一、农产品物流和现代农业产业的协整关系
一方面，我国相对落后的农业没有形成强劲的物流需求以拉动农产品物流产业。2008年2月发布的第二次全国农业普查主要数据公报显示，截至2006年末全国耕地面积121775.9千公顷，共有农业生产经营户20016万户，农业生产经营单位39.5万个，农业从业人员34874万人，从业人员中文盲、小学、初中占95.7%，大专以上占0.2%。取1978年、1990年、2000年为参照点，我国第一产业从业人员占全社会从业人员比例各为70.5%、60.1%、50.0%，每一个从业人员生产增加值按2000年价格计算，三个参照年各为1202元、2407元、3996元。我国第一、二、三产业每一从业人员增加值之比，1978年为1∶7∶4.9，2000年仍为1∶7.1∶3.8。而美国从20世纪80年代始第一产业从业人员比例一直保持在3.5%左右，总数大约在600万左右，仅占我国的1.7%。中国耕地面积为9252万公顷，美国为18574万公顷，美国人均耕地（0.713公顷）几乎是中国（0.077公顷）的10倍，但美国农业集中度高、技术先进、效率一流，如伊利诺伊州的一个家庭农场，农场主49岁，种植了666.7公顷玉米，几乎全部农活都是自己干，只有农忙时72岁的父亲才来帮忙。收割后，按销售合同规定的日期交货，农场主只管生产，供应、服务、加工和信息处理都由社会化的物流系统来完成。美国现代化的农业产业需求拉动了农产品物流的繁荣，我国农业现代化程度低，物流需求不旺，农产品物流发展缓慢。
另一方面，粗放式、低效率的农产品物流模式难以推动传统农业向现代农业升级。我国长时期重生产、轻流通，忽视了农业物流在国民经济中的基础作用和对农业产业化、现代化的推动作用，导致农业产业化、现代化程度相当低。据统计，因为物流环节不畅或技术原因，我国粮食产后流通每年损失800万吨，相当于开发几百万顷粮田；水果、蔬菜等农产品在采摘、运输、储存等物流环节上损失率达25%～30%（美国等发达国家不到2%），每年约有8000万吨的果蔬腐烂，这一数字几乎能够满足两亿人口的基本营养需求；国外农产品加工产值与农业产值的比例是3∶1，甚至4∶1，我国仅为0.18∶1，而我国重庆仅为0.13∶1。
二、我国农产品物流的困境
（一）我国现行的农村制度使农业生产过于小型化和分散化，产业集中度不高、产业化程度差、产业链条短，导致农产品物流基础薄、规模小、功能弱，没有形成农产品现代物流产业
家庭联产承包责任制为核心的中国农村改革实行近30年来，我国农业发生了翻天覆地的变化，农村经济获得了巨大的发展。随着我国工业化的进展和城市化的推进，家庭联产承包责任制的弊端逐渐显现出来。农业生产的小型化和分散化，农业经营的个体化和盲目性，使农业产业集中度下降，难以完成第一产业向第二、第三产业的整体转移和升级。这些特性决定了农产品物流形不成规模化、技术化、一体化的现代物流特质，更多的呈现出小规模、季节性、断续性等前工业化流通经济的特点，既不能适应和推动农业产业发展新趋势，也不能完成农产品物流自身的现代物流演化。
美国的农业以规模化、产业化、区域化和专业化着称，与之相配套的是高效、稳定、有序的流通体系和物流系统。美国政府农业部把全国分成10个主要农业区域，分别种植粮食、水果、蔬菜，饲养奶牛、菜牛、猪羊等。至1989年美国的家庭农场共有214.3万个，每个农场的平均用地185公顷，有的农场甚至经营几十万亩的土地，占农场总数25%的规模最大的农场生产了全国农产品总量的85%。农户家庭也是中国农业生产活动的主体，由于人多地少，农户家庭的土地经营规模很小，户均只有0.5公顷，且农田结构零散，农业产业化推进困难。农业产业化能实现农业资源的优化配置和生产要素的重新组合，实行区域化布局、专业化生产、一体化经营、社会化服务、规范化建设、企业化管理，把种养加、产供销、贸工农、农工商与农科教结合起来，提高产业的集中度、实现供产销互动、延长产业链。农业产业化的实施，会在很大程度上拉动农产品物流的发展，促使农产品物流转变自身的经营理念，增强整合物流资源的能力，进而形成农产品现代物流产业。
