意识形态和宗教信仰决不能靠强权任意变更。蒙古西征之时及在中亚建立统治之初，曾大肆摧残当地伊斯兰文化，并强制推行蒙古法，穆斯林的风俗习惯受到无端干涉。结果反而激起人民的强烈不满。至元十六年(1279年)十二月二十四日忽必烈的《禁回回抹杀羊做速纳》的诏书里，提到回回人三次反抗蒙古的事件：第一件是不花剌的答剌必起义。回历636年(1238/1239年)不花剌附近答剌卜村筛师马合木与不花剌学者苫思丁发动起义，被蒙古军队镇压；第二件是旭烈兀杀必阇赤赛甫丁等人事。回历661年初(1262年末)旭烈兀率军准备与钦察汗国别儿哥汗作战前夕，因赛甫丁等倾向已皈依伊斯兰教的别儿哥汗等原因，突然把他们杀了；第三件事是伊利汗国阿八哈汗杀八儿瓦纳事件。回历675年(1267/1277年)埃及马穆鲁克算端鲁克纳丁应鲁迷地方官八儿瓦纳请求出兵来犯，事发被杀（这三大事件分见《世界征服者史》上册，中译本，第128~133页、《史集》第三卷，第92页、143页和《元典章》卷五七《刑部》十九《禁回回抹杀羊做速纳》条。陈得芝：《元代回回人史事杂识》(载《中国回族研究》第1辑)对此有详细分析。）忽必烈强行制止回回人用伊斯兰法杀羊也没有奏效。相反，进入中亚的蒙古人，处于当地伊斯兰文明的包围之中，受周围环境的浸染影响，对伊斯兰文化的逐步了解，蒙古人接受伊斯兰教成为必然的结果。伊利汗国在十三世纪末合赞汗统治时期定伊斯兰教为国教；钦察汗国早在别儿哥汗时已受到伊斯兰教的影响，到月即伯在位时钦察汗均已改信伊斯兰教，部分蒙古牧民也伊斯兰化；察合台汗国在初时虽十分抵制伊斯兰教，但到木八剌沙在位时就明显受到伊斯兰文化的影响，木八剌沙在阿拉伯语、波斯语中意为“吉祥之王”，他的继承者八剌汗是伊斯兰教徒，教名为黑牙术丁。
伊斯兰教和伊斯兰文化由于穆斯林东移，影响最为深远的是在中国出现了“回回人”这个特殊的种族群体，以及随后形成的或伊斯兰化的回族、东乡族、撒拉族、保安族、维吾尔族、哈萨克族、柯尔克孜族、塔吉克族、乌孜别克族和塔塔尔族等民族。中国的民族格局和文化类型格局的重大变化，是蒙古西征和元朝百年统治带来的结果。
第二，中外交通得到空前发展。
蒙古西征后，在中亚先后建立了钦察、察合台、窝阔台、伊利诸汗国，它们在名义上仍是元朝的藩邦。尽管各汗国各自独立分治，但它们与元朝之间的联系却十分紧密。
唐末以来，由于辽、宋、夏、金互相对峙，分裂割据，此疆彼界，造成了严重的人为隔绝；丝绸之路渐渐沉寂了，东西交通受到阻塞，中外交流和西部各族间的往来十分困难。成吉思汗“灭国四十”（《元史》卷一，《太祖纪》。），冲破了人为的樊篱，“天下会于一，驿道往来，视为东西州矣！”《经世大典·站赤》曰：我国家疆理之大，东渐西被，暨于朔南，凡在属国，皆置驿传，星罗棋布，脉络贯通，朝令夕至，声闻毕达，此又总纲挈维之大机也。
元代与西北诸汗国之间均设有驿站。元与钦察汗国之间的驿站，见《元史·术赤传》：国初，以亲王分封西北，其地极远，去京师数万里，驿骑急行二百余日，方达京师。
又有与察合台汗国相通之驿道。《元朝秘史》第279节：（斡歌歹皇帝说：“我成吉思皇帝艰难创立国家，如今教百姓每安宁快活，休教他辛苦！”遂将合行之事，与兄察阿歹处商议……使臣往来，沿百姓处经过，事也迟了，百姓也生受；如今可教各千户每，出人马，立定站赤。不是紧急事务，须要乘坐站马，不许沿百姓处经过……察阿歹听了这话，都道：“是！”只依着这般行。再说：“站赤一节，我自这里立起，迎着你立的站，教巴秃自那里立起，迎着我立的站。”说将来了。）
