一俟看准，即倒入大窖坑内，再搅动……再取出一桶汁水、再逐渐加入蛤粉、搅拌……如此反复，直到不停搅动的大窖坑的汁水不断生起泡沫，堆砌至坑周可达40多厘米高时止。
再倒少许菜油入大窖坑内，并用扎捆的竹木耙扑倒大小泡沫，同时仍搅动不已，至泡沫全无才停歇。此时水面仍会缓缓转动，油膜在水面不断拉伸变形，油膜、水面色彩斑斓，转瞬流变。静置4个小时后，先拔去窖坑壁面下方的出水孔洞，使此孔洞水平上方的汁水流出，倾注倒入岸下河流中，孔洞下方剩下的就是浓度高的蓝靛汁。
再舀出蓝靛汁，用筛过滤，去除杂质，滤下的靛青倒入小窖坑中静置，约5个小时后（静置具体时间与气温正反比）滤过的靛青已稍干燥，即可装包待用。
这种靠口口相传的打靛技术，至今还是当地生产方式。
至于其中的科学原理，具体打靛的农民并不感兴趣。
（2）科学制靛的尝试
清末民初，西方科技文化对中国知识青年有强烈的吸引力。当时的日本自明治维新之后，科技生产发展很快。由于日本与中国的地理之便，费用较欧美低廉等原因，相当数量的中国留学生到日本留学。这些接受了西方科技训练的留学生回到中国，绝大多数成为当时民族工业的科技力量中坚，其中学习化学、农业的留学生中，也有一批人对传统的蓝染、打靛的经验性生产进行了科学的整理，试图改良传统手工生产经验为科学产业的量化指标，颇有成绩。民国8年（1919年）《东方杂志》卷16第10号有浙江三良制靛工厂胡庸撰写《改良制靛之经验谈》，总结该厂制靛方法有三种：制靛之法，大别为三。曰：干制发酵法；曰：湿制发酵法；曰：煮制法。
本厂即用湿制法。此法之中又有加石灰与不加石灰之分，本厂即属于前者。
本厂工场合三部而成，（甲）发酵池（方圆皆可）；（乙）酸化池（圆或椭圆）；（丙）洗涤池（长方）。以位置言，甲池之底，稍高于乙池之面。
乙池与丙池亦如之。以容积言，大小不必一定，可视厂基为伸缩。
取靛叶与清水，浸于发酵池中，即起发酵作用。其水渐变为黄绿色之溶液，俗名“绿水”。
至发酵满足时，即开活栓，令绿水流入酸化池，同时以石灰乳渐渐加入之，宜令二者一齐流完。
完后，乃用木耙搅拌之，使之酸化。迨酸化已毕，静置数小时，则靛青沉淀于池底。其上层之溶液为红茶色，俗名曰“红头水”。于是开上活栓，除去红头水，再开下活栓，令池底之靛青液流入洗涤池。乃以清水洗涤之，除去混合杂质之大部分。然后干燥之，使成糊状，装于桶中贩运出售。
胡庸认为“靛青精生成时，有多种杂质与之共同生成，共同沉淀”，严重地影响了靛青的纯度。但如果设法去除碳酸钙和胶质，虽然能使靛青精含量达60％，但制造成本会大大增加，所以“以工业上言，实为不经济也”。该厂的对策是增加总产量，他说：取市售靛青分析之，大约含有水量70％，各杂质27％～28％，靛青精2％～3％。其各杂质比之靛青精几至十倍之多。此许多杂质在制造之时或以化学关系，或以物理关系，皆足阻碍靛青精之生成，于是靛青精损失一部分。
及其制造之后，而靛青精以其染物作用，分染于各杂质上，而靛青精又损失一部分。故求增加产量，宜以除去杂质为入手办法。即对于清水、绿水、石灰乳等，皆以科学方法处理之，务极其清洁是也。
他注意到清水、绿水和石灰乳含量之比，及其纯度是提高靛青精品质、含量的关键因素。又根据化学分析，讲清楚“靛青素”生成的原理：北洋大学（即今天津大学前身-笔者按）教授Harry U·Fwllek先生言，靛叶浸于水中，起发酵作用。则叶中生糖质靛青草精Glucoside Indican分解为异性养化靛基质Indotyl（一名靛白）与葡萄糖。
其水溶液为黄绿色，故绿水者即靛白等之溶液也。以之说明发酵时间之关系。
他还提出发酵生成靛白时三种状态：发酵作用十分满足时，换言之，即绿水中所溶之靛白最多时，名之曰：发酵时间。在未满足之前，名之曰：过生。在满足之后，名之曰：过熟。
从“过生”到“过熟”，靛白的生成和消失速度不一样，经过实验而得出分析：当过生时，则靛叶中之靛草精渐次分解为靛白，故绿水之浓度随时递增，其递增为数学的。
当过熟时，则绿水中之靛白又渐变为他物质。故绿水之浓度随时递减，其递减为几何的。
他认为增加靛青精产量最重要的是控制发酵时间，“发酵时间，为制靛生死关头”。显然，这种分析结论和前述单纯增加产量的结论有别。
指出控制发酵时间的条件是：为水之温度，次为空气之温度，次为叶量与水量之比例。