（二）基于我国农业和农产品物流的特点，我国农产品物流主体呈多元化，但规模普遍偏小、竞争力不强，形不成农产品现代产业链和一体化的产业联盟，导致农产品物流市场体系不完善，流通方式初级化、市场组织化程度低，交易方式传统，产业和物流分工不明，最终造成农业产业升级难、农产品物流规模化、社会化、专业化更难的困境
发达国家的农产品物流主体组织化程度高，农产品物流服务的社会化、专业化程度也随之联动。美国连接农产品供需的物流主体主要是企业化经营的农场、农场为主的供销社、政府的农产品信贷公司、产地市场或者中央市场的批发商、代理商、加工商和零售商等，全国150万农场主参加了“全国农场主联盟”和“美国农业联合会”，全国近1/3的农场主通过合作社出售谷物。在日本，约97%的农户加入了农协，90%的农产品由农协销售。在这里，农产品物流的主体是组织而非个人。
我国农产品物流主体发育不良。主要包括以国有流通企业、农业公司、农业合作社、第三方物流企业、农产品物流服务的专业公司和经纪人队伍等，几大主体发展不成熟，不能承担起推动农产品物流快速发展的责任。据商务部和中国农业大学调查，我国42%的农户自己销售农产品，45%的农户出售给个体商贩，农民经纪人、贩销大户和农民合作组织是目前农产品物流的核心主体，但经营方式落后、专业化水平低。农民合作组织规模小、数量少、覆盖率低，2006年末全国新型农民合作经济组织总数达到3878万户，仅占全国农户的15.6%。分散、细小的物流主体和生产经营方式限制了农产品的交易，农民呈无组织分散状态进入市场，缺乏市场竞争力和自我保护能力。农产品流通主要是采取“产地收购-产地市场集散-销地市场集散-城乡商贩零售”的模式进行现货交易，农产品市场的功能非常有限，缺乏现代交易市场应有的规范与效率，客观上制约了农产品流通新模式的孕育，制约了农业产业化的发展。
（三）由于我国农产品物流基础设施不完善，农产品物流信息系统尚不健全，导致我国农产品物流系统未形成完整的产业链，农产品物流在生产、加工、运输、销售等环节与环节之间相互独立，影响了农产品物流的效益和效率
据第二次全国农业普查主要数据公报，2006年末全国仅9.6%的乡镇地域内有火车站，46.1%的乡镇地域内有二级以上公路通过，23%的乡镇有农产品专业市场，60.2%的住户炊事能源以柴草为主。成交额亿元以上的农产品市场，2007年年末已有1562个，成交额100亿元以上的农产品市场仅10个。农产品物流设施和设备极端落后，全国性的物流信息系统还没有建立起来，物流成本高、效率低、损耗大的问题很突出，如在粮食物流系统中，仓储设施不能适应散粮接卸的需要，现有完好仓容中，只有11%是适合粮食散装散卸的立筒仓、浅圆仓，其余89%的平房仓不能满足散粮接收发的需要。全国只有1.2%的粮库配备了铁路散粮卸车设施；运输方式落后，装卸自动化水平低，85%的粮食采用传统的包粮运输方式，整个流通环节需要多次灌包、拆包，包装资材耗费大、抛洒损失多、掺混杂质情况严重。造成我国粮食从产区到销区的物流成本占粮食销售价格的比重20%～30%，比发达国家高出1倍左右。美国的粮食物流得益于先进圆筒仓自动装卸、散粮汽车、散粮火车、散粮专用船舶等散粮运输系统，物流效率高、成本非常低，粮食在物流过程中造成损失几乎可以忽略不计。
（四）由于我国农产品物流产业化程度低，专业化的第三方物流进入少，投资不多，农产品物流的技术瓶颈一直突破不了，深加工能力不足，物流过程简单化、粗糙化，农产品物流的保值增值十分有限