这段文字中，窝阔台最后说的“我自这里立起”，是指起自大蒙古国首都和林(今蒙古乌兰巴托西南)，直达“你立的站”，即察合台汗国首府阿力麻里(今新疆霍城西)，“巴秃”即术赤子拔都，钦察汗国大汗，“教巴秃自那里立起”，即从钦察首府萨莱(今俄罗斯阿斯特拉罕附近)立站，通向阿力麻里，再与和林相通。
伊利汗国境内驿站十分发达。早在阔里吉思主政呼罗珊时，就在各地设立驿站，置备马匹等必需品，不许使臣骚扰居民（志费尼：《世界征服者史》下册，中译本，呼和浩特：内蒙古人民出版社，1980年，第598页。）到合赞汗时，驿站可通达“汉地、忻都思丹和其他远近各国”，但由于管理混乱，驿站几乎无驿马供应，合赞汗不得不加以整顿。
元代海上交通的发达是元以前任何朝代无法比拟的，这是与当时的造船技术和航海技术的提高分不开的。
元代海船远较宋代海船为大。马可·波罗回国时所乘的中国海船是用松木制造的，船室有五六十个，每船分隔成十余舱，互以厚板隔之，船身损坏时不致沉船；有一舵，二至四根桅，无风时用橹，橹极大，用四人操作。船上有水手二百人。另有二小船系大船之后，每只小船有船夫四五十人（《马可波罗行纪》，冯承钧译本，第三卷第一五七章。）摩洛哥旅行家伊本·白图泰元末来华时见到中国海船规模更大。他说，中国船分三类，大的叫“艟克”，中者为“艚”，小者称“舸舸姆”。大船有三帆至十帆，帆用藤篾编织，其状如席，常挂不落。每大船有千人，其中海员六百，战士四百，每一大船有小船三艘随从：半大者、三分之一大者、四分之一大者。这种巨船由泉州(刺桐)和广州(隋尼隋尼)建造。这些巨船的船桨大如桅杆，一桨旁聚集十至十五人，站着划船。船上造有甲板四层，内有房舱、官舱和商人舱。旅客可携带妇女、女婢，闭门居住。水手们则携带眷属子女，并在木槽内种植蔬菜鲜姜。元代的这种海船，其规模与明初郑和下西洋所用大船相差不远（郑和下西洋第一次出征人数27800余人，大舶62艘。平均每船约500人。）
元代的航海术也达到了很高的水平。航海、天文、航海气象和指南针的运用都超过了前代。马可·波罗回国时乘坐的中国海船就有北极星高度的记录，可见元代中国水手已掌握了牵星术。中国水手还熟练地掌握了海上季风(信风)的规律，如去东南亚、南亚及其以远地区，“遇冬讯北风发舶，次年夏汛南风回帆”。（《通制条格》卷十八，《关市·市舶》。）去高丽、日本正好相反。指南针被视为“人之命脉所系”（汪大渊：《岛夷志略》。），品种也大大增加，有“行丁未针”、“行坤申针”、“子午针”等（见《真腊风土记》等。）船工们还把航海知识编成许多歌诀，用于航海实践（见《经世大典》，《永乐大典》卷一五九五〇。）
正因为元代造船技术和航海知识达到了新的高度，因而在从中国海到印度洋的国际航道上，中国海船已大大超过阿拉伯、波斯海船，占据了领先地位，而且“中国海域只能由中国船只航行”（《伊本·白图泰游记》，马金鹏译，银川：宁夏人民出版社，1985年，第490页。），因此各国来华的商人、教士都必须乘中国船才能来中国，伊本·白图泰在古里(今印度西南海岸之科泽科德)等待中国船达三个月之久，他在泉州港看到港内停有大艟克约百艘，小船多得无数。这些船也应该是中国海船。
元代中国与伊斯兰国家和地区之间的交通除了陆上丝绸之路和海上丝绸之路外，云南的穆斯林还开辟了“云南通天方之路”。元代云南有相当多的回回人，他们需要开辟通向天方(今沙特阿拉伯麦加)的道路，以达到朝觐和开展贸易的目的。《岛夷志略·天堂》载：地多旷漠，即古筠冲之地，又名西域。风景融和，四时之春也。田沃稻饶，居民乐业。云南有路可通，一年之上可至其地。西洋亦有路通。
郑和为云南昆阳(今晋宁)人，据李至刚《马哈只墓志铭》，知郑和之父、祖均名马哈只，显然是到天方去朝觐过的穆斯林，否则便没有“哈只”的称号。
