（2）提高自主创新能力，推动产业集群向创新型转变。要进一步创造条件、优化环境、深化改革，切实增强企业技术创新的动力和活力，支持鼓励企业尽快真正成为技术创新的主体，在技术创新中发挥主体作用。引导企业增加研究开发投入，推动企业特别是大企业建立研究开发机构，使企业成为研究开发投入的主体。要加快现代企业制度建设，增强企业技术创新的内在动力，把技术创新能力作为国有企业考核的重要指标，把技术要素参与分配作为高新技术企业产权制度改革的重要内容；坚持应用开发类科研机构企业化转制的方向，深化企业化转制科研机构产权制度等方面的改革，形成完善的管理体制和合理、有效的激励机制，使之在高新技术产业化和行业技术创新中发挥骨干作用。改革大学和科研院所的科研模式，消除条块分割的科技管理体制，促进产、学、研一体化；继续推进科研院所转制，引导科研单位实施科技产业化，引导科研院所向产业基地集聚，使优质科技资源与产业基地相结合。
（3）推进区域产业集群融入全球产业价值链体系。由于产业集群能够获得建立在专业化分工基础上的报酬递增、企业间的互动学习和合作创新等优势，从而成为具有高端竞争优势的产业升级模式，进而促进区域经济的发展和繁荣。随着产业集群的成功，集群所依托的产业和产品不断走向世界。由于区域和全球化的联系日益增强，区域创新体系是开放的，要与其它地区和全球产业价值体系相融合，使创新要素在跨区域和全球流动。只有融入更大区域乃至全球产业价值链体系，不断朝着全球价值链的髙附加值环节攀升，地方产业集群才具有持久的生命力。因此，地方政府在构建区域创新体系时，要积极实施科技开放互动战略，开展跨区域科技合作和跨区域创新体系建设，推进产业集群融入更大区域乃至全球产业价值链体系。
2、通线——加强相互联系、促进合作交流
（1）推进集群企业跨地区联合。实现企业的跨地区联合，组建十几家跨地区大型企业集团。注重提高企业的规模和质量，尤其是在当前中国开放的环境下。企业面临着国内外双重压力，规模优势对企业来说显得更加重要。对于因市场发展需要而合并的企业，要减少行政审批程序，为企业发展创造更好的环境。同时，政府也可以根据经济状况，组建跨地区的大型企业集团，同时充分发挥这些跨地区大型企业对整个区域经济的拉动作用，带动其他一些企业的发展，形成以这些大型企业为核心的产业带。
（2）促进科技中介的协同与整合，为产业集群协同创新牵线搭桥。逐步转变政府职能，打破条块分割的管理体系，鼓励中介机构在长三角区域范围内公平竞争、合作共赢，走市场化运作之路，充分发挥市场在资源配置中的作用，实现科技中介资源跨区域的合理流动和高效配置，构建和完善长三角区域中介联盟。要逐步限制市场中的过度竞争行为，打破部门和地方利益造成的人为分割，推动科技中介组织跨地区、跨部门的兼并和重组，提高技术交易的匹配效率，促进服务功能深化。政府管理部门应明确科技中介服务机构的分类和行业标准，提高科技中介机构的准入门槛，鼓励中介机构之间的合作、交流、兼并和重组，促进科技中介机构的合理集中和资源整合。如两省一市以现有科技中介机构为基础，联合建立几家服务整个长三角区域的专门化中介机构。
（3）加强政府之间在产业发展上的协作和联合。从增强产业综合竞争优势和国际核心竞争力的战略高度，在市场经济条件下，对长三角产业集群或产业园区发展进行科学规划，以高层次龙头企业或企业集团的引进和培育为核心，重点发展支柱产业集群和培育新兴产业集群。统一制定区域性的发展战略与规划，统一规划三角洲的产业发展计划和政策。在目前三地联席会议的基础上，建立常设机构，系统协调大集群产业的发展，制定统一的地方税收、支持政策等。统一规划主要工业园区的建设，结合区位条件制定最低工业用地价格，防止招商引资的恶性竞争。根据长三角区域产业结构、能源结构、土地资源储备和环境承载力等对产业发展提出的总体要求，制定长三角区域产业布局规划纲要和相关条例。