这就是说；水温、气温、叶与水比例为发酵充足的三要素。
在靠经验生产的作坊中，是把水加热到25。C左右，放入白坯布浸透约20分钟后取出，在空气中晾约5分钟；再浸入染液约20分钟后，再次取出晾约5分钟……如此反复有多达10至20次，才告完成。这是因为蓝靛在发酵作用下生成隐性酸，在碱性液体中生成靛白。靛白必须要在空气中氧化，才成为不溶性的蓝靛，析出蓝色素。蓝染的适宜水温在20～25。C，气温保持在25～30。C，最利于靛白生成，至于碱性液体的pH值，一般以为在15左右就可以了。这些科学标准，都是在实践基础上逐一量化统计归纳的结果。
此外，在确定“叶量与水量之比例”的同时，也“宜注意于所加石灰之分量”，他列举该厂数据是：
叶量与水量之比例为1∶15；
石灰乳之比重为1.02；
石灰乳与绿水之比例为1∶15。
对于石灰乳，究系何物质，他说：石灰乳系混合液。欲求精密之比例颇难。惟石灰乳愈薄，则所得比例，愈可精密云。
尽管他对有些问题还未能详解，但重要的是已经有科学的意识和要求，有探究靛白生成及染色原理和对染色实践各指标量化的努力。也正因为此科学精神，他提出6个问题希望有进一步研究：
一、制成若干成分之靛青，何为最经济之制造法。
二、靛叶中（此文指山蓝-笔者注）所含靛青精之产量，究有若干。
三、发酵时间之定例。
四、所加石灰之分量，并叶量与水量之比例。
五、红头水系何物质。
六、石灰加多，或加少时，所生成者系何物质。
这六个问题后来随着第一个问题的解决，即西方化工界研发出人工合成染料，阴丹士林蓝即人工化学合成靛青，很快取代传统的来自植物提取的蓝靛，彻底改变了传统蓝染织品的工艺流程，其余问题也不复存在了。阴丹士林蓝使用极方便，且价格便宜，因而风靡城镇染坊，但也加速了严重污染人类生存环境的历史。
尽管如此，今天当我们回顾蓝染从经验上升为科学认知的这段短暂的历史时，至少可以看到中国蓝染经验完全能够走进科技的门槛。胡庸提出的六个问题可以理解为量化指标的领域，事实上今天的化学测定方法已经对这些问题有了答案，需要做的只是“科学普及”的工作。譬如前述打靛业者必须在天未亮之前打靛、兑蛎灰，十分辛苦。今天只要有酸碱测试笔或石蕊试纸，教会他们掌握使用方法，记住测试合宜的指标，就不必要强调深夜工作。更重要的是让具体种植者、打靛者普遍掌握这些科技知识，使经验让位于理性，即使没有经验的人也能通过学习相关科技知识完成高品质蓝草的种植、高品质蓝靛作业，就会在整体上减轻劳动强度，增加蓝染手工艺的科技含量，提升蓝染手工艺的“产业化”程度。
温州湖广店的蓝染工坊以前在对刚染完的蓝染织品进行漂洗工艺时，并不在家中进行，而是到上游的溪流处，展开蓝染织品，浸入浅溪水中，用大鹅卵石压住织品上端，自己则回家干活。因为上流溪水都宛转流经各家门口，所以只要看到门前溪水颜色渐渐变清，就知道应该去上游收布了。可见在民间工艺中，都是最大限度地就地取材完成作业。这种方式一方面能节省大量劳力物力，取得最经济的效果；另一方面也不能否认在产业化要求下，此方式因为太过粗糙而显得缺乏必要的工艺严谨性。
传统种蓝、打靛都是经验性的生产，从贾思勰到宋应星，再到方以智，对种蓝、打靛的工艺记录整理有一个由简单到相对丰富的发展，一方面反映了在时空上相距千年的上述人物对田野调查深入程度的变化，另一方面也反映了经验积累的速度有限。在古代，植物染也并不是绝对的“环保”，唐代成都锦江两岸染坊甚多，各色植物染废水倒入江中，五色杂陈，一度引起两岸居民反感，最终由官府饬命各坊立约不得随意倾倒废水入江，说明当时的“污染”也相当严重。我在浙江北雁荡的清水垟村看到打靛废水倾入溪流，溪水顿时变成茶褐色，但却引来一群鸭子觅食。只是这种“污染”还只是水面外观的问题，并未危及人类生存环境的品质。
中国的科学种植和科学打靛开端于第一次世界大战前后，民智初开，对蓝草和靛青的科学认知也有相当进展，只是由于整个中国大环境处于“多事之秋”的状态，基础科学教育的匮乏，科学种植、科学打靛没有条件延续下去，其结果是化学染舶来品的市场日益扩大，传统蓝染则日见消亡。
综上所述，今天对传统蓝染手工艺的认定，不论是“非物质文化遗产”，还是“手工DIY”的推广，都应该以是否是蓝靛的“植物染”为前提。换句话说，如果以化学蓝染为染料，不论是青蓝大布，还是蓝印花布、蓝蜡染、蓝夹缬，都不能混同为传统蓝染织品的范畴。