》显示，长三角已成为跨国公司研发机构直接投资的首选地。到2008年底，在上海落户的跨国公司地区总部达224家、外资研发中心274家，江苏吸引的外资研发机构总数达188家，通用电气、西门子、三星、飞利浦等世界500强企业均在长三角建立了研发中心，有力地推动了国外先进技术和管理经验向长三角的转移。三是科技金融结合日趋紧密。长三角的资本市场繁荣，上海拥有165家国际投资公司，国际着名金融机构都在上海建立了分支机构，央行的分支机构也设在上海；浙江民间资本活跃，先后吸引了100多家中外银行、保险机构落户，据不完全统计，自“九五”以来，浙江有8000多亿元民间资本投向经济社会各领域，发达的资本市场为科技创新提供了良好的资金保障。
4、创新政策环境优越，创新创业活力明显加强
长三角始终注重发挥政府在科技创新中导向作用，通过制定规划、完善政策，促进了创新创业环境的整体优化，有力释放了区域创新创业活力。一是政策支持力度不断加大。进入新世纪，三地先后召开了全省（市）科技大会，密集出台了一系列支持地方创新创业的配套政策。上海颁布了《实施〈上海中长期科学和技术发展规划纲要〉的若干配套政策》（36条），江苏制定了《关于鼓励和促进科技创新创业若干政策》（50条），浙江提出了《关于加快提高自主创新能力、建设创新型省份和科技强省的若干意见》，政策覆盖面之广、力度之大均前所未有。二是政策效应明显增强。各地支持创新创业重点政策的落实力度不断加大，以企业技术开发费用150%加计扣除这一项为例，上海加计扣除应纳税所得额达36.7亿元，减免所得税7.33亿元；江苏有5700多家企业抵扣应纳税所得额31.79亿元，减免税收18.88亿元；浙江企业技术开发费实际抵扣所得税9亿多元，充分发挥了政策杠杆效应，极大地调动了企业创新的积极性。三是政策保障机制日益完善。上海16个委办局确定了政策联络员或宣讲师，组成了覆盖全市的政策咨询服务网络，配套政策的社会知晓度达78.73%；浙江建立了落实企业自主创新政策的协调机制，由省政府牵头，9个部门共同参加，先后在全省组织100多期企业自主创新政策专题培训，累计培训1.5万多人次。
二、长三角科技合作的现状及发展态势
20世纪80年长三角地区就开始探索区域合作，90年代江浙两省主动接轨上海浦东开发开放，进入20世纪以来，长三角两省一市加快了区域合作的进程，科技合作进入了新的阶段。随着长三角区域创新体系建设联席会议制度的建立和执行，科技资源整合共享、重大科技项目联合攻关、人才开发一体化与资质互认、跨区域产学研合作、知识产权协作等方面都取得了不同程度的进展，区域科技合作初见成效，在创新型区域建设上迈出了坚实的一步，为创新型国家的建设提供了重要支撑，同时为国内其它区域的科技合作起到了示范和带动作用。
1、政府合作意识不断增强，协调机制初步形成
经过改革开放30年来的发展，长三角地区已成为中国经济最活跃、最具竞争力的区域，科技综合实力、区域创新能力位居全国前列。中国加入WTO后，作为中国经济火车头的长三角面临严峻的国际竞争，加强区域科技合作、提高自主创新能力、共建创新型区域、提升区域国际竞争力已经成为长三角两省一市党委政府的共识。2003年11月两省一市共同签署《沪苏浙共同推进长三角区域创新体系建设协议书》，建立了长三角区域创新体系建设联席会议制度。《协议书》签定5年来，两省一市科技行政管理部门每年定期召开联席会议，研究决定有关区域创新体系建设和科技合作的重大事项，设立了相应的专项资金，引导、推动长三角创新体系建设。在国家科技部的指导协调下编制了《长三角区域“十一五”科技发展规划》，2008年两省一市又完成了《长三角科技合作三年行动计划（2008-2010）》的编制工作。联席会议制度的建立和运作标志着长三角区域科技合作开始步入制度性层面，科技合作的协调机制初步形成。
2、联合科技攻关初显成效，攻关领域逐步扩大
为加快长三角地区科技创新进程，增强区域科技竞争力，从2004年起，两省一市共同设立了长三角区域联合科技攻关计划，集中区域内的科研力量，重点攻克具有共同研究基础、长三角经济和社会急需发展的、具有重大突破性的关键技术。至今已开展联合攻关10余项，涉及环境保护、公共安全、社会事业等关乎民生的多个领域，已经取得了“长三角沿海水质遥感实时监视和速报关键技术”、“长三角区域城镇饮用水安全保障技术”、“长江口海域赤潮机理和相关入侵藻类识别与风险评估技术研究”、“长三角地区道口公安查控系统”、“长三角城际一卡通交换清分平台原型系统”、“长三角区域危险化学品气瓶电子标签标识及其安全管理系统应用示范”等一大批联合科技攻关成果，并开始推广和示范应用。2008年6月正式出台了《长三角科技合作三年行动计划（2008-2010年）》，进一步加大了科技合作力度，拓宽了科技合作的领域。该计划提出在今后三年通过实施“高新技术产业技术跨越”、“传统产业提升”、“民生保障科技”、“资源环境技术攻关”、“科技资源共享”五大科技行动，启动14个优先主题，进一步优化长三角科技创新体系，把长三角基本建成为我国重要的科技创新中心区、科技资源共享区、生态和谐宜居区、科技产业创造区。联合攻关计划的实施，极大地激发了区域科技创新的积极性，进一步密切了两省一市的科技合作，提高了区域科技创新能力。