（4）构筑统一的要素市场。建立统一的要素市场是推进集群产业扩展和整合的基础。它需要打破目前行政分割对要素流动的阻碍，使三角洲各地各种生产要素在市场机制的作用下自由地流动和交易，从而优化资源和要素的区域配置，三地要按照平等互利的原则共同推进这一进程，并将统一的要素市场纳入全球性的开放的市场环境中去。统一要素市场建设的重点是资金市场、人才和劳务市场等。资金市场方面，要以上海国际金融中心建设为核心深化长三角金融合作，建设金融基础设施平台和金融合作网大力发展同业拆借市场和跨地区的票据抵押贷款等业务，培育一批以长江三角洲地区为发展腹地的投资公司、控股公司，扩大跨地区的直接融资业务。要积极开发债券、股票、保险、委托投资、联合贷款、银行贷款等多种金融工具和融资形式，使资金在共同市场内合理流动，财尽其用。加强金融监管部门的跨地区合作，加强各类金融机构之间纵向与横向金融合作、金融创新、金融产品研发与大力拓展中问业务等方面的合作，建立以上海产权交易市场为龙头，联系三地的区域性产权交易市场，形成长江三角洲地区统一的产权交易法规。人才和劳动力市场方面，通过劳动力市场机制的作用，实现择业决策的自由化，就业的弹性化和劳动力交换的双向性，形成劳动力合理流动机制，推动劳动力要素的合理流动。
3、拓面——拓展发展空间、优化发展环境
（1）优化政策法规环境。首先，建立健全区域性法律规章体系，完善长三角地区知识产权保护协作网络。联合制定和实施区域知识产权保护和开发战略，构筑一体化的行政、司法和行业自律相结合的知识产权管理和保护体系，完善区域内知识产权保护的执法协作关系，联合开展知识产权保护，加大执法惩处力度；建立政府间知识产权保护的约定例会制度，由两省一市政府的知识产权管理机构定期交换案例、动态、立法、工作计划、工作经验等信息，协调大案、要案的查处工作，完善知识产权侵权案件通报、移送制度，开展联合查处和协同办案，设立长三角区域知识产权保护案件处理中心及热线电话。其次，促进两省一市现有科技政策的协调与对接，联合颁布新的配套优惠政策。参照国家科技规划与科技政策，尽快创制并完善区域科技合作政策体系，联合出台《长三角区域科技合作项目管理办法》、《长三角区域科技资源相互开放与共享具体办法》、《长三角区域跨地区产学研合作实施意见》等相关规章和政策。第三，相互认可经两省一市科技行政管理部门认定的有关资质，促进现有技术标准、规范、资质认证制度的统一。经当地政府同意，区域内外地认可的高新技术企业、高新技术成果、高新技术产品、知识密集型技术密集型企业、科技型中小企业、外资R&D机构、科技中介机构等可享受本地同等的优惠政策。
（2）净化社会诚信环境。政府要在社会诚信建设中起带头作用。从某种意义上讲，建立社会信用体系首先要建立政府信用，要旗帜鲜明地与失信违法行为作斗争，在建立社会信用制度工作中发挥主导作用。要转变政府职能，重视信用建设，规范政府行为，建立政府信用。加快社会信用体系建设，建立、健全企业与个人诚信体系。要让每个企业和个人都有一张“信用身份证”，使具有良好信誉的企业和个人充分享有守信的益处和便利，使有不良记录的企业和个人付出代价、声誉扫地。严厉查处不诚信行为，逐步净化社会信用环境。解决好社会信用缺失问题的关键是建立社会信用法律体系，这就要求我们必须迅速建立起信用制度，特别要注意发挥地方立法的作用，必须尽快在建立失信惩治制度方面取得突破，建立完善的信用制度。
（3）强化区域合作意识。大力营造合作氛围，摈弃“宁做鸡头不做凤尾”的传统思想，促进集群内部、集群与集群之间的协作，缩短营销半径，降低经营成本，形成集群内企业在产业链上的梯度分布，不同集群在空间价值连上的错位发展。加大对内、对外宣传力度，营造科技合作氛围，弘扬科技合作文化。充分利用多种形式，广泛宣传科技合作的意义、任务、相关举措和激励政策等，增强长三角区域一体化意识，为区域科技合作创造良好的舆论环境。