农产品深加工、精加工是提高农产品附加值的一种有效的经营思路，也是农产品物流发挥作用的领域。国际上玉米的深加工产品已达4000余种，而我国玉米深加工产品却十分有限；国际上对马铃薯的深加工也有2000多个品种，我国有限几种加工转化仅限于淀粉、粉丝、粉皮之类，深加工几乎为零。农产品物流的技术不过关，无法进行保值增值的物流活动，形不成特色物流产业和特色物流服务。据《2008年中国物流年鉴》介绍，我国的农产品物流冷链在技术上和环节上都难以和西方发达国家相比。我国的农产品物流多以常温物流或自然形态物流形式为主，90%以上的蔬菜都不经过任何低温处理就直接进入流通领域。由于缺乏冷冻冷藏设备和技术，水果、蔬菜等农产品在采摘、运输、储存等物流环节上损失率达25%～30%。美国蔬菜水果在物流各环节中一直处于采后生理需要的低温状态，形成了一条冷冻链：田间采摘后预冷→冷库→冷藏车运输→批发部冷库→超市冷柜→消费者人工箱，水果蔬菜在物流环节的损耗率仅有1%～2%。
三、我国农产品物流的产业化升级路径选择
农产品物流产业化是指在农业产业化的基础上，整合物流资源和要素，为农产品实现从采购、运输、加工、配送和信息处理等环节的专业化、一体化、企业化、社会化的物流综合服务，全面提升农产品的价值，在促进农业产业化的同时，形成系统化、网络化、高效化的农产品现代物流产业。
（一）从制度上促进农业经营规模化、区域化、产业化和专业化，形成农产品物流产业化升级的基础
从历史和制度层面看，改革开放后实行近30年的农村土地家庭联产承包责任已完成了其使命，两亿户土地生产经营户、40万个农业生产经营单位、近3.5亿的从业人员，把为数不多的土地分割成一块块、一条条的“百衲衣”，与现代化的大生产方式不相吻合，严重阻碍了我国现代化农业的形成和发展，有可能进一步危及我国国民经济的基础。可以参照国外经验逐渐实现土地和农业的规模化、区域化、整体化经营，比如日本随着日本工业化的发展实行农地所有权和使用权的分离，在农地集中占有的情况下鼓励分散占有、集中经营和作业，如以土地租佃为中心，促进土地经营权流动，促进农地的集中连片经营和共同基础设施的建设；以农协为主，帮助“核心农户”和生产合作组织妥善经营农户出租和委托作业的耕地。这种以租赁为主要方式的规模经营战略获得了成功，1980年的租赁田比1970年增加了30多倍，1986年又比1980年增加50%。我国人均土地是日本的两倍，逐步进行租赁为主要方式的规模经营战略可以配合城市化、工业化进程，妥善安置农村季节性释放的1.5亿剩余劳动力，完成我国农业从传统向现代化产业的转变，更为农产品物流的产业化提供了制度化、基础化的保障机制。
（二）从农产品物流市场主体入手，将现代经营理念引入农产品物流运作模式，建立第三方农产品物流企业为主的战略联盟
要改变我国农户无序参与农产品物流过程和农产品物流市场发育不完善的现状，应该以现代公司式经营为导向，整合原有的农产品物流主体，一要培育规模化经营的现代批发商，带动农产品交易市场整体素质的提高，引导产业链的延伸和优化；二是通过资本运营手段，改变农产品市场经营模式，构建以大型批发集团为核心的农产品供销链，增强市场整体竞争力；三是发展农产品第三方物流，将农产品的物流配送从供应商和销售商处分离出来，交给专门的第三方农产品物流企业来完成，使农产品的供应商和销售商专注于农产品的生产、加工和销售市场的开拓；四是建立农产品物流联盟，即将农产品流通主体中的农业公司、农产品加工企业、农业合作社和农业协会与综合型农产品物流企业（能提供综合农产品物流服务的第三方物流企业）结成农产品物流联盟，实现农产品物流功能上的整合，促使农产品物流产业化升级。