元代东西交通的发展，为中国与伊斯兰各国友好往来和经济、文化的交流提供了客观条件。元代东来的穆斯林不仅仅是蒙古西征俘掠而来的工匠、儿童、妇女，也不仅仅是陆上交通畅通后中亚东移的移民，还因为海上交通的畅通，来自中亚、西亚、非洲、南亚和东南亚的商人、教士、工匠、学者等，源源不断地来到中国经商、传教，许多人在中国定居下来，成为回回人的一部分。
二、东来的回回人
(一)“回回”一词的概念
“回回”一词始见于北宋沈括《梦溪笔谈》：边兵每得胜回，则连队抗声凯歌，乃古之遗音也。凯歌词甚多，皆市井鄙俚之语。予在鄜延时，制数十曲，令士卒歌之。今粗记得数篇其四，“旗队浑如锦绣堆，银装背嵬打回回。先教净扫安西路，待向河源饮马来”。
这里所说的“回回”，从明末清初的顾炎武开始即有学者进行解释，如顾炎武在《日知录》中说：唐之回纥即今之回回是也，……其曰回回者，亦回鹘之转音也。（顾炎武：《日知录》卷二九，《吐蕃回回》。）
说回纥即回回当不甚确切，但说“回回”系“回鹘”之转音，是有道理的。之后，我国学者王日蔚、杨志玖等都持此说（王日蔚：《回族回教辩》，《禹贡》五卷十一期，1936年；杨志玖：《回回一词的起源和演变》，《回族研究》1992年第4期。）杨志玖论证如下：照沈括的说法，当时的凯歌是些“市井鄙俚之语”，因此沈括作凯歌时一定尽量应用这种市井鄙俚之语以便歌唱的边兵容易领会。所以用回回而不用回鹘或回纥，一定因为回回这一词是流行于当时西北一带的“大众语”也就是沈括所认为“市井鄙俚之语”的一类。他用这名词一方面是为符合凯歌体式，一方面则因回回这一词已流行于民间。
沈括写这段凯歌之时，正是他于神宗元丰三年至五年(1080~1082年)任延邝路(治今陕西延安)经略使之时，是时正当北宋对西夏用兵，因此凯歌中的“打回回”似与当时形势不合（汤开建在《〈梦溪笔谈〉中的“回回”一词再释》（《民族研究》1984年第1期）中认为“打回回”中的“回回”应是“西夏”，因当时西夏境内回回人数极多。但所举史料均难以证明蒙古西征前西夏境内有大量回回。故此论还有待进一步充实。）其实此处“打回回”本是一种鼓舞士气的俚语，乃泛指西北少数民族；就像岳飞是抗金英雄，在其《满江红》词中有“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”一样，也是泛指北方少数民族。从歌词中的安西(唐时在今新疆置安西都护府)、河源(古称葱岭为黄河之源)等地名看，回回是指西域的回鹘，北宋时回鹘在今吐鲁番地区有高昌回鹘，在今和田地区有于阗回鹘，在河西有甘州回鹘、瓜州回鹘，在葱岭东西有喀喇汗王朝，故“回鹘”为当时西北势力最大的少数民族之一。
自沈括在《梦溪笔谈》中使用“回回”一词后，宋人着作中多有用“回回”一词者，如南宋洪遵《谱双》中有“回回双陆”等（洪遵《谱双》中“大食双陆”、“广州双陆”、“回回双陆”等，可证“大食”与“回回”含义不一，而在元代大食与回回则是同义语。）但在蒙古西征之前，“回回”一词均不具有与伊斯兰教发生联系的含义（日本学者田板兴道认为“仍然必须把《辽史》中的‘回回’作为最早的种族称呼”(见《回教传入中国及其弘通》上卷第82~85页)。其实《辽史》中关于耶律大石于保大四年(1124年)西征时“回回国王来降，贡方物”之记载，金人陈大任所修之《辽史》未必有载，实为元人修《辽史》时所补。）
把“回回”与“回鹘”区分开来，并将“回回”一词专指信奉伊斯兰教的中亚、西亚的阿拉伯、波斯和突厥诸族人，那是成吉思汗西征后的事。南宋人是根据蒙古人对中亚地区的了解，把蒙古语“撒儿塔兀勒”一词译为“回回”的。